【シーズン1 最終話】銃士の間に思いがけぬ亀裂が入り、分裂の危機に。枢機卿は王妃暗殺計画を指揮したことを銃士たちに暴かれるのを恐れ、ミレディにどんな手段を使っても彼らを殺すよう命じる。銃士たちは固い結束を守り、ミレディと枢機卿に正義の裁きをもたらすことができるのか? それともミレディがついに復讐を果たすのか?

アンヌ王妃が何者かに狙撃される。銃士たちは暗殺者から王妃を守るために女子修道院に逃げ込む。修道院長および修道女たちは、命の危険を顧みず、修道院に立てこもり銃士たちに協力するが、銃弾には限りがある。はたして彼らの運命はいかに?

銃士隊と親衛隊の対立に手を焼いた王は、どちらの隊が強いか決着をつけるため対決させることにする。ダルタニアンは、代表に選ばれて銃士の資格があることを証明しようと決意する。そのためには、まず激しい気性を抑制し、感情でなく頭で戦えるようになる必要があった。

王と王妃が乗った馬車に若い娘が飛び出し、死亡する事故が起こる。さらに死んだ娘の友人も行方不明に。アトスたちが少女の捜索に乗り出すと、2人の少女が共にラローク伯爵夫人が主催する啓蒙サロンに通っていることがわかる。そして伯爵夫人にあらぬ嫌疑がかかり、さらに枢機卿の命まで狙われる事件に発展。枢機卿とは因縁のある銃士たちだったが、彼の命と美しき伯爵夫人を救うためにアトスたちは動き出す。

アラミスとダルタニアンは、若い女性と赤ん坊をパリ郊外の村から宮廷へ送り届ける任務に就くが、武装した男たちに母子を拉致される。2人は女性の正体と、赤ん坊誘拐の理由を探る。

身に覚えのない殺人で罪に問われたポルトスは、かつて育った危険な貧民街へ戻り、身を隠す。彼の命を救うには、無実を証明するしかない。捜査に乗り出した三銃士は、忠誠心と強欲が交錯する陰謀を突き止める。手遅れになる前に、銃士たちは命を顧みず、奇跡の宮殿と呼ばれる貧民街の危険地帯へと踏み込んでいく。

アラミスの銃士隊への忠誠心は、旧友のマルザックにある任務の裏を暴く手助けを約束することで、揺らぐ。マルザックは、所属する部隊が殺された虐殺事件の真相を、ついに解明したと信じ、それを証明するためアラミスの協力を求める。三銃士は疑惑を抱いたまま、マルザックの個人的な復讐を止められるのか?

三銃士とダルタニアンは港町ルアーブルに派遣される。任務は、スペインとの協定違反を犯した悪名高い貿易商ボネールの身柄を確保し、処罰するためパリに連行すること。しかし、彼らを待ち受けていたのはボネールを狙う敵たちだった。はたしてダルタニアンたちは、次々を襲いかかる敵をかわし、無事ボネールをパリへ送り届けることができるのか?

悪名高き犯罪者、ヴァディムは彼を牢獄に入れた者たちへの復讐を企んでいた。ヴァディムは大規模な暴動を起こすが、あと一歩のところで銃士隊に阻まれる。果たして銃士隊はヴァディムのさらなる陰謀を暴き、君主制の危機を救うことができるのか? また、経験の浅いダルタニアンは銃士としての実力と銃士隊への忠誠を証明することができるのか?

ルイ13世に銃士隊のトレヴィル隊長は重要な親書を運ぶ任務を指示され、最高の精鋭部隊をこの秘密任務につかせる。しかし、リシュリュー枢機卿は、自らの権力を高めるため、ある企みを計画。銃士隊の評判を傷つけ、おとしめようと画策する。枢機卿の手足となって動くのが美しくも危険な妖婦ミレディだ。はたして枢機卿の思惑が勝利するのか、それともそれを阻止し、王と国を守ることができるのか。銃士たちの手にかかる。