次なる伝説のクリーチャーが巻物に浮かび上がったとき、突然石になってしまったボルツとキャップ! ジョーとキラは危険な力を持つクリーチャーを探し出すために、禁断の古代遺跡へ向かった。遺跡ではジェンドルとヒミコが現れて…。

ハイドにガイアール･カイザーを奪われてしまったことをずっと悔やんでいたボルツ。そんなボルツの前に現れたのは、ガットル3のエスパー･マギだった! しかもマギの手には、ガイアール･カイザーが!! ボルツは奪還のチャンスをものにすることができるのか!?

アルカディアスと心が通じ合ったことが嬉しくてたまらないジョーは、絵を描いてその思いを表現していた。こうして誕生したのは、ハッピーな感情があふれ出す新たなるジョーカーズ! しかし、このジョーカーズがきっかけとなり時空が滅茶苦茶になってしまい…?

ジョーの前に立ちはだかるのは、ジェンドルの切札･聖魔連結王ドルファディロム! アルカディアスを白鳳のもとに戻すべく、ジョーは闘志を燃やしていた。ジョーとジェンドル、直接対決もいよいよ後半戦! 勝負の行方は果たして…?

見たこともないカードを次々と繰り出すガットルズに対し、ジョーは闘志を燃やしていた。そんなジョーの前に現れたのは、ゼーロジュニア! どうやらジョー達の知らないところでガットルズと接触しているらしい。その一方で、ジェンドルは次の一手に向けて動き出そうとしていた…

ガイアール･カイザーの手がかりを求めて過去にタイムスリップしたジョー達。しかし、そこに待ち構えていたガットルズの罠にはまり、ジョーとキャップはヒミコに洗脳されてしまった! 一方、行方不明になってしまったボルツ! ジョー達はこのピンチを乗り越えられるのか?!

巻物に新たなクリーチャーのシルエットが出現した! ジョー達が次に探しに行くのは…ガイアール･カイザー!! 早速ピョンチキの力で過去へ向かうジョー達だが、たどり着いたのはなんと江戸時代だった。果たしてこの時代に手がかりは見つかるのか?!

どこへ行くときもジョーと一緒の相棒･デッキー。ある休日、ジョーはいつものようにデッキーと出かけようとすると姿が見当たらない! どうやら誰かにさらわれてしまったらしい!! モモキングとピョンチキが必死に探していると、なぜか次々とデュエマを挑まれるキラの姿が?!

なかなか伝説のカードを見つけられずにいるジョー。キラ達と河越の街を歩いていると、突如ピョンチキがカードの気配を察知する! その場所はなんと、人々からお化け屋敷と呼ばれている家だった!! そこでジョー達は「三種の神器」の看板を発見する。果たしてカードの手がかりになるのか?!

今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしてゼーロの息子･ゼーロジュニア! どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが…

ジョー達と同じく伝説のカードを探している謎の組織･ガットルズ。彼らを従えるジェンドルは、新たな仲間を入れることを画策していた。狙いは「破壊王ライトニング･ジェレミー」と自ら名乗る男だ。決して強くはないジェレミーをスカウトしようとするジェンドルの狙いとは一体…?

謎の巻物に「12枚の伝説のカード」を見つけるよう命じられたジョー。カードを見つけるための鍵は、どうやら過去にあるらしい。過去に飛び込むため、ジョーは新たなクリーチャー･ピョンチキを生み出す! その一方で、同じく伝説のカードを集めようと目論む「ガットルズ」が暗躍し始めて…?

今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしたゼーロの息子･ゼーロジュニア! どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが…。