クチバシティの「ポケモン大食い大会」に出場することになったゴウとホシガリス。前回優勝のカビゴンや、世界を股にかける大食い界のレジェンド・バシャーモなど強敵が集うなか、優勝を狙うゴウは驚きの作戦に出る。

絶海の孤島・セロアイランドで、ミュウのものと思われるサイコエネルギーが確認され、サトシとゴウは期待に胸を膨らませて調査に出発。ミュウを求め、2人はポケモンたちと協力しながら過酷な島を進んでいく。

伝説のポケモン・ムゲンダイナのもとへ向かうサトシとゴウだが、サトシはローズに、ゴウは秘書のオリーヴに行く手を阻まれ、バトルに突入。ピンチに陥ったその時、サトシのリオル、ゴウのラビフットに変化が起こる。

英雄伝説の謎を解き明かすためラテラルタウンの遺跡へ向かったゴウとソニアは、怪しげな男たちに襲撃される。ダイマックスバトルを繰り広げるなか、その衝撃で崩れた壁画の奥に、あるポケモンの石像を発見する。

ガラル地方で別行動を取っているサトシとゴウ。サトシはダンデと共に、鉱山で暴れるキョダイマックスしたセキタンザンを止めることに成功し、視察に来ていたマクロコスモス社の社長・ローズと出会う。

ある夜、サトシはダンデにもらったダイマックスバンドが自然に光を放つのを発見する。同じ頃、ガラル地方では、本来は不可能な場所でポケモンがダイマックスする現象が発生。サトシとゴウは現地へ向かう。

風邪で寝込んでしまったロケット団のニャース。ムサシとコジロウは、この機会に、ニャースの通訳に頼りきっていた「サトシのピカチュウが何を話しているのか」を、自分たちも理解できるよう特訓を決意する。

青い空、白い雲の好天のもと、サクラギ研究所でかき氷を楽しむサトシたちに、突然巨大な雷雲が迫る。強い生体エネルギーが感知され、何と伝説のポケモン・サンダーが近くに来ている可能性があることがわかった。

サトシは、ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルで完敗した、ガラル地方のジムリーダー・サイトウと再戦するためジョウト地方・タンバジムを訪れる。サイトウは修行をするためここへ来ていた。

サトシとゴウはコハルを伴い、ニビシティの科学博物館で開催中の「大化石ポケモン展」にやってきた。そこで3人は、状態の良い化石を発掘すればポケモンに復元してもらえるという、「化石堀り体験」をする。

サトシとゴウは「アローラのすがた」のナッシーをゲットすべく、アローラ地方メレメレ島にやってきた。サトシは、ククイ博士やサトシが以前通っていたポケモンスクールのみんなや、ポケモンたちと再会を果たす。

サトシはサイトウとのバトル以来、公式バトルでの不調が続いていた。そんななか、ホウエン地方のキンセツシティで奇妙な巨大砂嵐が発生する。その砂嵐は、美しい歌声で人々を中へ誘うというのだ。

サトシとピカチュウを眺めながら、ふと自分もピカチュウをゲットしたいと思い始めるゴウ。サクラギ所長から、とある場所でピカチュウが大量発生しているという情報を聞きつけ、早速向かうことにする。

ポケモンワールドチャンピオンシップスの次なる対戦者を求め、サトシとゴウはヤマブキシティの格闘道場を訪れた。道場の主・空手大王に挑もうとするサトシだったが、すでに別の挑戦者とバトル中とのことだった。

サトシとゴウは、クチバシティのポケモンセンターで開催中の「ポケモン交換イベント」にやってきた。そこで2人はカイロスを欲しがるトレーナー、自称シンオウのむしポケクイーンこと、コロミと出会う。

3年前、家族旅行でジョウト地方のヒワダタウンにやってきたゴウは、幻のポケモン・セレビィを探す少年、トキオと出会った。2人は一緒にセレビィを探し始めるが見つからず、ある約束をして別れたのだが...。

コハルの弟・ソウタから相談を受けるサトシとゴウ。友達のナミが、自分のポケモンがかわいくないとみんなに言われ、悩んでいるらしい。そのポケモンとは、世界一みすぼらしいと言われるポケモン・ヒンバスだった。

ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルに勝利し、絶好調のリオル。サトシがそんなリオルの特訓に夢中になるので、不満を露わにするピカチュウは、とうとうサクラギ研究所を飛び出してしまった。

家族で朝ごはんを食べているサクラギ家といういつもと変わらない光景。そんな時、事件が起こる。一家のポケモンであるワンパチが、けがをしたこばとポケモンのマメパトを見つけて連れてきたのだ。

引き続きガラル地方に来ているサトシとゴウが出会ったのは、臆病で泣き虫なポケモン・メッソンだった。脅えて泣いてしまうメッソンの涙に含まれる成分が原因で、一同は涙が止まらなくなってしまう。

ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式戦を観戦するため、ガラル地方を訪れたサトシとゴウ。2人は、上位8名の属する「マスタークラス」同士のバトルに胸が高鳴る。そして、熱い男たちのバトルが始まった。

コイキング・ハイジャンプ大会にエントリーしたゴウ。しかし、ゴウのコイキングは丸々と太っていて優勝できそうにない。そこでゴウは、大会の絶対王者・カスキングの筋トレ動画でコイキングと特訓を開始する。

カロス地方で行われるバトル大会「バトルフェス」に参加することにしたサトシ。この大会は、ポケモンワールドチャンピオンシップスの参加者が大勢集まり、順位を上げる絶好の機会だ。サトシは順調に勝ち進む。

ボスのサカキから休暇を取るよう命令されたロケット団。シンオウ地方のリゾートエリアでのんびりしていると、偶然サトシとゴウが調査に現れた。ピカチュウゲットのチャンスだが、ここで仕事をしたら命令違反になる。

何やら騒がしいサクラギパーク。与えたはずの食べ物がいつの間にかなくなり、お腹を空かせたポケモンたちが喧嘩を始める。サトシとゴウは犯人を突き止めるため、サクラギパークに泊まり込むことにした。

ホウエン地方のミシロタウンに、1年のなかでも限られた期間しか見られない「アゲハントの渡り」を調査しにきたサトシとゴウ。ケムッソをゲットしたいゴウはラビフットに声をかけるが、ラビフットは無関心だった。

まだまだ謎が多いといわれるポケモンのタマゴ。サトシとゴウは実際にタマゴを見ようと探し始めるが、なかなか見つからない。そんななか、立ち寄ったポケモンセンターで、長い間かえらない不思議なタマゴと出会う。

サクラギ研究所で開催される「ポケモンオリエンテーリング」で、サトシとゴウがリーダー役を努めることになった。2人は参加者の子供たちと触れあうなか、改めてそれぞれの見果てぬ「夢」を再確認する。

女優・ムサシを売り込もうと映画の撮影所を訪れたロケット団。そこには、うまく変身できず監督に怒られスランプに陥っているメタモンがいた。撮影所から逃げ出したメタモンは、ムサシのバックに紛れ込んだ。

ダンデとのバトルを目標にポケモンワールドチャンピオンシップスへの挑戦を決めたサトシ。初戦の相手はクチバジムのジムリーダー・マチスから留守を預かる、でんきタイプの使い手、ジムリーダー代理のビスケスだ。