【シーズン1 最終話】“青の騎士団”を調べていた事実をフランクに打ち明けたジェイミー。やがて汚職警官の麻薬密売関与が判明する。

レーガン家の知人が殺害され、ダニーは捜査を担当する。一方でジェイミーは銃を紛失し、市警内の秘密結社“青の騎士団”の仕業ではないかと疑う。

マンハッタンで観光客が殺害され、マスコミは大騒ぎ。フランクはニューヨーク市警のスタンスについて広報担当と激しく対立する。

ファッションショーの直後、モデルの姪が毒殺され、ダニーは捜査に乗り出す。一方フランクは懇意にしていた神父の突然の転属の真相を探る。

麻薬密輸組織のボスを殺人容疑で有罪にするためダニーは法廷で証言することになる。しかし組織の一員がダニーの妻をさらい、証言をやめろと脅迫してくる。

ホームレスの元海兵隊員が路上で殴り殺された。同じく元海兵隊員のダニーは何としても犯人を見つけ出そうと躍起になる。

エリンの娘ニッキーは、ダニーが担当する少女殺人事件の凄惨な現場にショックを受ける。だが同時に、警察の仕事の厳しさも思い知る。

フランクが何者かに撃たれた。犯人は昔、フランクが刑務所送りにしたギャングと関連があることが分かり、家族は不安に襲われる。

ダニーは女子学生の誘拐事件を担当するが、彼女の自作自演ではないかと疑う。一方エリンは、上司である地方検事との食事を娘にお膳立てされ…。

テロ組織に潜入し捜査を行っていた警官が銃撃される。ダニーはフランクから捜査を命じられるが、撃たれたのが警官であることは相棒にすら言ってはならなかった。

ロシア人マフィアの家族が殺害され、ダニーは家族の秘密に迫る。エリンは重要な案件を任されるが、父親が本部長だから優遇されたのではないかと疑問を抱く。

25年前にフランクが担当捜査していた行方不明の少年の遺体が発見される。一方、ダニーのもとに足を洗ったはずの元コールガール殺害の報が入る…。

ダニーはナイトクラブでの殺人事件を捜査。一方フランクは、かつて自分の命を救ってくれた警官の忠誠心に疑問を抱く。

DNA鑑定の不手際により、明らかに非のある連続殺人犯が釈放された。エリンとダニーは再び彼を刑務所送りにするための手を考える。

ジェイミーは非番の時に、女性が拉致されそうになっている現場を目撃する。犯人は追跡途中に事故死。その後の内部調査で事情を問われ…。

ギャングのリーダーを逮捕するため、エリンはその弟に目をつける。弟は教師で、地域の教育施設の設立資金としてギャングである兄の金を使っていた。

新米警官ジェイミー･レーガンはドラッグを吸って倒れた高校生の命を救う。その後ダニーが行った捜査で、さまざまな事実が判明し…。

マンハッタンで爆弾テロが起きる可能性があるとフランクのもとに連絡が入り、ダニーやジェイミーも加わりテロリストを捜索する。

ダイヤモンドの強奪事件が発生。犯人は偶然現場に居合わせた女性警官を射殺し逃亡する。フランクは総力を挙げて犯人を追跡する。

刑事ダニー･レーガンが追うレイプ事件の容疑者は外交官の息子で、外交特権に守られていた。生意気な外交官の息子にダニーは苛立ちを隠せず…。

検事補エリン･レーガン･ボイルは、地下鉄内で強盗を繰り返す不良グループに向け、正義感で銃を撃った一般人の事件に関し、司法に委ねるようダニーに助言する。

ニューヨーク市警本部長のフランク･レーガンは誘拐事件の対処に追われる。その事件に関連して、刑事である長男ダニーは検事補の長女エリンと大ゲンカとなり…。