海岸にたどり着いた太一たちは、同じ小学校の6年生･城戸丈とゴマモンに出会う。丈はゴマモンをパートナーと認めず、太一たちと一緒に行くことも拒んでいた。

森の中を進む太一と空はタネモンたちと、女王としてデジタルワールドで暮らす太刀川ミミという女の子に出会う。太一と空はミミの手助けをすることになる。

謎の石板がかつてデジタルワールドを覆い尽くした光と闇の戦いを語り始める。闇のデジモンたちは再び動き出し、現実世界のデジタル機器に影響を与え始める。

太一はデジモンたちの住む『デジタルワールド』という世界にやってきた。そこへ同級生の空が現れ、太一、アグモンと一緒に“神殿”を目指して旅を始める。

オメガモンはアルゴモン究極体を倒すが、ミサイルは止まらず。太一とヤマトはデジヴァイスに力を込め、オメガモンの力と合わせミサイルの軌道を変えようとする。

太一とアグモンを救ったのは、ガルルモンとともに先にネットワーク空間にいた石田ヤマト。制御不能な米軍のシステムにより、ミサイル直撃の危機が迫っていた。

東京がサイバーテロ事件で混乱に陥る。八神太一が家族を助けに向かうと、ネットワーク空間に棲息するデジモン、コロモンに遭遇。コロモンはアグモンへ進化する。