霧に包まれた北の孤島･アシカ島で密かに操業していたISOの秘密採掘場が、ギャラクターに発見されてしまった。採掘していたのが高エネルギーを含む鉱石･カエナインであると知ったギャラクターは、略奪のため島の攻撃を開始。取り残された作業員たちを救おうと島へと向かった科学忍者隊は、敵の猛攻撃の中、彼らを逃がすため島に生息するアシカの群れを利用した脱出計画を立てる。

霧に包まれた北の孤島・アシカ島で密かに操業していたISOの秘密採掘場が、ギャラクターに発見されてしまった。採掘していたのが高エネルギーを含む鉱石・カエナインであると知ったギャラクターは、略奪のため島の攻撃を開始。取り残された作業員たちを救おうと島へと向かった科学忍者隊は、敵の猛攻撃の中、彼らを逃がすため島に生息するアシカの群れを利用した脱出計画を立てる。

総裁Xにこれまでの数々の失敗を叱責されたベルクカッツェは、汚名返上のためにギャラクターの科学力を結集し、最強のメカ･アルケオを作製。襲撃予告をして科学忍者隊を誘き出そうとするが、ゴッドフェニックスでは勝てないと分析した南部博士は、忍者隊の出動を禁じる。納得できない健たちは博士の命令を無視して出撃するのだが、アルケオの強力な衝撃波の前に返り討ちに合ってしまう。

総裁Xにこれまでの数々の失敗を叱責されたベルクカッツェは、汚名返上のためにギャラクターの科学力を結集し、最強のメカ・アルケオを作製。襲撃予告をして科学忍者隊を誘き出そうとするが、ゴッドフェニックスでは勝てないと分析した南部博士は、忍者隊の出動を禁じる。納得できない健たちは博士の命令を無視して出撃するのだが、アルケオの強力な衝撃波の前に返り討ちに合ってしまう。

長きに渡り続いていたビエン国とアメリア国の紛争が終結。引き裂かれていた恋人ロミナとジュリアは互いの国の平和の象徴として結婚し、新婚旅行へ出掛けることになった。だが、戦争の混乱に乗じて両国の地下資源を狙っていたギャラクターは、二人を利用して再び争いを起こそうと計画。その動きを察知した科学忍者隊は護衛を開始するが、旅客機に潜り込んでいた敵に二人をさらわれてしまう。

長きに渡り続いていたビエン国とアメリア国の紛争が終結。引き裂かれていた恋人ロミナとジュリアは互いの国の平和の象徴として結婚し、新婚旅行へ出掛けることになった。だが、戦争の混乱に乗じて両国の地下資源を狙っていたギャラクターは、二人を利用して再び争いを起こそうと計画。その動きを察知した科学忍者隊は護衛を開始するが、旅客機に潜り込んでいた敵に二人をさらわれてしまう。

休暇中の竜がヒッチハイクした車は、殺人犯ばかりを収容しているジンジン刑務所へと向かう囚人護送車だった。しかも、その車に乗っていたのは実はギャラクターで、刑務所を乗っ取り囚人たちを仲間に引き入れようと計画していた。巻き込まれた竜は、敵の本部を探るために独断で仲間になる振りをすることに。一方、事件を知った科学忍者隊もまた、これを利用し本部を探るための作戦を開始する。

休暇中の竜がヒッチハイクした車は、殺人犯ばかりを収容しているジンジン刑務所へと向かう囚人護送車だった。しかも、その車に乗っていたのは実はギャラクターで、刑務所を乗っ取り囚人たちを仲間に引き入れようと計画していた。巻き込まれた竜は、敵の本部を探るために独断で仲間になる振りをすることに。一方、事件を知った科学忍者隊もまた、これを利用し本部を探るための作戦を開始する。

総裁Xが作曲した殺人ミュージックを演奏させるため、カッツェは若者に人気のロックバンド･デーモン5を誘拐。飛行マシン･ソニックメカから録音した曲を流し、その恐るべき音楽によって街を破壊する。一方、デーモン5のファンであったジュンは、演奏の中に異音が含まれていることに気付く。それは、密かにギャラクターの秘密基地の場所を知らせる、デーモン5からのSOSであった。

総裁Xが作曲した殺人ミュージックを演奏させるため、カッツェは若者に人気のロックバンド・デーモン5を誘拐。飛行マシン・ソニックメカから録音した曲を流し、その恐るべき音楽によって街を破壊する。一方、デーモン5のファンであったジュンは、演奏の中に異音が含まれていることに気付く。それは、密かにギャラクターの秘密基地の場所を知らせる、デーモン5からのSOSであった。

ジゴキラーの増殖を抑えるため、ジュンが飲み込まれていると知りつつも群れを焼き払った科学忍者隊。しかし、彼女を見殺しにしてしまったという事実に、仲間たちの結束はバラバラになってしまう。忍者隊としての任務に嫌気が差し、南部博士の呼び出しにも応じない健。しかし、そこにレッドインパルスの隊長が現れ、拳を振るって健にリーダーとしての心得を諭そうとするのだった。

ジゴキラーの増殖を抑えるため、ジュンが飲み込まれていると知りつつも群れを焼き払った科学忍者隊。しかし、彼女を見殺しにしてしまったという事実に、仲間たちの結束はバラバラになってしまう。忍者隊としての任務に嫌気が差し、南部博士の呼び出しにも応じない健。しかし、そこにレッドインパルスの隊長が現れ、拳を奮って健にリーダーとしての心得を諭そうとするのだった。

ギャラクターが世界中にばら撒いた白い胞子が、動き回る巨大植物に成長。雨の日に女性ばかりを襲い始め、一人店にいたジュンにも襲い掛かった。これを撃退したジュンの証言から、南部博士は植物が古代の食肉植物ジゴキラーであると推測。ジュンは博士が開発した、どんな圧力にも耐えうる深海用カプセルを着込んでジゴキラーを捕らえようとするが、不意をつかれ飲み込まれてしまった。

ギャラクターが世界中にばら撒いた白い胞子が、動き回る巨大植物に成長。雨の日に女性ばかりを襲い始め、一人店にいたジュンにも襲い掛かった。これを撃退したジュンの証言から、南部博士は植物が古代の食肉植物ジゴキラーであると推測。ジュンは博士が開発した、どんな圧力にも耐えうる深海用カプセルを着込んでジゴキラーを捕らえようとするが、不意をつかれ飲み込まれてしまった。

砂漠に建設された、様々な最先端技術を取り入れた無公害都市。その落成式に南部博士が招待され、科学忍者隊もそれに同行。考古学者ムカシスキー博士の恐竜模型などが行進するパレードを観覧した。しかしその夜、何者かが暴れ回り街を破壊。被害者から恐竜が犯人だと聞いた健は、恐竜博覧会の会場に侵入するが、機械の植物に襲われて下水溝に転落。しかもその際、ブレスレットを落としてしまった。

砂漠に建設された、様々な最先端技術を取り入れた無公害都市。その落成式に南部博士が招待され、科学忍者隊もそれに同行。考古学者ムカシスキー博士の恐竜模型などが行進するパレードを観覧した。しかしその夜、何者かが暴れ回り街を破壊。被害者から恐竜が犯人だと聞いた健は、恐竜博覧会の会場に侵入するが、機械の植物に襲われて下水溝に転落。しかもその際、ブレスレットを落としてしまった。

太陽エネルギーの世界的な研究者、三輪博士がギャラクターに拉致された。捕らわれる直前、博士は愛犬のタローを逃がし南部博士に危機を伝える。博士が消息を絶った雪山の湖へと向かった科学忍者隊は、タローを案内役にして敵の基地へと侵入。しかし、それを察知したカッツェによって忍者隊も捕らわれてしまう。そしてついに、三輪博士の技術を搭載した鉄獣レンジラーが完成しようとしていた。

太陽エネルギーの世界的な研究者、三輪博士がギャラクターに拉致された。捕らわれる直前、博士は愛犬のタローを逃がし南部博士に危機を伝える。博士が消息を絶った雪山の湖へと向かった科学忍者隊は、タローを案内役にして敵の基地へと侵入。しかし、それを察知したカッツェによって忍者隊も捕らわれてしまう。そしてついに、三輪博士の技術を搭載した鉄獣レンジラーが完成しようとしていた。

海で夜釣りの最中、科学調査船を襲撃する鉄獣を目撃した男の子二人とその父親。遭難して海を漂う親子を救出した科学忍者隊であったが、彼らは目撃したことを隠して話そうとしない。その言動から灯台が怪しいと推測した忍者隊は付近を捜索中、サイボーグ山猫に襲われている兄弟を発見。助けて情報を聞き出そうとするが、二人は灯台への抜け道を教える代わりに、忍者隊に入れろとせがんでくる。

海で夜釣りの最中、科学調査船を襲撃する鉄獣を目撃した男の子二人とその父親。遭難して海を漂う親子を救出した科学忍者隊であったが、彼らは目撃したことを隠して話そうとしない。その言動から灯台が怪しいと推測した忍者隊は付近を捜索中、サイボーグ山猫に襲われている兄弟を発見。助けて情報を聞き出そうとするが、二人は灯台への抜け道を教える代わりに、忍者隊に入れろとせがんでくる。

砂漠の小さな国ドリア王国は、石油の利権を独占しようとする国王と、それに対立し民衆の支持を得るアリ王子との内乱が続いていた。事態を打開するため、王子は科学忍者隊に救援を要請。王国に潜入した忍者隊は王子が率いる反政府ゲリラと接触する。しかし、父である国王と対立する王子に、健は父親と生き別れた自分を重ね、話し合いで解決出来ないのかと諭そうとするのだった。

砂漠の小さな国ドリア王国は、石油の利権を独占しようとする国王と、それに対立し民衆の支持を得るアリ王子との内乱が続いていた。事態を打開するため、王子は科学忍者隊に救援を要請。王国に潜入した忍者隊は王子が率いる反政府ゲリラと接触する。しかし、父である国王と対立する王子に、健は父親と生き別れた自分を重ね、話し合いで解決出来ないのかと諭そうとするのだった。

突如空に現れたオーロラから放射された光線を浴びた人間が錯乱し、それにより各地で大事故が引き起こされた。それは鉄獣サンダーザウルスによる、人間の脳波を動物の物に変えてしまうという攻撃であり、これを浴びた竜は猫の脳波にされてしまう。しかもギャラクターは、この光線で南部博士をも攻撃。猿の脳波にされた博士は、三日月サンゴ礁基地の自爆スイッチを入れようとしてしまう。

突如空に現れたオーロラから放射された光線を浴びた人間が錯乱し、それにより各地で大事故が引き起こされた。それは鉄獣サンダーザウルスによる、人間の脳波を動物の物に変えてしまうという攻撃であり、これを浴びた竜は猫の脳波にされてしまう。しかもギャラクターは、この光線で南部博士をも攻撃。猿の脳波にされた博士は、三日月サンゴ礁基地の自爆スイッチを入れようとしてしまう。

ついに鉄獣ゲゾラがロンパーク市への攻撃を開始するが、南部博士はジュンと甚平を欠く科学忍者隊に待機命令を下す。しかし、街に潜んだ忍者隊を燻り出そうと市民に銃を向けるカッツェに対し、健たちは三人でこれを撃退。だがこれにより、カッツェは捕らえたジュンと甚平が忍者隊ではないかと、益々疑いを深めることになってしまう。そこで健は、カッツェの目を欺く作戦を思いつく。

ついに鉄獣ゲゾラがロンパーク市への攻撃を開始するが、南部博士はジュンと甚平を欠く科学忍者隊に待機命令を下す。しかし、街に潜んだ忍者隊を燻り出そうと市民に銃を向けるカッツェに対し、健たちは三人でこれを撃退。だがこれにより、カッツェは捕らえたジュンと甚平が忍者隊ではないかと、益々疑いを深めることになってしまう。そこで健は、カッツェの目を欺く作戦を思いつく。

ロンパーク市にベルクカッツェからの攻撃予告が入り、鉄獣ゲゾラが警備中の巡洋艦を襲った。駆けつけた科学忍者隊は鉄獣の後を追うが見失ってしまい、敵はそのまま行方をくらます。正体がバレるのを防ぐためにブレスレットを外し、市民に紛れて敵の動向を探ろうとする忍者隊。街を偵察中、暴漢に襲われている女性を助けたジュンと甚平は、お礼にと彼女に屋敷へと招待されるのだが…。

ロンパーク市にベルクカッツェからの攻撃予告が入り、鉄獣ゲゾラが警備中の巡洋艦を襲った。駆けつけた科学忍者隊は鉄獣の後を追うが見失ってしまい、敵はそのまま行方をくらます。正体がバレるのを防ぐためにブレスレットを外し、市民に紛れて敵の動向を探ろうとする忍者隊。街を偵察中、暴漢に襲われている女性を助けたジュンと甚平は、お礼にと彼女に屋敷へと招待されるのだが・・・・・・。

南部博士を乗せたジョーの車が、ギャラクターの女性部隊･デブルスターに襲われた。今後は博士の警護を固めようとする健たちに対し、ジョーは逆に攻撃に出るべきだと主張して対立。憂さを晴らす為に一人サーキットで車を飛ばしていたジョーは、クラッシュして投げ出された女性を救った。一方、海底牧場に赤潮が発生し、南部博士は健と共に大陸横断列車で調査に向かうことになった。

南部博士を乗せたジョーの車が、ギャラクターの女性部隊・デブルスターに襲われた。今後は博士の警護を固めようとする健たちに対し、ジョーは逆に攻撃に出るべきだと主張して対立。憂さを晴らす為に一人サーキットで車を飛ばしていたジョーは、クラッシュして投げ出された女性を救った。一方、海底牧場に赤潮が発生し、南部博士は健と共に大陸横断列車で調査に向かうことになった。

姿が見えない鉄獣カミソラールが世界各地で暴れ回り、重要施設を次々に火の海に変えていった。出動した科学忍者隊は白い靄のような姿の敵に遭遇するが、ゴッドフェニックスは正体不明の攻撃に手も足も出ず退却。勝利を確信したカッツェの次の破壊予告が届く中、敵の映像を分析した南部博士はその正体と弱点を分析。ISOの人工降雨計画を利用した、鉄獣の攻略法を思いつく。

姿が見えない鉄獣カミソラールが世界各地で暴れ回り、重要施設を次々に火の海に変えていった。出動した科学忍者隊は白い靄のような姿の敵に遭遇するが、ゴッドフェニックスは正体不明の攻撃に手も足も出ず退却。勝利を確信したカッツェの次の破壊予告が届く中、敵の映像を分析した南部博士はその正体と弱点を分析。ISOの人工降雨計画を利用した、鉄獣の攻略法を思いつく。

甚平は竜と一緒に、かつてジュンと共に育ったしらゆき孤児院を訪れる。キックボクシングを見たいという子供たちを連れて試合会場に行くと、試合は謎の覆面ボクサー･ギャラックXの勝利に終わった。しかし控え室を覗いた子供たちはギャラックXの反則を知り、見つかって車で連れ去られてしまう。後を追った甚平は孤児院裏の建物に辿り着くが、そこはギャラクターの基地であった。

甚平は竜と一緒に、かつてジュンと共に育ったしらゆき孤児院を訪れる。キックボクシングを見たいという子供たちを連れて試合会場に行くと、試合は謎の覆面ボクサー・ギャラックXの勝利に終わった。しかし控え室を覗いた子供たちはギャラックXの反則を知り、見つかって車で連れ去られてしまう。後を追った甚平は孤児院裏の建物に辿り着くが、そこはギャラクターの基地であった。

ギャラクターは姿を不可視化する透明戦車を使って、衆人環視の中で次々に子供たちを誘拐。カッツェは集めた子供たちの脳波から不定形の怪物アルファギラーを作り出し、ISOビルへと侵入させてマントル計画の秘密書類の内容を入手してしまう。その直後、透明戦車によるマントル計画重要施設の攻撃が始まるが、見えない敵に科学忍者隊は手を出すことが出来ずにいた。

ギャラクターは姿を不可視化する透明戦車を使って、衆人環視の中で次々に子供たちを誘拐。カッツェは集めた子供たちの脳波から不定形の怪物アルファギラーを作り出し、ISOビルへと侵入させてマントル計画の秘密書類の内容を入手してしまう。その直後、透明戦車によるマントル計画重要施設の攻撃が始まるが、見えない敵に科学忍者隊は手を出すことが出来ずにいた。

ギャラクターを裏切ったという女から、金と引き換えにギャラクター本部の情報を渡すとISOに取り引きが持ち掛けられた。事の真相を確かめるため、ジョーはその女、ルシーと共にアフリカ横断の耐久ラリーに出場することに。ギャラクターのメカ動物が次々と襲い来る中、執念とも言える勝利へのこだわりを見せるルシーと共に、ジョーはラリーカーを駆って過酷な自然の中を疾走する。

ギャラクターを裏切ったという女から、金と引き換えにギャラクター本部の情報を渡すとISOに取り引きが持ち掛けられた。事の真相を確かめるため、ジョーはその女、ルシーと共にアフリカ横断の耐久ラリーに出場することに。ギャラクターのメカ動物が次々と襲い来る中、執念とも言える勝利へのこだわりを見せるルシーと共に、ジョーはラリーカーを駆って過酷な自然の中を疾走する。

任務中の竜の居眠りによってゴッドフェニックスに合体出来ず、ISOの船舶が鉄獣に破壊されてしまった。責任を取って自ら科学忍者隊を辞め、ブレスレットを返して故郷の漁村に戻る竜。だが村では、謎の毒物によって魚が汚染されるという事件が発生していた。忍者隊と南部博士が調査のために村へとやってくるが、竜は自分一人で事件を解決しようと、健の制止を振り切って海底へ向かう。

任務中の竜の居眠りによってゴッドフェニックスに合体出来ず、ISOの船舶が鉄獣に破壊されてしまった。責任を取って自ら科学忍者隊を辞め、ブレスレットを返して故郷の漁村に戻る竜。だが村では、謎の毒物によって魚が汚染されるという事件が発生していた。忍者隊と南部博士が調査のために村へとやってくるが、竜は自分一人で事件を解決しようと、健の制止を振り切って海底へ向かう。

ISOの火山研究所が、鉄獣マグマ巨人に破壊された。調査に向かった科学忍者隊は、壊滅した研究所の近くで巨人の足跡を発見。足跡は火山の火口まで続いていたが、溶岩の温度にゴッドフェニックスが耐えられず追跡を断念せざるを得なかった。しかしそこに、溶岩の中からマグマ巨人が出現し襲い掛かってきた。その姿を見たジョーは、巨人の顔が自然公園の岸壁に掘られた像に似ていると思い出す。

ISOの火山研究所が、鉄獣マグマ巨人に破壊された。調査に向かった科学忍者隊は、壊滅した研究所の近くで巨人の足跡を発見。足跡は火山の火口まで続いていたが、溶岩の温度にゴッドフェニックスが耐えられず追跡を断念せざるを得なかった。しかしそこに、溶岩の中からマグマ巨人が出現し襲い掛かってきた。その姿を見たジョーは、巨人の顔が自然公園の岸壁に掘られた像に似ていると思い出す。

ISO本部に勤める科学者たちが、次々に殺害される事件が発生。科学者を影ながら護衛していた健は、ギャラクターの特殊部隊ブラックバード隊に遭遇。取り囲まれるが、なんとかこれを撃退する。その夜、今度はジュンと甚平が護衛する科学者の車が、全身ネオンの様に光り輝く巨人に襲われた。なんとか科学者を逃がした二人だったが、巨人の攻撃によって谷底に突き落とされてしまった。

ISO本部に勤める科学者たちが、次々に殺害される事件が発生。科学者を影ながら護衛していた健は、ギャラクターの特殊部隊ブラックバード隊に遭遇。取り囲まれるが、なんとかこれを撃退する。その夜、今度はジュンと甚平が護衛する科学者の車が、全身ネオンの様に光り輝く巨人に襲われた。なんとか科学者を逃がした二人だったが、巨人の攻撃によって谷底に突き落とされてしまった。

圧倒的な強さを誇る鉄獣メカ･ボールが暴れ回り、次々と街を破壊していく。その弱点を見出せない南部博士は科学忍者隊の出動を禁じ、健もそれに同意する。納得の行かない他のメンバーは博士の指令を無視して勝手に出撃するのだが、合流した健はリーダーとしてゴッドフェニックスを帰還させた。敵に手も足も出せないことに一人悩む健。しかし、ふとしたことからついに攻略法を思いつく。

圧倒的な強さを誇る鉄獣メカ・ボールが暴れ回り、次々と街を破壊していく。その弱点を見出せない南部博士は科学忍者隊の出動を禁じ、健もそれに同意する。納得の行かない他のメンバーは博士の指令を無視して勝手に出撃するのだが、合流した健はリーダーとしてゴッドフェニックスを帰還させた。敵に手も足も出せないことに一人悩む健。しかし、ふとしたことからついに攻略法を思いつく。

世界最大の海底ウラン採掘場が、鉄獣キングドラゴンの襲撃によってギャラクターに奪われた。ISOの強力な飛行空母マンモスタイガー三機でさえも太刀打ち出来なかったことから、南部博士は科学忍者隊への出動要請を退ける。だが、健は博士の命令に従わず、決死の覚悟で仲間と共に出撃。しかし、科学忍法火の鳥を超える高熱を吐く鉄獣の攻撃に、ゴッドフェニックスは撃墜されてしまった。

世界最大の海底ウラン採掘場が、鉄獣キングドラゴンの襲撃によってギャラクターに奪われた。ISOの強力な飛行空母マンモスタイガー三機でさえも太刀打ち出来なかったことから、南部博士は科学忍者隊への出動要請を退ける。だが、健は博士の命令に従わず、決死の覚悟で仲間と共に出撃。しかし、科学忍法火の鳥を越える高熱を吐く鉄獣の攻撃に、ゴッドフェニックスは撃墜されてしまった。

名馬グランプリで優勝した馬は、南部博士の先輩であるヘンジンマン博士の造ったサイボーグ馬であった。ヘンジンマン博士を誘拐し、組織のために研究させようとするギャラクター。しかし、博士は対面したギャラクターの謎の支配者･総裁Ｘの正体を見破ったと言い放ち、逆に自分を副総裁にしろと要求する。一方、博士の行方を追っていた科学忍者隊は、サイボーグ馬の群れがダムを破壊する現場に遭遇する。

名馬グランプリで優勝した馬は、南部博士の先輩であるヘンジンマン博士の造ったサイボーグ馬であった。ヘンジンマン博士を誘拐し、組織のために研究させようとするギャラクター。しかし、博士は対面したギャラクターの謎の支配者・総裁Xの正体を見破ったと言い放ち、逆に自分を副総裁にしろと要求する。一方、博士の行方を追っていた科学忍者隊は、サイボーグ馬の群れがダムを破壊する現場に遭遇する。

街で鉄獣モグラタンクが暴れる中、子犬を救おうとするジョー。しかし爆風で飛んできた鉄の破片が頭に直撃し、昏睡状態に陥ってしまった。しかも破片は脳の危険箇所に触れており、手術で取り出すことが出来ない。唯一救う方法と考えられた遠心分離機での除去も失敗に終わってしまった。そんな中、鉄獣が再び街を襲い、ジョーの身を案じつつも科学忍者隊は出撃するのだが…。

街で鉄獣モグラタンクが暴れる中、子犬を救おうとするジョー。しかし爆風で飛んできた鉄の破片が頭に直撃し、昏睡状態に陥ってしまった。しかも破片は脳の危険箇所に触れており、手術で取り出すことが出来ない。唯一救う方法と考えられた遠心分離機での除去も失敗に終わってしまった。そんな中、鉄獣が再び街を襲い、ジョーの身を案じつつも科学忍者隊は出撃するのだが・・・・・・。

カーレースと賭博で有名なルーマン王国は、ギャラクターと手を組みその資金源となっていた。現状を憂いた王子のルーカー殿下は、レースに乗じて科学忍者隊と接触し、ギャラクターの情報を渡そうとする。しかし、ルーカーの計画は察知され、情報を収めたマイクロフィルムは敵の手に。追跡してなんとかフィルムを取り返した忍者隊とルーカーだったが、カッツェに基地へと誘い込まれてしまった。

カーレースと賭博で有名なルーマン王国は、ギャラクターと手を組みその資金源となっていた。現状を憂いた王子のルーカー殿下は、レースに乗じて科学忍者隊と接触し、ギャラクターの情報を渡そうとする。しかし、ルーカーの計画は察知され、情報を収めたマイクロフィルムは敵の手に。追跡してなんとかフィルムを取り返した忍者隊とルーカーだったが、カッツェに基地へと誘い込まれてしまった。

巨大鯨が石油コンビナートを破壊したとの情報を受け、海上を調査する科学忍者隊。発見したギャラクターの巨鯨潜水艦は、本物の鯨の群れを蹴散らして逃走。生き残った子鯨をシャチの群れから助けようとする甚平に、健たちは仕方なく手を貸してやる。しかし、その間に各地が攻撃され、南部博士の厳しい叱責を受けることに。発信機を取り付けた子鯨の動きから、氷河地帯に敵基地があると睨んだ博士は再び出動命令を下す。

巨大鯨が石油コンビナートを破壊したとの情報を受け、海上を調査する科学忍者隊。発見したギャラクターの巨鯨潜水艦は、本物の鯨の群れを蹴散らして逃走。生き残った子鯨をシャチの群れから助けようとする甚平に、健たちは仕方なく手を貸してやる。しかし、その間に各地が攻撃され、南部博士の厳しい叱責を受けることに。発信機を取り付けた子鯨の動きから、氷河地帯に敵基地があると睨んだ博士は再び出動命令を下す。

街でカブト虫を見つけて、家へと持ち帰った甚平と三人の子供たち。しかしその夜、カブト虫は巨大化して鉄獣カブトロンとなり、寝ている甚平たちを内部に収納して街で暴れ始めた。実は人間の子供の暴力的本能に目を付けた総裁Xの指示によって造られたカブトロンは、子供の脳波により破壊活動を行う鉄獣だった。しかも子供を人質に取られた形でもあり、科学忍者隊は迂闊に攻撃することも出来なかった。

街でカブト虫を見つけて、家へと持ち帰った甚平と三人の子供たち。しかしその夜、カブト虫は巨大化して鉄獣カブトロンとなり、寝ている甚平たちを内部に収納して街で暴れ始めた。実は人間の子供の暴力的本能に目を付けた総裁Xの指示によって造られたカブトロンは、子供の脳波により破壊活動を行う鉄獣だった。しかも子供を人質に取られた形でもあり、化学忍者隊は迂闊に攻撃することも出来なかった。

ISOの無人工場をギャラクターが乗っ取り、鉄獣メカニカを作り出してしまった。出動した科学忍者隊を退け、追跡を振り切って何処かへ消える鉄獣。バードミサイルも効かないメカニカを倒すためには、敵の基地を探し出して設計図が写されたマイクロフィルムを手に入れなければならない。一方、ギャラクターの基地がトンネルに隠されていると推測した甚平は、一人で捜査を進めていた。

ISOの無人工場をギャラクターが乗っ取り、鉄獣メカニカを作り出してしまった。出動した科学忍者隊を退け、追跡を振り切って何処かへ消える鉄獣。バードミサイルも効かないメカニカを倒すためには、敵の基地を探し出して設計図が写されたマイクロフィルムを手に入れなければならない。一方、ギャラクターの基地がトンネルに隠されていると推測した甚平は、一人で捜査を進めていた。