旅を続ける太一たち。だが食料探しに出掛けた時、太一と空の二人は川に落ちてしまう。流れ着いた所には、なんと、ゴーレモンや大勢のゴツモンを従えたミミが居た。

ISS国際宇宙ステーションの東京直撃が刻々と迫る中、光子郎はその回避策を遂に発見した。だが、それは一か八か異空間通しの狙撃という難しい作戦だった。

マリンエンジェモンに教えられたルートに従い、ファーガに向かう為、海底を進む太一たち。そこにチクリモンとエビドラモンが現われ子供たちに襲いかかる。

8人の選ばれし子供と8体のデジモンが揃った。目覚めたテイルモンはヒカリを守るナイトのようにふるまう、そして彼らはミレニアモン封印の地ファーガへ向かう。

ようやくヒカリとの再会を果たした太一はダークナイトモンに戦いを挑む。だがヒカリは太一が助けようと伸ばした手を拒んでしまう。

ファングモンに追われていたタケルとパタモン。そこにコモンドモンに乗った太一たちが現れ無事合流に成功する。だが彼らの元にケルベロモンの脅威が迫っていた。

ウォーグレイモンへの進化はロップモンが自ら閉ざしていた古代の記憶の封印を解く形となった。そして語られたのは邪悪なデジモン「ミレニアモン」の脅威だった。

ジャングルを脱出する太一たちだが、残った敵が追撃を仕掛けて来る。一同を安全に逃がすために、太一とメタルグレイモンは、自分たちがオトリになることにする。

ダークナイトモンとの激闘の末、離ればなれになった子どもたち。そんな中、敵に連れ去られたヒカリを助ける為、太一とアグモンはジャングルに踏み入っていく。

パタモンは聖なるデジモン･エンジェモンへと進化した。エンジェモンは仲間たちをその場から転移させたが、太一たちは大陸のあちこちに散り散りになってしまう。

突然エルドラディモンに現れたヒカリだが、その理由はわからないままだった。そして現実の世界でも発射直前のロケットが爆発するなど、新たな脅威が始まる。

クラウド大陸から落下し、新たな土地にやってきた太一たちは大海原を進む。すると彼らは強いデジモンが弱いデジモンを捕食する弱肉強食の世界にたどり着く。

エルドラディモンの背中に乗っている太一たちは、広大な海に落ちていく。一方、現実世界では新たに世界中で始まった大型船の暴走を光子郎が食い止めようとする。

ヤマトはワーガルルモンとともに襲いかかってくるダンデビモンに猛攻を仕掛けるが倒されてしまう。そしてなんと太一がダンデビモンに呑み込まれてしまい…!

デビモン城で、最悪の敵･デビモンと戦う太一とヤマトが苦戦している一方、必死にタンカーの暴走を食い止めようとしていた光子郎たちは驚くべき事実に気付く。

スカルナイトモンに奪われた聖なるデジモンのデジタマを取り戻すため後を追う太一たちは、スプラッシュモンを倒しエルドラディモンの甲羅の上の城に侵入する。

謎の敵･スカルナイトモンによって、聖なるデジモンのデジタマが奪われた。スカルナイトモンを追って、太一、ヤマト、タケルは黒い沼に囲まれた塔にたどり着く。

デジタルワールドにいたタケルはベルグモンにさらわれる。必死の追撃を行う太一とメタルグレイモン、ヤマトとワーガルルモンがベルグモンの脅威に立ち向かう!

太一とヤマトはバルブモンに遭遇。バルブモンは何かを輸送中で輸送部隊の指揮を取るのはミノタルモン。彼は大量のトループモンを出撃させ、太一たちを襲わせる。

オロチモンをどうにか倒したものの、突如始まった謎のカウントダウン。それは現実の東京でも同じように発生し、人々の持つ電子機器にも異常が起こりつつあった。

強敵･アイズモンを倒したかと思いきや、八つの首を持つオロチモンが太一たちの前に現れた。そのパワーは圧倒的で、太一たちは散り散りに逃走することになる。

ヤマトたちとの合流を目前にして洞窟を抜ける太一、光子郎、ミミ。外に出たとき目の前に広がっていたのは、太一たちにとって見慣れた東京の街並みだった。

バードラモンに乗って移動するヤマトたちは、雪山の山腹で休憩をとっていた。そこに巨体のデジモン･マンモンが複数のユキダルモンたちを従えて襲いかかる。

大渓谷の底にやってきた太一と光子郎、ミミは、サウンドバードモンの操るクワガーモンたちに襲われる。その先にいたのは、強力な力を持つオオクワモンだった…!

ジャングルが広がる場所へと到達したヤマト、空、丈たち。彼らはそこで、ハチ型のデジモン、ワスプモンに襲われるファンビーモンの群れに出くわす。

古代遺跡の地下へ落ちたミミとパルモン。何とか地上へ戻ろうとするミミだが、デジモンの残骸と思っていたデジモンの一体が目を覚まし、攻撃を仕掛けられる!

太一･光子郎･ミミと、ヤマト･空･丈に分かれての冒険が始まる。聖なるデジモンのもとに急ぎたいヤマトと、デジモンたちを見捨てられない空が対立してしまう。

太一たちにとって、聖なるデジモンへの手がかりはオーガモンの遺した「マッスグニ」という言葉のみ。その言葉を巡って太一とヤマトの間に小さな亀裂が生じる。

敵の要塞に乗り込んだ太一たちは、聖なるデジモンが囚われの身であると知る。そこでかつてグレイモンとの戦いに敗れたオーガモンが、復讐の鬼となって襲いかかる。

丈とゴマモンを仲間に加え、大陸を目指して海を渡る太一たち。彼らの目の前には、自然豊かな島には存在しなかった人工的な構造物――要塞がそびえていた。