【最終話】ついにシャーマンキングへと至り、新たなる神となったハオ。圧倒的な力を前に、次々と倒れていく仲間たち。人類滅亡へのカウントダウンが進む中、霊と対話するシャーマンである葉たちは、まだ希望を捨ててはいなかった――。

9人目の祭司であるシルバを倒し、最後のプラント『宇宙』へと足を踏み入れる葉たちの前に、最後の祭司･ラザホーが立ちはだかる。不可解にして強力無比なラザホーの技を前に、絶体絶命のピンチに陥る葉たち。そしてついに、誰もが恐れていた究極の絶望が目を覚ます……!!

高原プラントで束の間の安息を終えた葉たちは、改めて祭司カリムへと挑む。再開された死闘の最中、ついにホロホロの抱えていた闇が明かされる……。そして、残りのプラントを踏破していく葉たちの前に、ついに、あの男が立ちはだかる!!

ホロホロの担当祭司であるカリムの元へたどり着いた葉たちは、度重なる激闘により体力を消耗していた。カリムの忠告により、ひとまず体を休めることにした葉たちのもとに、思いも寄らない“プレゼント”が届けられる。それは、ハオを倒すための切り札となりえるのか!?

あらゆる自然環境を再現した十のプラントと、それを守る十人の祭司の撃破。それがハオの下にたどり着く唯一の方法であった。仲間たちの尽力と犠牲により、着々と前に進み続ける葉たちだが、ついに、ハオが王の社へとたどり着いてしまう。新たなシャーマンキングの誕生まで、ほとんど時間は残されていない——!

ついにシャーマンファイトの勝者が決定する。人類の滅亡を阻止するため、ハオとグレートスピリッツとの融合を阻止しようとする葉たちだったが、新たなシャーマンキングの誕生を守るべく、パッチ族が行く手を阻む。その中には、かつて葉を導いてくれた、あの男の姿が!?

決戦の地へと赴く葉たちの前に、所属不明の大艦隊と、X-LAWS最強の切り札が立ち塞がるが、ハオの圧倒的な力により一掃される。そして、第2トーナメントの会場へと足を踏み入れた葉たちが下した、まさかの決断とは……!!

ついに幕を開けた「ふんばり温泉チーム」VS「チームTHE蓮」。雷の如き苛烈な蓮の巫力、ホロホロの凍てつく巫力を受けた葉が、反撃しようとしたその刹那、スタジアムに意外な人物が乱入した。さらに、ガンダーラのサティが発した言葉により、事態は思わぬ方向へと転じていく……!

真意の読めないハオに不信感を募らせ、離反するハオの手下たち。そして、奥の手を使いハオに傷を負わせることに成功したアンナに対し、ハオは、究極のオーバーソウルを顕現させる。一方、葉たちは決着を付けるべく、再びシャーマンファイトの舞台に立つ!!

葉たちが地獄での特訓をしている頃、現世では、ハオの差金による不意打ちに倒れたジャンヌを守るべく、マルコとたまおが必死に抵抗を続けていた。また、ハオに敗れたX-LAWS「X-Ⅱ」の最後の抵抗が、思いもよらぬ危機を招いていた。

ガンダーラのリーダー･サティの手により、地獄に堕ちた葉。地獄の奥底で葉の前に現れた人物の正体とは? そして、ガンダーラが葉たちを地獄へ送った真意とは? 混迷を極めるシャーマンファイトの最中、葉たちの前に、かつてない試練が立ちはだかる!!

ホロホロの活躍により「チーム･明王」に勝利した「チームTHE蓮」。だがそれは「ふんばり温泉チーム」との対戦を意味するのだった。また、ハオ組勢力も着々とシャーマンファイトを勝ち上がっていく。その頃、決意を新たにする葉たちの元に、怪しげな集団が近づいていた……。

ハオ一派、X-LAWSに続く、三大勢力であるガンダーラの「チーム･明王」と「チームTHE蓮」の試合が始まった。オーバーソウルを無効化するヤイナゲの不可解な技に苦戦する蓮が新たなる力を解放する! 激闘の末に勝利を掴み取るのはどちらか!?

シャーマンファイトに復帰するため、X-LAWSと交渉しに来た葉だったが、ラキストの乱入により、混戦状態へと突入する。激突するマルコとラキストを止めるべく、ある作戦を実行する葉とリゼルグ。激しさを増す戦いの中、X-LAWSのリーダーであるジャンヌが姿を現す!

突然葉たちの前に現れたオパチョ。ハオのおつかいでやって来たオパチョから伝えられたのは、葉にとって根が深い問題だった。シャーマンキングへの夢と交わした約束。自分は一体どうするべきなのか? 葉が出した結論とは……?

ゴーレムの膨大な巫力を狙うハオに襲われ、ピンチに陥る葉とルドセブたち。しかし、葉のオーバーソウルを見たハオは、突然立ち去ってしまう。だが今度は、不足したエネルギーを求めるゴーレムが暴走を開始。迫りくるゴーレムを前に葉は、ある作戦を提案する。

幹久のチームメイトであり、ゴーレムを操るルドセブとセイラーム兄妹。彼らの父を殺したのは、あの男だった。復讐のために過ちを犯そうとする二人の前に、悲しみの連鎖を断ち切るべく、葉が立ちあがる!!

ハオの手下である、ブロッケンたちに襲われていた「ICEMEN」を助けるべく、加勢に入ったホロホロ。圧倒的な巫力を持つブロッケンを突破するため、ホロホロが秘策を繰り出すが尚もピンチが続く。危機的状況の彼を救ったのは、思いもよらない人物だった!

ジャンヌによる蓮の蘇生が完了し、葉のシャーマンキングへの道が閉ざされてしまう。一方、死を乗り越えた蓮の巫力は劇的にパワーアップしていた。その頃、優勝候補たちとの圧倒的な巫力の差にショックを隠せないホロホロは、人知れず海岸を訪れていた……。

人々の念によって生まれた大鬼は、アンナを連れて逃げてしまう。彼女を救うべく、恐山へと足を踏み入れる葉とマタムネ。アンナの能力によって呼び寄せた霊を喰らい、強大になった大鬼を討つ術は果たしてあるのか……。マタムネが葉に語る、たった一つの勝算とは!?

ほんの少しずつではあるが、お互いの距離を縮めた葉とアンナ。年の瀬も迫る中、葉は一緒に初詣に行かないかとアンナを誘う。だが、人の心が読めてしまうアンナの能力によって、事態は急展開を迎える!

顔も知らない許嫁に会うため、マタムネと共に旅に出た幼き葉。だが、アンナと出会った葉とマタムネの前に、鬼が現れ暴れまわる。マタムネに助けられ事なきを得た葉だったが、アンナは葉を拒絶し突き放してしまうのだった……。

ジャンヌの示した条件を飲み、シャーマンファイトを辞退した葉。彼の決断を受け入れ、思い思いの気持ちで去っていく仲間たち。全てを受け入れ、シャーマンキングへの道を諦めた葉を前に、アンナは、2人の出会いを思い出していた。

蓮を救うため、ジャンヌが示した条件はあまりにも残酷な提案だった。一方、アンナ、たまお、道 潤は、幹久のチームメイトであるルドセブたちを助けるべく、ハオの手下である花組に挑む。戦いがヒートアップする中、戦いに割って入ったのは……!?

ハオの手下の1人、ペヨーテ･ディアスの凶刃に倒れた蓮。瀕死の蓮を連れ、なんとか逃げ切ろうとするホロホロとチョコラブ。そこへ、葉たち「ふんばり温泉チーム」が駆けつける。ファウストでも治せないほどの酷い傷を負った蓮だが、そんなピンチに葉が呼んでいた意外な助っ人とは?

葉の父･幹久の圧倒的な強さを前に、実力の差を思い知らされた蓮だが、ついに幹久の攻撃を見極めることに成功し、新たな力を手に入れる。本格化していくシャーマンファイトの裏で暗躍するハオたち。喜ぶ幹久と「チームTHE蓮」の元に、魔の手が迫っていた!!

葉によって明かされた驚愕の真実に動揺を隠せない一同だが、それでも仲間たちの絆は揺るがない。その後、葉たちと別れた「チームTHE蓮」の前に、仮面で顔を隠した怪しげな修験者が現れる。君たちはまだまだ強くなれると語る、その人物の正体とは!?

「X-Ⅲ」による命を賭けた一撃すらも、ハオには全く届かなかった……。その事実を前に、無力感を味わう葉。しかし、持ち前のユルさで立ち直り、すべてを受け入れる決心をした葉は、仲間たちに麻倉家とハオとの千年に及ぶ因縁、そして己の出生の秘密を語りはじめる……。

「ICEMEN」との試合を終えた葉は一人、リゼルグの元を訪れる。久しぶりの会話を交わす二人だったが、その様子を影から見ている者たちが……。そして翌日、トーナメント会場では、ついに「X-LAWS」のチーム「X-Ⅲ」と、ハオ率いる「星組」による対決の火蓋が切って落とされようとしていた。

ファウストの新たなオーバーソウルと、その圧倒的な巫力に圧倒されるICEMENだったが、一瞬の隙を狙って反撃を開始する。葉に向けて放たれた相手の氷結攻撃をとっさにかばい、氷漬けにされてしまった竜。ふんばり温泉チームの初戦の行方は……?