着実に成果を上げるカイと、まだバトルもできていないカズキ。正反対の2人がジェネシスアイランドでまた出会う。待ち受けるのは卑劣なわな、狩りの時間。「狩りに卑怯もくそもあるかよ!」。「もう、終わり」。

特別に憧れるミモリと、普通に憧れるアリス。背中あわせの2人が今、向かいあわせで対峙する。「どっちが正しいかわかんないけど、わかんないから、こうするね」。ぶつかりあう2人の瞳は、熱く輝く。

ヒイロが熱いバトルを繰り広げている頃、ミモリはアリスと出会う。すると2人の前に、悪名高き賞金稼ぎ・ジュスティーヌ姉妹が現れる。ミモリとアリスは、ジュスティーヌ姉妹からタッグバトルを挑まれるが...。

マイセルとのバトルで無事勝利を収めたヒイロ。次の相手となったのは、財善寺家の跡取り娘・財善寺ミヤビ。超大金持ちらしいゴージャスなバトルを展開するミヤビに、翻弄されるヒイロだったが...。

ヒイロが最初に遭遇したのは、古今東西あらゆる料理を極めた伝説の料理人・田部丘マイセル。負けてしまえば即失格となるバトルを挑まれたヒイロは、決意を持ってマイセルに立ち向かっていくが...。

全国大会に出場したヒイロたちを待っていたのは、ジェネシスカンパニーによる新たな大会・シャドウグランプリだった。世界中から集まる強豪プレイヤーに胸を躍らせるヒイロ。そして、新たなバトルの幕が上がる。

戦い続けるヒイロとルシアは、すれ違い、決して重なりあわない。それでもシャドバというつながりを信じて、ヒイロは全力でバトルを続ける。決勝戦の先にヒイロが目にするものは、戦いの終わりか、それとも...。

数々の熱いバトルを経て、ついに決勝戦が幕を開ける。かつての借りを返すため、ヒイロは再びルシアと相対する。交差する視線、ぶつかりあう想い。しかし、バトルのなかで2人の決定的な違いが明らかになる。

全国大会もいよいよ大詰め。準決勝にたどり着いたヒイロは、謎めいた少年・マウラと出会う。怪しげなほほ笑みと共に、トリッキーなカードを繰り出してくるマウラ。決勝戦を目指し、ヒイロが強敵に立ち向かう。

1回戦に勝利したヒイロは、2回戦へ駒を進める。相手はプロの牙倉セイヤ。物腰柔らかなセイヤだが、瞳の奥には熱い炎が渦巻いている。ヒイロは、ルシアとのバトルでは見せなかった「本気のセイヤ」に挑むことに。

見事、全国大会への出場を決めたヒイロ。厳しい予選をくぐり抜けた先に待っていたのは、強者のみが集う決勝トーナメントだった。第1回戦の相手として現れたのは、フードを被った「Ecila」と名乗る謎の少女で…。

全国大会に出場するため、ヒイロはマスターランクを目指す。バトルに勝ち続けるヒイロだったが、あと一歩のところで届かない。そんな時、ヒイロの前にグランドマスターランクの男、レオン・オーランシュが現れる。

勉強、スポーツ、そしてシャドバとどれを取っても隙がない少年・夜那月ルシア。誰もが羨む才能を持ちながら、自らを追い込みストイックに生きるルシアの前に、プロプレイヤーの牙倉セイヤが現れる。

いつものようにシャドバスタジアムでバトルをしようとしたヒイロは、店舗大会が開催されていることに気づく。初めての大会にわくわくしつつ、参加を決めるヒイロ。すると、そこに遅れてカズキもやってくる。

ヒイロの友達・天宮ミモリは自分が“普通”なことにコンプレックスを抱いていた。そんなミモリの憧れは、国民的アイドル・黒羽アリス。ある日、アリスのポスターを眺めていたミモリの前に、謎の少女が現れる。

ヒイロは天青学園でのバトルで連戦連勝を重ねていく。そんな彼の前に、ヒイロの1年後輩である伊集院カイが現れる。カイはヒイロの友達である進藤カズキを圧倒した後、ヒイロに挑戦状を叩きつける。

ヒイロは静まり返った夜の公園で夜那月ルシアと出会う。ルシアもシャドバが好きなのだろうと思ったヒイロはバトルを挑み、ルシアもヒイロの挑戦を快諾する。その瞳は、刃のように鋭く細められていた…。

天青学園に通う竜ヶ崎ヒイロは人気のデジタルカードゲーム・シャドウバースをプレイしたかったが、祖父・シゲフミにスマホを買ってもらえないでいた。ある朝、登校しようとしたヒイロは自分を呼ぶ謎の声を聞く。