再び日本に現れた死神博士は隕石を操り日本壊滅を画策。仮面ライダーは新しく作られたサイクロンの試乗中に、イカデビルの襲撃を受ける。ライダー抹殺を企むイカデビルは、藤兵衛の旧友を操り、藤兵衛を怪人のトレーナーとして拉致する。一方、ライダーも滝とともに特訓を行い、イカデビルとの決戦に向かう!

FBIアルプス支部の捜査官は、真鶴海岸にショッカーの最高機密作戦計画書が送られる、という情報を滝に託すが、怪人ギリザメスに襲われてしまう。計画書を奪った滝と仮面ライダーは暗号を解読し、全世界のショッカー幹部が出席するショッカー世界会議が東京湾にある島で開催されることを知る。だがそれは、罠だった。

改造人間カミキリキッドによって、ライダーに倒された怪人を蘇らせる悪魔祭が始まった。生贄によってエネルギーを与えられたジャガーマンたちが復活を遂げる。再生怪人で特訓を行ったカミキリキッドは滝とライダーを欺き、さらに再生怪人たちは悪魔祭の生贄として立花レーシングクラブの藤兵衛らを拉致してしまった。

仮面ライダーと一緒にカブトムシを取れると言う謳い文句に乗せられた子供たちが、高尾山に連れ去られ、怪人カブトロングが組織するショッカースクールの生徒にされてしまった。子供たちの異変を知った本郷と滝は怪しいバスを追跡。本郷は仮面ライダーとなってカブトロングと対決するが、苦戦する間に滝が捕まってしまう。

セミ取りをしていたナオキは、ショッカーの怪人･セミミンガの殺人を目撃。ナオキを保護した本郷はショッカーを追跡し、セミミンガと対決。しかしセミミンガによって、仮面ライダーはエネルギーを奪われてしまった。本郷は病院に運ばれたと見せてショッカーを欺くと、殺人音波を放つ電波塔の調査を藤兵衛らに依頼する。

全日本オートレース選手権の優勝を目指して本郷たちが猛練習に励んでいる頃、ショッカーのアフリカ支部からサイギャングが派遣された。再び日本支部にやってきた死神博士は、本郷のレース仲間である勝丸選手を拉致し、催眠術をかけ、レース中にサイギャングとともに本郷を狙ってきた。

全身の毒針に人間を溶かす殺人ビールスを仕込んだ怪人ハリネズラスが次々と人間を抹殺。ショッカーはアマゾンから更なるビールスを空輸するが、輸送機が三浦半島に不時着してしまう。ハリネズラスは現地で殺人ビールスの捜索を始める。一方、不時着機のSOSから、本郷と滝はショッカーの存在を感じ取っていた。

死神博士は電気ナマズを改造したナマズギラーを引き連れて、滑川アイランドのショッカー日本支部に帰還した。その頃、滑川アイランドを訪れていた五郎は地獄大使に捕らわれてしまう。一方、房総に向かった本郷はナマズギラーの襲撃を受けピンチに陥るが、何故か死神博士は途中でナマズギラーを撤退させてしまう。

生物を骨に変える殺人レントゲンを両眼に備えたフクロウ男が実験を開始。本郷は実験を目撃した少女を救い、事件がショッカーの仕業であることを知る。ショッカーはフクロウ男の殺人レントゲンを起爆エネルギーとして、全国の大時計を同時に爆破する作戦を計画。フクロウ男と対決した本郷はアジトを突き止める。

ショッカーはビキニ諸島の水爆実験で唯一生き残ったシマミミズから生み出したミミズ男に、コバルト120を用いたコバルト爆弾による放射能作戦を指令。コバルト120を運搬するが、滝によって持ち去られてしまった。ミミズ男は、2人組のこそ泥の一人を人質に、もう一人にコバルト120の取戻しを命ずる。

大田黒博士は、死んだ生物を生き返らせる蘇生薬･アルファー液の開発に成功した。この発明を狙うショッカーの毒トカゲ男は、博士の助手･山本を襲撃。山本を殺してしまった毒トカゲは、もう一人の助手･橋本を狙う。ショッカーはXアルファー液を使って今世紀最大の科学者たちを蘇らせ、殺人兵器を開発させようとしていた。

ショッカーの怪人ドクモンドは、本郷の友人･沢田が完成させた、全ての金属を溶かし燃やしてしまう液体火薬を狙っていた。ショッカーの襲撃を知った本郷は、仮面ライダーに変身してドクモンドを退け、沢田を保護することに。しかし沢田博士を狙うショッカーは病院に潜入。ドクモンドは医院長に化けて沢田をさらってしまう。

ショッカーは、怪人ギリーラの猛毒粉を詰めたカプセルを全国の貯水池に投げ込んで飲料水を汚染する、毒水計画を企む。山中で起こった謎の自動車事故を調べていた本郷は、現場でアマゾンの毒蝶の鱗紛を採取し、滝とともにアマゾンの毒蝶の収集家を訪ねる。だが、その収集家こそ怪人ギリーラで、滝は罠にかかってしまう。

ショッカーは細胞を老化させる細菌を開発。ボウリング場のボールに細菌を仕込み、若者を老化させる実験を行った。今度はその薬をゴキブリにつけて媒介しようと計画。ニセの殺虫剤を売る男を、怪人ゴキブリ男に改造してしまう。ゴキブリ男はアドバルーンに老化薬を詰め込み、上空で爆発させて撒き散らそうとする。

ショッカーは山中の村にトレーニングキャンプを設置。キャンプで鍛えた怪人海蛇男は、風景を屈折させるプリズムアイを用いて村から脱走する者、村に近づく者を次々に処刑していた。事件を知った本郷は調査を始めるが、現場は藤兵衛と滝がモトクロスの設計を頼まれていた地域であった。

死神博士を追って南米に向かった一文字に代わり、再び本郷が日本を守ることになった。ショッカーもまた、死神博士に代わる最高指揮官として、地獄大使が東南アジアから来日する。世界グランプリの優勝を目指して藤兵衛と本郷がバイクの練習を行う中、ショッカーの怪人ジャガーマンが出現。

ギルカラスは人間の言葉を喋るカラスに化け、人間たちを殺人狂に変えてしまうデッドマンガスで人々を襲った。事件を察知した一文字が変身してギルカラスと戦うが、デッドマンガスの副作用で改造人間としての機能が麻痺してしまう。病院に入院した一文字にギルカラスの魔手が迫るが、ベッドで待っていたのは本郷猛だった!

ショッカーは一角獣の化石から取り出した粉末血液と凶悪な男の血液を入れ替えて、怪人ユニコルノスを作り出した。ユニコルノスは五郎たちを化石に変えてしまう。一文字は五郎たちを救うために大下博士に協力を求めるが、秘密を記したノートを狙ってユニコルノスが出現。一文字は足を石に変えられてしまった。

東京上空に突如オーロラが出現。それを見た人々は目をやられ、次々と病院に運び込まれてしまった。事件は死神博士が作り出した怪人カメストーンの仕業で、カメストーンの急襲を受けた一文字もまたオーロラの力で視力を失ってしまう。滝の応援要請でFBI本部のロバート田中が来日し、一文字に特効薬の目薬を与えるが…。

アフリカでダイヤモンドの鉱脈をみつけた中山老人は、日本にいる孫に鉱脈の在り処を記したメダルを送るが、ショッカーも鉱脈を狙っていた。怪人イソギンチャックがメダルを追って日本に上陸。事件を知った一文字は、その孫を守ってショッカーと戦う。ライダー1号も登場し、ダブルライダーがイソギンチャックに挑む。

血吸いヒルを操って人間の生き血を吸うヒルゲリラは、血を吸った人間に緑の薬品を注入し、自分の意思を持たない奴隷人間へと変えていった。先輩の息子が事件に巻き込まれたことから調査を始めた一文字はヒルゲリラと対決するが、罠にかけられ、アジトに誘い込まれた一文字は、ついに奴隷人間とされてしまう!

ショッカーは零下300度冷凍シュートを放つ怪人トドギラーによって人間を冷凍し、ショッカーの改造人間とするアイス計画を実行。調査を開始した一文字の前にショッカーが出現。一文字はトドギラーによって氷の中に閉じ込められてしまった。からくも脱出したライダーだが、再びトドギラーの襲撃をうけてしまう。

草津高原の雪を溶かして大洪水を起こすスノー作戦を企むショッカーは、物理学者の美川博士に高熱を発するエネルギー爆弾を製造させていた。秘密を知った博士の息子は一文字らと知り合うが、死神博士は息子を一文字に近づけぬよう博士に命じる。一方、一文字は、怪人ベアーコンガーの襲撃で右腕を負傷してしまう。

矢島博士が開発した人工頭脳は、動物の能力を数十倍にする力を秘めていた。怪人ナメクジラは人工頭脳を狙うが、失敗。やがて人工頭脳は泥棒に盗まれ、ナメクジラは泥棒から人工頭脳を奪おうとする。博士の娘を操った死神博士が人工頭脳を奪い取るが、ナメクジラに人工頭脳を組み込むためには矢島博士の力が必要だった。

人間を養分にして育つ殺人カビの培養を企む怪人カビビンガは、アジト付近の墓場で人々を襲い、殺人カビのテストを行った。その一部始終を目撃した双子の姉妹を捕らえたカビビンガは、仮面ライダーに対して先手を取るべく双子を利用して一文字と滝を狙う。さらに立花レーシングクラブに殺人カビが放たれた。

立花レーシングクラブのエミを捕らえたショッカーは、エミに発信機を仕込み、怪人プラノドンの催眠電波でコントロールする。高名な波川博士を一文字に殺させようと、エミを操って一文字のカメラに小型ロケット弾を仕掛けた。それを知らずに波川博士を撮影しようとする一文字。一方、滝もさらわれてしまう。

死神博士は冷血な若者を捕らえ、ハエ男に改造。一文字を逆恨みするハエ男は、命令電波で人間を操る薬を藤兵衛たちに飲ませ、一文字と滝を襲わせる。一度は正気に戻ったと思われた藤兵衛らだが、薬の効き目は3日間持続しており、ハエ男は立花レーシングクラブのほかのメンバーにも薬を与えてコントロールしようとする。

死神博士は桜島とえびの高原を結ぶトンネル工事のため、怪人ゴースターを送り込んだ。しかしトンネル内の温度が高いことから労働者が次々と倒れてしまい、作業は難航。ショッカーは再生アルマジロングを使い、人々の誘拐を始めた。一文字と本郷は調査を開始するが、本郷は怪人たちの襲撃を受け脳波コントロールを施される。

ショッカーのスイス支部から死神博士が日本支部に着任。霧島と桜島の間に地下トンネルを掘って霧島火山帯を爆発させる計画を立てた。本郷猛は、2人の助手･エミとミカを日本へ送るが、死神博士の怪人スノーマンに捕らわれてしまう。2人を救うために現れた仮面ライダー2号。そして仮面ライダー1号も日本に駆けつけた!

ゾル大佐はウルフビールスで狼男を作り出す狼作戦を遂行。その現場を孤児院の少女に目撃されてしまった。ショッカーの企みを知った一文字たちは少女を救出。ゾル大佐はショッカーのパーティーに一文字たちをおびき寄せるが、その裏をかいた一文字は、アジトのウルフビールスを爆破。するとゾル大佐が金色の狼に変身した!