【最終話】絶望にかられる人々の中で、世界中の子供たちだけは、オメガモンの勝利を信じていた。選ばれし子供たちとそのパートナーデジモンたちの願いがオメガモンに奇跡を起こす。

最凶の敵ネガーモンは、太一たちの目の前でアバドモンへと進化した。デジタルワールドと現実世界を変幻自在に飛び越えながら、次々に空間を食べ、「無」と化していく。

情報の大樹に現われた白い亀裂と触手。それは増殖しながら空間を白い虚無と化していく。さらに太一たちの前にアルゴモン完全体が姿を現した。

選ばれし子供たちは、情報の大樹に再び集結した。紋章の謎を解く鍵を見つけ、導かれた答えとは。ついに明らかになる冒険の真実。全ては、この時のための冒険だったのだ。

太一とアグモンが辿り着いた不思議な城。そこで待ち受けていたヴァルキリモンは、アグモンから太一を引き離し凶暴なデジモンたちが息づく未知の世界に放り込んでしまった。

空とピヨモンは、ネーモンたちが荒れ地を開墾するのを手伝っていた。そこに合流する太一とアグモン。だが、ふとしたきっかけから、地中に眠っていたシャッコウモンが目覚めてしまった。

旅の道中、タケルとパタモンは必死で故郷に帰ろうとするエルドラディモン達と久々の再会を果たす。だが、そこで見たのは誰の目に見ても不可能と思える挑戦だった。

異変により丈とゴマモンの滞在している温泉が枯れてしまった。このままでは温泉に住むデジモンたちが凍えてしまう。そこで丈は南にあるという楽園を目指す事に。

紋章に導かれ大渓谷にやって来た光子郎とテントモン。そこではナノモンが待ち受けていた。真なる知識の使い手を決めるべく、ナノモンは謎解きゲームを仕掛ける。

ペタルドラモンが森と化した地。そこを訪れるヒカリ、テイルモン、タケル、パタモン。デジタマを育む地となっているその森で、ムーチョモンたちと再会するが…。

太一とアグモンは、謎の神殿に迷い込んでしまう。そこに待ち受けていたのは無数のアルゴモン幼年期Ⅱで、太一とアグモンを包囲して成熟期へと進化するのだが…。

ヤマトとガブモンは、デジモンたちを次々と斬り倒していく亡霊のようなザンバモンと遭遇する。襲撃から生き残ったストラビモンを助けた二人は集落にたどり着くが…。

ミミとパルモンは、最初にデジタルワールドで過ごしたタネモンたちの村へと里帰り。そこに、いつの間にかデジモン学校が出来ており二人は体験入学をすることに。

戦いに明け暮れる荒くれ者たちが巣くう荒野に足を踏み入れた太一たち。彼らはそこでキュートモンとリベリモンに出会うのだが…。

パタモンとテイルモンを癒すため、かつて見つけた温泉にやってきた丈とゴマモン。しかし、目当ての温泉は枯れ果て、代わりに巨大な屋敷が建てられていた。

デジタルワールドの“巨大な破滅”を回避するべく、子供たちの新たな冒険が始まった。紋章に導かれた旅の道中、太一と空は火山活動が活発な島へと立ち寄った。

ミレニアモンとの決戦を乗り越えた太一たちに、ガーベモンから連絡が入った。デジヴァイスに浮かぶ紋章とそっくりなものが、「情報の大樹」という場所にあるという。

ミレニアモンが猛威を振るう中、太一とウォーグレイモンの無事を信じて戦う、ヒカリたち選ばれし子供たちとテイルモンたち。そして、太一とウォーグレイモンは諦めてはいなかった。

太一とウォーグレイモンは本当に死んでしまったのか……。悲しみに暮れる子供たちとデジモンたち。だが、湖から浮上したファーガが近隣山脈の頂上を目指し上昇していく。

ようやくたどりついたファーガ。しかしそこで太一たちが遭遇したのは、凶悪な究極体デジモン･ムゲンドラモンだった。

水源をめぐって激しく争っている2つのデジモン集団に、丈とゴマモンが別々にさらわれてしまった。救出のためアグモンと太一は二人を探しにいくのだが。

旅を続ける太一たちの前に、突然、セフィロトモンという不気味な姿のデジモンが現れた。セフィロトモンの放つ怪しい光により、その体内に吸い込まれてしまう。

旅の途中、太一たちは廃棄された古いサーキットに行きついた。そこにはマッハモンという往年のチャンピオン･レーサーがいて、今でも一人孤独にコースを走り続けていた。

DIMカードに記録されていたデータから、ファーガへの道を解析した太一たちは、荒野を走る中、背中に巨大な森を持つデジモン･ペタルドラモンの背中に乗り上げていた。

エレキギターをかき鳴らしながら歌うエテモン。そこでは自分こそが最強であるとして譲らないエテモンとボルケーモンが、キング･オブ･デジモンの座を巡り争い続けていた。

コモンドモンを降り探索に出掛けた太一たち、その目の前には広大なゴミ捨て場が広がっていた。そこで出会ったのはガーベモンとチューモン、レアモンだった。

食料を探しに出掛けたヤマトとタケルは、デジモンだけの遊園地“もんモンパーク”へと迷い込む、そこへオポッサモンが現れ遊んでほしいとお願いされるのだが…!?

突如子供たちの前に空飛ぶジャングルと、そこから落ちてきた果物が現れた。太一･アグモンと空･ピヨモンは、みんなの分の果物を取りにジャングルに向った。

太一たちが立ち寄ったのは、バーガモンが食べ物をふるまうSAのような場所だった。丈はポテモンとフライドポテトを通じ意気投合、ポテト愛を熱く語るのだった。

怪しげな呪文を操り、か弱きデジモンたちを生贄としてミレニアモンに捧げているメフィスモン。その暴挙を止めようとしたガブモンが敵に捕らわれてしまった。