パパの幼なじみという男が家にやってきた。あまりはっきり覚えていないパパだがお酒と料理でもてなして、この日は家に泊めることになった。だがしかし、この男の正体は指名手配中の泥棒だった。

どうしてもお使いに行きたいシンゾウは、心配するみんなをよそに一人買い物に出かけた。道もわからないシンゾウのためにハットリくんは獅子丸を連れて、こっそりお使いの手伝いをする。

今日は先生が家庭訪問で家にやって来る日。以前、先生を悪者の敵と勘違いしてしまい、お仕置きしてしまったハットリくんは、名誉ばんかいのチャンスと、先生にサービスしようとするのだが、裏目に出てしまう。

ハットリくんを慕う、弟のシンゾウが伊賀から上京してきた。ハットリくんとケムマキが戦っているところに登場。助太刀するのだが、見習い忍者のシンゾウはすぐに倒されてしまう。そこで繰り出されたシンゾウの強烈な必殺技とは？

ケン一のクラスに転校生ケムマキがやってきた。みんなの前ではおとなしい子を演じるケムマキだが、その正体は甲賀流の忍者。ケン一の家に来るとライバルである伊賀流の忍者ハットリくんと戦いを開始する。

野球の試合を前に自信の無いケン一は、ハットリくんに弟子入りする。しかし、試合当日、ケン一は仮病で行こうとしない。そんなケン一に代わり、ハットリくんが変装して打席に向かう。

今日はパパとママの結婚記念日。ハットリくんとケン一は内緒で豪華な料理を用意する。そうとも知らない獅子丸は、自分の歓迎パーティだと勘違いして、夢子ちゃん達を勝手に自宅に招待する。

学校のテストで100点をとると宣言したケン一は猛勉強を開始した。遊びの誘惑に負けそうになるところをハットリくんが見張り、徹夜で勉強をやり遂げたケン一。はたしてテストの結果は？

伊賀からハットリくんを求めて、忍者犬「獅子丸」がやってきた。食いしん坊で礼儀知らずの獅子丸。迷惑をかけたくないハットリくんは伊賀に追い返そうとするが、居残りたい獅子丸はパパとママに必至にアピールする。

模型機関車が欲しいケン一。家の手伝いをしておこづかいをためようとするが、ハットリくんがケン一よりも先に用事を済ませてしまう。怒ったケン一に追い出されてしまうハットリくんだが、ケン一のためにそば屋でアルバイトを始める。

遊びすぎて宿題をするのを忘れてしまったケン一。先生に怒られるのをこわがるケン一を見てハットリくんは、先生を悪者の敵と勘違いしてしまう。学校でケン一が怒られるのを見ると先生にお仕置きをしてしまった。

忍者の里、伊賀から忍者ハットリくんが三葉家にやってきた。トレードマークはどんぐりまなこにへの字口。少年忍者ハットリくんの素早い身のこなしにケン一達は驚きの連続。