2年前にショッカーに誘拐され、怪人エイキングを作り上げた海洋生物学の関博士はショッカーを脱走、一文字らに救われた。ショッカーは、博士の娘アケミを拉致。仮面ライダーはエイキングが放つ1000万ボルトの稲妻に敗れてしまい、アケミを守りきれなかった。一文字は藤兵衛から正義を守る同志として激しく叱責される。

ショッカーは新しく開発した殺人植物を劇場や音楽会場に設置し、人々を皆殺しにするG作戦を計画。しかし怪人トリカブトは殺人植物をミツルという少年に見られてしまい、張り紙でトリカブトの存在を訴えるミツルを拉致する。そしてショッカーは怪獣サイン会の名目で少年たちを集め、殺人植物で殺害しようとするのだった。

ショッカーは古代エジプト時代の怪人エジプタスのミイラを発見。トトメス三世が日本に送ったとされる時価十億円の財宝の在り処を語らせるべく、怪人を復活させた。しかしエジプタスは日本語が喋れない。ショッカーは古代エジプト語を解読できる学者を襲い始めた。一文字は歴史学の剛田博士を守ろうとする。

ショッカーの科学陣はアリの卵から女王アリの改造人間を作ることに成功。生まれた怪人アリキメデスは強力な蟻酸で銀行を襲撃した。怪電波を察知した一文字たちは、女王アリの卵を育てている秘密基地に潜入。突如出現したアリキメデスに、一文字は変身して戦うが、アリキメデスの蟻酸に苦戦を強いられてしまう。

ショッカーの悪事を調べる犯罪研究所の折口博士は、特殊核爆弾で日本列島を分断する計画を進めていることを突き止める。これを知った怪人ガマギラーは博士の娘を狙い始めた。一方、折口は首領の口から日本分断計画を聞いた、という女性･絹子からも協力を得ようと考え、彼女の記憶を脳波スクリーンに映し出そうとする。

ブラジルの怪人アルマジロングは、ガスタンク破壊計画の前に首領から「仮面ライダーを倒せ」という命令を受けた。一文字はアルマジロングに襲われるコニー山田を救出するが、硬い体を誇る怪人に敗退。ブラジルで家族を殺された山田は滝と協力してショッカーを追う。一方、アジトに潜入した滝はショッカーに捕まってしまう。

ニューギニアの密林で200年生きた人食い花から作られた怪人ドクダリアンは花屋に化け、催眠音波が出る花で女性を次々とショッカーの奴隷にした。ショッカーは、ニューギニア支部から送られてくる毒花エキスから毒薬の結晶を精製し、霧にして撒き散らすことで大都市を死の都にする「死の毒花作戦」を計画していた。

ショッカーは天狗岳を怪人アリガバリが持つ細菌「アマゾンの呪い」の実験場とし、山を訪れた青年･井崎を襲った。感染した井崎は細菌を養うために蟻を貪り食い、それを目撃した弟の岳夫は兄の変貌に恐怖する。話を聞いた一文字は調査を開始するが、そこへアリガバリが出現。変身して戦うも、ライダーキックを破られる。

太古の生物を蘇らせようとする志村博士の研究に目をつけたショッカーは、化石から蘇った古代三葉虫を盗み出し、新たなる怪人ザンブロンゾを生み出した。ゾル大佐は第2第3の怪人を生み出すべく、志村博士の家族を人質に取り、研究を強要する。一方、志村博士を訪ねた一文字は、博士の挙動からショッカーの影を感じ取った。

ショッカーは電気人間の素材となる人間を求め、高圧電流を放つ怪人クラゲダールに人々を襲わせた。浩太少年はそんなクラゲダールを宇宙人と思ってカメラに撮り、写真は新聞に掲載される。ショッカーは無差別に人々を襲い始め、浩太の母をも誘拐。母を貼り付けにした十字架に爆弾をセットし、ライダーに罠を仕掛ける。

コンビナートの石油を湾内に流し東京湾を火の海にしようと企むショッカーは、エレクトロアイを備えた怪人モグラングを使って人々を拉致。地底作業用のモグラ人間に改造し、計画を着々と進めていた。さらにゾル大佐は、立花レーシングクラブでバイクを整備する愛川を誘拐。愛川に滝を殺すよう催眠術をかける。

仮面ライダーと親しいという怪しい男が子供たちを誘拐した。男はショッカーの怪人ムカデラスで、催眠電波で子供を操り、ジュニアショッカーの一員にしようと企んでいたのだ。そんな中、さらわれた友人を探す五郎もまたショッカーに捕まってしまった。仮面ライダーはムカデラスを追跡するが、再生怪人に行く手を阻まれる。

怪人･地獄サンダーが、人工あり地獄によって幹線道を寸断する作戦を行う中、ショッカー中東支部から総司令官ゾル大佐が派遣された。ゾル大佐は滝和也に変装すると警官に暴行を働き、本物の滝を逮捕させてしまう。さらにゾル大佐は滝の姿を利用してオートバイに爆弾を仕掛け、一文字の暗殺を企んでいた。

捕らわれた一文字はキノコモルグによって解毒剤を注射され、意識を取り戻した。戦闘員に化けた滝の活躍によって危機を脱出した一文字は、アジトで入手した液体を解毒剤と考えてこれを培養、キノコモルグの毒胞子にやられた人々を救った。一文字に計画を邪魔されたショッカーは、キノコモルグに仮面ライダー抹殺を指示する。

囚人を毒キノコのエキスに1週間浸け、怪人キノコモルグが生まれた。口から放たれる毒キノコの胞子は人間を動けなくする力を持ち、ショッカーはこの力を利用して改造人間を増やそうと計画。キノコモルグはお化け大会を装って人々を集める。子供たちを救出しにやってきた仮面ライダーは毒胞子によってピンチに陥ってしまう。

ショッカーは大隈博士が開発した新型液体燃料を狙って怪人ムササビードルを誕生させた。北海道を訪れていた滝はその計画を知り、さらに滝を追ってきた一文字がムササビードルと対決。奪われた液体燃料を取り戻した。燃料がショッカーに狙われている事を知った大隈博士は燃料の分解を決意する。

水泳選手が仲間の目の前で忽然と姿を消し、海で泳ぐ青年も出現した怪人に連れ去られてしまった。全てはショッカーの怪人アマゾニアの仕業で、日本近海の海底にあるウラニウムの鉱脈を掘る計画のため、屈強な人間をさらっていたのだ。一方、滝とFBIの仲間は海底の怪電波を調査、その中で兄をさらわれた少女と出会う。

ショッカーは吉岡が開発した成長剤を利用しようと、ドクガンダー成虫を死んだ教授に変身させ吉岡助教授を欺いた。ドクガンダーは娘を誘拐するといって脅し、多数のドクガンダーの繭を成長させるよう命じる。一方、立花レーシングクラブの面々は吉岡の娘を守るが、ついにはドクガンダーに捕らわれ処刑の危機に瀕してしまう。

一文字は、巨大なお化け毛虫によってパニックに陥っている村の調査を始めた。一方、藤兵衛たちはショッカーに捕らわれてしまう。仮面ライダーは藤兵衛のパイプの発信機からアジトを突き止め、怪人ドクガンダーと対決する。しかし、ライダーキックを受けたドクガンダーは、繭に身を包み川に逃れてしまった。

ショッカーは海底地震によって北海道に大津波を起こそうと計画、怪人カニバブラーは地震計を全て破壊しようとしていた。事件を知った滝は仲間のFBIとともに調査に乗り出すが、カニバブラーの襲撃を受けてしまう。しかし一文字が滝の仲間を救出。ショッカーはアジトが突き止められる前に計画を実行に移そうと焦り始める。

ショッカーは山中にミサイル基地を作り、怪人ヒトデンジャーを警備につけた。ヒトデンジャーに襲われた少年を助けた隼人は、基地を探る滝を救うためヒトデンジャーに挑むが、ライダーキックを跳ね返されてしまう。藤兵衛は滝とショッカー基地を探るが逆に捕らわれ、牢の中で一文字と再会。再びヒトデンジャーに挑む!

ピラザウルスは、プロレスを観戦する日本の首脳を「死の霧」で抹殺する計画に着手する。計画に気づいた隼人はサタンマスクを追跡するが、それは囮のショッカーのトレーナー･ハリケーンジョーであった。彼を滝に任せた隼人はプロレス会場へ急行。リングの上でピラザウルスのウルトラパンチとライダーキックが激突する!

恐竜をも殺す猛毒を発するピラザウルスを手にしたショッカーは、人間と合成して改造人間を作り始めた。しかし最初の怪人は、その毒に耐えられずに死亡。ショッカーはその猛毒に耐えられる強靭な肉体を持つプロレスラー･草鹿昇を狙った。草鹿は改造人間ピラザウルスにされ、サタンマスクを名乗ってリングで暴れはじめた。

激闘の末、仮面ライダーはサボテグロンを退けた。サボテグロンは隼人と立花レーシングクラブをメキシコの花を使って襲撃し、さらにクラブの女の子たちを狙うが、仮面ライダーが彼女たちを救出する。一方、ダム破壊計画を進めるショッカーのアジトに滝が潜入していた。

新たなショッカーの幹部がメキシコから来日するとの連絡を受けた滝は、連絡員と合流。しかしそれは怪人サボテグロンが化けた姿だった。ショッカーに襲われる滝と藤兵衛。そこに仮面ライダーが登場し、2人は救出される。だが助かった2人の目の前に現れたのは本郷ではなく、一文字隼人と名乗る謎のカメラマンだった。

東洋原子力研究所のバリアを破るため、ショッカーは強力なキック力を持つ怪人トカゲロンを作り出した。ショッカーに襲われた滝を救おうとした仮面ライダーは、トカゲロンに敗北を喫する。だが、東洋原子力研究所を襲ったトカゲロンと再生怪人軍団の前に、電光ライダーキックを完成させた仮面ライダーが立ちはだかった。

殺人光線を発明してしまった白川博士は、この発明を封印しようとしていた。だが、助手の柴田が怪人ヤモゲラスに改造され、殺人光線を狙って暗躍を始める。博士は秘密を隠すために事情を明かさず、妹のペンダントに秘密を隠す。だが、ショッカーはペンダントを奪い、殺人光線デンジャーライトを完成させてしまう。

ショッカーはこれまでの怪人の長所を集め、怪人ゲバコンドルを作り出した。だが、ゲバコンドルには若い女の生き血が必要であり、ショッカーは教会に罠を張り巡らせると結婚式を挙げる新婦を狙った。本郷のライバルであるレーサー･滝和也は、教会での挙式の最中にショッカーによって新婦をさらわれてしまう。

ショッカーの協力者である綾小路生物研究所の綾小路律子は、「動物買います」という広告で動物の血を集め、さらには動物を持ち込む人々を捕らえていた。犬を失って悲しむ少年から事件を知った本郷は、綾小路研究所へ急行する。一方、コブラ男は、用済みとなった律子を始末し、研究所の金を狙って暗躍を始める。

金の保管庫を襲撃したコブラ男は、ガードマン･近藤の飼い犬に吼えられ、キバを落としてしまった。キバを求めるコブラ男は近藤を襲撃、近藤の息子･武彦も人質に取られてしまったことで、本郷もショッカーの手に落ちてしまう。本郷に再度の脳改造の危機が迫る。だがその時、本郷を追って立花藤兵衛が現れた。