【シーズン1 最終話】ギャラクター本部の入り口を捜索する科学忍者隊は、自力で脱出していた瀕死のジョーと再会。しかし、ブラックホール作戦を止めるため、苦渋の決断で彼をその場に残して本部へと突入する。ついにベルクカッツェを追い詰め、作戦の停止を迫る健。しかしそこへ総裁Ｘが姿を現した。刻一刻と迫る地球消滅へのカウントダウン。果たして地球の、そして科学忍者隊の運命は?

ギャラクター本部の入り口を捜索する科学忍者隊は、自力で脱出していた瀕死のジョーと再会。しかし、ブラックホール作戦を止めるため、苦渋の決断で彼をその場に残して本部へと突入する。ついにベルクカッツェを追い詰め、作戦の停止を迫る健。しかしそこへ、総裁Xが姿を現した。刻一刻と迫る、地球消滅へのカウントダウン。果たして地球の、そして科学忍者隊の運命は？

単身ギャラクター本部へと乗り込んだジョーであったが、再び捕らわれの身となってしまった。科学忍者隊がジョーを捜索する中、ギャラクターの最終計画「ブラックホール作戦」が着々と進行していく。地球内部へと投下される爆弾によって、世界各地で引き起こされる大地震。忍者隊はジョーのブレスレットから発せられた信号を頼りに、ギャラクター本部であるヒマラヤとの境界、クロスカラコルムへと出撃する。

単身ギャラクター本部へと乗り込んだジョーであったが、再び捕らわれの身となってしまった。科学忍者隊がジョーを捜索する中、ギャラクターの最終計画「ブラックホール作戦」が着々と進行していく。地球内部へと投下される爆弾によって、世界各地で引き起こされる大地震。忍者隊はジョーのブレスレットから発せられた信号を頼りに、ギャラクター本部であるヒマラヤとの境界、クロスカラコルムへと出撃する。

ギャラクターに正体がバレてしまったことにより、変身前に襲撃されるジョー。捕らえられて鉄獣内部に連行され、カッツェに他のメンバーの正体も明かせと迫られる。痛めつけられながらもなんとか隙を突いて脱出するが、突如襲う頭痛に意識を失ってしまう。担ぎ込まれた病院で、南部博士に電話をする医師の声に目覚めるジョー。その内容から、彼は自分の命があとわずかであると知ってしまう。

ギャラクターに正体がバレてしまったことにより、変身前に襲撃されるジョー。捕らえられて鉄獣内部に連行され、カッツェに他のメンバーの正体も明かせと迫られる。痛めつけられながらもなんとか隙を突いて脱出するが、突如襲う頭痛に意識を失ってしまう。担ぎ込まれた病院で、南部博士に電話をする医師の声に目覚めるジョー。その内容から、彼は自分の命があとわずかであると知ってしまう。

無数の鉄獣が出現し国連軍と戦闘になるが、科学忍者隊には南部博士からの出動命令が入らない。独断で出撃する健であったが、ジョーとは連絡が付かず、アンダーソン長官によれば南部博士も行方不明であるという。実はその時、ジョーは誰にも知られないよう、モグリの医者の診察を受けていたのだった。そしてその一方で、外界との連絡を絶ちカッツェの正体に迫ろうとしていた南部博士は、ギャラクターにさらわれてしまう。

無数の鉄獣が出現し国連軍と戦闘になるが、科学忍者隊には南部博士からの出動命令が入らない。独断で出撃する健であったが、ジョーとは連絡が付かず、アンダーソン長官によれば南部博士も行方不明であるという。実はその時、ジョーは誰にも知られないよう、モグリの医者の診察を受けていたのだった。そしてその一方で、外界との連絡を絶ち、カッツェの正体に迫ろうとしていた南部博士は、ギャラクターにさらわれてしまう。

ジョーの異変に気付いた健は本人に問いただそうとするが、秘密を知られたくないジョーと争い、殴り合いになってしまう。そんな中、ISO本部に送られてくる極秘情報が、何者かに盗聴されるという事件が起こる。自らの不安を振り払うかのように任務へ向かおうとするジョーを止め、ジュンと二人で調査をするという健。不満を漏らしつつも、ジョーは自分のエアガンを健に渡すのだった。

ジョーの異変に気付いた健は本人に問いただそうとするが、秘密を知られたくないジョーと争い、殴り合いになってしまう。そんな中、ISO本部に送られてくる極秘情報が、何者かに盗聴されるという事件が起こる。自らの不安を振り払うかのように任務へ向かおうとするジョーを止め、ジュンと二人で調査をするという健。不満を漏らしつつも、ジョーは自分のエアガンを健に渡すのだった。

危険な方程式が記されたマイクロフィルムを、北極の海底へと沈める任務を命じられた健。方程式の考案者マキシム博士と共に輸送機で北極へと向かうが、ギャラクターの工作によって不時着し、氷原の裂け目に落ちてしまう。意識を失った健と博士が目覚めたのは、見たことも無い地底都市。なんとそこは20年後の未来で、健たちが氷の底で眠っている間に、世界は既にギャラクターによって支配されてしまったのだという。

危険な方程式が記されたマイクロフィルムを、北極の海底へと沈める任務を命じられた健。方程式の考案者マキシム博士と共に輸送機で北極へと向かうが、ギャラクターの工作によって不時着し、氷原の裂け目に落ちてしまう。意識を失った健と博士が目覚めたのは、見たことも無い地底都市。なんとそこは20年後の未来で、健たちが氷の底で眠っている間に、世界は既にギャラクターによって支配されてしまったのだと言う。

カッツェの後を付け、ギャラクターの重要基地を発見した科学忍者隊。超バードミサイルで攻撃しようとするが、ジョーの不調により狙いを外してしまう。ゴッドフェニックスを降り、半壊した基地へと侵入する忍者隊であったが、総裁Ｘの仕掛けた罠によって捕われてしまった。科学忍法竜巻ファイターで脱出を試みるが、ここでもやはりジョーは原因不明のめまいに襲われて技に失敗してしまう。

カッツェの後を付け、ギャラクターの重要基地を発見した科学忍者隊。超バードミサイルで攻撃しようとするが、ジョーの不調により狙いを外してしまう。ゴッドフェニックスを降り、半壊した基地へと侵入する忍者隊であったが、総裁Xが張った罠によって捕われてしまった。科学忍法竜巻ファイターで脱出を試みるが、ここでもやはりジョーは原因不明のめまいに襲われて技に失敗してしまう。

鉄獣の出現に科学忍者隊に出動命令が下った。しかし、集合場所へ向かう途中であったジョーは危うく老婦人を轢きそうになり、彼女を家まで送り届けることに。ジョーがいないために超バードミサイルも撃てず、ゴッドフェニックスは毒液入りの爆弾をバラ巻く鉄獣グレープボンバーに苦戦して退却。命令違反をしたジョーに、南部博士は次の作戦は一人で行うようにと命じる。だがそんなジョーの身体を、謎の異変が蝕み始めていた。

鉄獣の出現に科学忍者隊に出動命令が下った。しかし、集合場所へ向かう途中であったジョーは危うく老婦人を轢きそうになり、彼女を家まで送り届けることに。ジョーがいないために超バードミサイルも撃てず、ゴッドフェニックスは毒液入りの爆弾をバラ巻く鉄獣グレープボンバーに苦戦して退却。命令違反をしたジョーに、南部博士は次の作戦は一人で行うようにと命じる。だが、そんなジョーの身体を、謎の異変が蝕み始めていた。

銀河星雲の謎を解くべく、二人の若者を乗せ宇宙へと打ち上げられた有人ロケット･レオナ3号。その発射に立ち会っていた南部博士が、カッツェにさらわれてしまった。捜索を開始する科学忍者隊であったが、時を同じくして大気圏外のレオナ3号で事故が発生。このままでは地球へ墜落し、甚大な被害が出ると予測された。それを止められるのは南部博士しかおらず、忍者隊は博士の捜索を急ぐのだが…。

銀河星雲の謎を解くべく、二人の若者を乗せ宇宙へと打ち上げられた有人ロケット・レオナ3号。その発射に立ち会っていた南部博士が、カッツェにさらわれてしまった。捜索を開始する科学忍者隊であったが、時を同じくして大気圏外のレオナ3号で事故が発生。このままでは地球へ墜落し、甚大な被害が出ると予測された。それを止められるのは南部博士しかおらず、忍者隊は博士の捜索を急ぐのだが・・・・・・。

マンモスキャニオンで落雷によって何かが爆発。発見されたメカの残骸から、そこにギャラクターの本部があると推測された。狭い渓谷を調査するため、科学忍者隊はカヌーで急流をさかのぼろうと計画。しかし川へと向かう途上、カヌーを積んだ忍者隊の車が謎の男が乗ったジープに襲われ、谷底へと突き落とされてしまう。なんとか危機を脱し途中の街へと到着した忍者隊は、谷に伝わる死神バッファローの伝説を聞かされる。

マンモスキャニオンで落雷によって何かが爆発。発見されたメカの残骸から、そこにギャラクターの本部があると推測された。狭い渓谷を調査するため、科学忍者隊はカヌーで急流をさかのぼろうと計画。しかし、川へと向かう途上、カヌーを積んだ忍者隊の車が謎の男が乗ったジープに襲われ、谷底へと突き落とされてしまう。なんとか危機を脱し途中の街へと到着した忍者隊は、谷に伝わる死神バッファローの伝説を聞かされる。

かつて古代忍者がいたと言われるジュピター山の麓で、奇怪な殺人事件が発生した。何者かが人を山に近づけまいとしていると推測した南部博士は、以前ジュピター山を訪れたことがあるジュンを、単身調査に向かわせる。一方、自分の本当の誕生日を知らないことを竜にからかわれた甚平もまた、事実を確かめようとジュピター山へ向かっていた。実は、孤児である甚平が幼い頃にジュンと出会ったのが、このジュピター山だったのだ。

かつて古代忍者がいたと言われるジュピター山の麓で、奇怪な殺人事件が発生した。何者かが人を山に近づけまいとしていると推測した南部博士は、以前ジュピター山を訪れたことがあるジュンを、単身調査に向かわせる。一方、自分の本当の誕生日を知らないことを竜にからかわれた甚平もまた、事実を確かめようとジュピター山へ向かっていた。実は、孤児である甚平が幼い頃にジュンと出会ったのが、このジュピター山であったのだ。

故郷の父親が倒れ、列車で帰省する竜。その見送りに向かう途中、ジョーは道路に飛び出した少年を車ではねてしまい、病院へと送り届けることに。一方、鉄獣アングラーのテスト運転中であったベルクカッツェは、充電のために発電所を襲う。その影響によって街中が停電となってしまい、竜の乗った列車は停止。そしてジョーが病院に連れて行った少年の手術も、中断せざるを得なくなってしまった。

故郷の父親が倒れ、列車で帰省する竜。その見送りに向かう途中、ジョーは道路に飛び出した少年を車ではねてしまい、病院へと送り届けることに。一方、鉄獣アングラーのテスト運転中であったベルクカッツェは、充電のために発電所を襲う。その影響によって街中が停電となってしまい、竜の乗った列車は停止。そしてジョーが病院に連れて行った少年の手術も、中断せざるを得なくなってしまった。

三日月基地を失い、失意の科学忍者隊は南部博士の別荘に身を寄せていた。超バードミサイルも残り1発だけとなり、どう戦えばいいのかと苦悩する健たち。そんな中、総裁Ｘに忍者隊を確実に仕留めたという証拠を見せろと言われたベルク･カッツェは、観光都市を攻撃。報告を聞いた忍者隊は居ても立ってもいられず出動しようとするが、南部博士はそれを禁じ、扉にシャッターを下ろして健たちを監禁してしまう。

三日月基地を失い、失意の科学忍者隊は南部博士の別荘に身を寄せていた。超バードミサイルも残り1発だけとなり、どう戦えばいいのかと苦悩する健たち。そんな中、総裁Xに忍者隊を確実に仕留めたという証拠を見せろと言われたベルクカッツェは、観光都市を攻撃。報告を聞いた忍者隊は居ても立ってもいられず出動しようとするが、南部博士はそれを禁じ、扉にシャッターを下ろして健たちを監禁してしまう。

仕掛けられた誘導装置によって、魚雷の群れは確実に三日月基地を破壊していく。南部博士はついに基地を破棄し、脱出するように全基地職員に指令。健とジュンに職員の脱出させるよう命じ、自らは重要書類を焼き払おうと部屋に残る。しかし、半壊した基地が傾き、倒れてきた電算装置に足を挟まれ動けなくなってしまった。一方、ゴッドフェニックスで魚雷艦を探していたジョーたちも異変に気付き、基地へと引き返すのだが…。

仕掛けられた誘導装置によって、魚雷の群れは確実に三日月基地を破壊していく。南部博士はついに基地を破棄し、脱出するように全基地職員に指令。健とジュンに職員の脱出させるよう命じ、自らは重要書類を焼き払おうと部屋に残る。しかし、半壊した基地が傾き、倒れてきた電算装置に足を挟まれ動けなくなってしまった。一方、ゴッドフェニックスで魚雷艦を探していたジョーたちも異変に気付き、基地へと引き返すのだが・・・・・・。

大勢のISOの技師を乗せた豪華客船が、ギャラクターの誘導魚雷によって沈没した。調査に向かった科学忍者隊は、待ち構えていたギャラクターのカニ型戦車の大群と遭遇。これを撃退したのだが、その混乱に乗じて敵の特殊潜航艇がゴッドフェニックスの船体に張り付いているのに気付かず、三日月基地へ帰還してしまう。ついに敵の侵入を許した三日月基地。その内部に、ミサイル魚雷の誘導装置を取り付けられてしまった。

大勢のISOの技師を乗せた豪華客船が、ギャラクターの誘導魚雷によって沈没した。調査に向かった科学忍者隊は、待ち構えていたギャラクターのカニ型戦車の大群と遭遇。これを撃退したのだが、その混乱に乗じて敵の特殊潜航艇がゴッドフェニックスの船体に張り付いているのに気付かず、三日月基地へ帰還してしまう。ついに敵の侵入を許した三日月基地。その内部に、ミサイル魚雷の誘導装置を取り付けられてしまった。

ギャラクター首領の座を狙うドクター･フィンガーが、ベルクカッツェを差し置いて自らが造りだした鉄獣マタンガーを操り、科学忍者隊に挑戦状を叩きつけてきた。ミクロン島の中央にそびえる死火山に陣取ったマタンガーは、忍者隊が自らの命を差し出さない限り、12時間ごとに島に点在する街を破壊すると宣言。一度は出動した忍者隊であったが、マタンガー攻略の糸口が掴めない健は退却を命じ、ジョーたちはそれに反発する。

ギャラクター首領の座を狙うドクター・フィンガーが、ベルクカッツェを差し置いて自らが造りだした鉄獣マタンガーを操り、科学忍者隊に挑戦状を叩きつけてきた。ミクロン島の中央にそびえる死火山に陣取ったマタンガーは、忍者隊が自らの命を差し出さない限り、12時間ごとに島に点在する街を破壊すると宣言。一度は出動した忍者隊であったが、マタンガー攻略の糸口が掴めない健は退却を命じ、ジョーたちはそれに反発する。

サンゴ礁を改造して偽の三日月基地を造り出し、ギャラクターを誘き出そうと作戦を立てた甚平。子供騙しだと笑う竜であったが、南部博士はこの甚平のアイデアを取り入れ、ギャラクターのメカに特殊な塗料を塗り、基地の場所を突き止めようという計画を立てていた。甚平が評価され面白くない竜であったが、指令を受けて偽三日月基地の監視をすることに。そしてついに、カッツェ率いる戦車軍団が偽基地へと進軍してきた。

サンゴ礁を改造して偽の三日月基地を造り出し、ギャラクターを誘き出そうと作戦を立てた甚平。子供騙しだと笑う竜であったが、南部博士はこの甚平のアイデアを取り入れ、ギャラクターのメカに特殊な塗料を塗り、基地の場所を突き止めようという計画を立てていた。甚平が評価され面白くない竜であったが、指令を受けて偽三日月基地の監視をすることに。そしてついに、カッツェ率いる戦車軍団が偽基地へと進軍してきた。

街中で無差別発砲事件を起こし、刑務所での終身刑を言い渡された謎の男。口が聞けないその男の所持品は、ギャラクターの女隊長の子供の頃からの写真と、学生時代の記録であった。写真に書かれたベルクカッツェという文字から、ギャラクターの女隊長こそがカッツェの正体ではないかと疑いを持つ科学忍者隊。女隊長が通っていたという学校へ調査に向かった健とジュンは、彼女が一年置きに転校していたという不可解な情報を得る。

街中で無差別発砲事件を起こし、刑務所での終身刑を言い渡された謎の男。口が聞けないその男の所持品は、ギャラクターの女隊長の子供の頃からの写真と、学生時代の記録であった。写真に書かれたベルクカッツェという文字から、ギャラクターの女隊長こそがカッツェの正体ではないかと疑いを持つ科学忍者隊。女隊長が通っていたという学校へ調査に向かった健とジュンは、彼女が一年置きに転校していたという不可解な情報を得る。

G-4号機でパトロール中の甚平は、森の古城の上空を通り掛り一人の少女を発見。ニュースで彼女が誘拐された世界的大富豪の娘マリアであると知った陣平は、古城に潜入して救出に成功。しかし、誘拐犯たちはギャラクターの手の者であり、甚平が科学忍者隊ではないかと疑いを持つ。マリアに手紙で遊園地に呼び出され、意気揚々と向かう甚平であったが、そこにはギャラクターの罠が待ち受けていた。

G-4号機でパトロール中の甚平は、森の古城の上空を通り掛り、一人の少女を発見。ニュースで彼女が誘拐された世界的大富豪の娘マリアであると知った陣平は、古城に潜入して救出に成功。しかし、誘拐犯たちはギャラクターの手の者であり、甚平が科学忍者隊ではないかと疑いを持つ。マリアに手紙で遊園地に呼び出され、意気揚々と向かう甚平であったが、そこにはギャラクターの罠が待ち受けていた。

砂糖に代わる人口甘味料シュガーレが、ギャラクターによって全世界で買い占められた。シュガーレがギャラクター本部に送られると推測した南部博士は、ビッグイエロー山の雪が解けると甘い水になるという情報から、科学忍者隊を調査に向かわせる。そこで忍者隊は、墜落したギャラクターの輸送機を発見。その輸送機の発進場所を探し出すため、健たちと別れた甚平と竜は、シュガーレ原産国の王子と偽って目標地点の街に潜入する。

砂糖に代わる人口甘味料シュガーレが、ギャラクターによって全世界で買い占められた。シュガーレがギャラクター本部に送られると推測した南部博士は、ビッグイエロー山の雪が解けると甘い水になるという情報から、科学忍者隊を調査に向かわせる。そこで忍者隊は、墜落したギャラクターの輸送機を発見。その輸送機の発進場所を探し出すため、健たちと別れた甚平と竜は、シュガーレ原産国の王子と偽って目標地点の街に潜入する。

科学忍者隊がユートランドに住んでいると分析したギャラクターは、秘密情報機関GCIAを送り込む。それを察知した南部博士の指令により、敵の潜入を事前に阻止しようと待ち構えていた健たちであったが、失敗し逃げられてしまった。そんな中、甚平は仕事を探しているという男デーブと出会い、スナック･ジュンの仕事を紹介する。しかし彼は、実は忍者隊の居場所を探すギャラクターのスパイであった。

科学忍者隊がユートランドに住んでいると分析したギャラクターは、秘密情報機関GCIAを送り込む。それを察知した南部博士の指令により、敵の潜入を事前に阻止しようと待ち構えていた健たちであったが、失敗し逃げられてしまった。そんな中、甚平は仕事を探しているという男デーブと出会い、スナック・ジュンの仕事を紹介する。しかし彼は、実は忍者隊の居場所を探すギャラクターのスパイであった。

南部博士と同期であったがISOのポストを争って破れ、それ以来行方が分からなくなっていたデーモン博士。彼はギャラクターに取り入り、鉄獣スモッグファイバーを造りだした。スモッグファイバーで輸送機を襲ったデーモン博士は、その情報を教えると南部博士を一人で呼び出す。科学忍者隊は博士の命令に背いて後を付けるが、デーモン博士とカッツェの狙いは、追いかけてきた健たちの素顔を撮影することであった。

南部博士と同期であったがISOのポストを争って破れ、それ以来行方が分からなくなっていたデーモン博士。彼はギャラクターに取り入り、鉄獣スモッグファイバーを造りだした。スモッグファイバーで輸送機を襲ったデーモン博士は、その情報を教えると南部博士を一人で呼び出す。科学忍者隊は博士の命令に背いて後を付けるが、デーモン博士とカッツェの狙いは、追いかけてきた健たちの素顔を撮影することであった。

サラサ砂漠のマントルエネルギー蓄積工場が鉄獣に襲われ、その時に出来た地中の裂け目にボーリングドリルのエネルギー源が落下してしまった。これがマグマ層に接触してしまえば、大地震が発生して付近の街が壊滅し兼ねない。科学忍者隊は地質学の権威カリグ博士と共に、落下を続けるドリルを止めるため、地底探査船に乗り込んで地底を進む。しかし、そこにはギャラクターの鉄獣が待ち構えていた。

サラサ砂漠のマントルエネルギー蓄積工場が鉄獣に襲われ、その時に出来た地中の裂け目にボーリングドリルのエネルギー源が落下してしまった。これがマグマ層に接触してしまえば、大地震が発生して付近の街が壊滅し兼ねない。科学忍者隊は地質学の権威カリグ博士と共に、落下を続けるドリルを止めるため、地底探査船に乗り込んで地底を進む。しかし、そこにはギャラクターの鉄獣が待ち構えていた。

科学忍者隊の基地を探し出すために、変身時に放出される電波を捉える小型装置を開発したギャラクター。更にこれまでの鉄獣を再生産し、世界中で一斉に暴れさせた。ゴッドフェニックスで出撃する科学忍者隊であったが、南部博士はギャラクターの行動が罠ではないかと推測し、帰還命令を出す。しかし、それが仇となりゴッドフェニックスのあとを付けられ、ついに三日月基地をギャラクターに発見されてしまった。

科学忍者隊の基地を探し出すために、変身時に放出される電波を捉える小型装置を開発したギャラクター。更にこれまでの鉄獣を再生産し、世界中で一斉に暴れさせた。ゴッドフェニックスで出撃する科学忍者隊であったが、南部博士はギャラクターの行動が罠ではないかと推測し、帰還命令を出す。しかし、それが仇となりゴッドフェニックスのあとを付けられ、ついに三日月基地をギャラクターに発見されてしまった。

ギャラクターによって支配された南海の小島ビーシー島。子供時代、この島でギャラクター幹部の子として暮らしていたジョーは、変装して両親の墓参りに一人で訪れた。しかし、カッツェに裏切り者であるジュゼッペ･浅倉の忘れ形見ではないかと疑われたジョーに、島中のギャラクターが襲い掛かってきた。そんなジョーを救ったのは、かつての幼馴染みであり、今は島で唯一の教会で神父をしているアランだった。

ギャラクターによって支配された南海の小島ビーシー島。子供時代、この島でギャラクター幹部の子として暮らしていたジョーは、変装して両親の墓参りに一人で訪れた。しかし、カッツェに裏切り者であるジュゼッペ・浅倉の忘れ形見ではないかと疑われたジョーに、島中のギャラクターが襲い掛かってきた。そんなジョーを救ったのは、かつての幼馴染であり、今は島で唯一の教会で神父をしているアランだった。

アッシャム国で突然百人以上もの人々が錯乱し、暴動を起こした。街中で放し飼いにされている孔雀にギャラクターがメカ孔雀を紛れ込ませ、人々に錯乱光線を浴びせたのだ。調査に向かった科学忍者隊であったが、その夜、人気のなくなった街でメカ孔雀が健と甚平に襲い掛かる。錯乱光線に苦しむ健は身を挺して甚平を逃がすが、自分は鉄獣ピーコックデビルの攻撃を受け昏倒し、ギャラクターに連れ去られてしまった。

アッシャム国で突然百人以上もの人々が錯乱し、暴動を起こした。街中で放し飼いにされている孔雀にギャラクターがメカ孔雀を紛れ込ませ、人々に錯乱光線を浴びせたのだ。調査に向かった科学忍者隊であったが、その夜、人気のなくなった街でメカ孔雀が健と甚平に襲い掛かる。錯乱光線に苦しむ健は身を挺して甚平を逃がすが、自分は鉄獣ピーコックデビルの攻撃を受け昏倒し、ギャラクターに連れ去られてしまった。

ISO本部の地下コンピュータルームから、科学忍者隊に関する重要データが盗み出された。しかも、犯人は南部博士と並ぶISOの重要人物、ボロンボ博士であった。ギャラクターを装って博士に接触し、データの奪取と動機を調べようとする健。博士の娘が人質に取られているということを聞き出すが、逆襲に転じた博士によって自由を奪われてしまう。その時、カッツェから連絡が入り、博士は健を置いて取り引きに向かってしまった。

ISO本部の地下コンピュータルームから、科学忍者隊に関する重要データが盗み出された。しかも、犯人は南部博士と並ぶISOの重要人物、ボロンボ博士であった。ギャラクターを装って博士に接触し、データの奪取と動機を調べようとする健。博士の娘が人質に取られているということを聞き出すが、逆襲に転じた博士によって自由を奪われてしまう。その時、カッツェから連絡が入り、博士は健を置いて取り引きに向かってしまった。

マリアン海溝の海底1万メートル地点にあるISOの研究所で、研究技師から連絡が途絶えた。調査のため、健とジョーは二人で小型潜水艇マリンサタン号に乗り込み、深い海へと潜っていく。しかし、二人の潜水艇を猛スピードで追い越し、先回りするかのように研究所へと向かう謎の潜水艦があった。そんな中、ジョーは幼い頃の忌まわしい記憶が戻りつつあり、激しい光に反応して身体の不調を感じるようになっていたのだが…。

マリアン海溝の海底1万メートル地点にあるISOの研究所で、研究技師から連絡が途絶えた。調査のため、健とジョーは二人で小型潜水艇マリンサタン号に乗り込み、深い海へと潜っていく。しかし、二人の潜水艇を猛スピードで追い越し、先回りするかのように研究所へと向かう謎の潜水艦があった。そんな中、ジョーは幼い頃の忌まわしい記憶が戻りつつあり、激しい光に反応して身体の不調を感じるようになっていたのだが・・・・・・。

ギャラクターへの資金援助を断り、命を狙われるドクアール国大統領。彼の護衛に向かった科学忍者隊は、熱烈な歓迎を見せる飛行場を避け、密かに国内へと潜入する。しかし、官邸で出迎えた大統領を、健は偽者であると見破った。大統領は既に殺されており、屋敷はブラックバード隊が占拠して待ち構えていたのだ。襲い来るブラックバードに対抗する忍者隊であったが、毒ガスの噴き出す部屋へと追い詰められてしまう。

ギャラクターへの資金援助を断り、命を狙われるドクアール国大統領。彼の護衛に向かった科学忍者隊は、熱烈な歓迎を見せる飛行場を避け、密かに国内へと潜入する。しかし、官邸で出迎えた大統領を、健は偽者であると見破った。大統領は既に殺されており、屋敷はブラックバード隊が占拠して待ち構えていたのだ。襲い来るブラックバードに対抗する忍者隊であったが、毒ガスの噴出す部屋へと追い詰められてしまう。

ジュンの靴の解析結果から、ギャラクターはバードスタイルの変身を解除する兵器･メガザイナーを完成させてしまった。南部博士の呼び出しに変身してG-2号機で向かうジョーに、メガザイナーが襲い掛かる。メカの変身を解除されながらも、なんとか危機を脱したジョーであったが、他の4人はジョーの到着を待たずにギャラクターに破壊された都市へ出動してしまう。しかしそこには、カッツェが罠を張って待ち構えていた。

ジュンの靴の解析結果から、ギャラクターはバードスタイルの変身を解除する兵器・メガザイナーを完成させてしまった。南部博士の呼び出しに変身してG-2号機で向かうジョーに、メガザイナーが襲い掛かる。メカの変身を解除されながらも、なんとか危機を脱したジョーであったが、他の4人はジョーの到着を待たずにギャラクターに破壊された都市へ出動してしまう。しかしそこには、カッツェが罠を張って待ち構えていた。