ギャラクターの戦闘機の編隊が、ISOの施設を襲った。敵機はエネルギー補給のため、海上に現れた鉄獣ジャンボシャコラへ帰還するが、その様子を偶然竜の父親が目撃して、漁船が攻撃されてしまう。パトロール中の科学忍者隊は、次の攻撃目標へと向かう鉄獣に遭遇。しかし、弟の誠二に父親が遭難したと聞いた竜は出動に遅れ、忍者隊はゴッドフェニックスに合体出来ずに施設は破壊されてしまった。

ギャラクターの戦闘機の編隊が、ISOの施設を襲った。敵機はエネルギー補給のため、海上に現れた鉄獣ジャンボシャコラへ帰還するが、その様子を偶然竜の父親が目撃して、漁船が攻撃されてしまう。パトロール中の科学忍者隊は、次の攻撃目標へと向かう鉄獣に遭遇。しかし、弟の誠二に父親が遭難したと聞いた竜は出動に遅れ、忍者隊はゴッドフェニックスに合体出来ずに施設は破壊されてしまった。

超バードミサイルによって氷河の底に沈んだ鉄獣マンモスーンが復活。太陽研究所を攻撃しようと上陸し、その手前の遊園地へと侵入した。ちょうど遊びに来ていたジュンと甚平は、逃げる子供たちを守ろうとするのだが、その際にジュンは靴を片方落としてしまう。退却する鉄獣の足に挟まったまま靴はギャラクターの基地に持ち去られ、発見されて解析され、ついにバードスーツの変身の秘密が明かされてしまう。

超バードミサイルによって氷河の底に沈んだ鉄獣マンモスーンが復活。太陽研究所を攻撃しようと上陸し、その手前の遊園地へと侵入した。ちょうど遊びに来ていたジュンと甚平は、逃げる子供たちを守ろうとするのだが、その際にジュンは靴を片方落としてしまう。退却する鉄獣の足に挟まったまま靴はギャラクターの基地に持ち去られ、発見されて解析され、ついにバードスーツの変身の秘密が明かされてしまう。

激闘の末に鉄獣を倒した科学忍者隊であったが、メカの爆発の直前にベルクカッツェが逃走。南部博士の命令により、忍者隊はカッツェを捕らえるためにその後を追う。しかし、カッツェが逃げ込んだジャングルには、様々な罠が張り巡らされており、追跡する忍者隊に襲いかかる。しかも、G-4号機でカッツェに迫った甚平をギャラクターの特殊部隊が襲い、甚平が捕らえられてしまった。

激闘の末に鉄獣を倒した科学忍者隊であったが、メカの爆発の直前にベルクカッツェが逃走。南部博士の命令により、忍者隊はカッツェを捕らえるためにその後を追う。しかし、カッツェが逃げ込んだジャングルには、様々な罠が張り巡らされており、追跡する忍者隊に襲いかかる。しかも、G-4号機でカッツェに迫った甚平をギャラクターの特殊部隊が襲い、甚平が捕らえられてしまった。

昆虫学者の戸田は、世界最大のジャングルでトノサマバッタの異常発生と遭遇したが、誰にも信じてもらえないと言う。そこで真相を確かめるために、戸田と共にジャングルへと向かった甚平であったが、バッタの群れに襲われて飛行機が墜落。通信も届かずジャングルに取り残されてしまった二人に、ギャラクターによって操られたバッタの大群が襲い掛かろうとしていた。

昆虫学者の戸田は、世界最大のジャングルでトノサマバッタの異常発生と遭遇したが、誰にも信じてもらえないと言う。そこで真相は確かめるために、戸田と共にジャングルへと向かった甚平であったが、バッタの群れに襲われて飛行機が墜落。通信も届かずジャングルに取り残されてしまった二人に、ギャラクターによって操られたバッタの大群が襲い掛かろうとしていた。

ヒマラヤ山中に雪男が現れるという噂を聞いた甚平は、一人で雪男捜索に出掛けてしまう。麓は同じように噂を聞いて押しかけた観光客だらけであったが、その夜、客たちが泊まるテント群を巨大な雪男が襲った。翌朝、雪の上で目を覚ました甚平の前に現れたのは、ギャラクターの兵士たち。自分のことをギャラクターに憧れる悪童だとごまかした甚平は、基地の雑用係として雇われてしまう。

ヒマラヤ山中に雪男が現れるという噂を聞いた甚平は、一人で雪男捜索に出掛けてしまう。麓は同じように噂を聞いて押しかけた観光客だらけであったが、その夜、客たちが泊まるテント群を巨大な雪男が襲った。翌朝、雪の上で目を覚ました甚平の前に現れたのは、ギャラクターの兵士たち。自分のことをギャラクターに憧れる悪童だとごまかした甚平は、基地の雑用係として雇われてしまう。

身体中の水分を吸い取られミイラ化するという殺人事件が続発。パトロール中のジョーは、謎のマネキン型ロボットの群れに襲われていた少女を助ける。しかし救助を優先し、連絡を入れなかったことを責める健と意見が対立。基地を飛び出したジョーは、少女の入院する病院を訪れるが、そこで看護士が謎の発光体に襲われミイラ化し、直後に少女が病室から抜け出すのを目撃して後を追う。

身体中の水分を吸い取られミイラ化するという殺人事件が続発。パトロール中のジョーは、謎のマネキン型ロボットの群れに襲われていた少女を助ける。しかし救助を優先し、連絡を入れなかったことを責める健と意見が対立。基地を飛び出したジョーは、少女の入院する病院を訪れるが、そこで看護士が謎の発光体に襲われミイラ化し、直後に少女が病室から抜け出すのを目撃して後を追う。

砂漠のショースケン王国にギャラクターが侵入したと情報があり、居所を調査していた王国の兵士たちが全滅。科学忍者隊も調査を開始するが、そんな中、甚平は町のトウモロコシ売りのおばさんに、死んだ息子と間違えられる。母の温もりが恋しい甚平も悪い気がせず、二人は町にいる間親子として暮らすことに。その夜、町外れの古墳が怪しいと睨んだ甚平は、一人おばさんの家を抜け出すが…。

砂漠のショースケン王国にギャラクターが侵入したと情報があり、居所を調査していた王国の兵士たちが全滅。科学忍者隊も調査を開始するが、そんな中、甚平は町のトウモロコシ売りのおばさんに、死んだ息子と間違えられる。母の温もりが恋しい甚平も悪い気がせず、二人は町にいる間親子として暮らすことに。その夜、町外れの古墳が怪しいと睨んだ甚平は、一人おばさんの家を抜け出すが・・・。

南の島の小都市を、突如謎の核爆発が襲った。高濃度の放射能が島を取り囲む壁となり、何者も内部に入ることが出来ない。そこで科学忍者隊は科学忍法火の鳥を使うことによって、島内へと潜入に成功。そこは人の姿は無いが、なぜか建物は無傷という状態であった。しかし、忍者隊の目の前で突如建物の壁が崩れ、剥げ落ちた粒子が合体して巨大な鉄獣へと変わっていった。

南の島の小都市を、突如謎の核爆発が襲った。高濃度の放射能が島を取り囲む壁となり、何者も内部に入ることが出来ない。そこで科学忍者隊は科学忍法火の鳥を使うことによって、島内へと潜入に成功。そこは人の姿は無いが、なぜか建物は無傷という状態であった。しかし、忍者隊の目の前で突如建物の壁が崩れ、剥げ落ちた粒子が合体して巨大な鉄獣へと変わっていった。

ISOが進めるマントル計画の重要施設を、次々と破壊していく鉄獣クラゲメカ。出撃した科学忍者隊であったが、忍者隊の手の内を分析した敵の前に破れ、ついにゴッドフェニックスは大破してしまった。次第に強力化するギャラクターの兵器の前に、自分たちの無力を痛感する健たち。そこで南部博士はゴッドフェニックスを再生すると同時に、全てのGメカに武器の装備を進めていた。

ISOが進めるマントル計画の重要施設を、次々と破壊していく鉄獣クラゲメカ。出撃した科学忍者隊であったが、忍者隊の手の内を分析した敵の前に破れ、ついにゴッドフェニックスは大破してしまった。次第に強力化するギャラクターの兵器の前に、自分たちの無力を痛感する健たち。そこで南部博士はゴッドフェニックスを再生すると同時に、全てのGメカに武器の装備を進めていた。

モナリンス王国のフレーク王妃はISOに多額の資金提供をしており、科学忍者隊のファンでもあるという。ギャラクターはその暗殺を企て、警戒した王妃は忍者隊に警護を要請。建国記念日に宮殿で開催されるファッションショーにギャラクターが現れると予測した忍者隊は、街へ潜入し密かに捜査を開始。そんな中、健とジョーは真夜中の宮殿に忍び込もうとする怪しい集団を発見するが、強力な指輪爆弾を使われ逃げられてしまう。

モナリンス王国のフレーク王妃はISOに多額の資金提供をしており、科学忍者隊のファンでもあるという。ギャラクターはその暗殺を企て、警戒した王妃は忍者隊に警護を要請。建国記念日に宮殿で開催されるファッションショーにギャラクターが現れると予測した忍者隊は、街へ潜入し密かに捜査を開始。そんな中、健とジョーは真夜中の宮殿に忍び込もうとする怪しい集団を発見するが、強力な指輪爆弾を使われ逃げられてしまう。

世界各国に保管されていた優秀な科学者たちの脳が強奪され、ロボット制作の権威･山科博士の脳を有した研究所も巨大な怪物に襲われた。犯人の後を追った科学忍者隊は、ギャラクターに操られた怪物と遭遇。その細胞から南部博士は、怪物が下等な宇宙人“ベム”であると分析。科学展示会に出展される山科博士のロボットX1号をギャラクターが狙っていると推測し、忍者隊は会場へと向かう。

世界各国に保管されていた優秀な科学者たちの脳が強奪され、ロボット制作の権威・山科博士の脳を有した研究所も巨大な怪物に襲われた。犯人の後を追った科学忍者隊は、ギャラクターに操られた怪物と遭遇。その細胞から南部博士は、怪物が下等な宇宙人“ベム”であると分析。科学展示会に出展される山科博士のロボットX1号をギャラクターが狙っていると推測し、忍者隊は会場へと向かう。

独裁者ソムレー将軍を追放し、平和を勝ち取ったフランベル国。しかし、ギャラクターと手を結んだ将軍が舞い戻り、降伏しなければ市民を皆殺しにすると脅迫してきた。救援要請を受けた科学忍者隊は、平和記念祭に沸く街に潜入し調査を開始。そんな中、甚平はスラム街の悪ガキ5人組･スイムス団と知り合う。子供たちに配られたプレゼントを警官に取り上げられた彼らに、同情する甚平だったが…。

独裁者ソムレー将軍を追放し、平和を勝ち取ったフランベル国。しかし、ギャラクターと手を結んだ将軍が舞い戻り、降伏しなければ市民を皆殺しにすると脅迫してきた。救援要請を受けた科学忍者隊は、平和記念祭に沸く街に潜入し調査を開始。そんな中、甚平はスラム街の悪ガキ5人組・スイムス団と知り合う。子供たちに配られたプレゼントを警官に取り上げられた彼らに、同情する甚平だったが・・・・・・。

野球のナイター試合中、一瞬の停電のうちにグラウンドにいた全ての者たちが消えるという事件が発生。野球場に張り込んでいた科学忍者隊の目の前でも、同様の事件が起こってしまう。しかも、ボールボーイとして潜り込んでいた甚平までもが、忽然と姿を消してしまった。深夜の球場の調査を開始した忍者隊であったが、突如グラウンドが割れて、健とジュンが穴に飲み込まれてしまった。

野球のナイター試合中、一瞬の停電のうちにグラウンドにいた全ての者たちが消えるという事件が発生。野球場に張り込んでいた科学忍者隊の目の前でも、同様の事件が起こってしまう。しかも、ボールボーイとして潜り込んでいた甚平までもが、忽然と姿を消してしまった。深夜の球場の調査を開始した忍者隊であったが、突如グラウンドが割れて、健とジュンが穴に飲み込まれてしまった。

南部博士は科学忍者隊にそっくりの、身代わりロボットを制作。忍者隊の功績を称えた式典を大々的に開き、ロボットをギャラクターにさらわせて秘密基地の場所を探ろうと計画した。しかし、それを不服とした健は黙って自分のロボットと入れ替わり、自らが祭典に出演。現れた鉄獣マンモス･ブリザーダーに冷凍光線で氷漬けにされ、身代わりロボットたちと一緒にさらわれてしまった。

南部博士は科学忍者隊にそっくりの、身代わりロボットを制作。忍者隊の功績を称えた式典を大々的に開き、ロボットをギャラクターにさらわせて秘密基地の場所を探ろうと計画した。しかし、それを不服とした健は黙って自分のロボットと入れ替わり、自らが祭典に出演。現れた鉄獣マンモス・ブリザーダーに冷凍光線で氷付けにされ、身代わりロボットたちと一緒にさらわれてしまった。

ホントワール国上空を一人G-1号機で飛んでいた健は、レッドインパルスの戦闘機と遭遇。それには死んだはずの父親、レッドインパルス隊長である鷲尾健太郎が乗っていた。秘密基地に案内され、密かに集めていたというギャラクターの資料を南部博士に届けるようにと渡される健。一方、健を探していた他のメンバーは、鉄獣ジガバチメカの奇襲を受け、健を欠いた状態でバードミサイルも撃てず捕らえられてしまう。

ホントワール国上空を一人G-1号機で飛んでいた健は、レッドインパルスの戦闘機と遭遇。それには死んだはずの父親、レッドインパルス隊長である鷲尾健太郎が乗っていた。秘密基地に案内され、密かに集めていたというギャラクターの資料を南部博士に届けるようにと渡される健。一方、健を探していた他のメンバーは、鉄獣ジガバチメカの奇襲を受け、健を欠いた状態でバードミサイルも撃てず捕らえられてしまう。

鉄獣スカイスクイラーの兵器実験中、余波を受けてギャラクターの観測機が墜落。事故現場を調査していた健は、気を失って倒れている青年を発見。連れ帰るが、彼は記憶を失っていた。そしてついにギャラクターはスカイスクイラーで街の破壊を開始。その強力な攻撃に対し、科学忍者隊は手も足も出ずに大敗する。そこで南部博士は、敵の攻撃の正体を見たであろう青年の記憶を取り戻そうとする。

鉄獣スカイスクイラーの兵器実験中、余波を受けてギャラクターの観測機が墜落。事故現場を調査していた健は、気を失って倒れている青年を発見。連れ帰るが、彼は記憶を失っていた。そしてついにギャラクターはスカイスクイラーで街の破壊を開始。その強力な攻撃に対し、科学忍者隊は手も足も出ずに大敗する。そこで南部博士は、敵の攻撃の正体を見たであろう青年の記憶を取り戻そうとする。

良質の漁場であるお化け島近海で、巨大なイカやエイが空へ舞い上がるのを漁師が目撃したという。突拍子もない話を馬鹿にするジョーたちを残し、二人で調査に向かう健とジュン。そこに現れたお化けイカたちの正体は、かつて科学忍者隊が破壊したはずの鉄獣であった。兵士に変装して島の秘密基地に潜入した健は、そこがギャラクターの鉄獣開発工場であることを突き止める。

良質の漁場であるお化け島近海で、巨大なイカやエイが空へ舞い上がるのを漁師が目撃したという。突拍子もない話を馬鹿にするジョーたちを残し、二人で調査に向かう健とジュン。そこに現れたお化けイカたちの正体は、かつて科学忍者隊が破壊したはずの鉄獣であった。兵士に変装して島の秘密基地に潜入した健は、そこがギャラクターの鉄獣開発工場であることを突き止める。

鉄獣メカブッタがISOの研究所を襲い、開発中であった高熱で全てを切り裂くジェットカッターが奪われた。逃走した鉄獣が消えた地点を調査した科学忍者隊は、洞窟で無数の仏像メカに襲われる。死んだ父親のことで苛立つ健は、一人で基地の内部へと進み、電流を受けて気を失ってしまった。その間に、ジェットカッターを搭載したメカブッタが、ISOのウラン採掘工場へ向けて出撃してしまう。

鉄獣メカブッタがISOの研究所を襲い、開発中であった高熱で全てを切り裂くジェットカッターが奪われた。逃走した鉄獣が消えた地点を調査した科学忍者隊は、洞窟で無数の仏像メカに襲われる。死んだ父親のことで苛立つ健は、一人で基地の内部へと進み、電流を受けて気を失ってしまった。その間に、ジェットカッターを搭載したメカブッタが、ISOのウラン採掘工場へ向けて出撃してしまう。

北の果ての刑務所から、35年ぶりに出所した老狙撃手マイク･ミラー。その銃の腕を買ったギャラクターは、科学忍者隊抹殺のためにミラーを雇い入れる。一方、南極上空を通過する衛星基地が次々に破壊されたことから、南極にギャラクターの基地があるか、なんらかの罠が張られていると推測した忍者隊。調査に向かった彼らを、ミラーとギャラクター指令隊長の乗る特殊戦車が待ち構えていた。

北の果ての刑務所から、35年ぶりに出所した老狙撃手マイク・ミラー。その銃の腕を買ったギャラクターは、科学忍者隊抹殺のためにミラーを雇い入れる。一方、南極上空を通過する衛星基地が次々に破壊されたことから、南極にギャラクターの基地があるか、なんらかの罠が張られていると推測した忍者隊。調査に向かった彼らを、ミラーとギャラクター指令隊長の乗る特殊戦車が待ち構えていた。

人気の無い郊外を一人バイクで飛ばしていたジュンは、ギャラクターのブラックバードのバイク部隊に絡まれる。そこに現れたブラックバードの隊長は、ジュンの幼馴染の矢羽コウジであった。ジュンの前から走り去ったコウジは、仲間と共に空軍基地を襲うが、脳裏にジュンの姿が浮かび任務を放棄。一方、科学忍者隊はコウジを調査しようとするが、ジュンはそれを拒否して一人飛び出してしまう。

人気の無い郊外を一人バイクで飛ばしていたジュンは、ギャラクターのブラックバードのバイク部隊に絡まれる。そこに現れたブラックバードの隊長は、ジュンの幼馴染の矢羽コウジであった。ジュンの前から走り去ったコウジは、仲間と共に空軍基地を襲うが、脳裏にジュンの姿が浮かび任務を放棄。一方、科学忍者隊はコウジを調査しようとするが、ジュンはそれを拒否して一人飛び出してしまう。

新開発した汚染物質を海へと流したギャラクター。カッツェは24時間以内に南部博士と科学忍者隊が降伏しなければ、更に汚染を拡大させると脅迫。カッツェの要求に従ったと見せ掛け指定の海域へ向かった忍者隊は、そこへ現れた潜水艦を攻撃する。しかし実はそれはカッツェの罠であり、無人潜水艦に積み込まれていた汚染物質を、忍者隊は自らの手で海に流出させてしまった。

新開発した汚染物質を海へと流したギャラクター。カッツェは24時間以内に南部博士と科学忍者隊が降伏しなければ、更に汚染を拡大させると脅迫。カッツェの要求に従ったと見せ掛け指定の海域へ向かった忍者隊は、そこへ現れた潜水艦を攻撃する。しかし実はそれはカッツェの罠であり、無人潜水艦に積み込まれていた汚染物質を、忍者隊は自らの手で海に流出させてしまった。

各国のウラン研究所が次々と襲われ、ISOではその対策会議が開かれることとなった。健は代表の一人がギャラクターと入れ替わっていることに気付き、会議場に乗り込み逃走したスパイを捕獲。父親を殺されたことによりギャラクターへの憎しみを強くした健は、スパイを拷問して本部の場所を吐かせる。しかし、そんな健の様子に、他のメンバーたちは戸惑いを隠せなかった。

各国のウラン研究所が次々と襲われ、ISOではその対策会議が開かれることとなった。健は代表の一人がギャラクターと入れ替わっていることに気付き、会議場に乗り込み逃走したスパイを捕獲。父親を殺されたことによりギャラクターへの憎しみを強くした健は、スパイを拷問して本部の場所を吐かせる。しかし、そんな健の様子に、他のメンバーたちは戸惑いを隠せなかった。

ギャラクターの“V2計画”によって、地球を未曾有の天変地異が襲う。カッツェはヴァン･アレン帯を元に戻して欲しければ降伏しろと、世界各国に降伏を勧告。一方、ギャラクターの秘密工場に潜入していた健とレッドインパルスの隊長は、カッツェを追い詰めるが今一歩で逃げられてしまう。地球崩壊が迫る中、駆けつけた科学忍者隊から、ついに健は隊長が父親であると告げられるのだが…。

ギャラクターの“V2計画”によって、地球を未曾有の天変地異が襲う。カッツェはヴァン・アレン帯を元に戻して欲しければ降伏しろと、世界各国に降伏を勧告。一方、ギャラクターの秘密工場に潜入していた健とレッドインパルスの隊長は、カッツェを追い詰めるが今一歩で逃げられてしまう。地球崩壊が迫る中、駆けつけた科学忍者隊から、ついに健は隊長が父親であると告げられるのだが・・・・・・。

久々に再会した幼馴染のサブから、ホントワール国で父親の姿を見たと聞いた健は、居ても立ってもいられなくなりサブと共にホントワールへ向かってしまう。一方、ギャラクターは地球を取り巻くヴァン･アレン帯を、ミサイルの爆発によって降下させるという“V2計画”を始動。健を欠き、バードミサイルも撃てない状態で出撃した科学忍者隊に、鉄獣キャタローラーが襲い掛かってきた。

久々に再会した幼馴染のサブから、ホントワール国で父親の姿を見たと聞いた健は、居ても立ってもいられなくなりサブと共にホントワールへ向かってしまう。一方、ギャラクターは地球を取り巻くヴァン・アレン帯を、ミサイルの爆発によって降下させるという“V2計画”を始動。健を欠き、バードミサイルも撃てない状態で出撃した科学忍者隊に、鉄獣キャタローラーが襲い掛かってきた。

南部博士に突然休暇を与えられ、世界で最も平和と言われるホントワール共和国へとやってきた科学忍者隊。そこで健は大勢の男たちに襲われていた白いスーツの男を助けて逃がす。しかし、男たちはこの国の秘密警察で、あの逃げた男はギャラクターだったのだという。街の偵察を始めた健に、襲い掛かるギャラクターの戦闘機。そんな彼を救ったのは昨日のスーツの男であり、彼の正体はレッドインパルスの隊長であった。

南部博士に突然休暇を与えられ、世界で最も平和と言われるホントワール共和国へとやってきた科学忍者隊。そこで健は大勢の男たちに襲われていた白いスーツの男を助けて逃がす。しかし、男たちはこの国の秘密警察で、あの逃げた男はギャラクターだったのだという。街の偵察を始めた健に、襲い掛かるギャラクターの戦闘機。そんな彼を救ったのは昨日のスーツの男であり、彼の正体はレッドインパルスの隊長であった。

インデリア大陸のダム建設予定地に、恐竜トラコドンの動く化石が出現し工事を妨害しているという。調査に向かった科学忍者隊であったが、正体を隠して泊まった宿に、拳銃を持った暴漢が侵入。留守番をしていた竜と甚平が撃退するが、男は何者かに殺されてしまう。それを宿の従業員に見られ、二人は殺人犯に間違われ追われる身に。逃亡の果てに辿り着いた先は、トラコドンが出現するという神殿だった。

インデリア大陸のダム建設予定地に、恐竜トラコドンの動く化石が出現し工事を妨害しているという。調査に向かった科学忍者隊であったが、正体を隠して泊まった宿に、拳銃を持った暴漢が侵入。留守番をしていた竜と甚平が撃退するが、男は何者かに殺されてしまう。それを宿の従業員に見られ、二人は殺人犯に間違われ追われる身に。逃亡の果てに辿り着いた先は、トラコドンが出現するという神殿だった。

南部博士の護衛として、ISO本部へとやってきた科学忍者隊。駐車場でギャラクターの自動車を発見した甚平は、トランクに隠れて敵基地への侵入に成功するが、発見され捕まってしまった。一方、カッツェはISO本部に爆弾を仕掛けたとして、ウラン鉱のデータを渡せと脅迫。忍者隊はデータを持って引渡し場所へと向かうが、そこには彼らを抹殺しようと鉄獣メカドクガが待ち受けていた。

南部博士の護衛として、ISO本部へとやってきた科学忍者隊。駐車場でギャラクターの自動車を発見した甚平は、トランクに隠れて敵基地への侵入に成功するが、発見され捕まってしまった。一方、カッツェはISO本部に爆弾を仕掛けたとして、ウラン鉱のデータを渡せと脅迫。忍者隊はデータを持って引渡し場所へと向かうが、そこには彼らを抹殺しようと鉄獣メカドクガが待ち受けていた。

ISOのエネルギー工場が、次々に鉄獣シャッター･キラーによって破壊された。空から施設の機密を撮影すると同時に破壊するという、恐るべき能力を持つ敵に挑む科学忍者隊。だが、情報を奪い返すまでは攻撃出来ず、敵の猛攻の前にゴッドフェニックスは損傷を受け不時着。引き上げていく鉄獣の後を甚平がつけると、そこには奪ったISOの施設情報を利用したエネルギー工場が建設されていた。

ISOのエネルギー工場が、次々に鉄獣シャッター・キラーによって破壊された。空から施設の機密を撮影すると同時に破壊するという、恐るべき能力を持つ敵に挑む科学忍者隊。だが、情報を奪い返すまでは攻撃出来ず、敵の猛攻の前にゴッドフェニックスは損傷を受け不時着。引き上げていく鉄獣の後を甚平が付けると、そこには奪ったISOの施設情報を利用したエネルギー工場が建設されていた。

普通のコンピュータの何万倍もの集積、解析能力を持つウルトラコンピュータをISOが開発。その機能を恐れたギャラクターは、実験のために中枢装置を持って研究所へと向かうアンダーソン長官の襲撃を計画。科学忍者隊はゴッドフェニックスで長官専用機の護衛を行うが、フライトアテンダントに変装したカッツェが機内に潜入しており、専用機をハイジャックしてしまった。

普通のコンピュータの何万倍もの集積、解析能力を持つウルトラコンピュータをISOが開発。その機能を恐れたギャラクターは、実験のために中枢装置を持って研究所へと向かうアンダーソン長官の襲撃を計画。科学忍者隊はゴッドフェニックスで長官専用機の護衛を行うが、フライトアテンダントに変装したカッツェが機内に潜入しており、専用機をハイジャックしてしまった。

ギャラクターを裏切り、組織の重要機密が収められたトランクを持って逃亡する一人の男。飛行場に辿り着いた男は、健に銃を向けて飛行機を飛ばさせる。操縦しながら健は男の隙を突いて反撃するが、発砲により機体が損傷。男がパラシュートで脱出する直前、機密をISOに売りつけるつもりだと聞いた健は、不時着したあとその行方を追う。しかし、ギャラクターの追っ手もまた男に迫りつつあった。

ギャラクターを裏切り、組織の重要機密が収められたトランクを持って逃亡する一人の男。飛行場に辿り着いた男は、健に銃を向けて飛行機を飛ばさせる。操縦しながら健は男の隙を突いて反撃するが、発砲により機体が損傷。男がパラシュートで脱出する直前、機密をISOに売りつけるつもりだと聞いた健は、不時着したあとその行方を追う。しかし、ギャラクターの追っ手もまた男に迫りつつあった。