【シーズン1 最終話】ルージュ･バレーで木工職人アンリ･ガストンの死体が発見される。高い木から首を吊った状態で発見された死体は一見自殺に見えたが、現場周辺にはガストン本人の足跡はおろか誰の足跡も残っておらず、状況は他殺であることを示していた。ガストンの作業場からは天体図や日誌、奇妙な光や物音の観測記録、ガストン所有の土地を高額で買い取りたいというルージュ･バレー土地開発社からの手紙などが見つかる。ルージュ･バレー土地開発社は電力発電所建設計画のため谷一帯の土地を買収しようとしていたが、ガストンが土地売却を拒んだため建設予定地を上流域に変更していた。そのためガストンより下流域に土地を所有するマカイザック兄弟は土地を売却できなくなっていた。兄弟はガストンと対立したことは認めたが、殺してはいないと主張する。

ビクトリア女王の孫、アルフレッド王子がトロントを訪問し、マードックとクラブツリーは警護を仰せつかる。王子の補佐ジェニングスは、ブラザーフッドと呼ばれるアイルランド共和主義同盟がイギリス王室の誰かを狙っているという情報を陸軍省が入手したとブラッケンリードに警告する。その同じ夜、公園でマギー･ギルパトリックの死体が見つかる。指には彼女がブラザーフッドであることを示す指輪がはめられていた。死体を確認したマギーの父親は、死体は娘ではなく肩にある太陽の刺青も娘の刺青とは違うと主張する。マギーのルームメイトのアンは、マギーは最近恋人のタッカーとの関係で悩んでいたようだと話す。マギーはタッカーと聖書研究会に参加していたというが、実態はブラザーフッドの集会だと思われた。

グレイソン脳科学研究所創設者の一人、フランシス･グラウトの死体が公園で発見される。凶器はクロスボウ、背中には三本の矢が刺さっており、被害者のダイイング･メッセージと思われる「WY」の血文字が残されていた。捜査を始めたマードックのもとに、霊能者サラ･ペンソールが訪ねてきて、犯人の姿を霊視したと言うのだ。犯人は黒い頭巾をかぶった死神。彼女は殺人は続き最後の被害者はマードックだと告げる。グラウトが研究所で担当していた三人の患者は、死の直前のグラウトの行動は知らないというが、グラウトの担当ではない患者ネズビットは研究所内の廊下をうろつく黒頭巾姿の怪しい男を見かけたと話す。研究所の廊下ではネズビットが死体で発見される。グラウトと同様凶器はクロスボウ。死体の状況から犯人は研究所内の人間だと思われた。

ニカワ工場の家畜囲いの中で、経営者ハワード･ロックウッドの死体が発見される。彼はイギリスから連れてこられた貧しい子どもたちを救済する施設を支援する慈善家としても知られていた。死体は敷地内の馬に踏まれていたが、死因は平面状の鈍器による殴打だった。傷の状態や現場の足跡は犯人が小柄な人物であることを示しており、マードックは工場内で働く子どもたちが関わっていると考える。マードックは工場の少年たちに聞き込みを試みるが、彼らは事件当夜は現場に行っていないとウソをついて逃げ出してしまう。リーダー格の少年にはイギリス訛りがあり、施設の出身だと思われた。ブラッケンリードは貧民層が多く治安の悪いロンドンのイーストエンド出身の子どもたちは根っからの不良だという偏見をもっていた。

深夜の下宿の一室でワニスを喉に無理やり流し込まれたロディ･グライムズビーの遺体が発見される。現場に到着したマードックたちは、タンスの中にうずくまるロディの息子ハーコートと、腹話術師である彼の操り人形を発見する。見た目はハーコートとそっくりだがハーコートとは別人格のように発言するマイクロフトという名の人形は、父親を殺したのはハーコートだと告げる。酒に酔って父親を殺したと自供するハーコート。ロディの乱暴な性格により、母親は自殺に追い込まれたというのだ。ハーコートは父親に対する恨みで殺したと主張するが、泥酔状態だったため犯行時の記憶はない。そんな中、コナン･ドイルがマードックをモデルに新作を書くため再び第四分署を訪れる。彼は解決済みの中国人殺人事件に興味をもっていた。

銀行家ハートレー一族の子息、リチャード･ハートレーの溺死体が発見される。彼はオリンピック予選を控えた代表チームの新メンバーだった。リチャードの婚約者ミネルバ･フェアチャイルドは、泳ぎの名人であるリチャードが溺れるのは腑に落ちないという。マードックはボートクラブへ向かい、コーチやチームメート達に聞き込みを始める。チームメートは、彼にポジションを奪われた元選手ホレス･ブリッグズが彼を恨んでいたと話す。ブリッグズ本人もその事実を認めたが、殺すほど憎んではいなかったと犯行を否認する。ブリッグズはクラブで働く庭師で、リチャードに逆らえば仕事もボートも失うことになる。資産家で権力者であるハートレー家の人間には誰も逆らうことができないのだ。しかしブリッグズは数々の記録を塗り替えてきた最高の選手だった。

マクベス上演中に天井から白骨化した死体が落ちてきた。死体は舞台天井にある部屋の床下に隠されており、刺殺された痕跡があった。劇場のオーナー兼主演女優のステラ･スマートをはじめ、四人の主要な役者全員が死体の主に心当たりはない。しかし検死で死体の主は劇場の元オーナーでステラの前夫、バージル･スマートであることが判明する。バージルの墓地に埋められた死体を掘り返すと、体型の特徴や年齢がバージルとよく似た男性の死体であったが、身許を特定できるような遺留品はなかった。第二の死体の身許が事件のカギになると踏んだマードックは、役者たちにバージルが死んだ当日について事情聴取する。すると四人の証言は台本があるかのように詳細にわたり完全に一致しており、マードックはかえって不自然に感じる。

森を流れる川の浅瀬でジョン･ディレイニーの遺体が見つかる。パブで開かれたイヌのネズミ捕り競技で獲得した賞金がなくなっており、強盗殺人かに見えた。さらに川の対岸では絶縁状態の酔いつぶれたマードック刑事の父ハリー･マードックが発見される。彼の手には争ったあとがあったため警察に連行され、マードックは実の父親が容疑者である事件の担当を命じられてしまう。聞き込みを始めたマードックにパブのオーナーは事件直前、ハリーがディレイニーのイカサマを糾弾して喧嘩になったと話す。第一発見者は被害者の一人息子、フィリップだった。彼は知的障害者であったが時間の記憶と計算に優れた能力をもっており、その夜の関係者全員の行動を分刻みで記憶していた。

結婚式の当日、教会の集会室で花婿のウェンデル･メリックの遺体が発見される。貴重品が盗まれており強盗の仕業かに見えたが、牧師は死の直前にウェンデルが付添い人のローレンス･ブラクストンと口論しているのを耳にしたと証言し、疑いの目はローレンスに向けられる。彼はウェンデルと花嫁のユーニス･マクギンティーとの結婚は愛のない政略結婚だと言い、結婚を取りやめさせようとして口論になったのだと主張し、殺しについては否認した。父親の遺言によりウェンデルは結婚しないと遺産を受け取れないことになっていたのだ。検視の結果、ウェンデルは同性愛者だったことが分かる。それを知っている家族が遺産を餌にウェンデルを結婚させようとしたのだ。

シャーロック･ホームズの作家、コナン･ドイルがトロントにやって来た。ホームズに心酔しているマードックは憧れのドイルに会う機会を得る。ドイルもまたマードックの独特の捜査方法に興味を持っていた。待ち合わせ早々ドイルはマードックを降霊会に連れて行き、霊媒師から想定外の霊の声を聞く。「私は殺されて埋められている」霊媒師を端から信じていないマードックは、どうしても確認したいというドイルとともに死体が埋められているという場所に向かう。するとそこには本当に女性の死体が埋められていた。

ボクシングの試合で勝ったボクサー、エイモス･ロビンソンの銃殺死体が発見され、死体の傍らで銃を手にしていた妻、ファニーが現行犯として警察に拘束される。しかしマードックはドレスに付いた血痕から彼女は犯人ではないと直感する。犯人は至近距離から心臓を撃っており、かなりの返り血を浴びているはずだったが、ファニーのドレスの血の付き方は違っていた。早速至近距離からブタを撃って血の飛散実験をするマードック。しかし検察は十分な証拠があると判断し、翌週にも裁判が始まるという。

警察幹部の前で科学知識を披露したマードックは、警察庁長官のストックトンから、近々空きが出る第三分署の警部のポジションを勧められる。しかし上司のブラッケンリードは、政治的なしがらみの多い警部の仕事には向かないとアドバイスする。そんな折、ブラッケンリード宛てに全裸死体が入ったトランクとメモが届き、被害者は元検事で弁護士のパーシー･ポロックであることが発覚する。かつてブラッケンリードと共に多くの犯罪者を刑務所送りにした人物だった。

19世紀末、カナダ･トロント。理化学に明るく、人並み外れた記憶力を持つトロント警察第4分署の刑事ウィリアム･マードックは最先端技術である指紋や血液などの検査を進んで事件捜査に採用していた。直流発電を採用するトロント電力社長のダニエル･プラットは、ライバルである交流発電の危険性を訴える実演ショーを各地で開催する。犬の体に電力を流して感電させるつもりが、スイッチ･レバーを引いたアリス･ハワードが感電死してしまう。マードックは早速現場を検分し、スイッチボックスに施された細工を発見する。