テレビ局の番組「犬猫大競争」で獅子丸と影千代が対決することになった。途中、ケムマキが獅子丸の走りを妨害しようとするが、ハットリくんがそれを許さない。お互いのプライドをかけた一騎打ちを制するのは？

新作の映画「宇宙の旅」を観に行ったと夢子ちゃんとケムマキに嘘をついたケン一。話をあわせるためにどうしても映画を観に行きたいのだが、おこづかいが無い。そこでハットリくんに内緒で忍法「もぐり影」を使って、映画館に忍び込もうとする。

ママに頼まれて知り合いの家の2歳の女の子を1日子守りすることになったケン一達。わがままで自由きままに遊ぶ女の子に、さすがのハットリくんも振り回されっぱなしで困ってしまう。

ドッヂボールでケムマキにやられたい放題。挙句の果てには夢子ちゃんにも馬鹿にされるケン一。ハットリくんにお願いして獅子丸をドッヂボールのボールに変身させて活躍するのだが、ある言葉を聞いて獅子丸がさらに変身してしまう。

忍法「人操り」をハットリくんから習ったケン一。学校で先生に「人操り」が成功したと勘違いして、ケムマキにも術をかけようとするが、逆に操られてしまったケン一は猫にさせられてしまう。

今日は待ちに待ったパパの給料日なのでママもごきげん。しかし、なんとパパは帰り道で給料袋をスラれてしまった。忍法でスリ師を見つけ出したハットリくんは、パパの給料袋を取り返すためにスリ師と対決する。

ハットリくんは居候しているお礼として、宿代を払おうとするが、ママは受け取ってくれない。そこで小判に価値があると知ったハットリくんは、庭から小判が見つかったことにしようとするのだが・・・。

パパとママは用事があって新幹線で京都に行くことになった。新幹線に乗りたいケン一達は内緒で乗りこみ、パパ達に見つからないよう、京都観光をするのだが、映画村で忍者の格好をした俳優と間違えられてしまい大騒ぎに。

太りすぎてズボンのおしりが破けてしまったパパは減量することに決めた。ハットリくんのすすめで断食作戦を行うのだが、我慢できないパパは人間が食べ物に見えてしまう。はたしてパパの減量作戦は成功するのか？

ケン一が忘れた教科書を届けるために学校へ向かったハットリくんとシンゾウ。先生にばれずに教科書を渡そうとするが、ケムマキに見つかり、ハットリくんと決闘が始まってしまう。その隙にシンゾウが教科書をケン一に渡そうとするのだが・・・。

パパがゴルフコンペの景品でたくさんのじゃがいもをもらってきた。喜ぶママは毎日じゃがいも料理を作るのだが、ケン一とシンゾウは飽きてしまい、じゃがいもを庭に埋めてしまう。

ハットリくんがいないと何も出来ないとケムマキに馬鹿にされるケン一。反抗して、ハットリくんと行動を別にするが、相変わらずケムマキに意地悪ばかりされてしまう。見かねたハットリくんがケムマキをこらしめようとするのだが、ケムマキの意外な一面を目にする。

毎晩パパの帰りが遅くて悲しむママ。ケン一はパパが早く帰ってこれるようにハットリくんにお願いする。残業やお酒の誘いをハットリくんの活躍で素早く済ませたパパは早く家に帰るのだが・・・。

クラスの落とし物すべての持ち主を探すよう、先生に言いつけられたケン一。困ったケン一はハットリくんに助けを求める。ハットリくんは獅子丸に匂いで落とし主を探させるのだが、最後の一つだけ落とし主が見つからない。

みんなで釣りに出かけたケン一達。しかし、ケン一とハットリくんが釣るのはゴミとガラクタばかり。ハットリくんが池の中を調べると、それは影千代の仕業だった。影千代を退治した後に、ケン一は池で釣れるはずのないタイを釣りあげるのだが・・・。

けんしょうの当選品がどうしても欲しい夢子ちゃんのために、ケン一はおこづかいを全部使いハガキを出した。とうとう最後のハガキ1枚で1等の人形が当たり、夢子ちゃんにプレゼントしに行くのだが・・・。

ケン一とケムマキは同時に夢子ちゃんを映画に誘う。迷った夢子ちゃんはどっちと行くかを考えることにした。お互いに二人で行かせたくないケン一とケムマキはハットリくんも巻き込み喧嘩をはじめる。はたして夢子ちゃんは誰と映画に行くのか？

学校のハイキングについていきたいハットリくんは、ケムマキと喧嘩しないことを約束に参加することになった。そうとは知らないケムマキは次から次へとハットリくんに攻撃を仕掛けてくる。

学校の授業で秋の風景をスケッチしに公園へやって来たケン一。なかなか良い風景を見つけられないケン一のためにハットリくんが忍法で木を紅葉させるが、ケムマキが邪魔をしてきてスケッチすることが出来ない。

家族みんなで楽しく動物園に出かけたケン一達だが、ライオンに憧れる獅子丸は自分の力の無さを気にして、すっかり元気が無くなってしまった。思いつめた獅子丸はライオンに弟子入りすると言い残して姿を消してしまう。

自分の部屋にハットリくんとシンゾウがいるので、勉強に集中出来ないケン一。ついにはハットリくん達を追い出そうとしてしまう。ケン一の邪魔にならないように、ハットリくんは材木を集めて夜中になにやら作り始めた。

栗が食べたいケン一だが、ママはなかなか買ってくれない。そこで、ハットリくんが栗をひろえる場所を探し出し、みんなで栗ひろいに行くのだが、そこにはケムマキと影千代が先回りしていた。

学芸会で主役の侍を演じることになったケン一。成功して夢子ちゃんにほめられたいケン一は、剣術を習いたいのだが、ハットリくんは教えてくれない。そこで獅子丸に剣術を教えてもらうことになるのだが・・・。

お使いに出かけたシンゾウが帰ってこない。みんなが心配していると誘拐犯と思われる男から電話が来た。ハットリくんとケン一はシンゾウを助けるために、手掛かりを追い、公園で男とシンゾウを見つけるが・・・。

作文の宿題のテーマは「お父さん」。なかなか宿題に集中出来ないケン一はそのまま朝をむかえてしまう。学校で作文を発表する時間になってケン一が読み始めたのは、なんとハットリくんが書いた作文だった。

相手の動きを一瞬で止める金縛りの術を習得したいケン一はハットリくんから修業を受ける。忍法を身につけたと勘違いしてしまうケン一は、あらゆる場所で金縛りの術を使うのだが・・・。

学級新聞にのせる写真をとるため神社に行ったケン一。そこで偶然、UFOらしきものを撮影し、学校で話題になる。先生や夢子ちゃん達と再度UFOを撮影しに行くのだが、そこで見たものとは？

ケムマキに意地悪をされるのが嫌なケン一は、仮病をつかって学校を休んでいた。仮病に気づいたママはハットリくんに医者に変装してもらい、怠け病をなおそうとするのだが、そこにケムマキがあらわれる。

柿泥棒の疑いをかけられたケン一。真犯人を捕まえるためにカメラマンになってハットリくんと張り込みを開始。柿を食べようとするカラスの写真を撮ったのだが、そこに写っていたのは・・・。

明日は秋の大運動会。足がおそくて運動が苦手なケン一は運動会に行きたくない。しかし、当日のお弁当を楽しみにしているシンゾウはケン一のために特訓を開始。むかえた当日、はたしてケン一の結果はいかに？