アルプスの山中で行われるモッテカエロレースの商品がドクロストーンだと聞いたドロンボーとヤッターマンは、レーサーとして出場。他の車を妨害してトップを独走するドロンボーだったが、それをヤッターマンが追撃。メカ戦に突入し、負けたドロンボーはリタイア。レースに優勝したヤッターマンは、優勝賞品を受け取るのだが・・・・・・。

アルプスの山中で行われるモッテカエロレースの商品がドクロストーンであると聞いたドロンボーとヤッターマンは、レーサーとして出場することに。他の車を妨害することでトップに躍り出たドロンボーだったが、ヤッターマンに追撃されたあげく戦いの末敗れてしまう。

ドクロストーンはフランサ国の大金持ち、ミロガンが持っているという指令を受けて出発したドロンボー。幼い頃に親と離れ離れになり、大道芸をして親を探していたミロガンの息子ミレを亡き者にして、財産を手に入れようと企む叔父のジャムス。その計画に加担したドロンボーは、ミレをミロガンの元へと送り届けようとするヤッターマンを爆撃する。

フランサ国の大金持ちミロガンがドクロストーンを持っているというドクロベエの指令を受けて出発したドロンボー。一方、三悪を追って現地へ着いたヤッターマンは、犬、猿と共に大道芸を行いながら、子供の頃に別れ離れになった母親に会うために親方の元を抜け出して旅を続けていたのだ。

ドロンボーとの戦いで大破してしまったヤッターワン。しかし、ガンちゃんはヤッターワンをパワーアップし、新たにヤッターキングとして蘇らせた。ヤッターキングと共にスイスイ国へ向かうヤッターマン。そこでは悪の代官ゲスダーによって、勇者アイアムテルが捕えられていた。彼の息子の頼みでアイアムテルを救出しようとするヤッターマン。しかし、ゲスダーにはドクロストーンとの引き換えにドロンボーが味方をしていたのだった。

前の戦いで大破してしまったヤッターワンをガンちゃんが一週間徹夜で改修し、よりパワーアップしたヤッターキングが誕生した。この新ヤッターメカに登場してヤッターマンが向かったのはスイスイ国。ここでは悪代官ゲスダーによって勇者アイアムテルが捕えられており、その息子の頼みを聞いたヤッターマンが救出に赴いた。

地獄谷に住む雪女がドクロストーンを持っていると指令を受けたドロンボーは、雪の積もる大雪県でくん平という少年と出会う。ドロンボーはくん平に雪女のもとに案内させるが、宝を盗もうとしたため雪女が襲い掛かる。しかし、彼女がくん平の母親であると気付いたドロンジョは、子供を使って動揺を誘おうと画策。駆けつけたヤッターマンがメカ戦を挑むが、なんとヤッターワンが・・・・・・！

大雪県の地獄谷に住んでいる雪女が持つ宝の中にドクロストーンがあるとの情報を聞きつけたドロンボーは、現地へ赴き、くんぺいという少年と出会う。くんぺいに案内されて雪女のもとにやって来た三悪だが、宝を盗もうとしたことで彼女から激しい攻撃を受ける。

ヘゲレス国の王女ローズ姫が、ドクロストーンを持っているとの指令を受けたドロンボー。姫に近づくため、ドロンボーは彼女の婚約者であるポランス国のシモン王子の部下、三銃士と入れ替わる。仮装舞踏会に招待するための護衛を装い、姫からドクロストーンを奪ってしまうドロンボー。しかし、そこへ本物の三銃士が現れた。

ドクロベエよりヘゲレス国の王女であるローズ姫がドクロストーンを持っているとの指令が下った。ドロンボーは姫に近づくために、彼女の婚約者であるポランス国のシモン王子の忠実な僕である三銃士と入れ替わる策略を実行する。

ヘンデルセン王国に住む魔王ミニックイが、ドクロストーンを持っているらしい。ヤッターマンはミニックイに求婚され困っていたエリセ姫を救うが、姫の兄弟たちは全て魔王に白鳥に変えられてしまう。王子たちを元に戻すために、魔王の城に乗り込んだヤッターマンであったが、そこには魔王に弟子入りしたドロンボーがいた。

ヘンデルセン王国に住む魔王ミニックイがドクロストーンを所有しているらしい。現地ではミニックイに求婚されて困っていたエリセ姫をヤッターマンが救うも、魔王は姫の兄弟を全て白鳥に変えてしまう。王子たちを救うために魔王の城に乗り込むヤッターマンだったが、そこには魔王に弟子入りしたドロンボーの姿が!

ロンドン発の国際列車ホワイトアロー号に、ドクロストーンがあるとの指令を受けたドロンボー。車内で出会った少年・ニコルに仲間にして欲しいとせがまれたドロンボーは、ドクロストーンを探し出せたら仲間にしてやると条件を出す。するとニコルは、あっさりとドクロストーンを見つけてしまった。しかし、ドロンボーは約束を破り、ドクロストーンを奪おうとする。

ロンドン発の国際列車ホワイトアロー号にドクロストーンがあるらしい。車内で出会った生意気な少年･ニコルに仲間にして欲しいとせがまれたドロンボーは、ドクロストーンを探し出したら仲間にしてあげると約束した。するとニコルはあっさりとドクロストーンを見つけてしまい、三悪は拍子抜けしてしまう。

樫の木ロボット・ピノッキンを作ったダペットじいさんがドクロストーンを持っているとの指令を受け、イタリッチ国へ向かうドロンボー。人間になりたいピノッキンを騙すため、ドロンボーは樫の木の妖精に変装してダペットじいさんが持っている石を持ってこさせる。しかし、それはピノッキンを直すための修理台だった。

イタリッチ国のある村にいる樫の木ロボット･ピノッキンを作ったダペットじいさんがドクロストーンを持っているとの指令がドクロベエから入ってきた。三悪は樫の木の妖精に変装し、人間になりたがっていたピノッキンを騙して、ダペットじいさんが持つドクロストーンとおぼしき石を持ってこさせた。

ドクロストーンは大リーグの伝説の打者、ブーブルースの記念カップに入っていると指令を受けたドロンボーは、オメリカ国のニューヤーク球場へ向かう。ホームラン王ヤング・アーロンの敵チームの選手になり、記念カップを賭けた試合に臨むことになったドロンボー。結局、カップは自分の引退を賭けて奮闘したアーロンの手に渡るが、カメラマンに化けたドロンジョに奪われてしまう。

大リーグの伝説の打者ブーブ･ルースの記念カップの中にドクロストーンが入っているらしいとの指令を受けたドロンボーは、オメリカ国のニューヤーク球場へ飛んだ。そこで三悪は、ホームラン王ヤング･アーロンとその息子の話を聞き、彼の敵チームの選手になって記念カップを賭けた試合に臨むことに。

ベロソン市に住む超能力者ルドルフ少年に、予知能力でドクロストーンのありかを教えてもらおうとするドロンボー。しかし実はルドルフには悪魔が取り憑いており、悪魔祓いのエカコシストにお祓いを頼むことに。なんとか悪魔を祓い、ルドルフにドクロストーンのありかを教えてもらったドロンボーだったが・・・・・・。

ドロンボーはベロソン市に住む超能力者ルドルフ少年に会いに行き、予知能力でドクロストーンの在処を教えてもらおうと意気込んでいた。ところがルドルフには悪魔が取り憑いていたため、三悪は悪魔祓いのスペシャリストであるエカコシストを連れてくることに。

真田幸村が隠しもつドクロストーンを奪うため、過去にタイムスリップしろと指令を受けたドロンボー。タイムスリップに成功し過去へとやってきたドロンボーは、幸村の部下である霧隠才蔵と出会い、ドクロストーン運びを手伝うことにする。一方、ヤッターマンも幸村の部下の猿飛佐助と出会っていた。

ドクロベエより豊臣秀吉の時代にタイムトリップし、真田幸村が隠しもっているドクロストーンを入手せよとの指令が下る。現地へ飛んだ三悪は、幸村の部下の霧隠才蔵と出会い、ドクロストーン運搬を手伝うことに。

ドクロベエの指令がないため、この機会にドクロベエの正体を探ってやろうと考えたドロンボー。水の都ケチスに住んでいるドクロックという人物が、ドクロベエではないかと考える。ドロンボーはドクロックの養子にしてもらうために彼の陰謀に手を貸し、ドクロックの恋敵バッチリオの船を沈めてしまった。しかしヤッターマンの活躍によりバッチリオは救出され、ドクロックの陰謀は暴かれた。果たしてドクロックはドクロベエなのか？

ドクロストーンに関する情報が不足しているため、いつもの指令がないドロンボーは、この機会にドクロベエの正体を探っていた。その結果、水の都ケチスに住んでいるドクロックという人物がドクロベエらしいことが判明。

アラジェリアの街カスバにいる女盗賊ハルメンが、ドクロストーンを持っていると聞いたドロンボー一味。ドロンジョは同じ女泥棒として、ハルメンに敵対心を抱く。彼女からドクロストーンを奪ったドロンジョは、ハルメンと彼女に恋する男ポセに嫉妬の炎を燃やして鞭を振るう。そこにヤッターマンが割ってはいり、二人を助けた。

アラジェリアにある闘牛の街カスバにいる女盗賊ハルメンがドクロストーンを持っているという知らせを聞いたドロンボーは、すぐさま現地へ。同じ女泥棒ということで、ハルメンにメラメラとライバル心を燃やすドロンジョ。

南の島、ホゲホゲ島近海に沈む海賊船に、ドクロストーンが眠っているという。ドクロストーンを探すドロンボーだったが、何も見つからない。しかも巨大なタコが襲い掛かってきた。そのピンチを救ったのは、潜水艦ゴミチラス号の船長モネ。彼が世界各地から集めた宝の中にドクロストーンらしきものを発見したドロンボーは、彼の友達であるイルカのドルフを人質にとって石を手に入れる。

南の海に浮かぶホゲホゲ島の側に沈む海賊戦にドクロストーンが眠るという。現場をくまなく探すドロンボーだがそこには何もなく、その上巨大なタコにまで襲われてしまう。

岩窟王が財宝を残したとされる悪魔島にやって来たドロンボー。後を追ってきたヤッターマンは、そこで岩窟王の子孫エドマエ・ダンテス、またの名をヘンクツ王と遭遇。ドロンボーは島の洞窟内を逃げ回るヘンクツ王を追まわし、岩窟王の隠し財宝を発見。しかし、追ってきたヤッターマンとのメカ戦に負け、ドクロストーンはヤッターマンの元へ。しかもなんと、その石は・・・・・・！？

岩窟王が財宝を残したとされる悪魔島にアタリをつけてやって来たドロンボーは、そこで岩窟王の子孫偏屈王ことエドマス･ダンデスと出会う。三悪はダンデスを追い回した挙げ句に彼が隠し持っていた財宝の中からドクロストーンを発見。

ドクロストーンが霧の都ドンドンのどこかにあるというドクロベエの指令を受けたドロンボー。名探偵モーロック・オームズにそのありかを推理してもらおうとするのだが、オームズは歳を取ってしまい、すっかりモウロクしてしまっていた。おかげでドクロストーン探しは難航。ようやくそれらしきものを発見したのだが・・・・・・。

霧の都ドンドンのどこかにあると言われるドクロストーンを求めて出発したドロンボー。あまりのアバウトな指令に困る三悪だったが、ドクロベエの入れ知恵で名探偵モーロック･オームズにドクロストーンの在処を推理してもらおうと決め込む。

ドクロストーンを求めて南極大陸へやってきたドロンボー。そこでドロンジョたちは、南極点を目指す父親と娘のローラ2人だけの探検隊と遭遇する。ドクロストーンが眠っているとされる南極点を探すドロンボーであったが、なかなか発見することができない。一方、ドロンボーに探検車を破壊されてしまい、単独で南極点に向かおうとしていたローラは、ヤッターマンに助けられる。

南極大陸でドロンジョたちは、ププペ共和国という小国から南極点を目指してやって来た父娘2人だけの探検隊と遭遇する。三悪に探検車を壊されてしまったため、やむなく娘のローラだけが単独で南極点を目指すことに。

漂流者ドビンソン・クロースルが住む、南の島ケチョン島にやって来たドロンボー一味。ドビンソンの宝を狙うガラガラ島の住人に、ドビンソンの家来サンデーがいじめられているところを助けたドロンボー。サンデーはドビンソンの人使いの荒さに逃げ出して来たのだという。ドビンソンの宝を渡す代わりに、自分を本国に帰して欲しいとサンデーに懇願されるドロンボー。宝がドクロストーンだと睨んだドロンボーは了解するのだが・・・・・・。

漂流者ドビンソン･クロースルが住む南の島ケチョン島にやって来たドロンボー一味。島では彼の家来サンデーがドビンソンの宝を狙うガラガラ島の住人にいじめられているところをドロンボーに助けられる。

南太平洋に浮かぶ謎の孤島アルファー島にやって来たドロンボーは、早速ドクロストーンを発見する。しかし、島に潜む怪獣キングモングがドクロストーンを奪い、飲み込んでしまった。喉を詰まらせたキングモングは、目の前に現れたヤッターマンにドクロストーンを取ってもらおうと、アイちゃんを連れ去ってしまう。アイちゃんを救うためキングモングを追うガンちゃん。ドロンボーもまたドクロストーンを取り返そうと、キングモングを追いかける。

南太平洋にある謎の孤島アルファー島にやって来たドロンボーは、ドクロストーンを発見。しかし、そこに生息する怪獣キングモングにドクロストーンを奪われ、飲み込まれてしまう。

ドクロストーンを求めて西部の町テキラホマへやって来たドロンボー。カウボーイやガンマンが闊歩するこの町では、ならず者のイチゴ・キッドがソーケー牧場を我が物にしようとしていた。牧場主が持つ宝がドクロストーンだと睨んだドロンボーは、イチゴ・キッドと組んでそれを奪おうと計画。まんまとドクロストーンを手に入れるが、イチゴ・キッドを裏切ってさっさと逃げ出す。だが、その前にヤッターマンが立ちふさがった。

ドクロストーンを求めて西部の町テキラホマへやって来たドロンボー。カウボーイやガンマンが闊歩しているその町では、イチゴ･キッドというならず者がソーケー牧場を我が物にしようとしていた。この牧場主の老人が持っている宝をドクロストーンと睨んだドロンボーは、イチゴ･キッドと組んでそれを頂戴しようと企んだ。

月に帰ったかぐや姫がドクロストーンを持っているらしいという指令を受け、ドロンボーは月へ出発。ヤッターマンも宇宙航行が可能なヤッターアンコウで地球を飛び立つ。お爺さんからもらった石を、心の清らかな人に渡したいというかぐや姫。この石こそドクロストーンだと推測したドロンボーとヤッターマンは、かぐや姫が出した心の正しさを試すためのテストを受ける。しかし、テストに落ちたドロンボーは、石を強引に奪おうとする。

かぐや姫がドクロストーンを持っているらしいという情報からドロンボーは月へ出発、ヤッターマンも宇宙航行が可能なヤッターアンコウで飛び立った。かぐや姫は、地球にいた頃お爺さんからもらった石を心の清らかな人に渡したいという。

ドクロストーンを求めて地底の国へ向かったドロンボーであったが、地底につくやいなや戦いの守り石を盗んだ犯人と間違えられ地底人に捕えられてしまう。新メカ・ヤッターアンコウで彼らの後を追って来たヤッターマンに助けられるも、ドロンボーはその恩を裏切り、代わりにヤッターマンが幽閉されてしまう。処刑寸前のところを地底王国の王子に救われたヤッターマンは、地上侵略をやめさせるために守り石を盗んだことを彼から告白される。

地底の国につくやいなや、ドロンボーは戦いの守り石を盗んだ犯人と間違えられ地底人に捕えられてしまう。このピンチをヤッターマンに新メカ･ヤッターアンコウで助けられるも、三悪はその恩を難無く裏切り、代わりにヤッターマンが幽閉されてしまうのだった。

ルーマニアン国に住む、伝説の銀色の狼がつけている首輪がドクロストーンだという指令を受けたドロンボー。ドロンボーはそこでふしぎな少女ウル子と出会う。ところが満月を見た彼女は突然狼女に変身し、ドロンジョたちに襲い掛かって来た。なんとウル子は銀色の狼の呪いによって狼女と化していたのだった。彼女の呪いを解くには銀色の狼の首輪が必要らしいと聞いたヤッターマンは、彼女の父親と狼退治に向かう。

ルーマニアン国に住んでいる伝説の銀色の狼がつけている首輪がドクロストーンだという指令を受けたドロンボー。現地へ飛んだ三悪は、そこでふしぎな少女ウル子と出会う。ところが満月を見た彼女は突然狼女に変身し、ドロンジョたちに飛びかかって来た!

宇宙人の基地があると噂される、謎の巨大地上絵で有名なナゼカ高原。ドクロストーンは宇宙人が持っているのではないかと考えたドクロベエは、ドロンボーに指令を与える。高原にやってきたドロンボーは、なんと本物の宇宙人に遭遇。しかしこの宇宙人、とんでもなくイタズラ好きだった。そんな宇宙人の腰にドクロストーンらしきものを発見したドロンジョたちは、彼が水風呂に入っている最中に奪おうと企む。

謎の地上絵があることで有名なナゼカ平原には、宇宙人の基地があるかも知れないとされている。そこでその宇宙人がドクロストーンを持っているのではないかと考えたドクロベエは、三悪をナゼカ平原へ送り込む。ここでドロンボーは、本物の宇宙人に遭遇する。

ナッパレオン三世がクロミア戦争でドクロストーンを隠したという情報を得たドロンボーは、クロミア半島へ向かう。その昔、白衣の天使ナイチンゲールが活躍したクロミア半島。現在はその子孫である少女ナイチンガールが住んでいた。ヤッターマンとの対決で負傷してしまったドロンボーはナイチンガールに優しく看病してもらうが、その恩を裏切り、彼女が飼っている犬達を無断で連れ出してドクロストーン探しに利用してしまう。

クロミア戦争時にナッパレオン三世がドクロストーンを隠したという情報を得たドロンボーは、クロミア半島へ向かった。そこは昔、白衣の天使ナイチンゲールが活躍した場所で、現在はその子孫のナイチンガールという少女が住んでいた。

捨て猫ニャンラッシュを拾って育てている少年パルロがドクロストーンを持っているという指令を得たドロンボーは、ヘルギーのフラダース地方へ向かう。ドロンボーはパルロの優しさに付け込み、行き倒れを装って彼の家に潜り込む。しかし、そこではドクロストーンは見つからない。そこで今度は風車小屋を捜索すると、そこでそれらしき石を発見したのだった。

捨て猫のニャンラッシュを拾って育てている少年パルロがドクロストーンを持っているという指令を受けたドロンボーは、ヘルギーのフラダース地方へ向かう。パルロの優しい性格に付け込んだドロンボーは、行き倒れを装って彼の家に潜り込む。

盗賊ナイババが持っていると言うドクロストーンを奪おうと、バラビア砂漠にやってきたドロンボー。一方、ナイババに母の形見である金の腕輪を奪われてしまったという少年ホメットに出会ったヤッターマン。腕輪を取り戻すためナイババのアジトへ向かったホメットは、そこで見覚えのある銀の腕輪をつけた盗賊が拷問を受けている様を目にする。実は、彼はホメットが幼い頃に生き別れた父親だった。

盗賊ナイババが持っていると言われるドクロストーンを奪うためバラビア砂漠にやってきたドロンボー。一方、ヤッターマンはナイババに母の形見である金の腕輪を奪われてしまったホメットという少年に出会う。

カンフーで有名な伝説の映画スター、レッドスリーがドクロストーンを持っているという情報をドクロベエから得たドロンボーはトンコンへ向かう。ドロンボーはレッドスリーに弟子入りして、隙を見てドクロストーンを奪おうという作戦を計画。ところが修行の最中に目論見がバレてしまい、レッドスリーは怒ってドロンボーに戦いを挑んできた。

カンフー使いで有名な伝説の映画スター、レッドスリーがドクロストーンを持っているのではないかという情報をドクロベエから得たドロンボーは一路トンコンへ。そこで三悪はまずレッドスリーに弟子入りして、彼の隙を見てドクロストーンを奪取するという作戦を実行する。

アメホン国シカモ市の暗黒街。そこでは、二大ギャングのアル・カッポレとドン・パチーノが抗争を繰り広げていた。ドロンボーはまずカッポレの金庫を狙うが、そこにドクロストーンはなかった。そこで次にパチーノの金庫を狙うため、ドロンボーはカッポレの仲間となり抗争に参加する。しかし、カッポレの金庫にもドクロストーンはなく、代わりに特注のチョコレートがあるだけだった。

アメホン国のシカモ市の暗黒街にやってきたドロンボーとヤッターマン。そこでは、2代ギャングのアル･カッポレとドン･パチーノが抗争を繰り広げていた。ドロンボーはまずアル･カッポレの金庫を狙うも、そこにはドクロストーンの姿はなかった。

ガードマンに化けて造幣局に潜入し、まんまと大金を強奪したドロンボー。これで一生楽に暮らせると思いきや、機嫌を損ねたドクロベエによって全額横取りされてしまう。仕方なくドクロストーンを探しに、アルプスの麓にあるイランス国に向けて出発するドロンボー。一方、ヤッターマンはフンバルジャンという男と出会う。彼は病気で苦しむ孤児の女の子を救うために、教会から金の燭台を盗んでしまった。実はフンバルジャンは留置所から脱走し、警察から追われる身であった。

ガードマンに化けて造幣局に潜入し、大金を強奪したドロンボー。これで一生楽に暮らせると思いきや、機嫌を損ねたドクロベエによって全額横取りされてしまう。三悪は仕方なくドクロストーンを探しにアルプスの麓にあるイランス国に向けて出発する。