速水市白岩海岸で、海面が広範囲にわたって青白く光る現象が起こった。さらに、青い球体が落下した森林地区の酸素が消失してしまう事件も発生した。酸素消失の原因は海洋に潜む生物にあることを突き止めた我夢。謎を解明すべく、海の専門者であるチーム･マーリンが調査に出動する。

発掘された大量の化石には、謎の生物が寄生していた。そのDNAサンプルから、藤宮はゲシェンクを作る。藤宮がゲシェンクを生み出した目的は、地球上で増えすぎ、氾濫した生物である人類を淘汰するためだった。ゲシェンクの攻撃により被害が広がる街で、藤宮は意外な行動に出る。

いつもと様子が違う敦子。オペレーション中に突然幻覚症状に陥り、北田と大河原が負傷する事故を引き起こしてしまった。謹慎処分となった敦子は、小さい頃の唯一の友達であるリリアに会うために遊園地へと向かう。しかし、リリアの正体は、敦子が幼い頃に生み出した幻想だったのだ…!

ディグローブ粉砕をめぐり、対立が明確になったガイアとアグル。藤宮は我夢に戦いを挑むべく、エリアルベースへの侵入と破壊を敢行しようとする。エリアルベース内で対峙するガイアとアグル。敦子とジョジーが復旧を急ぐなか、エリアルベースを飛び出したガイアとアグルは、廃工場で対決する!

地底で眠っていたゾンネルを覚醒させ、操ろうとする藤宮。その目的は、地球へ飛来する宇宙の超巨大天体生物･ディグローブを迎え撃つためだった。だが、ゾンネル体内の熱核エネルギーとディグローブが衝突したら、辺り一帯に甚大な被害が出る大爆発が起こってしまう!藤宮の企みを止めようとする我夢だが…。

閉鎖中の宇宙観測所であるプロノーン･カラモス周辺に、宇宙から数本の槍が飛来。いち早く現地に駆け付けたアグルは、プロノーン･カラモスを守らんと奮闘する。アグルの行動に隠された真実とは、一体何か? そして “地球の意思” とは? アグル誕生の真実が、今、明らかに…!

神奈川県速水市に、緑の雨が降り注ぐ。その奇妙な雨は、死んだ動物たちを次々と生き返らせて行った。更に並行して、人間がゲル状の “シミ” になる事件も発生。我夢は雨の中に微生物や特殊な放射性物質が含まれていることをつきとめたが、事件の中心には、クローン臓器手術を行う宮川病院の存在が…。

トロヤ小惑星帯で起こった、大規模な爆発。どうやら反物質体との接触が、これを引き起こしたようだ。そして今度は、この付近から出現した反物質体が、何と地球へ向かっている!? 接触まで一週間という時間が迫る中、我夢はアルケミー･スターズの援助を受け、反物質体に対抗すべく準備を開始した!

山梨県の城岩温泉郷からKCBへと、奇妙なビデオテープが送られて来た。KCBのテレビクルーたちは、秘湯巡り番組の取材という名目の下、現地へ向かう。また時を同じくして、我夢もこの場所から微弱な電波干渉を確認、調査へと乗り出すことに。藤宮は、“奴ら” が城岩町を実験場に選んだと言うが…?

夜な夜な徘徊する獣人、ウルフガス。本来無害である筈のウルフガスは、宇宙から飛来したカプセルの中に潜んでいた。一体誰が、どのような目的で地球へと送り込んだのか? 夜陰に紛れ活動するウルフガスに困惑するXIGだったが、特殊捜査チーム･リザードとの協力の下、捕獲に臨む!

断水･停電･電信不通と、東京では地下施設と連動した都市機能が麻痺しようとしていた。原因は、人間の地下進出によって地脈が絶たれたことに憤るミズノエノリュウ。やがて地上に出現したミズノエノリュウは、人間から東京を取り戻すべく、暴走し始める。果たしてガイアは、その憤りを鎮めることができるのか!?

実戦未経験のため不満が募るXIGの女性チーム･クロウだったが、惑星破壊機ヴァーサイトの飛来に対処すべく、堤チーフは彼女たちを含めたXIGの全スカイチームに出撃を命じた。初の実戦参加に士気が上がるチーム･クロウが、劣悪な条件の下に繰り広げる戦法とは、一体どのようなものなのか?

関東全域を沈没させる程の巨大隕石が迫っている。我夢の解析により最悪の事態は免れたが、民間の「怪獣災害基金を作る会」メンバー二人が、隕石落下地点周辺のビルに取り残されていることが判明。XIGのレスキューチーム･シーガルは、果たして瀕死の二人を救出することが出来るのか!?

東京の水源地である大沼ダムに、突如巨大生物が出現する。だがそれは、地球に棲息することを否定された古代生物、アネモスだった。アルケミー･スターズ出身の古代生物学者である浅野未来は、アネモスを絶対に人目に晒してはいけないという。アネモスの哀しみが理解出来ると言う彼女だが…?

地上へと衝突した隕石の調査に向かった我夢は、その帰路で膨大なエネルギーを発する台風を確認する。地上を一掃する程の勢力を持つ台風を撃退しようと出撃する我夢たち。作戦の結果、台風は消滅し、事態は収束に向かったかのように思われた。だがそこに出現したのは、自然コントロールマシーンであるテンカイだった!

チーム･ライトニングとチーム･ファルコンの合同演習中、彼らは山脈で巨大な眼球を発見する。対応に躊躇した我夢だったが、恐怖心の結果、攻撃開始という判断を下し、負傷者を出してしまう。やがて眼球は四肢を備え幕田市に進撃、街を破壊する。あざ笑う眼球に対し、XIGは、そして我夢は、どう立ち向かうのか!?

XIGへ入隊したことを両親に報告するため、実家のある千葉へと帰郷することになった我夢。だがそこへ、大海魔ボクラグが上陸する。故郷を守るため、ガイアに変身しようとする我夢の前に立ちはだかる一人の男。まばゆい光と共に、男はウルトラマンに変身した。そう、彼こそがもう一人のウルトラマン、藤宮博也だったのだ!

突如として砂漠化された臨海副都心。原因は、通常では実態を捉えることの出来ない超空間の生命体、メザードだった。被害が広がる中、我夢は城南大学の仲間に頼み、パイロットウェーブ照射システムをファイターEXに搭載する。独断で出撃する我夢だが、果たして無事に帰還出来るのか!?

地球が遣わした存在として、“ウルトラマンガイア” と名付けられた光の巨人。一方、未知の飛行物体がG.U.A.R.D.ヨーロッパの警戒網に突入、我夢も前線に赴く。砂漠の地で苦戦を強いられるガイア。だがその危機を救ったのは、もう一人のウルトラマンだった! 果たして彼は敵か、それとも味方か?

光の巨人へと姿を変えた我夢によって、コッヴは倒された。だがコッヴの出現は、地球に迫る最大の危機への序章に過ぎないのだろうか? それを予感させるように、コッヴの出現ポイントから新たな怪獣ギールが出現、人々を恐怖に陥れる。防衛チームXIGの一員となった我夢は、再び光の巨人へと姿を変え、ギールに立ち向かう!

城南大学で量子物理学を研究する高山我夢は、実験中に光の巨人に遭遇する。時を同じくして街に謎の物体が飛来、中から怪獣コッヴが出現した。コッヴの進撃により被害が拡大していく街を目前に、なす術のない状況に憤る我夢。そして再び光の巨人と遭遇した彼は、大地の「光」を手に入れ、光の巨人へと姿を変えた!