Last file 20年目の榊マリコ／殺人事件で指名手配をかけられ、長らく逃亡していた芳賀悦郎（田中要次）が逮捕された。本人は犯行を否認し、弁護士も鑑定の証拠能力に疑問を唱え、再鑑定が行われることに。科警研は、榊マリコ（沢口靖子）に白羽の矢を立て、その依頼に訪れたのは、彼女の父で元科捜研所長の榊伊知郎（小野武彦）だった！

File.33 ニューヨークから来た悪魔／アメリカで大人気の照り焼きソース“テリヤキング”の創業者で会長の本多嘉壱（福本清三）がニューヨークの自宅で死亡。その2週間後、嘉壱の娘で日本支社専務の本多鏡子（美鈴響子）が、屋外で頭部に外傷を負った状態で死亡しているのが発見され、榊マリコ（沢口靖子）らが臨場。土門薫（内藤剛志）は、テリヤキング日本支社へ。

File.32 マリコのネイルサロン／保険外交員の朝吹樹里（佐藤乃莉）が自室で刺殺された。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は1ミリほどのパールを発見。被害者の服装には合わない、派手な赤い爪に違和感を覚える涌田亜美（山本ひかる）。被害者の所持品には、ネイルサロン『ラ・カージュ』の会員証があった。詐欺や恐喝の前科を持つ樹里は…。

File.31 ピンク色の鑑定／川べりで身元不明男性の刺殺体が見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）らはポケットから大量の10円硬貨を発見する。遺体の発見現場には、被害者の指紋が付着した“紫色の手ぬぐい”と、「事件現場」と書かれた“地図”が残されており、犯人による警察への挑戦とも考えられた。

File.30 100円の殺人！？／公園で女性の殺害遺体が発見され、榊マリコ（沢口靖子）らが臨場。状況から殺害現場は他の場所と考えられた。被害者はブログで人気を誇る“節約の達人”柴崎佐江（菊地美香）だと判明。だが実は贅沢が大好きな佐江は、儲けるためにブログを書いていた“ビジネス節約家”であり、節約情報を提供していた“ゴースト”の存在も浮上する。

File.29 銭湯アイドルの秘密／スーパー銭湯アイドル・十文字政宗（柏原収史）の楽屋で白骨化した頭蓋骨が見つかった！榊マリコ（沢口靖子）と涌田亜美（山本ひかる）が臨場。頭蓋骨は成人男性のもので他の部位の骨も見つかる。刃物で傷ついた骨もあり、殺害が疑われる状況だが、DNAデータベースに該当者はいなかった。

File.28 筋肉は嘘をつかない／テレビ局のアナウンサー・七海真友（野呂佳代）が自室で殺害され、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーが臨場する。“痩せられない女”こと七海はバラエティー番組のダイエット企画に挑戦中で、腕には消費カロリーなどを計測するスポーツウォッチも装着していたが、何故か死亡直前に大量の出前を発注しており…。

File.27 マリコの動画チャンネル／老舗フレンチ『シェ・オバタ』総料理長の池住政司（横堀悦夫）が厨房で殺害された。榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーが調べたところ前頭部に挫創があり、鈍器で殴られたものと見られた。実は、社長交代騒動が起きていたという『シェ・オバタ』。創業者の息子で現社長の小畑常治（浅野和之）が退任して…。

File.26 待ち人、来る／新年を迎え、初詣に訪れた神社で、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーたちは、宮司の妻・深守教子（平井三智栄）の遺体を発見！教子は御神燈（石灯籠）の台座の一部で頭部を殴られ死亡したとみられる。凶器となった石から指紋は出なかったが、代わりに手袋痕が検出された。

File.25 シャンハイ捜査線／頭部に傷のある若い男の遺体が発見され、榊マリコ（沢口靖子）と蒲原勇樹（石井一彰）が臨場。免許証から身元は岡村陽太（長南洸生）と判明した。現場には京都府警・サイバー犯罪対策課の堀切徹（中村俊介）も訪れ、来年早々に新設される『広域サイバー捜査係』に蒲原が異動することを告げる！

File.24 土門刑事の選択／フリーライターの広辺誠児（森下じんせい）が絞殺された。遺留品から、土門薫（内藤剛志）と同期の元刑事で、19年前に死亡したはずの火浦義正（升毅）が生きていることが分かり、彼に広辺殺害の容疑がかかる。

File.23 土門刑事の妻／フリーライターの広辺誠児（森下じんせい）が絞殺された。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、遺体の下から1999年12月31日付けのチケットを見つける。その券面には京都府警の刑事だった火浦義正（升毅）の指紋が付着していた。火浦の関与も疑われたが、土門薫（内藤剛志）はそれを否定。

File.22 ミステリーの達人／工場に勤務する古田憲一（今野浩喜）の遺体が空き地で発見された。後頭部の傷から転落死とみられたが、現場や遺体の状況から何者かにより運び込まれたことが疑われる。所持品にあった児童書『あおぞら探偵団』は、『殺人トリックの魔術師』と呼ばれる人気推理小説家・高柳龍之介（大和田伸也）のデビュー作で…。

File.21 ドクターKの失敗／本城テック副社長の本城雄作（尾崎右宗）が自室で刺殺体として見つかった。雄作は鉄道玩具コレクターで、榊マリコ（沢口靖子）らが臨場したときも周回軌道を鉄道模型2台が走行していた。現場に凶器はなかったものの、被害者の血液が付着したおもちゃの車のタイヤが発見される。鉄道関連のおもちゃしかない部屋に…。

File.20 納豆菌の女vs乳酸菌の女／パン工房で男の遺体が見つかり、榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研の面々が臨場する。被害者はこのベーカリーの店主・長内保男（小川剛生）。後頭部に裂傷と陥没があり、作業台の角に本人の血痕が付着していたことから、そこに頭をぶつけたものとみられた。第一発見者は保男の妻・長内花野（大路恵美）。

File.19 刑事部長の憂鬱／榊マリコ（沢口靖子）は、府警本部の刑事部長・藤倉甚一（金田明夫）に、地域課巡査の平野頼通（菅原大吉）が親しげに声をかけるのを見た。小中高が一緒で親友だという2人。片や、警察組織の頂へ昇りつめた藤倉と、対照的に地域課の仕事にこだわってきた平野の友情は、階級や立場を越え、変わらず続いていた。

File.18 人質志望の女／榊マリコ（沢口靖子）の住むマンションに、成分不明の爆発物を所持した銀行強盗3人組が逃げ込んだ。現場の部屋に潜入したマリコの機転によって爆発物の種類は特定され、誘拐された杉原夫妻の息子・卓海（浅海翼）がマンション内のごみ集積場で、もう1人の犯人に囚われていることも分かる。

File.17 妻と愛人の事件簿／京都市内で銀行強盗が発生。犯人の男たちは、赤と青の風船を並べたような不思議な形の爆発物を持って逃走した。一方、榊マリコ（沢口靖子）が休みの科捜研では、橋口呂太（渡部秀）たちが防犯カメラの映像を確認するものの、それだけでは爆発物の特定はおろか本物かどうかも分からない状況だった。

File.16 風丘早月のメッセージ／解剖鑑定書を届けに来るはずの解剖医・風丘早月（若村麻由美）がなかなか現れず、到着を待っていた榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーたち…。そんなとき、京都市内のホテルのラウンジバーで発砲事件が起き、拳銃を持った何者かが立てこもったという知らせが入る。

File.15 女神のぬか漬け／“ぬか漬けの女神”として有名な料理研究家・森本雪絵（森口瑤子）の夫で、所属事務所の社長でもある純一（戸井勝海）が、オフィスで殺害されているのが見つかった。榊マリコ（沢口靖子）らが鑑定したところ、死因は後頭部を丸い形状の凶器で殴打されたことによる脳挫傷と判明。

File.14 予約された死／内科医院の元院長・瀬田一郎（鶴田忍）が、自室で何者かに殺害された。夜9時半ごろ大きな物音がしたため、妻の春子（梅沢昌代）が様子を見に来て遺体を発見したという。死因は、側頭部を細い凶器で強打されたことによる脳挫傷。犯人と争った際に本棚が倒れたのか、現場の部屋には本が散乱しており…。

File.13 お茶の達人／宇治川のほとりで、宇治茶の老舗“久住茶寮”の職人・橋本俊介（川野直輝）の遺体が発見された。榊マリコ（沢口靖子）らが検視した結果、死因は鈍器で頭部を殴打されたことによる“急性硬膜下血腫”と判明。しかし、殴打されてから死亡するまで1時間ほど空いており、どこか別の場所で襲われた後、自身の足で移動し…。

File.12 赤い宝石／神社の境内で、宝石店の警備スタッフ・春田光彦（モト冬樹）が脇腹を刺されて倒れているところを発見された。幸い一命は取り留めたものの、昏睡状態が続いているという。榊マリコ（沢口靖子）らが臨場したところ、現場には花びらや赤い小さな実のようなものが散乱しており、どうやら春田が犯人に襲われた際、持っていた花束を振り回したようだった。

File.11 殺人遊覧船ツアー／京都・嵐山にある“静嵐寺”で、前頭部から血を流した“嵐徳寺”の住職・和田淳雄（阿部達雄）の遺体が発見された。静嵐寺の住職は昨年、他界し後継者もいなかったため、師匠に当たる和田が時折、静嵐寺を訪問していたらしい。遺体発見と同時に、本堂に安置されていた市指定文化財の仏像がなくなっていることも発覚！

File.10 マリコ寿司を握る／寿司店の店主・若杉登（渡辺哲）が、店内で絞殺されているのが見つかった。若杉は寿司に強いこだわりを持つ頑固な職人として知られており、彼の店は予約1年待ちという人気店だった。カウンターには、数貫、食べた形跡のある江戸前寿司の盛り合わせが残されていた。また、店内のゴミ箱から、4人の男の名前の上に…。

File.9 京都爆弾観光ツアー／榊マリコ（沢口靖子）と土門薫（内藤剛志）のもとに、“京都観光促進センター”の園崎乙弥（松田悟志）から相談が舞い込んだ。園崎らは、京都の名所を訪れた観光客たちに、京都らしさを感じさせる“音”を専用アプリで体験してもらう“京都観光サウンドAR”というプロジェクトを進めていたのだが…。

File.8 パンダの中の真実／京都で強盗傷害事件、和歌山で少女連れ去り事件を起こして逃走していた容疑者・新浜陽一（小柳友）が、刺殺体となって発見された。新浜は少女のリュックの中に隠した“大切なもの”を取り戻すため、逮捕される危険を冒してまで彼女を連れ回したに違いない--。榊マリコ（沢口靖子）たちはそうにらんでいたが…。

File.7 消えたパンダの謎／榊マリコ（沢口靖子）は科捜研メンバーの涌田亜美（山本ひかる）、橋口呂太（渡部秀）と休暇を取って和歌山へ。ところが、パンダで人気のテーマパークを訪れた際、不審な男が家族旅行中の小学生・笠倉桃香（小南希良梨）のリュックを奪おうとする場面に遭遇！

File.6 愛される悪魔／80歳の資産家・森留蔵（上村厚文）が、自宅で死んでいるのが見つかった。臨場した榊マリコ（沢口靖子）は、病死と決めつける40歳年下の妻・聡美（鶴田真由）に疑念を抱く。実は、聡美は過去3回、資産家の高齢男性と結婚し、いずれの夫も不審死を遂げた疑惑の女だった。

File.5 半世紀前から来た客／焼けた廃倉庫の中から、全身が炭化した遺体が発見された。榊マリコ（沢口靖子）らの鑑定の結果、70歳過ぎの白人男性とわかる。犯人は被害者を薬で眠らせた上で、倉庫に火を放ったようだった。また、現場の近くで古いモノクロ写真が落ちているのが見つかった。そこには、日本人の青年2人とセーラー服の日本人少女が写っていた…。