10年前に公害によって滅んでしまった街ゴーストシティで、調査隊が攻撃を受け全滅した。毒ガスの充満する街を調査するため、科学忍者隊はゴッドフェニックスの装甲を対ガスの防御皮膜で覆って発進。街がギャラクターの基地になっていることを突き止め、国連軍の攻撃によって壊滅させた。しかし、ギャラクターは汚染された海の底で、恐ろしい力を秘めた怪生物クラゲレンズを育てていた。

10年前に公害によって滅んでしまった街ゴーストシティで、調査隊が攻撃を受け全滅した。毒ガスの充満する街を調査するため、科学忍者隊はゴッドフェニックスの装甲を対ガスの防御皮膜で覆って発進。街がギャラクターの基地になっていることを突き止め、国連軍の攻撃によって壊滅させた。しかし、ギャラクターは汚染された海の底で、恐ろしい力を秘めた怪生物クラゲレンズを育てていた。

航海中の原子力客船が、ギャラクターの鉄獣アイス･キャンダーに襲われて消息を絶った。他にも空母や潜水艦など、原子力船ばかりが次々に消えているという。偵察機に撮影された海を移動する巨大氷山が怪しいと睨み、氷山の進行方向である北極へと飛ぶ科学忍者隊。そこで氷に覆われたギャラクターの基地を発見し、二人で潜入した健とジュンは、行方不明となっていた原子力客船を発見する。

航海中の原子力客船が、ギャラクターの鉄獣アイス・キャンダーに襲われて消息を絶った。他にも空母や潜水艦など、原子力船ばかりが次々に消えているという。偵察機に撮影された海を移動する巨大氷山が怪しいと睨み、氷山の進行方向である北極へと飛ぶ科学忍者隊。そこで氷に覆われたギャラクターの基地を発見し、二人で潜入した健とジュンは、行方不明となっていた原子力客船を発見する。

砂漠の人工湖が突然消え、別の場所に移動するという事件が発生。調査に向かった科学忍者隊は、現地の村の長老から古くから伝わる伝説を聞かされる。かつて燃える赤い砂の恩恵によって栄えた文明があったが、ある日突然砂が動き出し、今度は逆に滅ぼされたのだという。その夜、赤い砂を狙うギャラクターにさらわれてしまう長老。彼が忍者隊に残した首飾りの中には、その赤い砂が隠されていた。

砂漠の人工湖が突然消え、別の場所に移動するという事件が発生。調査に向かった科学忍者隊は、現地の村の長老から古くから伝わる伝説を聞かされる。かつて燃える赤い砂の恩恵によって栄えた文明があったが、ある日突然砂が動き出し、今度は逆に滅ぼされたのだという。その夜、赤い砂を狙うギャラクターにさらわれてしまう長老。彼が忍者隊に残した首飾りの中には、その赤い砂が隠されていた。

ギャラクターの鉄獣イブクロンが砂糖の原料を次々と強奪し、全世界が砂糖不足に陥ってしまう。市民の不安を煽り混乱させるのが目的と推測されるが、甘いものが大好きな竜は怒り心頭。南部博士の指令で出動した科学忍者隊は鉄獣を発見し、健、ジョー、竜の三人がその内部に侵入。だが、それに気付いたギャラクターが次々と罠を起動させ、健たちは次第に追い詰められていく。

ギャラクターの鉄獣イブクロンが砂糖の原料を次々と強奪し、全世界が砂糖不足に陥ってしまう。市民の不安を煽り混乱させるのが目的と推測されるが、甘いものが大好きな竜は怒り心頭。南部博士の指令で出動した科学忍者隊は鉄獣を発見し、健、ジョー、竜の三人がその内部に侵入。だが、それに気付いたギャラクターが次々と罠を起動させ、健たちは次第に追い詰められていく。

航空ショーに向かうトリタン国の巨大戦闘機ブルーホーク号。その護衛を命じられた科学忍者隊だったが、ブルーホーク号の搭乗員たちが既にギャラクターとすり替わっていることに気付かずにいた。それを察知した南部博士は特殊部隊レッドインパルスに出動を要請し、三機の赤い戦闘機がブルーホーク号を攻撃。しかし事情を知らない健はレッドインパルスが敵だったと勘違いし、G-1号機で追跡する。

航空ショーに向かうトリタン国の巨大戦闘機ブルーホーク号。その護衛を命じられた科学忍者隊だったが、ブルーホーク号の搭乗員たちが既にギャラクターとすり替わっていることに気付かずにいた。それを察知した南部博士は特殊部隊レッドインパルスに出動を要請し、三機の赤い戦闘機がブルーホーク号を攻撃。しかし事情を知らない健はレッドインパルスが敵だったと勘違いし、G-1号機で追跡する。

ある夜、突如アリの大群が原子力研究所を襲い、街は大停電に見舞われた。バードミサイルで堤防を破壊して、アリの群れを水で押し流した科学忍者隊は、その正体がギャラクターのアリロボットであったと知る。回収した一体を南部博士が修復して解放し、その後を追って基地を突き止めようとする忍者隊。歩き通しでようやく辿り着いた荒野の先には、巨大な塔のようなアリ塚がそびえ立っていた。

ある夜、突如アリの大群が原子力研究所を襲い、街は大停電に見舞われた。バードミサイルで堤防を破壊して、アリの群れを水で押し流した科学忍者隊は、その正体がギャラクターのアリロボットであったと知る。回収した一体を南部博士が修復して解放し、その後を追って基地を突き止めようとする忍者隊。歩き通しでようやく辿り着いた荒野の先には、巨大な塔のようなアリ塚がそびえ立っていた。

鉄獣サソリロケットを月面に送り込んだギャラクターは、無数の岩を地球に向かって打ち出して攻撃。各地を襲った隕石が全て月の石であると分析され、科学忍者隊はゴッドフェニックスで月へと飛び立った。しかし、忍者隊の接近に気付き、すぐさま鉄獣を地球へと呼び戻すギャラクター。それを阻止しようとする忍者隊であったがあえなく失敗し、地球に戻った鉄獣は街を火の海に変えていく。

鉄獣サソリロケットを月面に送り込んだギャラクターは、無数の岩を地球に向かって打ち出して攻撃。各地を襲った隕石が全て月の石であると分析され、科学忍者隊はゴッドフェニックスで月へと飛び立った。しかし、忍者隊の接近に気付き、すぐさま鉄獣を地球へと呼び戻すギャラクター。それを阻止しようとする忍者隊であったがあえなく失敗し、地球に戻った鉄獣は街を火の海に変えていく。

ギャラクターに対抗するため、海底基地の建設を急ぐ南部博士。しかしそれを察知したギャラクターは、完成を妨害するために、鉄獣で基地建設場所を探し出そうとする。一方、街の子供たちに科学忍者隊の中で一番人気が無いと言われた甚平は、手柄を立てて人気者になろうと考え、健たちに黙って出動。一人で鉄獣を倒そうとするのだが、逆に捕らわれた上に基地を発見されてしまう。

ギャラクターに対抗するため、海底基地の建設を急ぐ南部博士。しかしそれを察知したギャラクターは、完成を妨害するために、鉄獣で基地建設場所を探し出そうとする。一方、街の子供たちに科学忍者隊の中で一番人気が無いと言われた甚平は、手柄を立てて人気者になろうと考え、健たちに黙って出動。一人で鉄獣を倒そうとするのだが、逆に捕らわれた上に基地を発見されてしまう。

新型無公害航空機のテストパイロットとして飛び立った健であったが、カッツェンベルヒと名乗る覆面の怪人が乗った複葉機によって撃墜されてしまう。その正体がギャラクターの首領ベルクカッツェであると推理した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスでカッツェンベルヒの後を追う。しかし、強力なムチを装備した複葉機にはバードミサイルも通じない。その機体には、ウイスカーという超金属が使われていたのだ。

新型無公害航空機のテストパイロットとして飛び立った健であったが、カッツェンベルヒと名乗る覆面の怪人が乗った複葉機によって撃墜されてしまう。その正体がギャラクターの首領ベルクカッツェであると推理した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスでカッツェンベルヒの後を追う。しかし、強力なムチを装備した複葉機にはバードミサイルも通じない。その機体には、ウイスカーという超金属が使われていたのだ。

世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が、ギャラクターの小型ロボット･ミクロスによって奪われた。敵の基地があると思われる無人島を探索していた健、ジュン、甚平の三人は、潜んでいたギャラクター兵に捕らわれてしまう。しかしそれは、基地を発見するための科学忍者隊の作戦であった。だが、他に仲間がいるのではと警戒したギャラクターに、海底に待機中であったゴッドフェニックスが発見されてしまった。

世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が、ギャラクターの小型ロボット・ミクロスによって奪われた。敵の基地があると思われる無人島を探索していた健、ジュン、甚平の三人は、潜んでいたギャラクター兵に捕らわれてしまう。しかしそれは、基地を発見するための科学忍者隊の作戦であった。だが、他に仲間がいるのではと警戒したギャラクターに、海底に待機中であったゴッドフェニックスが発見されてしまった。

沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、海洋開発船がギャラクターが操る幽霊戦艦に撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追跡した科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見。戦艦の内部に隠れていた戦闘円盤の大群と交戦になるが、敵の多さについにバードミサイルが尽きてしまった。その時、そこに現れた三機の赤い戦闘機が、次々と敵を撃破していく。

沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、海洋開発船がギャラクターが操る幽霊戦艦に撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追跡した科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見。戦艦の内部に隠れていた戦闘円盤の大群と交戦になるが、敵の多さについにバードミサイルが尽きてしまった。その時、そこに現れた三機の赤い戦闘機が、次々と敵を撃破していく。

ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源を秘密裏に奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が発生するとの情報から、健は地震研究所を訪ねる。しかし、研究所の所長に話を聞いている途中、突如大地震が発生して所長が地割れに飲み込まれてしまった。墓前で彼を救えなかったことを悔やむ健。そこへ突然、健をギャラクターと思い込んで襲い掛かってきたのは、所長の娘ナオミであった。

ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源を秘密裏に奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が発生するとの情報から、健は地震研究所を訪ねる。しかし、研究所の所長に話を聞いている途中、突如大地震が発生して所長が地割れに飲み込まれてしまった。墓前で彼を救えなかったことを悔やむ健。そこへ突然、健をギャラクターと思い込んで襲い掛かってきたのは、所長の娘ナオミであった。

不可解な旅客機墜落事故の調査のために飛行場を訪れた健は、死んだ機長の息子･誠と、その叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ、毎日飛行場で待ち続けているのだという。更に調査を進めるため墜落現場を探索していた健は、空を飛ぶミイラのような巨人に襲われた。報告を受けた南部博士は、そのミイラ巨人には強力なエネルギーを放出する、プラトニウムＸが使用されていると分析する。

不可解な旅客機墜落事故の調査のために飛行場を訪れた健は、死んだ機長の息子・誠と、その叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ、毎日飛行場で待ち続けているのだという。更に調査を進めるため墜落現場を探索していた健は、空を飛ぶミイラのような巨人に襲われた。報告を受けた南部博士は、そのミイラ巨人には強力なエネルギーを放出する、プラトニウムXが使用されていると分析する。

宇宙から地球に眠る資源を探索、記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、地球へ帰還すると同時に着水地点から姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球上の全てのウラン鉱の奪取を狙う、ギャラクターの犯行であった。南部博士の指令によって出動した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスで海底を捜索中、突如発生した謎の大渦に襲われる。

宇宙から地球に眠る資源を探索、記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、地球へ帰還すると同時に着水地点から姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球上の全てのウラン鉱の奪取を狙う、ギャラクターの犯行であった。南部博士の指令によって出動した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスで海底を捜索中、突如発生した謎の大渦に襲われる。

世界各国で謎の巨大メカに貯蔵庫が襲われ、ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁(通称ISO)の南部博士は、この事件が世界征服を企む悪の組織ギャラクターの仕業であると推測。健、ジョー、ジュン、甚平、竜の五人の少年少女によって密かに結成していた特殊部隊･科学忍者隊を招集した。南部博士から敵の本拠地捜索の指令を受けた忍者隊は、大型戦闘偵察機ゴッドフェニックスに乗り込み出動する。

世界各国で謎の巨大メカに貯蔵庫が襲われ、ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁（通称ISO）の南部博士は、この事件が世界征服を企む悪の組織ギャラクターの仕業であると推測。健、ジョー、ジュン、甚平、竜の五人の少年少女によって密かに結成していた特殊部隊・科学忍者隊を招集した。南部博士から敵の本拠地捜索の指令を受けた忍者隊は、大型戦闘偵察機ゴッドフェニックスに乗り込み出動する。