サトシはハイパークラスにクラスアップした。初戦の相手となるのはシンオウ地方にあるナギサシティのジムリーダー・デンジだった。かつて激闘を繰り広げ、強力なでんきタイプを駆使するデンジに対して...。

サトシとゴウはアローラ地方で、ポケモンをゲットしながらゴールを目指すポケモンゲット・アドベンチャーレースが開催されることを知り、参加する。レースにはZワザを駆使するゼンリョク兄弟も参加するのだが...。

コハルはヒカリとシンオウ地方を旅する。とある森に入ると、傷だらけのクレセリアを発見。何とかクレセリアの手当てをして、眠りについた2人だったが、ダークライとクレセリアが出会う不思議な夢を見る。

シンオウ地方で人々が悪夢のせいで眠れない事件が続いていると知ったサトシとゴウが、調査を開始する。一方、シンオウ地方にひとり旅にやってきたコハルは、サトシのかつての仲間・ヒカリ、ポッチャマと出会う。

サトシとゴウはタイレーツを調査するためにガラル地方を訪れた。そこには息が合っていないタイレーツがいた。バラバラになってしまったタイレーツ。ゴウはリーダー・ヘイチョーを助けようとするのだが...。

サトシ、ゴウ、コハルはギアルの新たな進化形が発見されたとの情報を得て、イッシュ地方・ホドモエシティにやってきた。そこで地中に続く穴を見つけ、興味を抱いたサルノリとイーブイは飛び込んでしまう。

ある日、プロジェクト・ミュウからゴウのもとにシンオウ地方・テンガンザンの麓の研究所へ来てほしいとメールが届いた。早速、ゴウはサトシと一緒に向かう。すると、ゴウの初ミッションが告げられる。

モルペコがロケット団のアジトに居ついている。相変わらず食いしん坊で、ムサシがとっておいたケーキや、コジロウが金庫に隠しておいたはずの食料まで食べ尽くしてしまう。食べる量もどんどん増えていく。

サトシ、ゴウ、コハルの3人はポケモンセンターにやってきた。やんちゃなサルノリとイーブイを見ていると3人は落ち着いていられない。ゴウはサルノリ、コハルはイーブイのことを「本当は良い子なのに」と話すが...。

サトシとゴウがマサラタウンのオーキド研究所を訪れた。ゴウはオーキド博士から本格的にミュウを探索するチーム、プロジェクト・ミュウがメンバーを募集していることを聞く。また、サトシとゴウはゴウカザルを探す。

サクラギ研究所をジュンサーとデッカー刑事が訪れる。クチバシティの住宅から大量の電気が盗まれる事件が頻発しており、その犯人を探すため、研究所にいるでんきタイプのポケモンたちを確認したいというのだ。

ゴウのフラべべたちが一斉にフラエッテへと進化したと思いきや、5匹いるはずのフラベベのうち、白いフラベベだけがいなかった。ゴウが辺りを探すと、乗っていた花弁が欠けて飛べなくなった白いフラベベがいた。

サトシが受け取った手紙は、ドラゴンマスターを目指すアイリスからのバトルの誘いだった。早速サトシたちはイッシュ地方・ソウリュウジムへ向かう。アイリスは、サトシのカイリューの気持ちを察知しているようだ。

サトシとゴウのもとへ、以前サトシとバトルをしたホウエン地方のホウジから調査の依頼が舞い込んだ。ホウジのおじさんがやっている温泉宿のお湯が出なくなってしまったというので、サトシたちは現地へ向かう。

海で行われるポケモンたちの障害物レース「ポケモンマリンアスレチックレース」の中継を観るサトシとゴウ。レースで優勝したシャワーズのパートナーであるカイリは、サクラギ研究所の助手・キクナの友人だった。

インテレオンに憧れてヒット&アウェイの特訓をしているゴウのメッソンは、ナゾノクサのピンチを救い、何とジメレオンに進化したのだが、インテレオンに進化できたと思い込んでいた。水面に写る自分の姿を見て...。

サクラギ研究所の水道を修理しに来た「プラマイ便利屋」の兄妹、ディバイとマルプリ。看板ポケモンのプラスルとマイナンの応援もあって解決したかと思いきや、マルプリが原因でディバイが負傷してしまう。

特訓で疲れてしまったカモネギとハッサムを回復させるため、ポケモンセンターにやってきたサトシとゴウ。するとサトシのスマホロトムに、「ポケモンワールドチャンピオンシップス」公式戦の案内が届く。

「ゴリランダーになった両親から弟のサルノリを託される」という夢を見たゴウ。目覚めると、何と夢と同じようにサルノリがゴウの腕の中で眠っていた。どうやらサルノリはすでに誰かにゲットされているらしい。

遊び疲れて眠ってしまったロケット団。そこへペリッパーが現れ、ロケットガチャットを回すとゴクリンが次々と出てきた。ゴクリンの特性「ねんちゃく」でサトシとゴウ、街中のポケモンがくっついて大騒動になる。

ひょんなことからサクラギ研究所の助手・キクナの家に泊まることになったコハルとイーブイ。惣菜やケーキを買い込んで、女子会は大いに盛り上がる。そんななか、コハルはキクナの家で1枚の写真を見つけた。

カモネギの特訓を行っていたサトシに、レンジからある情報がもたらされる。どうやらカロス地方の四天王・ガンピが、真の強さを求めるポケモンとトレーナーに向けて熱血指導をしているというのだ。

サクラギ研究所で「君とルミナスメイズの森の物語」という本を見つけたコハルとイーブイ。そこにはガラル地方のポニータとギャロップが描かれており、2匹のことが気になったコハルは行動を起こす。

いまだ臆病なゴウのメッソンは、ゴウやサトシと共に訪れた映画の撮影現場で、スパイを演じるインテレオンと出会う。そして、撮影現場に乱入してきたロケット団を、インテレオンは映画さながらの華麗さで撃退する。

世界中を巡り、汚れた水を清めているといわれる伝説のポケモン・スイクン。そんなスイクンがある湖にとどまっているとの情報を得た。伝説のポケモンをゲットするチャンスに、ゴウはがぜん気合が入る。

サクラギ研究所宛に大量の野菜と手紙が届く。サクラギ博士の教え子で、今は農業をしているエンドウから送られたのだ。手紙によると、ディグダとダグトリオがエンドウの畑を荒らし始めたので困っているのだという。

ポケモンワールドチャンピオンシップスに向けてサトシとカモネギは、イシツブテが大量発生しているイワヤマトンネルで特訓を開始。そこで偶然トレーナーのゲンバ&パートナーのドテッコツと出会い、公式戦を行う。

以前出会った科学博物館の館長の依頼で、ガラル地方の珍しい化石の調査にやってきたサトシ、ゴウ、コハル。ワイルドエリアで、発掘調査をしている研究員、うかつなウカッツと、がさつなガサッツの2人と出会う。

クチバシティにある「イーブイ進化研究所」。そこはイーブイとその進化形に特化した研究機関であり、シャワーズ、サンダース、ブースターなど8種の進化形と共に、ある「特別なイーブイ」が暮らしていた。

イッシュ地方・ヒウンシティに来たサトシとゴウ。ピカチュウをゲットすべく、こっそり先回りしていたロケット団は、ピカチュウにそっくりな秘蔵メカ「ほぼほぼピカチュウ」を使い、ピカチュウとのすり替えを企てる。