サクラギパークでバトルの練習をしているサトシとゴウ。そこにヒヒダルマが現れ、ほのおタイプの技を出してみろとヒバニーを挑発。ヒバニーは「ひのこ」を繰り出すもうまくできず、ヒヒダルマにばかにされる。

サクラギ研究所では物が壊れたり、部屋が荒らされたりと不思議な現象が続いており、犯人は以前研究所に現れたゲンガーと判明。サトシとゴウが今度こそとゲットに燃えるなか、サトシの様子がおかしくなってしまう。

サクラギ研究所のシステムトラブルで、久々に両親と祖母の待つ家に帰ったゴウ。再会を楽しみにしていたのだが、両親は急な仕事で帰りが遅くなってしまうという。いつものことだからと諦め顔のゴウだったが...。

イッシュ地方のリゾートデザートで「巨神の遺跡」が発見され、その謎を解き明かすため、サトシとゴウは調査を開始。砂漠を越え、何とか遺跡にたどり着いたが、そこで待ち受けていたのはトラップの数々だった。

ポケモンワールドチャンピオンシップスを観戦するためガラル地方に来ているサトシとゴウ。ワタルとダンデによる決勝戦の興奮が冷めやらないスタジアムで、突然、カジリガメがダイマックスしてしまった。

サクラギ博士から、世界最強のポケモントレーナーを決める大会「ポケモンワールドチャンピオンシップス」決勝戦のチケットをもらったサトシとゴウ。この一戦を見届けるため、スタジアムのあるガラル地方へ向かう。

サクラギ博士を父に持ちながら、ポケモンに対してクールなコハル。家にいるワンパチはコハルに懐いているものの、「ポケモン博士の娘だからポケモン好きで当然だろう」と決めつける周りの声が気になっていた。

サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」と聞いたサトシとゴウは、島を探しに出発。ゴウが捕まえたジュゴンに乗って海に出たものの、突然の嵐に遭い、2人は波にさらわれてしまう。

ジョウト地方のエンジュシティで、伝説のポケモン・ホウオウの目撃情報が報告された。サトシとゴウがエンジュシティへ向かい、ホウオウらしきポケモンを発見するが、それはクリオ少年が仕立てたホウオウだった。

クチバシティの港で、げっそりとやつれたポッチャマに出会ったサトシとゴウは、研究所に連れて帰る。そこへ、ポッチャマのトレーナーのミサキから、行方を探しているという連絡が入り、サトシとゴウは行動に出る。

ホウエン地方で行われるバトル大会に出場するサトシとゴウ。ポケモンバトル初挑戦のゴウの相手はフエンタウンのホウジ。グラエナを繰り出してきたホウジに対し、ゴウはタイプの相性がいいストライクで勝負を挑む。

初めてのポケモン・ヒバニーをゲットしたゴウはポケモンゲットに目覚め、サトシたちとクチバの森に来た。最初は苦戦するも、キャタピーのゲットを皮切りに、次々とクチバの森のむしポケモンをゲットしていく。

ガラル地方に来ているサトシとゴウは、のどかな草原が続くワイルドエリアで、ひときわ大きなカビゴンと出会う。一方、シュートシティで出会ったポケモン・ヒバニーも、ゴウを追ってワイルドエリアを訪れていた。

ガラル地方で、ポケモンが巨大化する不思議な現象があると聞いたサトシとゴウは、調査のためガラル地方へ出発。たどり着いたガラル地方・シュートシティの街で、いたずらをする見慣れないポケモンたちと出会う。

クチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェローとなったサトシとゴウ。最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウの調査だ。早速街に出てみると、フシギソウたちがある場所へ向かっていた。

サトシとピカチュウはオーキド博士と共に、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所へ向かった。その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるという情報を耳にする。

カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。まだ幼いピチューは、ある出会いと別れを経験する。「ポケモンマスター」を目指すサトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前のことだ。