絆が力に変わり、ついに「アルティメットレジェンド・ドラゴン」が降臨。7人の想いを乗せ、究極の伝説が咆哮を上げる。「どんな敵が相手だって、絶対に諦めない!それが俺の!」「僕たちの!」「シャドバだ!」。

レオンが使ったスペルカード、「シャドウ・モード」は大いなる力をもたらした。世界を進化させるために、レオンもまた進化する。「私は君の敵だ。だが世界にとっては...救世主さ」。怒ったヒイロは...。

エイジの全力を受け、倒れ伏すヒイロ。インフィニットフレイムドラゴンを破壊された今、ヒイロになすすべなど残されていなかった。「終わってない。負けてない...」。それでも、ヒイロは立ち上がる。

7人の選ばれし者たちは、真実の希望を掴み取った。その証として、天空に巨大な城が現れる。伸びる階段は遠く、高い。けれど、彼らにはもう恐れるものなど何もない。いよいよ、本当のバトルが始まる。

わかっていた、知っていた。それでも夢を見たかった。月光のもとで、はかなき願いがたゆたい、震える。「今日も満月ですね、兄さん」とシオリ。ルシアは「あぁ...、嘘みたいにきれいだ」と答える。

主人公・竜ヶ崎ヒイロと仲間たちが、「シャドバ」で熱いカードバトルを繰り広げるストーリー。それは罪。...仲間を傷つけた罪。それは罰。...世界を滅ぼそうとした罰。罪人たる2人の邂逅は、必然なのだ。

テストを解けば毎回100点満点を取る。剣道の授業を受ければ見事に1本。バトルをすれば誰も寄せ付けない連戦連勝。そんなカイは超天才、何をさせてもまさに完璧。...恐らくは、そのはずなのだが...。

「肉味噌チャーハン大盛り、お待たせじゃんねー!」。夢のなか、理想のなか、幻のなか。それでもカズキは“いつも”と変わらない。だから、どんな試練が訪れようと、“いつも”のように乗り越えるだけ。

いつだって自分らしくいたい。自由に生きるのが好き、縛られるのが嫌いな黒羽アリス。雑踏の中に紛れるアタシは、誰かと一緒の“普通”なアタシ。「あは♪選べないかも!自由ってサイコー!」。

天宮ミモリ、14歳。好きなものは紅茶で、嫌いなものは怖いこと全般。得意なことは、歌うこと。ステージに立ち、誰よりも輝く私は、誰にも負けない“特別”な私。「私、アイドルやってます!」。

「ヒイロ...俺とバトルしろ」。迷い込んだ異世界でヒイロはローウェンと相対する。なぜここにいるのか、どうして出会ってしまったのか。わからないからこそ、バトルする。「やろうぜ、ローウェン!手加減なしだ!」。

天青学園に通う竜ヶ崎ヒイロ。大流行中のデジタルカードゲーム・シャドバをプレイしたいヒイロだったが、祖父のシゲフミにスマホを買ってもらえないでいた。自分の名を呼ぶ母の声に導かれ、ヒイロは日常へと戻る。

「敗北しろ。そして、世界の滅びをその目で見るがいい」。その相貌に面影はあるが、その双眼に情けはない。今やエイジはヒイロの父ではなく、世界の敵と化していた。そして、悲しくも激しいバトルが展開していく。

「久しぶりだな、この場所も。この匂いも。この風も」。それは突然の再会で予期せぬ邂逅。「まさか、父さんなのか...!?」。だが、ヒイロの言葉はエイジに届かない。それは突然の再会にして、予期せぬ断絶だった。

マウラの絶望が込められた「三種の神器・カード」の前に苦戦するヒイロとルシア。あふれ出す怨嗟、繰り返される呪詛の言葉、マウラはもはやマウラではなくなった。それでも、ヒイロにとってのマウラは「仲間」で...。

竜ヶ崎エイジの力によって、マウラは大量の虚の影に取りつかれてしまう。伸ばしても伸ばしても、マウラの手からは希望がすり抜けて消えていく。ついにマウラは己の運命を受け入れ、「世界の敵」となるが...。

選ばれし7人のうちの1人、マウラ・アベラルド。彼の孤独な運命は、彼自身を確実にむしばんでいた。被った仮面は嘘の仮面、そのため伝説のカードが輝くこともない。混乱と混迷のなか、マウラはルシアと相対する。

「悪いねぇ、2対1でさぁ。コイツに取りつかれちまったから、卑怯になっちまったのかなぁ?」「ズオウ、それは前から」ズオウとコウに対し、不利なバトルを強いられるカズキ。しかし、カズキは決して諦めず...。

操られたセイヤと相対するミモリ。その強大な力を前にしても、ミモリは決して退かない。「お遊びはここまでだ!君を食らい尽くしてしまおうか!」「諦めません!絶対に!」ミモリの覚悟が、古い伝説を呼び覚ます。

伝説のカードを手に入れたルシアの前に、彼の“最も戦いたくない相手”が現れる。「優しい兄さん。私が苦しんでるってことも、知らないんでしょうね」。最愛の妹・シオリの言葉がルシアの心を揺らがせる。

伝説のカードの遺跡にたどりついたカイとアリスを待ち受けていたのは、美しくも恐ろしき賞金稼ぎ・ジュスティーヌ姉妹。荒れ狂う闇のバトルを超え、カイとアリスは伝説のカードを掴もうとするが...。

虚の影の力を用い、ヒイロを追い詰めるシロウは、これでヒイロに勝てるはずと考えていた。だが、シャドバの強さは心の強さであり、決して諦めない意志こそが何よりも大事なのだと、彼は気づいていなかった。

虚の影に操られたタクマを救い出したヒイロ。数々の敵を超え、ヒイロはついに伝説のカードが眠る遺跡にたどり着く。果たして伝説のカードを手に入れることができるのか?黒き呪いの竜戦士が、ヒイロを値踏みする。

災いの樹によって、世界の時は止まってしまった。現れる「虚の影」、取りつかれ、操られた人々...。だが、訪れる終焉の最中、なおも7つの意志は輝いていた。「世界を救えるのは...君たち、選ばれし7人だけだ!」。

ついに明かされた第8のクラス・ネメシスクラスに、ヒイロは苦戦を強いられる。だが、ヒイロが対峙するべきはネメシスクラスだけではなかった。竜ヶ崎エイジの過去がひも解かれ、ヒイロにとって最大の試練が続く。

中央タワーに集まった選ばれし7人、ヒイロ、ルシア、ミモリ、カズキ、カイ、アリス、マウラに明かされた世界の秘密は「災いの樹」。全てを滅ぼす災厄の存在だ。世界を救うため、ヒイロたちは最後のバトルに挑む。

一進一退のバトルを繰り広げるヒイロとルシア。譲れない想いをぶつけあい、2人のバトルは加速する。「ルシア、今度こそ届くぜ。俺の心が...お前にっ!」「ヒイロ、君は強い。だけど君と僕は違い過ぎる...」。

シャドウグランプリの秘密を解き明かすため、レオンのいる中央タワーを目指すヒイロ。その行く手を、強さを追い求める闇の貴公子・ルシアが阻む。交わる視線、交わらない想い。避けられぬバトルが今、始まる。

謎のプレーヤー・シャドウナイツを倒したヒイロ。現れたのは、かつて全国大会でバトルをしたマウラだった。「マウラ...お前もシャドウナイツだったのか...!?」「まぁ少なくとも...あなたの敵には違いありません!」。

世界最強のシャドバプレーヤーを決める大会、勝者にはジェネシスカンパニーの社長の座が与えられる大会...それがシャドウグランプリ。しかし、全てはまやかしに過ぎなかった。今、レオン・オーランシュが動き出す。