中宗は腸閉塞によって薬もはりも効果がない状態になっていた。日ごとに弱ってくる中宗。このままでは危険であり、治療するためは開腹手術しかないとチャングムは考えていた。しかしその危険で無謀な治療法を巡って、内医院をはじめ皇后や大臣らの激しい反対に遭う。そうした中、中宗が治療法を決断する。中宗が下したその治療法とは・・・

ジョンホを慕うチャングムの気持ちを知った中宗は、怒りと嫉妬を覚える。ジョンホに会うため承政院の執務室に行った中宗はチャングムとジョンホが話しているのを立ち聞きし、さらに嫉妬に駆られるのだった。一方、チャングムに側室がつける装身具を贈るようにとの皇太后から圧力がかかる。そこで中宗はジョンホと、チャングムが渡したある贈り物を賭けて弓の競争をする。

ミン・ジョンホは大臣たちの反対にもかかわらず、中宗の命に従い王命書を作成する。シン・イクピルはかつて弟子であったチャングムに上官として仕え、心から尊敬し認めることを明らかにする。ある時、中宗が医女室にチャングムを訪ねてくる。散歩をしながら話を交わす2人。中宗は王としての苦悩や人間として信頼を得ることについて話をする。そんな中宗の様子を見ていられない皇太后がチャングムを側室にと言い出す。

息子のキョンウォン王子の病気が、天然痘であるというシン・イクピルの診断を聞いた皇后は驚きを禁じえない。天然痘にかかった王子に何の力にもなれないことを嘆く皇后。母として快方に向かうことをただ祈るしかない。しかしキョンウォン王子の病状は日増しに悪化していき、皇后はチャングムを呼んでくるよう命じる。その命を受けて宮中に戻ったチャングムは、誠心誠意キョンウォン王子の治療にあたる。

チャングムを王の主治医に任命するという中宗の命令を聞いたジョンホは、ぼう然とした表情で辞職願を出す。そして宮中から出ることを決意。ジョンホとチャングムの2人は、すべてのことを置いたまま宮中をあとにする。そのころ宮中では、皇后やヨンセンらの忠告にもかかわらず、チャングムが主治医になる王命を受けたことが原因で大混乱に陥っていた。

チャングムは病気になった民衆の世話をしながらさらに医術に力を注ぐことにし、宮中を離れ活人署へ行く。長い間、母とハン尚宮の意思を敬い前だけを見て生きてきた彼女。これからは真心を尽くし病人の世話をしながら、ジョンホとの愛も育てていくことを描いていた。ある日チャングムが皇后に呼ばれて宮中に行くと、医女として到底受け入れられないことを命じられる。そのころ水剌間では、最高尚宮選定のための競合が行われミン尚宮も参加していた。

司憲府に関係者全員が集まり、各自が陳述するとチェ尚宮とオ・ギョモの陳述が対立。そこに決定的な証人が現れ、事件の全貌が明らかになる。尋問をする役を仰せつかったチャ・チャンソンはオ・ギョモとチェ尚宮ら関係者すべてを護送する。チェ尚宮は途中で逃亡するが、むだなことと悟る。そしてチャングムの母であるミョンイの墓の前で、自分と一族の過去を後悔するのだった。

ヨンノはチャングムにチェ尚宮とオ・ギョモ側から受け取った手形封筒を差し出し、取り引きを持ちかける。チェ尚宮はミョンイの死に対してチャングムに許しを請う。オ・ギョモ側の動きを知ったチェ尚宮は、司憲府に向かったヨンノを拉致する。一方、ジョンホはオ・ギョモが倭寇と密輸したという確実な手がかりをつかんでいた。そのころチョン・ユンスの遺書の話を聞いた皇太后は、遺書を入手するよう命じる。

チャングムの処方によって中宗は皮膚病が好転し、このことでチャングムは中宗と中宮の厚い信任を得る。ジョンホはオ・ギョモの不正を明らかにする手がかりをつかみ、それを解き明かすことに専念する。一方、内医院の責任者であるチョン・ユンスの誤診が明らかになる。すべての状況が不利になる中、オ・ギョモとチェ・パンスルは自分たちの秘密を知っているチョン・ユンスの扱いに苦慮する。

王の食事に毒きのこを使用した嫌疑を受けていたチェ尚宮とクミョンは、チャングムによって汚名を晴らすことができた。中宗の病気にチャングムが下した診断と処方は、チョン・ユンスのそれとでは大きく違っていた。そこで病状の推移を見守るのは、チャングムの手に委ねられることに。一方、チェ尚宮とクミョンは自分たちを陥れた背後にいる勢力が内医院のチョン・ユンスだと確信する。そこでヨリを使って策を練るが・・・

ると、水剌間で証拠として押収したクミョンの合わせ調味料の入れ物から毒きのこが発見される。驚いたクミョンとチェ尚宮は強く反発する。そのころチャングムは、中宗の病気に関して疑問を抱いていた。解決のための糸口を探そうとチャングムが動き出す。

書庫に保管してあった中宗の診療記録を運び出した罪で、内待府に連行されたチャングム。しかしサンソン令監の助けで釈放される。チャングムをやり込めるよい機会と思ったチェ尚宮は令監に抗議するが、令監は内待府のことと抗議をはねつける。そこでチェ尚宮とチェ・パンスルは内待府から証言を手に入れ令監を圧迫する。とうとうサンソン令監は皇后にチャングムが診療記録を運び出した事実を告げる。

シン・イクピルの前でシンビがヨンセンの脈診をすると、ヨリの誤診が明らかになる。そこでシン・イクピルが間違った処方をした意図を追及するが、ヨリはとうとう最後まで口を割らない。これをきっかけにチャングムはアヒル事件の真相を明らかにしようと、出入りが禁止されている内需司へ行くことを決意。内需司に保管してある王の診療記録をこっそり運び出そうとするのだが・・・

チャングムは食中毒にかかったチェ尚宮を治療するために住まいへ出向く。しかたなくチェ尚宮もチャングムに治療を任せる。そのころオ・ギョモは中宗に、ミン・ジョンホが命令に服従しなかったと報告。そのためジョンホは任を解かれる。ところがその後に、疫病が流行した村からの報告書で中宗はチャングムとジョンホの活躍を知る。一方、ヨンセンが懐妊し淑媛の位を授かる。チェ尚宮と手を組んだヨリはヨンセンの世話をする医女として配属される。

チャングムを救うために疫病が発生した村にジョンホがやって来た。その村で彼は同僚たちに見捨てられ、悲しみに沈んでいたチャングムと再会する。やがて封鎖した村から抜け出した2人は村人と出会ってしまう。チャングムは裏切りにあったと怒る村人たちを説得させるために、ジョンホに薬を調達するよう頼む。ところが村を出ていったジョンホは、約束した時間になっても戻ってこない。

皇后は御膳競演の時に食べた料理の味が忘れられないとチャングムに夜食を作らせる。これを知ったクミョンは惨めな気持ちになる。ヨリはチャングムを追い払うためにさまざまなことを企み、そのためチャングムは同僚の医女たちや上官たちから誤解を受けてしまう。そのころ村で疫病が発生し、そこにチャングムが派遣されることに。村でもチャングムを苦しめるためのチャンスをヨリとチョン・ユンスが狙っていた。

皇太后は治療受け始めたが、治療を拒否している間に急速に悪化していた。シン・イクピルは治療法に頭を悩ませていた。そこでチャングムは皇太后が食事できるようにと丸薬を準備する。皇后とチョン・ユンスは丸薬の材料を知り激怒。担当医官を変えることを命じる。そんなある日、中宗がヨンセンの住まいを訪ねてくる。ヨンセンはミン尚宮に習ったとおりにこびを売ってみるのだが、何ともぎこちない。そんな彼女を中宗はかわいく思う。

皇太后は中宗に腹を立て病気の治療を拒否すると言い出す。チェ尚宮は畑の問題を解決しようと皇太后を利用する。そこにすでに官職から退いたイ・ヒョヌが皇太后をそそのかし、チャ・チャンソンとシン・イクピルを陥れ中宗の気勢をそごうとする。それを知ったチャングムは、師匠であるシン教官を救うために自分の命をかけた賭けを皇太后に申し出る。その賭けの答えを当てるために、クミョンとチェ尚宮までが加わることに・・・

チャングムは脈診結果と処方に釈然としない疑問を持つ。とうとう医女のヨリがはりを打っていると皇后がひどく苦しみだした。そこでチャングムは疑問点と自分の脈診結果を明かす。2人は内医院の医務官たちが見守る中、再び皇后を脈診するが2人の意見は真っ向から対立。そのころジョンホらは臣下に与えた畑を減らして、宮廷の財政問題を解決しようとオ・ギョモを弾圧する。オ・ギョモとその一派は危機を感じ、こっそりと策略を巡らす。

内待府の執務室でチャングムを見たクミョンは自分の目を疑う。そんな中、皇后に流産の兆しが現れる。話を聞いた水剌間、内医院などの関連する部署の尚宮らとチャングムが中宮殿に向かう。皇后の症状が緊迫する中、チャングムが看病を担当することになった。その時、女官長となったチェ尚宮が大慌てで中宮殿に駆けつける。チェ尚宮はチャングムを見てひどく驚くが、チャングムは堂々とあいさつを交わす。

シンビと一緒に患者の診察に出向いたチャングム。自分が浅はかな知識頼みであったこと、そして謙虚な心で病気を見ようとしていなかったことを悟る。そんなチャングムに再試験のチャンスが訪れる。シン教官から医員は聡明な人であるよりも、思いやりがある人でなければならないということを伝え聞いたチャングム。さらに医女としての勉強に熱心に取り組む。しかし宴会に参加しなかったチャングムとシンビはイ教官から落第点がつけられて・・・

典医監の訓練生となったチャングムは、最初から困難にぶつかる。以前、長官の子息の治療をしたことで担当教官であるシン・イクピルからにらまれたためだ。ジョンホはオ・ギョモらの不正を明らかにするために仲間に協力を仰ぐ。ウンベクは宮廷のことには関心がないと断るが説得される。一方、試験で落第点を取ったチャングムはシン教官にその理由を尋ねる。すると医女になる資格がないので諦めるようにと言うのだった。

海賊の将軍を診察したことでチャングムは、義禁府に連行される。しかしジョンホは役人の報告書がうそであることを知る。義禁府へ出向いて海賊たちの征伐に貢献した証拠を見せるが、内禁衛長の命令で内禁衛にとどまることに。チャングムは済州島へと向かう途中でハン尚宮が眠る場所に立ち寄り、墓だけでも建てたいと胸を痛める。ところがその場所では墓を建てられないと言う少年が現れる。その少年の顔を見て病気であると気付いたチャングムは・・・

チャングムは自分が打ったはりで、チャンドクを危険な目に遭わせたことが許せず練習に励む。ジョンホは献上する馬300頭を護衛するため、チャンドクとしばらく済州島を離れることに。その間は、薬の調剤をチャングムが受け持つことになった。ジョンホらが出発した後、海賊が侵入し島を占領。彼らは将軍の病気を治療してくれる医者を探していた。役人たちが逃げてしまい、仕方なくチャングムが診察してはりを打つことに・・・

官婢が宮中に戻れる唯一の方法は医女になることと知ったチャングムは、医術を習う決意をしてチャンドクを訪ねる。チャンドクは本格的に医術を教え始め、チャングムも勉強に励む。そのころ宮中では、チャングムを慕い泣いているヨンセンを見かけた中宗が彼女をいじらしく思っていた。そしてヨンセンは中宗の側室になることが決まる。一方、チャンドクとチャングムは高熱の患者に朝鮮人参を処方した医員を捜しに山中の穴蔵に出かける。

チャンドクは周囲から信頼を集め、医女として慕われていた。そんなチャンドクのもとで薬の調剤を手伝うことになったチャングム。そのころ宮中では、いなくなったチャングムを慕いヨンセンが悲しみに暮れていた。一方、クミョンはジョンホが済州島で水軍の武官職に就いたことを知る。済州島ではチャンドクが兵士たちを集めて何かを作っているとの話が。それを知ったジョンホとチャングムは・・・

済州島に幽閉されたチャングムは漢陽に戻ろうと何度も脱出を試みるが失敗してしまう。そんなある日、チャンドクという官婢が脱出方法を話してくれる。しかしまたもや失敗して捕まり戻ってくる。それを見たチャンドクは諦めることを学べと忠告する。チャングムは、自分と同じ身分でありながらあまりにも違う待遇を受けるチャンドクをいぶかしく思う。そのころ済州島にジョンホがチャングムを捜しに来ていた。

内医院長の主張で事件の真偽を明らかにするためハン尚宮とチャングムはもちろん、今回の事件の関係者全員が水剌間に集まった。審議の結果、硫黄を食べたアヒルに対する双方の見解が分かれる。そのため中宗が食べた料理と同じ料理を宮廷で働くホンイに食べさせる。アヒルを販売した店主は、厳しい取り調べに耐えられず自分の罪を認めるうその自白をしてしまう。このことでハン尚宮とチャングムは重い罪を問われることに・・・

湯治とハン尚宮のアヒル料理のおかげで元気を取り戻した中宗だったが、その後倒れてしまう。内医院でも原因が突き止められず宮中全体が大騒ぎとなる。こうした状況を知ったチェ・パンスルは侍医のチョン・ユンスと会い、責任を免れる方法があると持ちかける。オ・ギョモとチョン・ユンスは、ハン尚宮を内医院に呼んで食材について非難する。ついにオ・ギョモはハン尚宮が水剌間に出入りすることを禁じ、チョン・ユンスに現地調査を命じる。

チャングムとハン尚宮はミョンイの死の記録がなくなっているのを知る。ハン尚宮はチェ尚宮がヨンノをそそのかしたと見て、口止めのためにヨンノを倉庫に閉じ込める。チャングムはジョンホに助けを求めるが、ジョンホは内密の調査がありもう少し待ってほしいと頼む。さらにチャングムに対する自分の気持ちをほのめかす。一方、湯治場に行く中宗にハン尚宮とチャングムが同行するのを聞き、チェ尚宮とチェ・パンスルはひそかにある計画を相談する。