任務でヴィクタの会社を偵察中の木ノ葉丸とムギノが、ヴィクタの会社に“谷の国 (たに の くに)”の大名が査察に訪れるとの情報を入手。これを利用し、限られた人間しか立ち入ることができない研究施設の奥を探ることにする。一方、修業を終えたボルトとサラダは、先日の人探し任務の依頼主･ミアのもとを訪れ、ヴィクタに連れ去られた研究員･アナトが持っていた指輪を届けるが、アナトが亡くなったと聞きショックを受ける。

修業の反動で入院することになったボルトの見舞いにやってきたイワベエ、デンキ、メタルが、この病院に入院している少年、糸引 (いとひき) ナットウと出会った。やんちゃで生意気なナットウに散々振り回された挙句、ある人物の“サイン”をもらってくるよう頼まれるイワベエたち。その人物とは誰もが恐れるあの忍者!? 最初は断ろうとする三人だが、ナットウが間近に大きな手術を控えていることを知り、何としてもサインを手に入れようと考える。

カカシの指導を受けながら、自分なりのやり方で螺旋丸を強化することに成功したボルトが、カカシの用意した相手と戦い、その成果を見せることになった。一方サラダは父サスケにかわり、母のサクラから実戦による修業をつけてもらうことになる。固い決意を胸にこれまで懸命に修業を続け、それぞれに手ごたえを感じ始めていたボルトとサラダ。ふたりが積み上げてきた努力の結果は!?

修業に励むボルトのところにシカダイがやってきた。行き詰まりながらも必死で突破口を見つけようとするボルトだが、先日の任務でディーパと戦い、その恐ろしさを実感したシカダイからは再戦は無謀だと言われる。だがボルトは、そんなシカダイに強くなりたい本当の理由を話し修業に協力してもらうことになる。 一方、うちは一族特有の写輪眼を強化しようと考えるサラダは、父のサスケとの修業に取り組んでいたが、娘の身を心配する母のサクラと口論になってしまい……!?

シカダイ、いのじん、チョウチョウの第十班 (だいじっぱん) が、砂隠れ (すながくれ) の里のシンキ、ヨド、アラヤと合同で任務を行うことになった。それは、以前シカダイが戦った大筒木一族の傀儡 (くぐつ) の残骸を捜索、回収すること。任務のため“風の国 (かぜ の くに)”へとやってきた第十班は、とある店に立ち寄ることにするが、シカダイはその店先ですれ違ったただならぬ雰囲気を漂わせる男のことが気になる。実はこの男こそボルトたちに重傷を負わせたディーパで、三人は店の中で恐ろしい光景を目にすることになる。

自分たちの力不足を実感し、もっと強くなるために修業を積むことにしたボルトとサラダ。ボルトは今使える最強の術、螺旋丸をより強力なものにしようと考え、螺旋丸が使えるもうひとりの人物カカシのもとを訪ね、サラダは父サスケの指導の下、写輪眼を使いこなすためにそれぞれ厳しい修業を始める。一方、正式に許可を取りヴィクタの会社を訪問していた木ノ葉丸とムギノは、ヴィクタの目的を知るために正面から挑むが……?

ディーパとの戦いで重傷を負ったボルトたちが里に帰ってきた。ボルトとサラダは医療班で、ミツキは大蛇丸のもとでそれぞれ治療を受けることになるが、この戦いでディーパにまったく歯が立たなかったボルトとサラダは、悔しい思いを胸にある決意をする。一方、事件のことを火影らに報告した木ノ葉丸は、さらなる調査をし、「殻」との関係を探るため、ヴィクタの会社を偵察させてくれるよう頼む。

何としてもディーパより先に霞の国の忍者の長兄･アサカに追いつきたいボルトたちが、やっとのことでアサカのもとにたどり着いた。だがボルトたちは、一足遅れて到着したディーパから不意に攻撃され、反撃するも、どんな攻撃も通用せず、驚異的な戦闘力を誇る相手に焦りを隠せない。そこになぜかヴィクタが現れ……!? 人探しの任務中にボルトたちが巻き込まれた一連の事件。原因となった柱間細胞を、ボルトたちは木ノ葉隠れの里へと持ち帰ることができるのか!?

ユウガの結界から抜け出したボルトたちだったが、今度は兄弟の次男･ヒルガに足止めされることになる。ユウガ同様、自分たちに与えられた任務のためならばどんな方法を使ってもやり遂げようとするヒルガの術によって動きを封じられてしまうボルトたち。術を解こうともがくボルトは、自らの命も顧みない兄弟の戦い方にとまどい、その理由を問い詰める。そんなボルトにヒルガが話したこととは……?

ボルトたちがついに本物の強奪犯、霞の国の忍者兄弟に追いついた。だがボルトたちは、兄弟のひとりユウガが禁術によって呼び出したバケモノとともに、強力な結界の中に閉じ込められてしまう。手当たり次第にチャクラを奪うバケモノに驚愕しながらも、これを倒して結界から抜け出そうと言うボルト。だがムギノから、特殊な術に対処できるかもわからない状況で、余計な戦闘は避けるべきだと一蹴される。

何とかならず者たちから逃れることができた第七班とムギノが、強奪犯を追う途中、手練れぞろいの忍者の小隊と遭遇。お互いに事情がわからないまま一触即発の状況となる。緊張が走る中、木ノ葉丸が間に入り、彼らから、追跡中の犯人が“霞 (かすみ) の国”の忍者であるとの情報を得ることができたボルトたちは、再び強奪犯の追跡を開始するが、そんなボルトたちの行く手にディーパが立ちふさがる。

俘囚城で起きた強奪事件に巻き込まれ、犯人にされたばかりか、黙の国のならず者たちから追われるハメになったボルトたち。何としても本当の強奪犯を捕らえたいボルトたちだが、次から次へと襲いかかってくるならず者に邪魔され真犯人を追うことができない。ボルトの機転で一旦は危機を脱したものの、トラブルによって取り囲まれ、ついにボルトたちは逃げ場を失ってしまい…!?

初代火影･千手柱間 (せんじゅ ハシラマ) のからだから採取され、生体エネルギーを爆発的に活性化させる力を持つが、扱いによっては危険なものとなる“柱間細胞 (ハシラマさいぼう)”。今回の事件に関係があると思われるこの柱間細胞が、黙の国の“俘囚城 (ふしゅうじょう)”で暮らす大富豪の手元にあると知ったボルトたちは回収を計画するが、これを狙い、奪おうとする者たちがいた。さらに、先日ボルトたちが出会った製薬会社の社長･ヴィクタと、謎の男･ディーパも怪しい動きを見せる。

ムギノの知り合いの医師･ユビナのもとにミツキを残し、事件の手がかりを求めて“黙 (しじま) の国”にあるブラックマーケットへとやってきたボルトたち。だが黙の国は治安が悪く、忍者崩れの悪人たちが集まる無法地帯だった。少しの油断もできない中、最も危険な地域に店を構える情報通の店主のもとを訪れたボルトたちは、クセモノの店主が雇った用心棒と一戦交えたあと、何とか店主から情報を聞き出すことができたが…?

ボルトたちがようやく行方不明の研究員を見つけ出した。ところがその姿はすっかり変わり果て、自我も失っていた。力任せに暴れる相手と戦いながらも何とか無事に依頼主のもとに連れ帰りたいボルトたち。そこへ捜索隊を従えた医療メーカーの社長･ヴィクタが現れる。社長自ら捜索隊に同行し、この研究員を探していたのだ。そして研究員を拘束するとそのまま連れ去ってしまい、ボルトたちの任務は失敗に終わる。そんな中、さきほどの戦いが原因で、ミツキのからだに異変が起きる。

ボルトたち第七班に「行方不明になった医療メーカーの研究員を探す」という任務が言い渡された。だが依頼主は遠く離れた国に住んでおり、さらにこの研究員は、各地で医療技術に役立つ新しい材料を探すという仕事をしていて、知らない場所での人探しは困難と思われた。そんな第七班のために土地勘のあるムギノが案内役も兼ねて任務を補佐することになる。ムギノは長く遠征任務に出ていた上忍で、木ノ葉丸もよく知る人物。早速ムギノとともに任務を開始するボルトたちだが…?

貉強盗団の頭領･ショジョジから得た情報をもとに、サスケとサイが“雨隠れ (あめがくれ) の里”にある謎の組織「殻 (カラ)」のアジトと思われる場所を訪れた。そこはかつて起きた事故のために今は立ち入り禁止となっている地下水路で、サスケとサイは早速、調査を開始しようとする。そんなふたりの前に「殻」のことを知る唐野 (とうの) ガラシが現れ、ふたりはガラシの案内で、アジトの捜索、調査をすることになる。

父チョウジとの修業を終えたチョウチョウが、父子で甘味処へとやってきた。ところが小豆を使った甘味がすべて品切れという異常事態 (!?) に見舞われる。実は最近、運搬中の小豆を奪って高額で売りさばく盗賊が現れるようになり、材料が手に入りにくくなっているというのだ。話を聞いたチョウチョウは大切な小豆を守るため、“忍者学校 (アカデミー)”の恩師でスイーツ仲間のみたらしアンコと協力し、盗賊を捕らえようと考える。

ある雨の日、猫のミカヅキに導かれ、ミツキがケガを負ったひとりの男を助けた。どういうわけかミカヅキになつかれたその男は、木ノ葉隠れの里で働く妹に会いに来たと言い、ミツキとも親しくなる。そんな中、第七班が警務部から護衛任務の協力を頼まれる。護衛対象は「雨の殺人鬼 (あめ の さつじんき)」と呼ばれる連続殺人犯に命を狙われている会社の社長。ところがなぜか社長は「身に覚えはない」と言い放ち、警務部の護衛を断ろうとする。

いろいろなことに興味があり、将来の夢がたくさんあるヒマワリが“忍者学校 (アカデミー)”の一日体験会に参加することになった。集まった参加者は、シノたち先生の指導でさまざまな授業を体験するのだが、そんな中ヒマワリは、すでに将来忍者になることを決めている参加者の海苔巻 (のりまき) エホウから、興味本位で体験会に参加したことを批判される。そして気まずい雰囲気のままエホウたちとグループを組み、簡単な任務体験をすることになるのだが…?

“科学忍具 (かがくにんぐ) 班”に異動になったスミレに代わり、“鉄の国 (てつのくに)”から来たツバキが加わった第十五班。ところが、優秀な“侍 (さむらい)”であり、高い能力値を誇るツバキが加わったにもかかわらず任務の成績は思ったよりも振るわず、共同任務ではイワベエたち第五班に手柄を奪われる始末。そこで第十五班はツバキの提案により、己の力を磨きつつ、任務で誰が一番活躍できるかを競い合うことになる。だが、この勝負がさらなる任務の失敗を招くことになる。

“医療忍術”の講習会が行われることになり、各班から代表ひとりが講習に参加することになった。第七班からはサラダが参加することになるのだが、医療忍術のスペシャリストであるサクラを母に持ちながら、元々、医療忍術があまり得意ではなく、上達もしていないこともあって内心焦りまくる。そんなサラダの気持ちなどお構いなしに、ほかの参加者たちからはサクラの娘であるサラダに期待のまなざしが集まり、ますます追い詰められることに…!?

テントウの救出に駆け付けたボルトの前に、貉強盗団の頭領･ショジョジが立ちふさがった。ボルトは、姿かたちだけでなく、記憶や能力まで奪うショジョジの“屍分身の術 (しかばねぶんしんのじゅつ)”を避けながらテントウを守って戦うが、手ごわい上にしぶとい相手に苦戦を強いられる。さらに、戦いの途中で掌の“印”に異変が起き、動くこともできなくなってしまう。そのとき、突然ショジョジが奇妙なことを口走り…!?

テントウの護衛任務を終え、サラダやミツキとともに、新たに高難度の“Bランク”任務につくことになったボルト。大張り切りのボルトだが、ポケットの中から、欲しかった“ゲマキ”のレアカードを見つけたボルトは、それがテントウの仕業だと気づき、カードを返すためテントウ父子が滞在するホテルを訪れる。ところがボルトはそこで、テントウの身に危険が迫っていることを知る。大切な“友達”のため、ボルトが下した決断は!?

新たな任務として、ボルトがテントウの護衛をすることになった。“ゲマキ”集めに夢中のテントウは、忍者に興味を持つようになったと言い、ボルトに忍者の修業をつけてくれるように頼む。テントウの根性を叩きなおしてやろうと早速、手裏剣の使い方を教えることにしたボルトだが、テントウが忍者にあこがれる本当の理由を知ったボルトは? その頃、ボルトたちの鬼灯城への潜入任務以降なりを潜めていた貉強盗団が、再び動き始めていた―。

先日の中忍 (ちゅうにん) 試験で、会場に突如現れた大筒木 (おおつつき) 一族のモモシキを倒したボルトの掌に現れた不思議な“印”。久しぶりにそのときのことを夢に見たボルトは、気になってしまい任務に集中できずにいた。そんなボルトが火影 (ほかげ) との会談のために木ノ葉隠れ (このはがくれ) の里を訪れた火ノ国 (ひのくに) の大名･まどかイキュウの息子･テントウと出会う。だがテントウは、公務に忙しい父の姿に一抹の寂しさを感じながらも、お付きのヤマオカを引き連れお金にものを言わせて好き放題にふるまうわがまま息子で…!?

船を待つボルトたちの前に、“狢強盗団”No.2の実力を持つと言われるツキヨが立ちはだかる! コクリを守るために戦うボルトたちだが、相手の影を操り、同等の力を持つ分身として戦わせるツキヨの“月影の術 (つきかげのじゅつ)”に苦しめられることになる。ボルトたちが自分の分身と戦っている間にもコクリに迫るツキヨ。脱出のタイムリミットが迫る中、第七班は、強敵、ツキヨを倒す方法を見出すことができるのか!?

脱獄の準備を整えているはずのサラダから「準備完了」の合図がないまま、脱出用の船の到着時間が迫っていた。この機会を逃せば計画は台無しになってしまうため中止するわけにはいかないと考えるボルトは、サラダを信じ、ミツキやコクリとともにこのまま計画を進める決意をする。一方、鬼灯城の地下に落下したサラダは、そのときの衝撃で気を失ったままでいた。数々の難関と看守の目をくぐり抜け、ボルトたちの脱獄作戦が始まった!

コクリが“第二鬼灯城”に移送されることが決まってしまった。このままコクリが移送されれば護衛任務ができなくなると考えたボルトたちは、その前にコクリを連れて脱獄しようと計画を立てる。だが成功させるためにはいくつかの条件をそろえる必要があり、サラダを交えて方法を話し合うことにする。ところがその様子をボルトたちと同房のケダマに見られてしまう。ケダマはかつて仲間を“売った”と言われており、密告されれば脱獄前に第七班は窮地に陥ることになるが…!?

コクリの護衛を始めて数日、ボルトたちは何とか順調に任務を進めていた。だがボルトたちにはコクリが何か隠し事をしている気がして仕方がない。そこでボルトたちは、「コクリは信用できるのかを確かめる」というもうひとつの任務を進めることにする。一方、コクリと同じく“鬼灯城”に囚われている“狢”幹部のツキヨは、看守長のベンガを使って、手下が囚われている“第二鬼灯城”にコクリを移送する手はずを整えようとたくらんでいた。