医療監房への部外者の侵入を防ぐために用意された“木札”が何者かに盗まれたことがわかり、看守たちによる犯人探しが始まった。囚人たちは犯人が見つかるまで監房に閉じ込められ、同房に犯人がいた場合、連帯責任として各々懲罰房に送られることになる。もしもそんなことになればコクリと引き離され任務に支障が出かねないが、事件の経緯からミツキが、犯人が同房にいる可能性が高いことに気づき…!? 刻一刻と捜索の手が迫る中、ボルトたちは、看守より先に犯人を見つけ出すことができるのか!?

コクリを守るため、何とかしてコクリと同じ監房に入ることができないかと考えるボルトたち。ところが看守長のベンガにそれを阻止されてしまう。困ったボルトたちは交渉材料にするため何かベンガの弱みを握ろうと、囚人たちを仕切る“牢名主 (ろうなぬし)”ドラグから情報を得ようとするが、ドラグは情報を与える代償として、ボルトたちに“根性試し”をさせることにする。それはこれまで何人もの囚人が挑戦し、無事だった者はいないという危険なものだった。

“草隠れ (くさがくれ) の里”が管理する脱獄困難な刑務所“鬼灯城 (ほおずきじょう)”。この“鬼灯城”に、何とボルトとミツキが送られることになった。ふたりはそこで凶悪な盗賊集団“狢 (ムジナ) 強盗団”を裏切って逃げ出した元メンバーのコクリと接触し、彼を“狢”の刺客から守る任務につくことになる。サラダも正体を隠してあとから合流。第七班による護衛任務が始まった。罪人だらけの監獄で、ボルトたちは無事に任務を成功させることができるのか!?

いのじんが、母のいのが使う“心転身の術 (しんてんしん の じゅつ)”を使いこなせるようになろうと考え両親に相談。チョウチョウにも手伝ってもらい、早速修業をすることになる。父のサイも見守る中、母との修業を開始したいのじん。だが、自信のなさもあってかうまく術をかけられず母をいらだたせる。見かねた父がなだめようとするものの母のいらだちはおさまらず、ついには夫婦ゲンカへと発展!? 何とかしようと焦るいのじんにチョウチョウがかけた言葉とは?

第四十班 (だいよんじゅっぱん) として日々任務に励む呉越 (ごえつ) ドウシュ、糸井 (いとい) つる、鬼熊 (おにくま) えんこは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。その中のひとり鬼熊えんこは、幼い頃に呼び寄せた口寄せの獣にとりつかれたことですさまじい力を発揮できるようになった。ところが最近その力をうまく制御できなくなり、任務にも支障が出始める。そんな第四十班のところに、“拷問･尋問部隊” 隊長、森乃 (もりの) イビキが現れ班の解散を伝えると、えんこには、今後イビキの下で任務を行うように告げる。

ボルトの祖父ヒアシの誕生日が近づき、身近な家族でお祝いをすることになった。孫としてプレゼントを用意することになったボルトだが、どんなものなら祖父が喜んでくれるのかがわからない。仕方なく日向家を訪ね、見つからないようにこっそり情報を集めようとするボルト。そこに、「木ノ葉にて最強」と言われる日向一族で当主をつとめるヒアシに勝負を挑もうと、腕自慢の男が現れる。だがヒアシは、臆病者と言われてもなぜかこの勝負を避け、ボルトは、そんな祖父の考えていることがますますわからなくなってしまう。

スミレが、念願だった“科学忍具班”に行くことになり、ワサビとなみだだけになった第十五班に新しいメンバーが入ることになった。そのメンバーとは、“侍 (さむらい)”と呼ばれる者たちが暮らす“鉄の国 (てつ の くに)”から来た少女、鉄 (くろがね) ツバキだった。ツバキは、忍者は侍と違って誇りも信念も持たない者たちだと考えていて、忍者を見下していたが、これに対しワサビは、「忍者にも信念はある」と反論。第十五班は険悪なムードになってしまう。

ウラシキとの死闘を終え、ボルトとサスケが、本来いるべき場所へと帰るときがやって来た。ともに戦った自来也や少年時代のナルトとの別れを惜しむボルトだが、そんな中、自来也は、サスケにあることを依頼する。そして、ボルトとサスケは再びときを越え、見慣れた木の葉隠れの里へと帰還する。少年時代の父ナルトとその偉大な師匠、自来也と出会い、知ることのなかった彼らの思いに触れたボルトは何を思うのか?

ボルトの機転で、ウラシキの「未来を見通す」カラクリは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが安堵したのも束の間、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに! これまでの戦いでの疲労も激しい中、ボルトたちは、圧倒的な力を持つウラシキを倒し、ナルトが秘める“九尾”のチャクラと“忍界の未来”を守ることができるのか!?

“九尾”のチャクラを狙うウラシキから少年のナルトを守るため、再び激闘を繰り広げるボルト、サスケ、自来也。だが四人は、「未来を見通せる」と豪語し、どんな攻撃でも見切ってしまうウラシキに追い詰められることになる。そんな中、身を呈してナルトを守ったサスケのおかげでボルトたちは辛くもウラシキから逃れるが、そのままサスケの行方がわからなくなってしまう。そのサスケを偶然見つけて助けたのは、サスケの手がかりを探す少女のサクラだった。

自来也から出された課題をやり遂げるため、ボルトと少年のナルトは再び修業を開始する。徐々に成果も出始めうれしいふたりだが、そんな中ボルトは思い切ってナルトに、仲間だったサスケがなぜ、里を抜けたのかを聞いてみることにする。一方、自来也から素性を疑われ言葉を失うサスケ。だが自来也は、危険な存在であるウラシキから本気でナルトを守ろうとしているサスケに「詮索はしない」と告げ、ふたりは協力してウラシキを倒し、ナルトを守る策を考えることにする。

自来也の提案で、ボルトと少年のナルトが“お互いのチャクラを同調させる修業”をすることになった。ところが思った以上に難しくなかなか先に進まない。さらに、修業の途中でボルトがふいに、先日見た光景を思い出してしまったのをきっかけに気まずくなるふたり。そんな中、偶然ネジと出会ったボルトはネジに話を聞いてもらうことになる。一方、すっかり気落ちし、ひとりでたたずむ少年のナルトを見たサスケは放っておけなくなり…?

ナルトが秘める“九尾”のチャクラを奪うため、ついにウラシキが少年のナルトの前に現れた。ところがなぜかチャクラを奪い取れず、ウラシキはやむをえずナルトを連れ去る。ナルトを救出するため自来也とともにウラシキを追うボルトとサスケだが、その途中サスケと自来也は、悪意に満ちた九尾のチャクラがあふれ始めたことに気付く。そして、たどり着いた場所でボルトは、禍々しく恐ろしいものを目にすることになる―。

ボルトとサスケが、少年のナルトや自来也の監視のもと木ノ葉隠れの里で過ごすことになった。ところがサスケと自来也がどこかに行ってしまい、ボルトはナルトとふたりきりに。最初は何となく居心地の悪さを感じるボルトだが、次第にナルトと打ち解けてゆく。そんな中、中忍になったシカマルをリーダーに、サクラやヒナタ、ヒナタの従兄 (いとこ) の日向ネジたち下忍に特別に招集がかかる。ボルトもナルトに誘われ指示された集合場所に向かうが、そこは…!?

ウラシキを追う途中、大筒木一族が使う奇妙な道具の力に巻き込まれたボルトとサスケは、ボルトが生まれるずっと前― “過去”の木ノ葉隠れの里にやってきた。ウラシキを追跡中にたどり着いた思いがけない場所に驚くボルトとサスケ。だがそこにウラシキの姿はなく、ボルトは初めて目にする風景に興味をそそられる。サスケは敵の動向がわからない今は慎重に行動すべきだと考えるが、ボルトはどこ吹く風で。そんな中ふたりの前に現れたのは子供時代のナルトと師匠の自来也!? さらにボルトとサスケは、里に現れたよそ者として尋問を受け…?

尾獣のチャクラを狙うウラシキが木ノ葉隠れの里を襲撃。度重なる戦いによって多くの忍者がチャクラを奪われ戦闘不能に陥った。下忍たちにもウラシキの襲撃に対抗するための任務が与えられるが、つい先日ウラシキと接触し命を狙われたボルトには任務に出る許可は下りない。悔しいボルトは火影である父のナルトと言い争いになるが、そんな中、ウラシキを発見したとの報が入り、里の忍者がそろって追跡を開始。だがなぜかウラシキはこれを見てほくそ笑む。

父ナルトのかつての師匠、自来也 (ジライヤ) の話を聞いたボルトは、自来也について知りたくなる。そんな中、師匠のサスケに修業をつけてもらおうと、うちは家を訪ねたボルトがサラダにそのことを話すと、サラダは自来也の著書“イチャイチャタクティクス”のことを思い出す。作家の人柄を知るためにはその著書を読んでみるのが手っ取り早い。ということで、早速本を探し始めるボルトたち。五代目火影･綱手 (ツナデ) や大蛇丸とともに「伝説の三忍 (でんせつ の さんにん)」と呼ばれた偉大な忍者、自来也が書いた“イチャイチャタクティクス”とは!?

ボルトたちが木ノ葉隠れの里に連れてきた守鶴が、しばらくの間うずまき家で過ごすことになった。ウラシキの目を逃れるため、不本意ながら小さな茶釜に入ったままうずまき家を訪れた守鶴。それを見たヒマワリは「シュカーク」と呼びすっかり気に入った様子だが、守鶴のほうはうっとうしくて仕方がない。そんな中、ナルトの七代目火影就任式の日にヒマワリが、ナルトだけでなくナルトの中に封印されている九尾 (きゅうび) の尾獣“九喇嘛 (クラマ)”にまでダメージを与え、そろって動けないようにしたという話を聞いた守鶴は、あることを企てる。

作戦を実行したボルトたちだったが、ついにウラシキに追いつかれてしまう。守鶴のチャクラを手に入れようと、容赦ない攻撃をしてくるウラシキに立ち向かうため、それぞれが得意とする術を駆使した共闘を開始するボルトとシンキ。だがウラシキは、サスケや我愛羅でさえ倒せなかった強敵で、さらには異空間を行き来する能力を持っている。果たしてボルトとシンキは、ウラシキに対抗するすべを見出すことができるのか!?

シカダイ母子と別れたボルトとシンキは、自分たちに託された役目をやり遂げるため、ふたりで木ノ葉隠れの里を目指していた。そんなふたりの前に、守鶴の行方を突き止めたウラシキが立ちふさがる! この窮地に、協力し合い、何とかウラシキの追跡を逃れたボルトとシンキ。だが、敵は想像を超えた力を持つ大筒木一族のひとり、このまま無事に逃げおおせるとは思えない。そんなとき、ふとしたきっかけからボルトがある作戦を思いつき…。

風影から重要な役目を任されているにもかかわらず、反発しあうボルトとシンキはついに別行動をとることになる。そんな中シンキの前に大筒木一族の傀儡が現れる。執拗に守鶴を狙う傀儡とひとりで戦わなくてはならなくなったシンキだが、高い戦闘力を誇る相手に苦戦する。そこにボルトがシカダイとシカダイの母テマリとともに駆けつけた。テマリはカンクロウと我愛羅兄弟の姉で、偶然にも母子で里帰り中だった。しかし、シカダイたちの援護があっても大筒木一族が造り出した傀儡は手強い。そしてその頃、我愛羅の術を解いたウラシキが再び動き出していた―。

我愛羅の兄カンクロウをリーダーに、守鶴を守りながら木ノ葉隠れの里を目指すボルトとシンキ。ところがその途中、大筒木一族が造った傀儡 (くぐつ) が追っ手として現れる。相手が強敵であることを感じ取ったカンクロウは、ボルトとシンキに守鶴を託して先を急がせ、ひとりで敵に立ち向かう。風影の側近にして砂隠れ (すながくれ) の里屈指の傀儡使いカンクロウと、大筒木一族の傀儡による戦いの幕が開く!! 一方、カンクロウと別れてふたりきりで木ノ葉隠れの里に向かうことになったボルトとシンキだが、案の定、相性は最悪で…。

サスケのもとにたどり着いたボルトの目の前で、大筒木一族のウラシキが使う不思議な力によってサスケの姿が消えた。サスケは、風影･我愛羅 (かぜかげ･ガアラ) やその養子シンキらとともに、一尾 (いちび) の尾獣“守鶴 (しゅかく)”が秘める膨大なチャクラを狙うウラシキと戦っている最中だった。そんな中、我愛羅が“封印術 (ふういんじゅつ)”でウラシキの動きを止めることに成功。だが術が解けるのは時間の問題と思われた。そこで我愛羅は、シンキに、ボルトとともにナルトがいる木ノ葉隠れの里へ行き、守鶴をかくまってもらうよう命ずる。衝動的に突っ走るボルトと、合理性を重視する冷静なシンキ。性格がまったく合わないふたりが自分たちに課せられた役目を果たすため旅立つ!

中忍試験の折、サスケの弟子になったボルトだったが、留守がちでなかなか修業をつけてくれない師匠の帰りを待ちわびていた。そんなとき里にサスケから伝言が届く。こっそり内容を盗み聞きしたボルトは、サスケが“風の国 (かぜ の くに)”のとある場所に立ち寄ることを知り、何とかして修業をつけてもらうため、内緒で里を飛び出す。ところがさまざまなアクシデントが重なってなかなか目的地にたどり着けない。このままではまたサスケはどこかに旅立ってしまう! 果たして、ボルトは師匠に会えるのか!?

木ノ葉丸が、“走馬”に奪われた記憶を取り戻したボルトとともに、再びレモンを救うために動きだす! ところが一足遅く、封印を解かれた“走馬”が復活を遂げる! ボルトと木ノ葉丸は何とかして止めようとするが武器も忍術も効かずなす術がない。これを見たレモンは、初めて木ノ葉丸たちと出会ったときに誓ったことをやり遂げる覚悟をし、宵村家の先祖の巫女がかつてバケモノを封印した方法を使うことにする。だがそのためには、大きな代償を払う必要があった―。

レモンを救い出すため、カンキツのことを調べていた木ノ葉丸がつかまり、木ノ葉隠れの里へ強制的に送り返されることになった。木ノ葉丸とは別行動をとっていたボルトは、何事もなかったようにカンキツがひとりでいるのを見て嫌な予感を覚え、こっそり様子を探ることにするが、そんなボルトの目の前で驚くべき光景が繰り広げられることになる!! 一方、里に送り返された木ノ葉丸は、村から抗議があったとして火影から謹慎を言い渡され、処分を受け入れるが、レモンのために何もできなかったことに悔しさをにじませる。

ボルトと木ノ葉丸が、先日出会った女性、レモンが住む村を訪れた。ところがふたりは先日とはうってかわったレモンの様子に戸惑うことになる。実はレモンは、“走馬 (そうま)”というバケモノから代々村を守ってきた一族の末裔で、簡単に村の外に出てはいけない身だった。さらに間近に大事な儀式を控えており、そのためか、レモンとともに儀式にのぞむ幼なじみの明月 (あきつき) カンキツは、彼女が誰とも会えないよう部屋に閉じ込めてしまう。見かねたボルトと木ノ葉丸は、何とかしてレモンを救い出そうと考える。

ある日ボルトと木ノ葉丸が、何者かに追われていた若い女性、宵村 (よいむら) レモンを助ける。観光のため木ノ葉隠れの里を訪れたというレモンは、上等そうな髪飾りを身につけた天真爛漫な女性で、話を聞いたボルトと木ノ葉丸は、護衛も兼ねてレモンを連れて里を散策することに。ふたりに案内され、里の観光を楽しむレモン。木ノ葉丸はそんな屈託のないレモンに好感を持つ。一方レモンもまんざらでもない様子で…?

フリージャーナリストのスケアに変装し、郵便局にやってきたカカシ。実はカカシは、郵便局の仕分けを手伝う任務についている第二十五班の様子を見にきたのだ。第二十五班の竹取 (たけとり) ホウキ、黒衣 (くろい) ハコ、国防 (こくぼう) レンガは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。だがこれまで目立った活躍もなく、任されるのは簡単な任務ばかりの班だった。おまけにチームワークはバラバラで今回もうまくいっていない様子。そこでカカシは、なぜかカカシとよく似た格好をしている班のリーダー役、ホウキに話を聞くことにする。

“激･忍絵巻 (げき･しのびえまき)”― 通称“ゲマキ”。 歴代の有名な“忍び (しのび)”をモチーフにした今最も人気のあるカードゲームで、ボルトたちもカード集めに躍起になっている。そんな中ボルトたちが、まだカード化されていない隠れた実力者の存在に気付いてしまう!? それは恩師の油女 (あぶらめ) シノとメタルの父、ロック･リー。だがどうやら次回カード化が考えられている忍びの候補枠が“あとひとり分”あると知り、この一枠にふたりのうちどちらを選んでもらうかをめぐって、シノ派のボルトと、敬愛する父、ロック･リーを推すメタルを中心に、熱いバトルが繰り広げられることになる!