【シーズン1 最終話】ついにジョーだけのドラゴン「ジョット･ガン･ジョラゴン」が誕生した。喜ぶジョーだったが、突如として仲間のジョニーが攻撃を仕掛けてくるのだった。信頼していた相棒の裏切りに戸惑うジョー。そして、無常にもジョーとジョニーによる新のデュエルが始まるのだった!

厳しい特訓を乗り越えたデッキーは遂にジョーの描く本気のドラゴンを生み出し始めた。しかし、いつまでたっても出てこない…。デッキーの体内にひっかかったドラゴンを引き出すべく、ジョーはボルツと共にデッキーの体内に乗り込むのだった!!

デッキーのおしりを治すためスーパー自然薯を探しに行くジョーたち。そこで偶然出くわしたシャチョー達と、探しものをする謎の少年トンボ。自然薯探しのはずが一転なぜかジョーとトンボがデュエマをする事に…。自然文明デッキを操るトンボの実力とは!?

今さらながら労働条件が超ブラックなことに気付いたウサギ団。店長るるを相手取り時給アップとタダ働きを賭けた熱きシューティングバトルが勃発! 巻き込まれたジョーの命運は…。

カバまろに異変発生!? 心配するぴょんこ姫たちの依頼によりジョーは新たなクリーチャー「目玉坊ちゃんズ」を生み出しカバまろを監視することに…。謎に包まれたカバまろの秘密が暴かれる!!

子供たちがレアカードよりも欲しがっている幻のカード「あたりポンの助」。「あたりポンの助」を引き当てた者には好きな願いが叶えられるとの噂が街に流れる。噂の正体とはいったい!? ジョーが真相に迫る!!

もうすぐバレンタインデー。愛するジョニー様に最高のチョコを作るため、「伝説のカカオ」を求めるぴょんこ姫の愛と命を懸けた壮絶な冒険が始まる!!

突如キラの前に姿を現した謎の男ゼーロ。闇に包まれたデュエル場を舞台に新たな戦いが幕を開ける。クリーチャーワールドに広がる不安の影。いったい何が起きようとしているのか…。

激しいデュエルの末、ジョーの勝利でキラとの戦いは幕を閉じた。しかし、キラとのデュエルでますますドラゴンが欲しくなったジョーは一心不乱にドラゴンを描きまくる。だが、ジョーの熱意とは裏腹にデッキーはおしりの崩壊に恐怖を感じるのだった。果たしてジョーは…いや、デッキーは無事ドラゴンを産み出すことができるのか!?

己の正義を貫くキラに対し、もはやジョーには戦う事でしかキラを止める術はなかった。信念を懸けたジョー対キラのデュエルが今、幕を開ける!!

全てをはっきりさせるため、キラに挑戦状を送るジョー! 一方、キラはジョーにデュエル･マスターへの道を諦めさせるため、徹底的に叩き潰すことを決意する…。

キラが繰り出したドラゴン「キラゼオス･サッヴァーク」は、以前ジョーが描いて部屋に貼ってあるはずのカードだった! そんな中、キラを倒すためにボルツがジョーとデュエマ合宿を行うことに!?

クリスマス･スペシャル回! サンタさんが来ず、落ち込むジョーだったが、自分でサンタさんのクリーチャーを描くことに! 現れたのは、サンタクロスケ! ではなく…!?

突然現れたゲジスキー。ジョーを苦しめるゲジスキーを倒すため、デュエマで戦うキラだったが、謎の第三の紋章を手にする。DGの真の姿を解放する鍵となるカードだが、その姿は…。

いつものようにカードを探すウサギ団だったが、ある時炊飯器に封印されているカードを発見し、復活させてしまう。一方、ももちゃんが突然すごい熱を出してしまうが、人間の病気ではなくクリーチャーワールドの病気であることがわかる。果たしてジョーはももちゃんの異ジョーを止めることができるのか!?

どんどん新しいクリーチャーを描くジョーだったが、新しいデッキーを描き、量産することを思いつく。個性の強いデッキーがいくつも生まれていくが、ついにあのデッキーが生まれてしまう…。

ある日ジョーのもとにるるから連絡があり、なんと喫茶たきがわが爆発して吹っ飛んだことがわかった! この機会にラビット大佐はオシャレなカフェに建て替えたいと提案するが、ジョーがジョーカーズの力を借りてラーメン屋に建て替えてしまう。果たして喫茶たちがわは再建できるのか!?

いつものようにキラと遊びつつも、何かキラの様子が変であること気付くジョー。そんなときに、亀に乗っている不思議な和菓子屋のおじいさんが現れた!? 和菓子屋さんを開いていることがわかったが、何やら究極のお菓子を作る目的があり、ジョーたちも手伝うことになるが…。

勝太と勝舞の戦いを見たことで、ますますドラゴンが欲しくなったジョー! 勝太からドラゴンをあげてもいいが、条件として鬼最強なカレーパンを要求されてしまい、切札の里にあるという幻のカレーパンを追い求めるが…。

学校の宿題で自分の家族のことを発表することになったジョーは、父･勝太のアルバムをデッキーとみることになり、そこには小学生時代の勝太や勝舞がドラゴンを使う姿があった! その写真をデッキーが食べると、なんと小学生時代の2人が現れ…。

今回はハロウィンのお話! 楽しそうなももたちを見てハロウィンを楽しみたいジョーだったが、ハロウィン嫌いのるるによって阻止されてしまい、新しいクリーチャーを描くが…。

ある日ジョーが学校へ行くと、とんでもない恰好をしたシャチョーたちがいた! 馬鹿にするジョーだったが、なんでも世界的デザイナーのシャレコフスキーの最新作だということで、女子に人気のブランドであることが発覚する。全く知らなかったジョーは悔しい思いをするが…。

ボルツがジョーと友達だったことに驚くキラだが、例えそうであっても容赦なく戦うことを決意する。一方ボルツは、以前オヴ･シディアに負けてから新しい切り札を用意していた…。

罰怒ブランドに力を貸したことをきっかけにジョーと仲良くなったボルツだったが、そのときオヴ･シディアの目が見えたことを思い出す。しかしキラと仲良くするジョーを見て、自分自身でキラがどんな奴かを確かめることを決意する。

これまで何度もハンターたちにさーせんしてきたジョーは、ある日テレビを見て、強い男にはヒゲが生えていると思いつく! 新しいクリーチャー･ヒゲ総理を描き、ジョーにもヒゲを生やしてもらおうとお願いするが…。

いつも喫茶たきがわで働くウサギ団だったが、職場からは非ジョーに遠いところに住んでいた! 引っ越しのため臨時ボーナスを稼ぎたいウサギ団は、るるから倉庫の掃除をお願いされるが…!?

ある日ジョーは、ももちゃんから校内新聞コンクールの存在を知らされる。自分達が記者になって学校の気になる出来事や面白い発見を新聞にして発表し、なんと優勝すると一週間給食のメニューが決められる!! ジョーは優勝するため、新しいクリーチャーを描くが…。

いつものようにジョーと遊ぶキラだったが、母から『DG』の存在を聞かされていた。しかし『DG』は完成形ではないため、覚醒するには真のデュエルの中で目覚めさせる必要があるという…。果たしてキラは伝説のクリーチャー『DG』の強大な力を使いこなすことができるのか!?

謎多きウサギ団だが、なんと今回は火のクリーチャーワールドに登ジョー! クリーチャーワールドのルールを知らないぴょんこ姫たちは遊びまくるが、やがてジョーたちを見つけ…。

シャチョーたちにカブト虫を自慢されたジョーは、火のクリーチャーワールドに虫を捕りにいくことに!? 一方ボルツたちは、ダチッコの友達を倒したのはジョーであると思い込み、騙されていると怒りに燃える…。