ヤイバの反撃もむなしく、地球と合体したかぐやは、陸地を一時海中に沈め地球人を全て殺してしまおうとする。その時、白龍ヤイバの前に初代龍神が現われ、「龍神剣の真の力は、地球をチリにすることもできる。」と言うのであった。

剣から飛び出した白龍と一体となったヤイバ。そのパワーはかぐやと丁度互角であった。しかしかぐやのパワーは、エネルギーを溜め込むことで更に増し白龍ヤイバを上回る。鬼丸は、魔王半月剣の魔王玉をかぐやに投げつけるが、かぐやのパワーは霧散できない・・。

かぐやに雷神剣を飲み込まれ、手も足も出せないヤイバ。しかしヤイバには、まだ龍神の玉が残っていた。その龍神の玉から初代龍神の亡霊が浮かび上がり、「龍神の玉なくしてかぐやは倒せない。」と言い残す。玉をはめる剣はなく、困り果てるヤイバであったが・・。

かぐやによって、エキスを吸い尽され老婆にされてしまったさやか。ヤイバは怒りに満ち、すぐさまかぐやを攻撃しに行く。再び鬼丸と力を合わせ、風雷波をかぐやに投げつけるが、巨大な化け物と化したかぐやには全く利かない。

半月剣を何とかかわしたヤイバと鬼丸。だが魔王剣の前に二人の剣は全く歯が立たない。そこに金棒博士が、秘密兵器・風雷バズーカを持って現われた。このバズーカの中に雷神と風神の球をそれぞれ入れると、銀河をも貫くパワーを持った大砲になるのだ、という・・。

見事復活した鬼丸。ヤイバを見るや攻撃するが、ヤイバは「共に戦おう」と言いまったく鬼丸に反撃しない。ちょうどその時、魔王剣を手に入れたゲッコーが街を破壊しはじめた。それを見た鬼丸は、地球を守り、魔王剣を手に入れるべくヤイバと手を組むことに。

半月剣のエネルギー球をまともにくらいボロボロになったヤイバ。ゲッコーはさやかをかぐやの所に連れて行こうとする。必死に止めようとするヤイバに向って、とどめの一撃を刺そうとするゲッコー。さやかは見かねて、自らかぐやの元へ行くのであった。

金の玉でさやかに変身し、ゲッコーをみごと騙し撃つヤイバ。敗れたゲッコーは、かつて月を死の星へと変えた巨大なパワーを持つ魔王剣の封印を解く。かぐやは、自分がこれから支配する地球をただの岩の塊にさせないよう魔王剣を使うことを禁ずるが、ゲッコーは耳を貸さない。

千年前、龍の巫女と合体し、龍神によって分離できない身体にされてしまったかぐや。元の巨大な力を秘めた身体に戻せるのは、千年後に現われる龍の巫女の末裔だけなのだ。それがさやかである。かぐやは、何としてでもさやかのエキスを吸い取るためにさやかを狙うのであった。

食事の時間、こっそり鍋に薬を入れる十兵衛ウサギ。しかし、カゲトラに気付かれてしまい正体を現わす。さやかがさらわれた事を知り驚くヤイバ達。十兵衛ウサギを倒せば十兵衛が死んでしまうし、耳を切り落とせば分離できなくなる。ヤイバは手も足も出せない・・。

無事に女の子たちの元に辿り着いたさやか達。皆うさぎに変装しかぐやの母船から脱出しようとするが、かぐや達に包囲されてしまう。一方ヤイバは、苦戦の末ミカヅキとシンゲツを打ち負かし、かぐやに攻撃をかける。皆危機一髪で脱出と思いきや、十兵衛ひとり月星人に捕らわれてしまった！

金棒博士が作った潜水艦で、かぐやの母船に潜入し女の子たちを救出しようとするヤイバ達。その頃かぐやの母船では、ヤイバに敗戦したマンゲツがかぐやによって消され、ツキカゲ・シンゲツ・ミカヅキの3匹がヤイバを倒すよう命を受けていた。

マンゲツを倒したのを祝い、さやかの家で祝勝パーティーを開くヤイバ達。鬼丸との出会いや、雷神剣を手にしてから龍神剣に至るまでの苦労話などに花が咲く。そして、まだ始まったばかりである、かぐやら月星人との戦いに闘志を燃やすのであった。

ヤイバは、ロブスターと合体したマンゲツを相手に苦戦していたが、炎の玉を直撃してマンゲツを分離させる。元に戻ったマンゲツは、ヤイバの火の玉を封じるため、今度はガスタンクと合体！ヤイバが火の玉を使えば東京中火の海となってしまう。攻撃出来ないヤイバは大ピンチに！

かぐやは、鬼丸を洗脳して手下にしようと、カーボンフリーズされた鬼丸を持ち去ろうとするがヤイバに奪われてしまう。母船でエキスを吸い元の姿に戻ったかぐやは、再度ヤイバを誘い出すために手下のマンゲツに指揮を取らせ、東京の周りに壁を建てて水を流し込む作戦を企てていた。

富士山ではかぐやと鬼丸の壮絶な戦いが繰り広げられていた。鬼丸は、24時間かぐやと戦い抜いてエキスをとる隙を与えないつもりなのだ。武蔵の作戦で、敢えてそのことを知らされていないヤイバは、さやかの家で龍神の剣を使いこなせるよう、日夜努力を続けていたのだが・・。

ヤイバの前に新たな敵が現われた。龍神を恨み、地球を征服するために月から侵略してきたかぐやである。ヤイバとかぐやの壮絶な戦いが始まるが、突然かぐやに異変が。かぐやは、24時間ごとに若い女のエキスを吸わなければ、身体が老いてパワーを失ってしまうというのだが・・。

たった一人残されたヤイバの前に、ついに龍神が姿を現わし最後の試練を言い放つ。その試練とは、龍神の玉を得るか、今まで失ってきた仲間達を救うか、どちらかを決める“心の岐路”であった。玉を選べば仲間は炎の中、仲間を選べば玉は砕け散ってしまう。果たしてヤイバはどちらを選ぶのか！？

ヤイバたちは、龍神の第三の試練“知恵の回廊”に挑むが、行く先全て行き止まりで完全に迷路に迷い込んでしまう。危険な罠もたくさん仕掛けられており全く前へ進めない。その時ヤイバは、初めに龍神に言われた言葉「道は道にあらず、壁は壁にあらず・・」の意味を探るのであった。

富士山の地中深くに眠る“龍神の玉”を求めて、地下へ突入したヤイバたち。しかし、押し寄せて来た溶岩に庄之介が逃げ遅れて呑み込まれてしまった！仲間を失ったショックで暴れるヤイバ。その時どこからか、「龍神の玉を司る神」と名乗る者の声が聞こえてくるのであった。

当り玉に導かれて、龍神の玉が眠る富士山に辿り着いたヤイバたち。そこには宿敵鬼丸が、必殺剣・竜巻斬りを完成させて彼らを待ち構えていた。ヤイバは真のサムライパワーを掛けて攻撃するが、簡単にかわされてしまう。更に鬼丸に雷神の玉を奪われて大ピンチに！

ようやく手にした七つ目の伝説の玉。ヤイバは玉を剣にはめて気を込める。これこそ龍神の玉なのかと思いきや、突然玉がしゃべり出した！？玉によれば、龍神の玉は富士山にあり、それを手にするには今まで集めた七つの玉が必要だという・・。

鬼丸によって復活した芭蕉は、七つの伝説の玉を手に入れて天下を取ろうと目論んでいた。仲間達は、老猿に変身した芭蕉に吹き矢を刺され、次々と石になっていく。残ったヤイバが一人頑張るが、ついに足を刺され、徐々に石へと化してしまう。

ヤイバが気を込めると、剣の先からすさまじい吹雪が。その玉は氷の玉であった。伝説の玉を６つ集めたヤイバ達は、七つ目の龍神の玉を目指し東北に辿り着く。そこに現われた一人の老人が、伝説の玉のありかを知ると言いヤイバたちを古寺へ誘う。

新必殺剣“風車”で巨大カッパに挑むヤイバ。見事敵を倒して脱出口へ。一方、玉の外では、伝説の玉を狙って弁慶がさやかに襲い掛かる。危機一髪のその瞬間、闇の玉から脱出して来たヤイバが飛び出し弁慶に激突！ピッチャー・ヤイバが放つ風車と打者・弁慶の野球対決が始まる。

十兵衛と共に吸い込まれた闇の玉の中。ケロ吉に教えられた玉の出口で、巨大ガッパ、ケロ介と出くわす。カッパの弱点である頭の皿を割ろうとするが、全く歯が立たない。一方さやか達は、玉の外で心配しながらも伝説の玉の地図を頼りに北海道へと向かっていた。

巨大な熊に変身した五右衛門。特大の手裏剣でヤイバを圧倒するが、勢いのあまりさやかを気絶させてしまう。激怒したヤイバは、回転する手裏剣に飛び乗り、至近距離から火炎を浴びせ五右衛門は昇天。だがクモ男にさやかを人質にとられ、ヤイバはおとなしく玉と剣を渡すことに。

川中島での決戦を控えているというのに、なぜか宴会を始めてしまう武蔵。酒の席でも全く乱れない十兵衛に、無理矢理酒を飲ませてしまう。するとそこには、酒に酔い鬼丸に呼び醒まされて狼へと化した十兵衛の姿があった。

とある町に一人の謎の武士が現われる。小次郎を倒して去ろうとするその武士に、ヤイバが闘いを挑む。カミナリ斬りを仕掛けようとしたその時、二刀流の構えをとったその武士こそ、かつての武蔵の弟子、柳生十兵衛だった！

僧正の呪文によって動き出した大仏の額に乗って、五右衛門の待つ大阪鬼丸城へ！大阪鬼丸城も、巨大の城メカとなって応戦する。ヤイバと五右衛門の闘いが始まるが、その間にも、伝説の玉を手にしようと、クモ男の手がのびる・・。