【シーズン2 最終話】長年、人が住んでいなかった家の裏庭から、鹿の剥製用の目がはめ込まれた、9つの頭蓋骨が発見される。家の持ち主は、72年に射殺されたシモーヌ･マークス。剥製用の目を見たリリーは、かつて証拠不十分で釈放された市警の資料係ジョージの事件を思い出した。

川から1931年型のトラックが引き上げられ、若い女性の白骨死体が発見される。車の所有者だったカーティスが健在であることが分かり、彼の証言から白骨死体は32年に行方不明になった妹ローズではないかと考えられた。リリーらは、殺人課史上最も古い未解決事件に挑むことになった。

ロイ･ブリガム･アンソニーという連続殺人犯の仮釈放が決まる。80年に行われた司法取引が今、施行されようとしているのだ。ロイは新たな犯行を予告している。リリーらは、再びロイを収監すべく、彼がフィラデルフィアに滞在していた77年の未解決事件を洗い出すことに。

1年前、祖母殺しで逮捕されたジェームズ。彼の叔父ジョーは、85年に殺されており、未解決のまま強盗致死事件として処理されていた。だが、ジェームズは刑務所で知り合ったハムという男が、ジョーの遺体から現金を奪ったことを知り、情報を提供。強盗目的でない可能性が浮上し、リリーは捜査を始める。

42年前、まだ少年だったジェフリーズは、黒人青年の他殺体を発見するという経験をしていた。被害者ジークの死体には、激しいリンチの痕跡があったことから、人種憎悪による犯行が考えられたが、事件は未解決のまま。再捜査に乗り出したリリーらは、当時の人種差別の現実を目の当たりにすることになる。

ヴェラの高校時代の恋人ミーガンが、殺人課にやって来る。彼女の姉スローンは、10年前バーの駐車場で凍死し、事故として処理された。だが10年経った今、ミーガンは当時の状況を知る男に遭遇。姉がトラブルに巻き込まれていたことを知ったという。彼女の情報を元に、リリーらは再捜査に乗り出した。

1982年にリンジーという女性が射殺される。彼女の夫スティーヴンは、元大物外科医だったが、自ら執刀したオペで友人が死亡。その妻の訴訟により、医師資格を剥奪されていた。事件は、生活苦に襲われたスティーヴンが、保険金目当てでリンジーを殺したとして解決し、20年以上が経過していたものの…。

スティルマンは、兄で神父のアンドリューから、バーニーという男が98年の誘拐事件で見張り役をしたことを懺悔していたと、知らされる。被害者となった9歳の少年カイルは、誘拐の数ヶ月後、水死体で発見されていた。再捜査を開始したリリーらは、誘拐の主犯を突き止めるが、更なる衝撃の事実が発覚した。

1993年に、知的障害を持つ少年コリンが列車に跳ねられて死亡し、事故死として処理される。しかし、最近になって彼の墓に、その死が他殺であることを示唆するような1枚のイラストが置かれるように。これを機に、再捜査を開始したリリーらは、コリンが置かれていた悲惨な環境を垣間見ることに…。

1969年。フィッシュタウンで、エリーという女性が絞殺される。第一容疑者の恋人ウォーレンは、事件直後カナダへ渡り、その後消息不明。だが時が経ち、父の死を知ったウォーレンが地元に戻ったことを掴んだリリーらは、再捜査を開始した。だが、当のウォーレンは、エリーが殺されたことを知らないという…。

通りすがりの車から突然銃が乱射され、母親と公園にいた6歳の少女ケイラが死亡する。やがて、事件が未解決のまま20年近くたったある日、フィラデルフィアの銃回収プログラムで、凶器となった銃が発見された。持ち主を辿り始めたリリーらは、事件の悲しい顛末を知ることになる。

元ボクシングの審判サニーが、息を引き取る直前にある告白をする。1976年、ジェリー･ストーンという選手が死亡した試合の審判だったサニーは、1500ドルで買収され故意に試合を止めなかったというのだ。しかし、サニーは「誰に買収されたか」を話す間もなく息を引き取ってしまう。

1978年、カルト教団「ファースト･ジェネレーション」に入信していたマシューという青年が、自宅で自殺した件で、姉のアンナが再捜査を依頼してきた。アンナは、当時マシュー奪回のため、洗脳を解く作業に携わっていたクロフォードという人物が、実は弟を殺したのではないかと疑っていた。

2000年、フィラデルフィアで殺された新鋭検事グレッグの妻アンナが、リリーのもとにやって来る。死後、数年経つ今、元部下の証言でグレッグは横領の犯人にされているという。亡き夫の身の潔白を晴らし、未解決の殺人事件も解決して欲しいというアンナの願いを受け、リリーらは再捜査に乗り出すことに。

鳥獣保護区で女性の首なし死体が発見される。被害者は、1985年に夫の暴力に耐えかね失踪をしていたジャネットと判明。リリーらは、当時の夫リロイに疑いの目を向けるが、彼にはアリバイがあった。そんな中、鳥獣保護区でさらに8つの首なし死体が発見され…。

自傷癖のあるハワードは、幼い頃から父エリオットが酒に溺れて家族を捨てたと聞かされていた。ところが、実は父親が1953年に殺害されていたという真実を知り、再捜査を依頼してきた。そんな中、ニューヨークにいるはずのリリーの妹クリスティーナが、突然訪ねて来る。しかし、リリーの反応は…。

エイズが社会問題となりつつあった1983年に、ゲイの若者ジェフが殺された事件の再捜査を求め、当時の恋人アーティが警察にやって来た。やがて、ゲイを公言し、大富豪の父から勘当同然の扱いを受けていたジェフが、タオルボーイをやっていたバスハウスで様々なトラブルを起こしていたことが分かり…。

チェスナット･ヒルの森で、若い女性が殺された。ここは、1990年の未解決事件、チェスナット･カレッジのリタが殺された現場だった。死体にはマジックで×印が書かれるという共通点があり、同一犯の可能性が浮かんだ。やがて、容疑者として統合失調症のニールが浮上。事件は解決したかに見えたが…。

カーラという少女が黒人男性のブッカーに付き添われ、警察へやって来る。幼い頃に殺された彼女の母親のブレスレットが、インターネット･オークションで売られており、出所を突き止めれば、犯人に繋がるのではと考えたのだ。その事件の通報者がブッカーだと知ったリリーは、彼に疑いの目を向ける。

閉鎖された刑務所の跡地から、囚人服を着た白骨死体が発見された。認識番号から、死体は囚人のハンクと判明。だが、記録によると彼は刑務所内で死亡し、火葬されていた。なぜか、署長を含む刑務所ぐるみの隠蔽工作が行われたのだ。そんな中、ハンクの脱獄歴が明らかになる。

ある女性が、夫が殺人を犯したと告白するため警察へやって来た。彼女は、古い8ミリフィルムに、その証拠が収められているという。捜査の結果、フィルムには若い男が女性に銃を向けている姿が映っており、撮影されたのは1979年と判明。やがて、リリーらは、79年のある未解決事件へ行き着く。

法廷担当記者のデイナが、60年以上経過した、ある死亡事故を掘り起こすようリリーに依頼してくる。デイナの大叔母アリスは、1943年、働いていた工場で転落死していた。しかし、アリスの元同僚マーサの証言から、他殺の可能性が浮上してきた。

チキン･リブ店を経営するリンカーン夫妻と従業員デレク、3人が殺された事件。2003年に起きたこの殺人事件の容疑者が見つかり、予備審問が行われることになった。ところが、容疑者にはアリバイがあることが判明。リリーらは、未解決事件として再捜査を始めた。