サクラギパークのポケモンたちの頼れる兄貴分・ワンパチ。パーク内で起こるトラブルを見事に解決していくが、川の水が汚れていることを発見。サトシ、ゴウ、コハルと一緒に、その原因を突き止めようとする。

ロケット団の団員を世界中に増やせというボス・サカキの命令を受けて、団員募集のためにラジオ番組を始めるムサシたち。「ロケット団の素晴らしさを世界中に伝えて、団員ゲットだぜ」と意気込むが...。

コハルは、ホウエン地方にあるミナモシティのコンテストで注目を集めるニンフィアがいることを知った。イーブイと一緒に、ミナモシティに向かうが、あることが原因でコハルとイーブイもコンテストに参加する。

カロス四天王であるドラセナとのバトルがスタートする。ドラゴンタイプ使いのドラセナに対して、サトシはネギガナイトとウオノラゴンを繰り出す。相手は強敵だが、どうにかして活路を見いだしたい。

ポケモンワールドチャンピオンシップスの次の対戦相手は、ハイパークラスで12位のカロス四天王であるドラセナだ。サトシは試合会場のミアレシティを訪れ、かつて共に旅をしたシトロンとユリーカと再会を果たす。

プロジェクト・ミュウの新たなトライアルミッションは「フリーザーとのレイドバトル」。ゴウとサトシはふたご島に向かう。フリーザーを探していると、ゴウの友達でセレビィを目標にする少年・トキオらと再会し...。

サトシとゴウはガラル地方のワイルドエリアにやってきた。そこであるバチンキーに出会う。バチンキーに憧れを抱くゴウのサルノリ。だが、このバチンキーは本来2本あるはずのスティックを1本しか持っていない。

サトシはゴウと一緒にガラル地方でポケモン探索をする予定だった。しかし、ひょんなことからダンデと一緒にトレーニングをすることに。サトシは、ポケモンたちと触れ合うダンデに親近感を抱く。

サトシはポケモンワールドチャンピオンシップスで、ガラル地方のマリィと対戦することが決まった。ところが、マリィを不戦勝させようとするエール団から嘘情報を伝えられたため、スパイクタウンに来てしまう。

サトシ、ゴウ、コハルはポケモンサーカスにやってきた。そこでサーカス団員のほのおタイプのポケモンが大好きなカレンと、でんきタイプのポケモンを愛するビリーに出会う。2人はパフォーマンスを行おうとするが...。

サトシとゴウはヤドンらが住むヤドンの島を再び訪れる。同島にはガラルヤドキング率いるガラルヤドンの群れが上陸。サトシとゴウは、ガラルヤドンたちがヤドンたちと仲良くなるための手助けをすることに。

サトシとゴウは、マーマネに呼ばれてホウエン地方にあるトクサネ宇宙センターにやってきた。マーマネは小惑星探査機・ファイアロー2の帰還プロジェクトにデンリュウと共に参加していたのだが...。

活動資金を捻出するためにアルバイトの日々。さらには任務も失敗続きで嫌気がさしたロケット団。任務失敗は、ロケットガチャットから強いポケモンが出ないせいだと、ロケットガチャットの担当に文句を言おうとする。

ヘラクロスはサクラギパークの新入りドレディアに熱を上げる。ヘラクロスが好きなカイロスは落ち込んでしまった。サトシとゴウはカイロスを元気づけようと、コハルと一緒に「ポケモン生け花教室」に連れていく。

サクラギ研究所の助手であるレンジのポケモン、コイルのフランソワーズは、食へのこだわりがものすごく、レトロなものからしか電気を吸わない。その様子を見てレンジはフランソワーズと出会った頃を思い出す。

サトシとゴウはゲンガーをキョダイマックスさせようと、ラテラルタウンにいるゴーストジムのジムリーダー・オニオンのもとを訪れた。ゲンガーをキョダイマックスさせるためには、あることをする必要があり...。

サトシとゴウは、ラテラルタウンに向かうため、シュートシティ駅にやってきた。2人はとある仮面の少年が落とした切符を渡そうと、怪しげなゴースト列車に乗る。車内を移動中、サトシは謎の石にぶつかった。

サトシらは元の世界とよく似た別の世界にたどりつく。そこで、ゴウとヒカリはもう1人のヒカリに遭遇。ポケモンが進化前の姿に戻ると聞き、シンオウ地方での現象にはディアルガとパルキアが関わっていると予想する。

ヒカリから「相棒のポッチャマがさらわれた」と連絡を受けたサトシ。シンオウ地方ではポケモンがさらわれる事件が多発しているようだ。そこで、サトシ、ゴウ、コハルは謎を解くためヒカリのもとへ向かう。

ゴウ宛てにプロジェクト・ミュウからトライアルミッションが届いた。その内容は「野生のキングドラをゲットせよ」というものだった。野生のシードラの目撃情報をもとにして、ゴウとサトシはホウエン地方へ向かう。

ゴウとコハルのスクールの発表のため、サトシも一緒に登校。すると2人のクラスに、レジーナという少女がミーチェというパートナーのグレイシアを連れて転校してきた。グレイシアにコハルとイーブイは興味を抱く。

サトシとサイトウは激闘を繰り広げる。互い一歩も譲らないなか、残るはサトシのルカリオ、サイトウのカイリキーの1体ずつとなった。サイトウはカイリキーをキョダイマックスさせ、サトシはルカリオで立ち向かった。

サトシはポケモンワールドチャンピオンシップスでこれまでに2度にわたり激戦を繰り広げたライバル・サイトウとバトルすることが決まった。ゴウと決戦の地であるラテラルスタジアムへ向かうと、そこには...。

サトシとゴウは、ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け、ルカリオをメガシンカさせようとコルニを訪問。サトシはコルニからキーストーンを受け取り、ルカリオナイトをゲットしようとメガ島に向かう。

サトシとゴウは空が突然真っ暗となったジョウト地方は朝が来ない日が続いていると知る。調査に向かうと、公園で出会った少女・キララから、不思議なポケモンに会ってから夜が続くようになったという話を聞く。

アラベスクタウンのジムリーダー・ポプラからサトシに電話がかかってきた。ダンデやキバナも出場する特別な大会を主催することになったので、サトシらにも参加してほしいという。サトシは意気込むが...。

サトシとゴウとコハルは青いポケモンマニア、略して青ポケマニアのアベルと出会う。カロス地方から青ポケライフを楽しもうとカントー地方にやってきたアベル。ゴウの色違いの青いビリリダマに興味を抱く。

プロジェクト・ミュウからゴウのもとへ最初のトライアルミッションが届く。内容は「ウルガモスの黄金の鱗粉を入手せよ」というものだった。サトシとゴウはイッシュ地方にあるリゾートデザート・巨神の遺跡を訪ねる。

サトシ、ゴウ、コハルはエーフィとブラッキーに会うために、ジョウト地方にある日蝕城を訪れた。そこにはコハルにそっくりな少女・ハルヒがいた。彼女は日蝕祭を安全に執り行うことで新しい城主として認められる。

ゴウとサトシがリサーチフェローとしてこれまでに集めたポケモンのデータが、研究所のパソコンから消滅してしまった。何者かがメインデータにアクセスした痕跡があった。ゴウは犯人を捜そうとするが...。