ついにユキコ先生がパズドラを始めた! タイガたちは大喜びで、さっそくユキコ先生と放課後に遊ぶ約束をする。しかし、ユキコ先生を心配してやってきた友人･静香 (しずか) はなぜか「絶対にユキコにパズドラをさせてはいけない」と言う。だがその時すでに、ユキコ先生と源さんは対戦を始めていたのだった。そしてタイガたちは、信じられない事態に巻き込まれる! ユキコ先生の知られざる一面が今明らかに―!

ある日、トラゴンは野良犬にいじめられている猫を助ける。その猫はミーコという名の可愛いメス猫で、トラゴンは一目でメロメロになってしまう。それからというものミーコのことばかり考えて、タイガとのパズドラにも身が入らないトラゴン。そんな時、たまたま明石屋に猫山猫太 (ねこやま ねこた) とニャドラがやってくる。ミーコはなんと、ニャドラに惚れているという! トラゴンとニャドラ、恋のバトルが始まる…!?

源さんのもとに鉄板焼きロボットの「テッパンくん」がやってきた。作ったのは科学者･板ノ助 (いたのすけ) 博士で、テッパンくんは世界一の鉄板焼きロボットになるため修行中だという。タイガが興味津々でたこ焼き作りやパズドラのやり方を教えてみると、テッパンくんは何でもすぐに覚えて上達していく。しかし一緒にいるうちに、テッパンくんの性格はだんだんタイガに近づいてきて…。

花草商店街に突如、アメリカの超有名ガイドブック「ベオシア」の取材がやって来るというニュースが駆け巡る。もしそのガイドブックに載せてもらうことができれば、花草商店街は有名になって大繁盛間違いなし! タイガと商店街の面々は、やってきたトーマス･バーンというアメリカ人の青年にできる限りのおもてなしをすることに。商店街を大いに気に入ったトーマスだが、突然タイガとパズドラ勝負がしたいと言い出して―?

プロゲーマーの合宿「アルティメット･トレーニング」にて、チームを組んで新鮮組と試合をすることになったタイガ･龍二･マツハラプロの3人。タイガは新鮮組の実力者･総司 (そうじ) とのバトルに挑むも、総司の冷静な戦略とリーダーモンスター「彼方なるもの･ヨグ=ソトース」の強力なリーダースキルに苦しめられる。果たしてタイガとトラゴンは勝利することができるのか!? そして対外試合の行方は―!?

タイガたちはマツハラプロによって、「アルティメット･トレーニング」と呼ばれる強化合宿に招待される。プロチーム『ラグナルス』専用の合宿施設で行われる最先端のトレーニングは厳しいもので、タイガたちはついていくので精いっぱい。そんな中、対外試合のためにやって来たもう一つのプロチーム『新鮮組 (しんせんぐみ)』。タイガと龍二はチームラグナルスの一員として、新鮮組と試合をすることに!?

プロチーム『ラグナルス』と『ルート7 (セブン)』の練習試合を見学しに来たタイガたち。改めてプロチームのレベルの高さを目の当たりにし、自分は今のままで良いのかと思い悩む龍二。相変わらず能天気なタイガとすれ違い、龍二はしばらくパズドラ部に来なくなってしまう。そんなある日、マツハラプロが海外遠征のお土産を持って松原家に帰ってくる。龍二は自分の実力を確かめるため、プロとして兄に真剣勝負を申し込む!

古びた温泉旅館「なんかで荘 (そう)」に泊まりに出かけたパズドラ部と源さん一行。他のお客さんは誰もいないはずの旅館だが、諭吉の前に突然謎の少女が現れる。その正体はなんと、なんかで荘に住みつく本物の幽霊･よし子ちゃん! 彼女の落とした赤いスマホを返すため、タイガたちはよし子ちゃんを探すことにする。そして再会したよし子ちゃんの望みは、諭吉とのパズドラ勝負!?

トラゴンは新たな力を得てタイガのもとへ戻ってきた。その噂は瞬く間にかけめぐり、トラゴンの映像がテレビでも報道される。花草 (はなくさ) 商店街には更に人々が集まり、タイガや源 (げん) さんたちは大喜び。そんな絶好調のタイガとトラゴンに、「ムサシ」と名乗る男が勝負を挑んでくる。ムサシはなんと、プロチーム『エニグマ』に所属するパズドラプロゲーマーだった! 彼がタイガとトラゴンにこだわる理由とは―?

モンスターの世界で『五つの神判 (しんぱん)』をこなすうちに、トラゴンは力の源である「ドロップ」を無意識に味方につけていく。そしてついに最後となる『赤の神判』では、ソニアと戦って勝つ必要があった。勇ましく挑むトラゴンだが、ソニアの強さは別格で、徹底的に打ちのめされてしまう。それでも乗り越えなければ、二度とタイガの待つ人間の世界に戻れない。トラゴンの絶対に諦めない心が熱々に燃える時、その体が光を放つ!

トラゴンの前に現れた謎の少女。なんと少女は、トラゴンをモンスターの世界に連れ戻すためにやってきた。トラゴンがなぜ、どうやってタイガの元へ来たのか―その経緯が初めて語られる。自分は元いた世界に帰らなければいけないと言うトラゴン。突然のことに理解が追いつかず引きとめるタイガだが、トラゴンはタイガに別れを告げる。そしてモンスターの世界に戻ったトラゴンには、ある試練が待っていて…。

パズドラプロゲーマーのみが参加できる大会『チャンピオンズカップ』の日がやってきた。マツハラプロをはじめ、名だたるプロゲーマーたちと同じ舞台に立てることに心躍らせるタイガと龍二。さくらが用意したチームユニフォームを身にまとい、いざパズドラ部のデビュー戦が始まる! タイガの初戦の相手は、偶然にも練習試合で戦ったハヤトだった。勝利を確信するタイガとトラゴンだが…。

パズドラ部のもとに突然、一本の電話がかかってくる。それはマツハラプロも所属するトッププロチーム『ラグナルス』からのスカウトだった。そのチームに入ると、スポンサーやコーチなどがついた最先端の環境で練習ができるという。ピンとこないタイガに対して、龍二は兄のマツハラがプロチームに入団した日のことを思い出し、どうすべきか悩む。そうしている間に、龍二とハヤトの練習試合の日がやってきて…。

チャレンジカップを勝ち抜き、晴れてパズドラプロゲーマーの一員となったタイガと龍二 (りゅうじ)。二人の次の目標は、近々開催されるプロの大会『チャンピオンズカップ』。もっと実力をつけるためにも、タイガと龍二の練習相手になってくれるプロゲーマーを探すさくら。ほのかの助力もあって、先輩プロゲーマーの「ハヤト」が相手をしてくれることになる。果たして、タイガのプロ初試合の行方は!?

パズドラチャレンジカップの激闘が終わり、タイガたちは日常へと帰ってきた。タイガは諭吉と龍二を誘い、明石家での初めてのお泊まり会を計画する。三人が楽しく過ごす一方で、隣の家のさくらは一人、心ここにあらず。タイガを取り巻く環境は、これから変わっていくことになる。そんな中、さくらには何ができるのか―? そして、一つの決断をしたさくらは、タイガにパズドラ真剣勝負を持ちかける!?

ついにタイガと因縁の相手･神崎シンとの決勝戦が始まった。いきなりタイガの心に入りこみ、絶望させようとするシン。トラゴンやパズドラ部の声によってなんとかタイガはいつもの自分を取り戻し、反撃するが…なんとシンのモンスター『アギト=ディア』には、タイガたちの知らないもうひとつの姿があった! タイガは恐るべき力を持った神崎シンを打ち倒すことができるのか!?

準決勝、龍二は神崎シンの圧倒的な力の前に敗北してしまう。励まそうとするタイガたちだが、当の龍二は自分の実力不足を素直に認め、すでに次の戦いである三位決定戦を意識していた。そして、三位の座をかけた龍二と王城つかさのバトルが始まる。二人の力は拮抗し、互角の戦いを見せる中、龍二は兄･マツハラプロの「パズドラを楽しんでいるか?」という問いかけを思い出す。果たして今の龍二の答えは―そして勝負の行方は!?

もう一つの準決勝戦、龍二は謎の少年･神崎シンと直接対決する。これまでのシンの戦いを冷静に分析して挑む龍二だが、いざシンの不思議なオーラに直面すると、序盤から手が止まってしまう。タイガたちパズドラ部の声援でなんとか持ち直すも、シンは龍二の心を徹底的に折るべく、龍二が目を背けてきた過去の思い出を見せつけてくる。果たして龍二は、心の戦いに打ち勝つことができるのか!?

いよいよ始まるチャレンジカップ準決勝。残った選手はタイガ、龍二、王城、そして神崎シンの4人。準決勝の組み合わせ決めはこれまでと違い、選手自身に相手を選ばせるというものだった。それぞれの思惑が交差する中、準決勝一回戦はタイガVS王城に決まる。王城はタイガに「庶民と金持ちの差を思い知らせる」と言って、『回復十字消し』による鉄壁の防御を見せつける。タイガとトラゴンの攻撃は、王城のゲージに傷一つつけられず!?

パズドラ部と花草商店街の面々は、源さんの店でまたも大会の打ち上げパーティーを行っていた。準決勝を控えながらも呑気な様子のタイガに、龍二は呆れ気味。そんな二人の前に突然マツハラプロが激励にやってきて、タイガにひと勝負しようと言い出す。意気揚々とバトルにのぞむタイガだが、常に本気で来るはずのマツハラプロはなぜか手を抜いているように見える。龍二は、マツハラプロがバトルを通じて何かを伝えようとしていることに気がつき…。

ブロック代表決定戦、続いてのバトルは王城つかさと五稜郭 (ごりょうかく) ミサキ。どちらも派手なプレイスタイルの選手で、会場を大いに沸かせる。一方、ミステリアスな少女･奥村みずきとの試合を控える龍二。みずきは龍二と以前会ったことがある素振りを見せるのだが、龍二はまったく記憶にない。不思議に思いながらも試合開始の時を迎えると、みずきはなぜか全身をコートで覆っていて―?

タイガの次の相手は四神の一人･李子超だ。カンフーの達人である李は、試合前でも修行をかかさない真面目な青年。性格も温厚で、タイガと早くも打ち解ける。しかし試合が始まると、李はカンフー仕込みの素早いコンボでタイガを圧倒してくる。しかもリーダーモンスターが火属性同士のため、トラゴンの攻撃がなかなか通らない。さらに李は高い身体能力を生かした“究極奥義”を隠し持っていて!?

大会会場外の屋台では、王城つかさのグッズが大人気となっていた。ライバルである王城にますます対抗心を燃やす諭吉は、タイガとともに自分の屋台を作って盛り上げようと画策する。そして大会でも、王城と諭吉の因縁のバトルが始まった。以前は敗北した諭吉だが、パズドラ部で磨いてきたパズル力とスキル使いで互角の勝負に持ち込む。諭吉のことを侮っていた王城は、予想以上に力をつけてきた諭吉に驚いて…。

Bブロックの龍二は、大阪出身のプレイヤー･梅田 (うめだ) ヨシエと対決する。言葉巧みに翻弄してくるヨシエに、さすがの龍二もペースを乱してしまう。試合の後、タイガたちの頭の中に、突然神崎シンの「地獄を見せてやる」という言葉が届く。ますます神崎シンへの謎が深まる中、再び現れたほのかによってシンの噂が語られる。それはシンが「選ばれし神の子」と呼ばれるまでに至る不思議な話だった。

片腕が使えないまま本戦ラウンド二回戦にのぞむタイガ。再び行われた抽選で、タイガはマムシや李子超 (リー･スーチャオ) ら強敵ぞろいのAブロックに配置されてしまう。そんなタイガの前にアイドルプロゲーマーのほのかが激励にやってくる。さくらも毒ドロップ対策を考えてきてくれたりと、皆からの応援を受けたタイガは気合たっぷりにマムシとのバトルに挑む。しかし、試合中に突然トラゴンの様子がおかしくなって!?

本戦ラウンド一回戦が終了し、花草町に戻ってきたパズドラ部。しかしタイガは、公園にいるさくらを迎えに行った帰りに左腕をケガしてしまう。ケガはとても二回戦までに治るものでなく、二刀流パズドラができなくなったタイガは大ピンチ。そんな時、祖母･ひとみの言葉をヒントに、祖父･寅吉 (とらきち) が遺した極意「明石屋一本焼き」に辿り着く。タイガはさくらとともに、片手でたこ焼きを焼く特訓をすることに!

白熱するタイガVS大予言のバトル。大予言のリーダーモンスター「魔槍の秘術神･オーディン」は高いHPと攻撃力を持つ強敵で、トラゴンと互角の勝負を繰り広げる。続くさくらは四神の一人･巳之口 (みのぐち) マムシと対決する。マムシは毒ドロップを対戦相手に送り込んで痛めつけるのが得意という陰湿なプレイヤーだった。四神と呼ばれるだけの実力もあわせ持つマムシに、さくらは果敢に立ち向かう。

本戦ラウンド一回戦の第2試合、ステージに立ったのは龍二。対戦相手･ドクターPは龍二のプレイデータを徹底的に調べ上げていた。しかし龍二は臆することなく普段通りの戦いを見せる。続く諭吉も、予選で一度負けた相手であるアツシにリベンジを誓う。そしてタイガの対戦相手は、未来を見ることができると言う大予言占一 (だいよげん せんいち)。様々な予言を口にしはじめる相手に、タイガはどう戦う!?

ついにパズドラチャレンジカップ本戦ラウンドの日がやってきた。予選を勝ち抜いて本戦のステージに立つことができたのは、タイガたちを含めて31人。更に特別シードとして王城つかさが電撃参戦することになり、驚くタイガたち。王城や、予選でタイガを破った神崎シンなど優勝候補と言われる4名が「四神」と噂される。そんな中行われた一回戦の組み合わせ抽選、第一試合はさっそく四神の1人･神崎シンのバトルで…!

たこ焼き明石屋に突然やってきたサラリーマン。その正体はなんと、出張から帰ってきたタイガの父親･明石寅次 (とらじ) だった! 久しぶりに家族団らんの時を過ごす明石屋一家だったが、タイガが世界一のたこ焼き屋だけでなくパズドラプロゲーマーも目指していることを知った寅次は一転、タイガに「パズドラなんてやめちまえ」と言い放つ。タイガ以上にハチャメチャな性格の寅次を、トラゴンはなんとか説得しようとするが…。