第20話 ディープフェイク・エクスペリメント／亘（反町隆史）は、最近、右京（水谷豊）の推理力が衰えているのではないかと、角田（山西惇）にこぼしていた。軟禁された天礼島の事件（2019年10月9日放送「アレスの進撃」）や、重大な見落としをして「僕としたことが！」と嘆いたテロ未遂事件（2019年12月4日放送「檻の中」）などをあげつらい…。

第19話 突破口／与党幹事長の口利き疑惑に関与したとされる大手ゼネコン社員が社屋から転落死する事件が発生。警視庁上層部は、現場に争った形跡があったにも関わらず自殺での事件処理を図り、権力による“口封じ殺人”を疑った右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、独自の捜査を開始。第一発見者である嘱託社員の山野（中本賢）から事情を聞く。

第18話 薔薇と髭との間に／リゾート開発会社・如月リゾートが、オーベルジュ（宿泊もできるレストラン）の契約のために用意した1億円を強奪される事件が発生。契約金の運搬を担当した如月リゾートの社員・鶴橋光太郎（細田善彦）が背後から襲われ、入院を余儀なくされた。

第17話 いびつな真珠の女／郊外の空地で両手の親指が切断された女性の絞殺体が発見された。犯行の手口から捜査一課は、これまで2人を殺害している“指切り男”が、2年ぶりに現れたと警戒を強める。その後、遺体の喉の奥に“バロックパール”と呼ばれるいびつな形の真珠が発見され、右京（水谷豊）は不審に思う。

第16話 けむり～陣川警部補の有給休暇／ケアハウスの理事長が殺害され、現場の痕跡から“けむり”と呼ばれる連続窃盗犯の関与が浮上。けむりは、たばこの吸い殻以外、現場に何の痕跡も残さず、煙のごとく姿を消す窃盗犯。警察が20年以上追っても、いまだ捕まえることができない伝説的な存在として知られている。

第15話 2週連続スペシャル「善悪の彼岸～深淵」／再来日した南井（伊武雅刀）の行動を注視していた右京（水谷豊）は、東京・山手線沿線で相次いで起きている殺人事件が、かつてロンドンの地下鉄で発生した“逆五芒星事件”と呼ばれる連続殺人と多くの類似点があることに気づく。そんな中、品川で警邏中の巡査が射殺される事件が発生。

第14話 2週連続スペシャル「善悪の彼岸～ピエタ」／原宿で身元不明の変死体が見つかり、伊丹（川原和久）たちが捜査に乗り出すが、その後、事故と断定される。そんな中、スコットランドヤード時代の右京（水谷豊）の相棒で、犯罪者に私刑を下している疑惑がある南井（伊武雅刀）が、特命係に現れる。

第13話 神の声／右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、遺留品の返却で奥多摩の山村を訪れる。そこで出会った駐在の草野（粕谷吉洋）や移動スーパーを営む琴江（松居直美）によると、村にはいまだ山岳信仰が残っていて、その日も山は禁足地になっているらしい。ところが、誰も立ち入っていないはずの山中で、変死体が発見される。

第12話 青木年男の受難／サイバーセキュリティ対策本部の土師太（松嶋亮太）が、青木（浅利陽介）に頼まれたと言って、右京（水谷豊）に本を返しに来た。貸した覚えのない右京は事情を探ると、青木が無断欠勤している上、外部から警視庁のデータベースにアクセスしていることが判明。昨年、神田北署の管轄で起きた事件を調べていることが分かる。

第11話 ブラックアウト／年の瀬。右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、山奥のゴルフコースで開かれる警視庁主催の親睦ゴルフコンペに、“準備係”として駆り出される。コンペには、副総監の衣笠（杉本哲太）をはじめとする警視庁上層部のほか、警察庁OBの蓮見恭一郎（長谷川初範）や、その息子で組織犯罪対策3課の係長・蓮見誠司（浅香航大）らが参加していた。

第10話 杉下右京の秘密／右京（水谷豊）が何か隠しごとをしているのではないか？…と疑念を持った亘（反町隆史）は、仕事帰りに尾行。すると、右京らしき人物が、幼い子供とその母親の2人とスーパーで買い物をした後、まるで家族のようにアパートの一室で仲睦まじく過ごす姿を目撃する。

第9話 2週連続スペシャル「檻の中～告発」／遠隔操作技術の第一人者である大学教授の皆藤（中村育二）は、横領の罪で逮捕されていたが、それは研究の乗っ取りを目論む准教授・佳奈恵（中村優子）がでっち上げた冤罪であることが判明。3000万円の保釈金も戻り、皆藤の保釈も決定的になった。

第8話 2週連続スペシャル「檻の中～陰謀」／研究費の横領容疑で逮捕された大学教授・皆藤（中村育二）の保釈金3000万円が奪われる事件が発生。襲撃された准教授の佳奈恵（中村優子）によると、犯人はテーザー銃（遠距離対応型スタンガン）を使う3人組の男だったという。

第7話 ご縁／伊丹（川原和久）が婚活デートに臨もうとした矢先、アポ電強盗が発生し、捜査への合流を余儀なくされる。被害者は、医師の息子を持つ大井川君枝（山口美也子）で、傷害トラブルの示談金が必要という電話を受けた直後、3人組の男が押し入ってきて2000万円もの現金を奪われたという。

第6話 右京の目／右京（水谷豊）は、清掃員として働く顔馴染みの和江（山本道子）に頼まれ、亘（反町隆史）と共に古いアパートの一室を訪れる。空室のはずなのに不審な物音がするので、中を調べてほしいという。すると、部屋には訪問者を陥れる罠が仕掛けられており、和江をかばった右京は、目に大怪我を負ってしまう。

第5話 さらば愛しき人よ／青酸カリの中毒死で『スノウ』というペンネームを持つ人気覆面詩人の女性が殺害された。現場から亘（反町隆史）の写真が発見されたため、伊丹（川原和久）たち捜査一課が事情を聞くと、スノウの正体は、遺体で発見された女性ではなく、竹田ユキ（佐藤江梨子）という名の別人で、数年前に別れた元恋人だという。

第4話 声なき声／厚生労働省の過重労働撲滅特別対策班、通称“かとく”の職員が転落死体で発見された。かとくのメンバーは、特別司法警察職員として違法な事業所を検察庁に送検する権限があるため、口封じに殺された可能性も考えられた。

第3話 少女／益子（田中隆三）から飼い猫の捜索を依頼された右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、郊外の一角で無事に猫を保護。後日、益子と連れ立って、保護に協力してくれた小学生・明菜（大島美優）に礼を言うためマンションを訪れる。すると、隣室で殺人事件が起き、偶然居合わせた明菜が連れ去られてしまったことが分かる。容疑者は、島村（三浦誠己）という警備員の男。

第2話 アレスの進撃～最終決戦／右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、連続殺人の容疑が掛かった岩田（船越英一郎）を囮に、事件に関する情報を集めるため“信頼と友好の館”内部を捜索することに。すると、ミナ（北香那）らメンバーの部屋から、片山雛子（木村佳乃）がとある協会の顧問に就任したことを伝える週刊フォトスを見つける。

第1話 アレスの進撃／右京（水谷豊）が突然、消息を絶って1週間。亘（反町隆史）は、何者かによって海に流された右京のスマートフォンが秋田に流れついたことから、潮流を計算し、北海道付近に浮かぶ“天礼島”にあたりをつける。すると亘は、島に渡って早々、男が若い女性を連れ去ろうとしている現場に遭遇。何とか拉致を防ぐが、男は姿を消してしまう。