【最終話】ヒルカメレオンの正体はブラック将軍だった。罠にかかり、再生怪人に取り囲まれたダブルライダー。一方、滝は首領の元に向かう再生怪人を追っていた。ダブルライダーはヒルカメレオンを倒すが、再生怪人は滝と少年ライダー隊を捕らえ、本郷と一文字をゲルショッカー本部へと誘い出す。ついに首領と対峙する時が迫る!

怪人ヒルカメレオンは吸い取った人間の血を使い、ガニコウモルを蘇らせた。事件を知った本郷はアジトに乗り込むが、そこでは復活したガニコウモルが待ち受けていた。ライダーはガニコウモルを倒すが、密かにそれを記憶していたヒルカメレオンは、フィルムを元に、変身の0.5秒間にライダーの弱点があることを突き止める。

ゲルショッカーはサボテン研究科の松田博士をサボテンバットに改造。サボテンバットは地球平和委員会のメンバーを襲うと、腕のトゲを使って人々をサボテンに変えていく。事件を知った本郷はサボテンバットと対決。一方、少年ライダー隊に送られたサボテンによって、藤兵衛の腕がサボテンに変えられてしまった。

ゲルショッカーのガラオックスは物質を宙に浮かせる悪魔の霧を使い、自動車を襲った。宙から落とされた男を救った本郷は、男がなぜ空から落ちてきたのか疑問を抱く。一方、ゲルショッカーは本郷が救った男を拉致。ゲルショッカーを追跡するライダーは、ガラオックスの悪魔の霧にやられ、車ごと宙に持ち上げられてしまった!

アンチショッカー同盟の援護で危機を脱したダブルライダーは、エイドクガーを捕虜にした。そしてショッカーライダーを倒すため、藤兵衛の指導の下で特訓を開始する。一方、エイドクガーが発する電波をキャッチしたゲルショッカーは、ナメクジキノコをアンチショッカー同盟の木暮に乗り移らせ、エイドクガーを脱出させる。

仮面ライダー1号は、ショッカーライダーと怪人ハエトリバチに追い詰められ、ハエトリバチとともに海に沈んでしまった。ショッカーライダーとエイドクガーは、アンチショッカー同盟に殺人音波を入れたニセのデータを与えることに。だが、本物のデータは南米から帰還した一文字隼人が持っていたのだ。

仮面ライダーはムカデタイガーと相打ちになり行方不明に。そのころ、ゲルショッカーの活動を妨害し続けてきたアンチショッカー同盟が、ゲルショッカー首領の正体を突き止めた。海外から送られてくるデータを仮面ライダーに運んでほしいと、アンチショッカー同盟は少年ライダー隊にコンタクトを取ってきた。

丹沢地区の少年ライダー隊員に異変が起きたことを知った本郷は現場に向かうが、そこで少年ゲルショッカー隊に襲われてしまった。本郷は少年ゲルショッカー隊を指揮するムカデタイガーと戦うが、怪我を負ってしまう。ムカデタイガーは少年ライダー隊員を次々と少年ゲルショッカー隊員に教育していたのだ。

カナリコブラを倒したライダーの前にネズコンドルが出現した。ネズコンドルは体内のペスト菌を東京にばら撒く作戦を実行。ペスト菌を浴びた人々は牙を生やして暴れだし、感染者を次々に増やしていく。ライダーの襲撃に一度は失敗したネズコンドルだが、クチバシを強化して再度本郷を急襲。本郷は目を傷つけられてしまう。

少年ライダー隊に潜入したゲルショッカーの怪人カナリコブラは、怪しい鳴き声で少年ライダー隊のみんなを苦しめ、猛毒のコブラハンドで本郷を狙った。仮面ライダーはコブラハンドに苦戦を強いられながらも、なんとかカナリコブラの腕を切断。しかし、腕を失ったカナリコブラは鋼鉄の腕を得て、再びペット作戦を遂行する。

本郷は、取り付かれたように黒猫の絵を描く兄を案じる少年･サトルからの相談を受けた。その矢先、部屋に飾られた黒猫の絵から出現したネコヤモリに襲われてしまう。黒猫の絵から絵へと自由に出入りするネコヤモリこそ、サトルの兄の正体だったのだ。ネコヤモリはその能力を駆使し、世界の科学者を集めた会議を狙っていた。

ゲルショッカーは日本の要人の死刑執行リストを作成。要人に死を予告する郵便を配達していた。死の郵便を受けた青野博士の助手から連絡を受けた本郷たちは、博士を救うためにゲルショッカーに挑む。しかし、怪人クモライオンによって博士は殺されてしまう。次にゲルショッカーが郵便を配達したのは、立花藤兵衛だった。

ゲルショッカーのワシカマギリは人間狩り作戦を遂行し、大室山を走るバスの乗員を誘拐。事件を知った本郷たちは調査を開始し、襲われたバスから逃げ出した少年を保護する。一方、滝はゲルショッカーが仕掛けた罠に捕らわれ、ワシカマギリに襲われてしまう。滝を救うため、仮面ライダーはワシカマギリと対決する!

ゲルショッカーは怪人ウツボガメスを生み出した。ウツボガメスが殺人スモッグを吐くためには強力なヘドロが必要なため、ウツボガメスは公害研究所を襲う。ヘドロを手にしたウツボガメスは、殺人スモッグを使って団地の人々を襲撃。さらには公害研究所からさらった本郷の友人･岡崎を利用して本郷をおびき出す。

ライダー抹殺のために改造されたイソギンジャガーは、父を探す娘マキを誘拐。少年ライダー隊の捜索でイソギンジャガーの自動車が見つかるが、それは罠だった。ゲルショッカーのオートバイ部隊とイソギンジャガーに襲われ、本郷は意識を失ってしまう。本郷はようやくマキを見つけるが、それは偽物の人形だった。

ゲルショッカーは死刑囚を怪人イノカブトンに改造。発狂ガスを持つイノカブトンは、猛毒ガス東京壊滅作戦を遂行するための実験として人々を襲っていた。そして藤兵衛もガスの餌食になってしまう。ライダーもイノカブトンとの戦いで左足を負傷。その機に乗じてイノカブトンは遊園地を襲撃。本郷は怪我をおして戦う。

10万ボルトの高圧電流を持つ怪人クラゲウルフを使い、ラッシュアワーの新宿駅に雷を落として人々を抹殺する作戦を企てたゲルショッカー。発電所での実験を少年に目撃され、その少年を狙い始める。少年ライダー隊は、彼を逃がすために服を交換するが、そのためライダー隊員がクラゲウルフの襲撃を受けてしまった。

ゲルショッカーのサソリトカゲスは、ショッカーの科学者たちを酸欠ガスの実験台として次々に抹殺していった。しかし科学者の一人･峰が脱走。サソリトカゲスは峰を追って妻の病院を襲撃した。そこには死んだと思われていた本郷がいたが、まだ傷は癒えておらず、ライダーはサソリトカゲスに苦戦を強いられてしまう。

地獄大使は倒され、ショッカー日本支部は放棄された。しかしショッカー首領はアフリカの秘密組織ゲルダムの力を加え、新組織ゲルショッカーを結成。その第1号怪人ガニコウモルは、ショッカーの戦闘員たちを次々と抹殺し始めた。本郷が調査のために戦闘員の死体を調べていると、そこへガニコウモルたちが現れた。

怪人ガラガランダの毒水道作戦が何者かによって仮面ライダーに通報された。ショッカー首領は裏切り者を地獄大使だと見抜き処刑を決定。本郷は死刑の立会人としてショッカーに招かれるが、そこで地獄大使がショッカーに不審を抱いていることを知り、救出する。本郷は地獄大使の情報でガラガランダのアジトへ急行するが…。

怪人ウニドグマは自分の分身の卵を大量に育てるため、藤兵衛の故郷に近い大滝村を乗っ取った。墓参りのため故郷に戻っていた藤兵衛は、事件を目撃したためにウニドグマに襲われていた少年を救出。連絡を受けた本郷らが急行するが、その途中で本郷はショッカーの作戦を漏らす謎の怪人と遭遇する。

ショッカーの怪人イモリゲスは、身体を液化する能力を使って成人男性を次々と拉致、地下飛行場の建設を進めていた。少年ライダー隊の報告から伊香保の牧場でショッカーの暗躍を知った滝は直ちに現地に急行するも、イモリゲスに襲われてしまう。そこへ仮面ライダーが登場、イモリゲスを退ける。

ショッカーは怪人シードラゴンを「怪獣モンスターの缶詰」に詰め、少年ライダー隊たちの家に放った。やがて、成長したシードラゴンが高圧電流で人々を襲撃し始める。本郷も怪人が放つ電流に苦戦。変身した仮面ライダーはシードラゴン1世を打ち倒すが、立て続けにシードラゴン2世に襲われ、ショッカーに捕らわれる。

ショッカーを目撃したという少年ライダー隊の連絡を受け、現地を訪れた滝は怪人バラランガに捕らわれてしまった。バラランガのトゲを受けた伝書鳩からショッカーの存在を知った本郷は調査を開始する。一方、気を失った滝が目覚めたとき、彼は洋館のベッドに寝かされていた。傍らにはバラを携えた美しい女性が立っていた。

滝を隊長とする「少年仮面ライダー隊」が結成された。その頃、血液銀行が襲撃される事件が連続して発生。それは改造人間手術に必要な血液を集める怪人シラキュラスの仕業だった。血を吸った人間を意のままに操る能力を使い、子供たちを狙うシラキュラス。異変を察知した本郷は、ライダー隊の助けを借りてアジトを発見する。

紀伊半島南端での基地建設にこだわるショッカーは、怪人シオマネキングを使い、海底牧場を夢見る海洋学の坂井博士を拉致。さらに博士の協力を得るべく、博士の妻と子供をも狙う。博士が拉致されたことを知った本郷たちが家族を救出するも、執拗に襲い来るシオマネキングは誘拐を成功させてしまう。

南米からやってきた怪人モスキラスは、紀伊半島にショッカー基地を作ろうと計画していた。一方、夏休みで那智勝浦に来ていた藤兵衛たちはショッカーの襲撃を受けるが、そこへ仮面ライダー2号･一文字隼人が現れた。モスキラスを追って南米から日本に帰ってきたのだ。一文字はアジトへの潜入を開始する。

FBIからショッカーの情報を得た本郷と滝は、神戸に飛んだ。一方、学術会議のため有馬温泉に滞在していた木原博士をショッカーの科学陣に加えようと企む怪人アブゴメスは、その計画を知った少女を狙う。少女を守った本郷は木原博士に変装して、アブゴメスに捕らえられることでアジトに潜入しようと考える。

高電圧を受けて誕生した怪人エレキボタルは地獄大使の命令を受け、東京中の全ての電気を奪い取り、さらに本郷と滝を誘い出した。ライダーはエレキボタルの高圧電流に苦戦を強いられ、負傷した滝を救って一旦退却。ショッカーはユリたちを拉致する。一方、本郷たちはエレキボタルの電気をアースで逃がす手段を考えていた。

赤い毒のツメで人間を刺し、刺された人間を死のツメを持つ殺人鬼へと変貌させる能力を持つ怪人ギラーコオロギ。ネズミ算式に犠牲者を増やす作戦を開始し、子供たちに死のツメを与える。さらに、本郷をアジトの一室に閉じ込めたギラーコオロギは、ライダーの力を無力化したところで殺人音波を使ってライダー抹殺を狙う。