次なる目的地・奈良へ向かう一行の前に、六衛門と名乗る一人の男が現われた。仲間に入れて欲しいという。しばらく行動を共にするが、夜、皆が寝静まると、武蔵の持っていた伝説の玉の地図をこっそり盗もうとするのだった・・。

阿蘇山火口を目指す一行の前に現われた、一軒の茶店。一行を出迎えたのは、鬼丸の手下を廃業したヒトデ男とその妻ミポリン。ヤイバが赤龍の玉を探していると聞いて案内役になってくれた。火口に到着した彼らの前に現われたのは、クモ男と天草四郎であった。

龍神の玉を求めて、一路九州へ。着いた先は、既に鬼丸の日本征服の手に堕ちていた。クモ男にまるめこまれた温泉宿で、足止めを喰わされたヤイバたちだったが、そこで阿蘇山に伝説の玉が隠されていると聞き、宿を飛び出すのであった。

三好清海との戦いの最中に手に入れた水神の玉の力を借り、四国に渡ったヤイバたち。そこで出会った老婆の話によれば、その昔、金長ダヌキが封じ込めた伝説の玉が山中深く眠っているという。教えられた洞窟に入っていくと、そこには光る玉が・・。

さやかの家の地図を手がかりに、空を飛ぶことができるという「龍神の玉」を探しに出たヤイバたち。森の奥で出会った巨大フクロウが、その玉のありかを知っているという。一方、雷神の玉を手に入れた鬼丸は、ヤイバから雷神剣を奪うため新たな敵を復活させていた。

城の上で、宿敵鬼丸とついに対峙！！だが、鬼丸は「二人で手を組み、共にこの世に君臨しよう」とヤイバを悪の道に誘い込もうとする。鬼丸の誘いをはねのけ、二人の闘いの火蓋は切って落とされたのであった！

次なる敵は、クモ男が操縦する巨大なカメのメカ、スパイダー・カメンバ。その強大なメカパワーでヤイバを押しつぶそうとするが、雷神剣ではねのける。クモ男は、マシンを操縦してヘリコプターのように空を飛んだり、チビカメ爆弾を出動させてヤイバを翻弄する。

ヤイバ達の前に現れた新たなる敵、スーパーゴリラ、ブイブイ。体のサイズはおもちゃの子ザルくらいだが、その強さはスーパーマン並み！味方の劣勢を感じ取るやいなや、寝返る小次郎。雷神剣をわが物にしようと、ヤイバに剣を向けるのであった。

新たな鬼丸の手下を倒すべく、城内を進み、森の茂みに出たヤイバたち。そこに四天王の一人、カメレオン・ボナパルトが待っていた。長い舌を持ち、周囲に同化して姿を消すことができる強敵だ。ヤイバたちはキョロキョロと、見えない敵を相手に苦戦する。

秘技「カミナリ斬り」を引っ下げて、鬼丸城へ討ち入るヤイバたち。鬼丸も、ヤイバを迎え撃つべく、四天王を復活させる。城内で鬼丸と対峙したのも束の間、落とし穴に落ちた一行は、地下水のなかで巨大なアンコウ・四天王のヤキトリ君と闘うことに・・。

剣に玉をはめ、ヤイバの中で雷神との葛藤が始まった。やがてバリバリと放電しつつ、正気を取り戻したヤイバ。雷神を打ち負かしたのだ。自在に剣を操ることはできないものの、小次郎に向かって一振りした剣からは、ものすごい雷が！

鬼丸の手下となることを拒絶した小次郎であったが、クモ男から“真のライバルはヤイバである”と吹き込まれ、闘志をみなぎらせる。小次郎から果たし状を受け取ったヤイバであったが、決闘の場でヤイバのせんぷう剣が小次郎のつばめ返しに破られてしまう！

東京へ向かう途中、さる小島へ立ち寄ることになったヤイバたち。武蔵のかつての宿敵、佐々木小次郎の墓参りのためだ。その頃鬼丸は、手下の弱さに怒り爆発。小次郎を復活させ、手下にしようと目論む。

またも手下の失敗を知った鬼丸は、今回はヒトデ・カマキリ・ナマコ男の三鬼を差し向けることに。一方、街ではクモ男のさしがねで、“鬼丸まんじゅう”が大流行。食べた者は鬼丸の手下になる、恐ろしいまんじゅうだという。

夕暮れ時、ヤイバたちの前に突然現れた新たなる敵・バットガイ。やたら英語を使うキザ野郎だが、手強く、油断した隙にヤイバは肩を噛まれてしまう。一時休戦中、満月を見たヤイバは狼男に変身してしまい、ヤイバに噛み付かれたゲロ左衛門たちも次々と狼男に・・。

ヤイバたちがいつも腹ペコなのに目をつけた、鬼丸八鬼・クモ男。山盛りの料理でヤイバたちをおびきよせるが、大きな音に弱いという弱点をつかまれ、飛行船で逃げていく。そうはさせじとヤイバも飛行船に乗り込むが、闘いの最中さやかを人質にとられてしまう。

一夜の宿を求めた山里で、農民に襲われたヤイバたち。長い間、天狗に扮して畑の食物を荒らしてきた武蔵の正体がばれていたのだ。必死で逃げるヤイバたちの前に、またしても鬼丸の手下、ナメクジ男が現れた！

ヤイバ達は、捕虜にしたカエル男・ゲロ左衛門と山小屋にいた。すると、彼らの元に、和服の美人が訪れて来た。異様におびえるゲロ左衛門。美人の正体は、鬼丸の刺客、ヘビ男であった。

鬼丸は、風神の魔力により生み出した、手下の“八鬼”を引き連れ、国会議事堂を乗っ取り鬼丸城に変えてしまった。そして、ヤイバの元へカエル男を刺客として差し向けた。さやかをさらわれてしまったヤイバは、救出に向かうが、水中戦のため苦戦をする。

家の地下に眠っていた「風神剣」の魔力に魅せられ、悪の化身と化してしまった鬼丸。追い詰められたヤイバは、風神剣に対抗する「雷神剣」があることを聞き、雷神剣を守って400年という怪老人・宮本武蔵がいる天狗岳へ向かう。

鬼丸との勝負が引き分けとなったヤイバ。打倒鬼丸！の闘志を燃やし、特訓を開始する。苦労の末“心眼”を会得したヤイバに全く歯が立たず、鬼丸は悔しさのあまり道場で暴れていたが、道場の床に何やら隠し階段がある事を発見する。鬼丸が地下で見たものとは・・。

サムライの道を目指し、ジャングルで父・剣十郎と剣の修行をしていた鉄刃（くろがねやいば）。ある日、日本に帰国し剣十郎のライバル、峰雷蔵とその娘さやかの家に居候をすることに。さやかと同じ高校に通うことになったヤイバは、そこで宿命の敵となる鬼丸と出会い、勝負を挑む。