アニメ「ポケモン」シリーズ25周年を記念して制作されたスペシャルエピソード ポケモンマスターを目指して旅を続けるサトシと相棒のピカチュウ。ある日、サトシの母・ハナコとトナリタウンで会うことになったが、その道中でピカチュウがロケット団にさらわれてしまった。ピカチュウを探すサトシは、不思議な少年・ハルトと出会い…？

サトシとゴウは少しのすれ違いからギクシャクしてしまう。そんな2人の前にルギアが出現。サトシとゴウが初めて出会った日にも、この伝説のポケモンといわれているルギアは姿を見せていた。2人はルギアに挑む。

それぞれの挑戦を終えて。サトシとゴウはサクラギパークで再会を果たした。すると2人はコハルを交えてキャップへ。見回す限りポケモンだらけの自然に囲まれると、幼い頃のポケモンとの思い出話に花を咲かせるが...。

ミュウを探索していると、トラブルで二手に分かれてしまったチェイサーたち。ゴウ、トキオ、アサヒはカイオーガに、ツルギとシゲルはグラードンにそれぞれ遭遇。さらにゴウたちはテーブルマウンテンの奥へと進む。

サトシのファイナルと同じタイミングで、ゴウはミュウ探索のため、「さいはてのことう」に向かう。島に上陸したゴウ、シゲル、トキオ、ツルギ、アサヒらだったが、ラボにいるホダカ博士との通信が途絶えてしまった。

ムゲンダイナが突然シュートスタジアムに姿を現した。その目的は一体何か。サトシとダンデのバトルもいよいよクライマックス。ダンデのエース・リザードンに対し、サトシとピカチュウは力を振り絞って立ち向かう。

マスターズトーナメント・ファイナル、相手はダンデ。サトシのポケモンたちはみんな、ボロボロの状態になってしまった。それでも臆することなく向かってくるサトシとポケモンたちの姿に、ダンデは笑みを浮かべる。

マスターズトーナメント・ファイナル、サトシ対ダンデ。両者は序盤から一進一退の攻防を繰り広げるが、ダンデのポケモンや戦略に、サトシは徐々に翻弄されていく。ポケモンを交代しながら食らいつこうとするが...。

マスターズトーナメント・ファイナルがスタートする。目標にしていたダンデとの公式戦に意気込むサトシ。絶対王者であるダンデと、下馬評を覆して勝ち上がってきたサトシの対戦に観客の熱気は最高潮に達する。

世界最強を決めるマスターズトーナメント・ファイナルがスタートする。世界中が待ち望む決戦をどこよりも詳しく大特集するのはPWCSニュースだ。サトシとダンデについては、2人の出会いにも迫る徹底ぶりだ。

ゴウとエースバーンは、2人が初めて出会ったガラル地方のスコーン屋を訪れる。エースバーンは、ヒバニーの頃に一緒に過ごしていたクスネたちと再会。以前とは違い、クスネたちはすっかり街の人気者になっていた。

ガラル地方・シュートシティにあるサトシとゴウが宿泊するホテルの一室で、ゴウのスマホロトムに怪しい影が忍び寄る。スマホロトム内のゴウのポケモンたちの情報や、プロジェクト・ミュウの極秘資料が明るみとなる。

マスターズトーナメント・セミファイナルの第2試合も、クライマックスを迎えた。そんななか、サトシのポケモンは、ルカリオ1体を残すのみという状況だ。大ピンチでも諦めないサトシの想いにルカリオが呼応する。

マスターズトーナメント・セミファイナル第2試合が行われる。サトシはファイナル進出を懸けて、シロナと対戦するが、巧みな戦略に翻弄されてしまい、大苦戦。どうにかして悪い流れを断ち切ろうとするが...。

セミファイナルを控えたサトシはポケモンたちとの特訓中に、対戦相手であるシンオウチャンピオン・シロナと出会った。同様に試合前の最終調整をしていたシロナから相棒・ガブリアスとの出会いを聞く。

マスターズトーナメント・セミファイナルの日がやっていた。試合を控えたサトシは、ポケモンたちと特訓をしていた。すると、対戦相手のシンオウチャンピオン・シロナと出会い、相棒・ガブリアスとの出会いを聞く。

ポケモンワールドチャンピオンシップス・セミファイナルが間もなくスタートする。セミファイナルを目前に控えて、PWCSニュースがどこよりも早く徹底的にマスターズトーナメントを大解剖。マル秘情報まであった。

コハルとイーブイは多くの進化形との出会いを経験した。イーブイが何に進化したいのか、ポケモンの進化とは一体どういうことなのか、コハルは悩む。そんな彼女を見て、サクラギ博士はキャンプに誘う。

サクラギ研究所の七不思議を解明するため、バリヤードが『バリちゃんねる』を立ち上げる。今回解明するのは、進化しないコハルのイーブイ!?果たして不思議なイーブイの謎は解明できるのか。

マスターズトーナメント1回戦第4試合に登場するサトシ。対戦相手はホウエンチャンピオンであるダイゴ。サトシは、ダイゴが繰り出す強力なポケモンたちによって追い込まれていく。仲間たちのためにも勝ちたいが...。

マスターズトーナメント1回戦第3試合、シンオウチャンピオン・シロナ対イッシュチャンピオン・アイリスが行われる。アイリスにとって、シロナはかつて教えを受けた尊敬すべき先輩であり、目標としている1人だった。

マスターズトーナメント1回戦の第2試合が行われる。対戦するのは、カントー・ジョウト新チャンピオンのワタルと、カロスチャンピオンのカルネ。実力が拮抗した者同士で、一進一退の大激戦となった。

マスターズトーナメントが開幕する。これによって、ポケモンバトルの頂点が決定するのだ。決戦の地となるガラル地方・シュートスタジアムにやってきたサトシ。目指しているのはダンデとのバトルだ。

サトシとゴウは特訓中にオーキド研究所に呼ばれた。そこにいるサトシのポケモンたちにエールをもらい、それまで以上に気合が入る。また同所にはサトシがシンオウ地方を旅していた頃のライバル・シンジの姿もあった。

プロジェクト・ミュウ、最後のトライアルミッションが届いたゴウは、単独でカンムリせつげん・定めの遺跡に向かう。同地にはライバル・シゲルもいた。ゴウはミッションをクリアしようとするが...。

サトシ、ゴウ、コハルがアローラ地方にやってきた。サトシはポケモンスクールの仲間たちと久々に再会し、バトルロイヤルに参加することに。アローラリーグ初代チャンピオン・サトシの登場とあって会場は超満員だ。

トシ、ゴウ、コハルは「不思議なポケモンを見た」との情報を得て、カンムリ雪原へ向かう。同じ頃、サトシがアローラ地方で友達になったリーリエも兄のグラジオ、母のルザミーネと一緒に、同地を訪れようとしていた。

ゴウとサトシはプロジェクト・ミュウの新しいミッションのため、ホウエン地方・シーキンセツにやってきた。今回のミッションはサバイバルだ。施設内のほかのチャレンジャーとバトルをして、勝ち残れば...。

サトシは、マスターズエイト入りを懸けて、ガラル地方で圧倒的な実力を誇るジムリーダー・キバナと対戦する。ドラゴンストームともいわれるキバナの天候を巧みに操るバトルスタイルにサトシは追い詰められていく。

サトシとルカリオはマスターズエイト入りに向けて、パワーアップしようと、かつてカロス地方を一緒に旅したゲッコウガに会いにいくことにした。ルカリオはゲッコウガにバトルを挑むが、全く歯が立たない。