ダアクを探し、沙織の家にたどり着いたミルモたち。そこには、ダアクから新たな力を与えられたアクミとワルモ団が待っていた！セッション魔法を駆使してアクミたちをけちらし、ミルモたちは沙織の部屋にある鏡の中で、ダアクと対面する。完全復活前にもかかわらず、強大な魔力を誇るダアク！はたしてミルモたちの運命は！？

完全復活に向けて、本格的に動き出したダアク。沙織を利用して人間界を悪の心で満たし、その影響により人間界と妖精界をつなぐ「ほころび穴」があちこちにでき始める。大混乱に陥る妖精界に危機感を抱いたガイア族は、ミルモたちを呼び出して全ての事情を説明し、ダアクを再び封印すべく協力を命じる！

沙織がフルート演奏でテレビ番組に生出演することになり、楓たちは松竹グループのテレビ局へその見学に行く。有名人を探して局内をうろつくミルモ、自分をアイドルデビューさせろとプロデューサーに頼みこむ安純。ミーハー気分いっぱいの一同だったが、そこにまたしてもダアクの魔の手が忍び寄る！

ある日の朝、通学中の楓たちは、突然落とし穴に落とされる。それは、安純の弟・瑞希率いるFDC（不思議大好きクラブ）のしわざだった。安純の周りで起こる超常現象の数々を解明すべく、本格的に調査を開始したのだ。その日の放課後、川原を歩いていた楓はたまたまFDCの秘密基地を発見してしまうが・・・。

結木くんの部屋に集まり、松竹グループのゲーム会社が作った『ボックエ』をプレイするミルモたち。するとそこに、アクミとワルモ団が同時に襲いかかってきた。様々な魔法が入り乱れて激突し合い、部屋は強いエネルギーに満ちた光に包まれる。そして目が覚めた一同は、なぜかゲームの世界に閉じ込められてしまっていた！

国王マルモが、久々に人間界を訪れた。が、公務を忘れて遊んでばかりのマルモ。レストランで食事の際、マルモはアクミに大量のタバスコを飲まされ様子が急変。なんと、とうがらしを食べた妖精は「ぶっちゃけ病」にかかり、記憶喪失になるというのだ！マルモの記憶を取り戻そうと、必死に治療法を探すミルモたちだが・・・？

打倒ミルモを目指し、人間界で修行にはげむヤシチ・サスケ・ハンゾーの前に、忍者の格好をした女の子妖精・ヤマネが現れた。彼女はネズミの妹で、憧れのヤシチに弟子入りしようと人間界にやって来たのだ。忍者としてかなり腕のたつヤマネだったが、ヤシチはそんなヤマネの申し出を断り、里へ帰れという。

ミルモのもとに、妖精通販から品物が届いたが、注文したのとは全く違うものだった。文句を言いにミルモたちはミモモショップへ行くが、そこには臨時バイトの妖精クモモが。クモモはおっちょこちょいで、注文を間違えてばかり。このままでは店に客が来なると心配したミルモたちは、お店を手伝ってあげることにする。

別荘に続き、松竹くんはみんなを動物園に招待した。ド迫力の松竹アニマルワールドに大はしゃぎのミルモたちだったが、そこにダアクの魔の手が・・・。ダアクの指令を受けてアニマルワールドに潜入したアクミは、魔法で楓と結木くんを「南極体験館」に閉じ込めてしまった！このままでは、二人が凍えてしまう！

ささいなことから、大ゲンカをしたミルモと楓。楓の家を飛び出したミルモは、真里奈という女の子にいきなり捕まる。真里奈は、一年前に妖精界へ帰ってしまった自分のパートナーの妖精・ソフトとミルモを間違えたのだ。ソフトに会いたがる真里奈のために、ミルモはソフトを探すことにするが・・・。

今年の夏も楓たちを別荘に招待する松竹くん。目的はもちろん、楓のハートをゲットすること。しかしそんな松竹くんのもとを、ひとりの女の子が訪れる。彼女の名前は梅園桃。松竹グループとトップを争う世界的大企業、梅園グループ会長の孫娘。桃は松竹くんのことが大大大好きで、別荘にも一緒に行きたいと言い出した！

アクミの前に突然、自称「アクミの彼氏」のミレンという妖精が現れる。自分に対して冷たくなったアクミを追いかけて、人間界までやって来たのだ。しかし、アクミはミレンがうっとうしくてしょうがない。アクミに嫌われ落ち込んだミレンは、偶然ミルモたちと出会い、何も知らずにミレンの恋愛相談に乗るが・・・。

ミルモたちのセッション魔法に敗れたワルモ団は、アクミより先にミルモを捕まえようと作戦を練る。そんな彼らは「ちぇんじクッキー」を入手。このクッキーを二つに割って別々の者に食べさせると、その二人が入れ代わってしまうのだ。そうとは知らずに、ミルモと楓はクッキーを食べてしまう・・・。

アクミの魔法にかかりミルモたちが石になってしまった！楓が元の姿に戻す方法を探す間、エンマ先生と妖精学校の生徒がアクミたちと戦う。一方ヤシチは、手当たり次第に人間を攻撃するアクミたちのやり方に疑問を抱く。ようやく魔法が解けたミルモと、ヤシチの心がひとつになった時、発動した魔法、それは・・・！？

楽器職人トプルの手で生まれ変わったミルモたちの楽器には、新たな力が秘められていた。持ち主の集中力が最高になった時、それぞれの楽器の得意魔法が発動するようになっているという。しかし当の本人たちはそのことを知らず、なかなかうまく楽器を使いこなせない。そんな折、ダアク一味が楓たちの学校を攻撃してきた！

カビの季節がやって来た。大好物のくもっチョにまでカビが生えて、ミルモは大ショック。その頃、アクミは人間界に「悪の花」を咲かせようと、野菜に生えたカビに魔法をかけ、「カビラ」というモンスターを誕生させた。しかしカビラはアクミの言うことを聞かずに暴走し始めた・・・！

グルミの村に突然ほころび穴が出現し、吸い込まれたキンタの弟分・ポンタは、人間界に落とされて行方不明に。同様にして人間界へ来たキンタは、ミルモたちと協力しポンタを探す。その頃ポンタはサスケとハンゾーに出会い、仲良くなっていた。一方、ダアクから指令を受けたアクミは、マサコに魔法をかけるが・・・？

沙織のフルート・リサイタルが公会堂で行われることになり、楓たちの中学校は大騒ぎ。だが、当の沙織は相変わらずの様子。そんな折、ミルモが沙織の指にケガを負わせてしまう。責任を感じるミルモ、気丈にふるまう沙織。そしてリサイタル当日。ミルモと楓が心配そうに見守る中、沙織の演奏が始まる・・・。

今日こそムルモに想いを伝えようと誓ったパピィ。しかし、イザというところで失敗してばかり・・・。ムルモからもすっかり嫌われ、パピィは激しく落ち込んでしまう。そんな時、突然二人の前にアクミが現れ、ムルモが捕えられてしまった。アクミはミルモを自分の手下にするためムルモを人質にしたのだ！

いつまでもミルモを倒せないワルモ団は、原因を押し付け合い、仲間割れのあげくついに解散してしまう！ミルモ打倒の夢を捨て、新生活を始める元団員。イチローは八百屋でジローは大富豪、サブローが運送屋でシローはアイドル歌手、そしてゴローは占い師！？ヤシチは何とかワルモ団を再結成させようとするが・・・？

人間界に「母の日」があることを知ったミルモとムルモ。二人は、サリアのために感謝の気持ちを込めて何かしようと考える。しかしそんな折、突然サリアが病気で倒れた！病気を治すには、人間界の海底にあるという幻の海藻が必要だという。サリアの命を救うべく、ミルモとムルモは潜水艇に乗り込む！

今日こそリベンジをと、ミルモに何度も戦いを挑むアクミ。しかし、ことごとくリルムにジャマされ、怒ったアクミは先にリルムを片付けようとする。そしてアクミとの魔法対決に敗れたリルムは、一輪のパンジーの花に姿を変えられてしまった！楓たちが魔法を解く方法を必死に探している中、結木くんは・・・。

楓たちが社会科の授業でお菓子工場を見学すると聞いたミルモは、妖精学校の先生を説得して同じくお菓子工場見学をすることに。松竹家が経営するその工場で、実は松竹くんは楓を喜ばせるためにあるモノを用意していた。一方、たまたまそこを通りかかったアクミは、人間たちを困らせようと悪だくみをして・・・？

登校時、沙織は校門の前で安純の弟の瑞希に話しかけられる。姉に忘れ物を届けにきたのだという瑞希は、UFO、幽霊、超能力などの「不思議なこと」が大好き。妖精の見えない瑞希は、安純の部屋で繰り広げられるヤシチたちの騒動を霊のしわざだと思い、「不思議大好きクラブ」の名にかけて、独自の調査を開始する・・・。

楓のクラスに江口沙織という女の子が転校してきた。中学生にして、天才的なフルート奏者だという。楓は友達になろうと話しかけるが、無愛想な沙織となかなか打ち解けることができない。そんな折、沙織は楓の肩に乗っているミルモに気付く。なぜか妖精と暮らしていない沙織にもミルモたちの姿が見えるらしい！？

長い間魔法を使い続けた代償に、魔力を使い果たしたミルモたちの楽器が次々と壊れてしまう。それらを直してもらうべく、ミルモたちは楽器職人トプルのもとを訪ねた。一方、妖精界の危機を救った楓は、その活躍を評価され妖精学校を卒業することに。マイクも失い、内心寂しく思う楓だったが・・・。

時間鳥を追いかけて、楓たちは古代の妖精界に向かう。しかしそこでは、妖精たちの激しい争いが繰り広げられていた！このままでは、妖精界の歴史が全て変わってしまう。楓たちはみんなを仲直りさせ、妖精界最大の危機を救うことができるのか！？

ワルモ団が時の宝玉を壊したせいで、妖精界の時間が止まってしまった！時間を元通りに動かす方法を探す一同は、時の宝玉が「時間鳥」の産んだタマゴなのだという話を聞く。時間鳥を捕まえるため、楓たちは今、はるかな時を超える旅に出る！

ワルモ団のアジトを、小悪魔妖精アクミが訪れた。アクミは、時の神殿から盗み出した「時の宝玉」をワルモ団に渡し、ミルモを倒すためのアドバイスを授ける。ワルモ団はそれを利用して過去の世界に向かい、そこでミルモをやっつけようとたくらむが・・・？

安純から「男らしさが足りない！」と叱られた松竹くんは、楓に振り向いてもらえるような一人前の男になるべく、平井からの自立を目指す。しかし、急に自分のことを頼らなくなった松竹くんに対し、平井はとまどいを隠せない・・・。