ナルトとともにうずまき家にいたカワキの楔 (カーマ) に異変が起き、突然その目の前に「殻」のリーダー･ジゲンが現れた!! ナルトやカワキだけでなく、密かにカワキの監視を続けていた果心居士も驚く中、ジゲンは抵抗するカワキを強引に連れ戻そうとする。これを目にしたナルトはカワキを守るためにジゲンに戦いを挑むが……!? ついに、七代目火影･ナルトと「殻」のリーダー･ジゲンとの直接対決が始まる!!

飛行船墜落現場より木ノ葉丸が持ち帰ったデータから、気になる情報を得た“暗部 (あんぶ) ”の長官･サイに依頼されたサスケが、“時空間忍術 (じくうかんにんじゅつ) ”を使いとある場所を訪れた。そこは謎めいた図形がいくつも描かれた奇妙な空間で、サスケはこの場所で“大筒木一族”に関係する数々の驚くべきものを目にすることになる!! その頃、不思議な力を使って人々の目の前で病人を救った「殻」の幹部のひとり、ボロは、集まった人々に、誰もが幸福になれる方法があると説いていた。

眠っているナルトのそばで、割ってしまった花瓶を修理していたカワキの前に、突然、九尾の尾獣･九喇嘛 (クラマ) が姿を現した。ナルトの中に封印されこれまでともに生きてきた九喇嘛から、昔のナルトに似ていると言われるカワキ。思いがけずナルトの半生について聞いたことで、カワキは自身もナルトのようになりたいと思い始める。そして、同じく楔 (カーマ) を刻まれた者であるボルトとも協力し、すべての元凶であるジゲンと「殻」を倒すことを改めて決意する。

デルタとの戦いで片腕を失ったカワキが、ナルト用につくられた義手を譲ってもらうことになった。本来なら義手はナルト本人のチャクラでないと動作しないが、ナルトが自身のチャクラを分け与えることでカワキにも同じものが使えるようになる。驚きつつもいつかナルトから聞いた、「チャクラは互いを“繋ぐ力”であり、誰の中にも存在する」という言葉を思い出したカワキは、ナルトに頼んで忍術の修業をつけてもらうことにする。一方その頃、デルタの報告から、ボルトの掌にも楔 (カーマ) が刻まれていたことを知ったジゲンは、ひとり満足げな笑みを浮かべていた――。

ナルトとの戦いに勝つために卑怯な方法を使い、カワキを“モノ”として扱うデルタにナルトの怒りが爆発。ナルトは、細胞を死滅させ、どんな“再生能力”でも阻止するデルタの“破壊光線”をも恐れることなく、巨大な“螺旋丸”で強引にかき消すと、さらに術を強力にして押し込んで行く。しかし科学忍具で改造されたデルタには、大きさに関係なくどんな術でも吸収する能力があり……。 果たして、戦いの結末は!?

カワキを連れ戻そうと強引に里に侵入したデルタがボルトたちの前に現れた。ボルトやヒマワリ、カワキを守るため、デルタの前に立ちはだかるナルト。だがカワキが「バケモン揃い」と恐れる「殻」の幹部のひとりであるデルタは、科学忍具で改造されたからだを自在に使いナルトを攻撃。これに対しナルトも“九尾の力”を解放し戦う。 互いに怪物じみた戦闘能力を持つふたりが、激しくぶつかり合う!!

楔 (カーマ) をうまく使いこなすために、ボルトがカワキと実戦形式の訓練をすることになった。ナルトとヒマワリが見守る中、互いに楔を発動させたボルトとカワキが対峙する。一方、カワキの行方を追う果心居士と合流したデルタは、木ノ葉隠れの感知システムをなぜかあっさりすり抜けて里へと侵入した居士に、ひとりその場に置き去りにされ、仕方なく帰りを待つことに。ところがなかなか居士が戻らず、ついにはしびれを切らし……!?

「楔 (カーマ) の研究になるかもしれない」とのナルトの提案で、ナルトとボルト父子の手合わせを見ることにしたカワキ。忍組手による手合わせで、ボルトは得意の“影分身の術”を駆使するなどして父に挑むが、力の差はまだまだ大きく苦戦する。これを見たカワキは、研究のためにもボルトに楔の力を使うように言う。その一方でカワキは、ナルトとボルトの父子がそろって得意とする影分身の術にも興味を持つようになり……?

割ってしまった花瓶のかわりに新しいものを用意することにしたカワキが、ナルトに連れられ街にやって来た。途中で出会ったサラダも加わり、一緒に、いのが経営する“山中花店”に向かう。ところがカワキはこれまでの生い立ちのせいか、話しかけるサラダに対して不愛想でかたくなな態度をとったり、街でぶつかってきた子供を反射的に攻撃してしまうなど、どこか普通の生活とはなじめないようで……。

ボルトとカワキのうずまき家での同居生活が始まった。初めての普通の生活に戸惑いながらも、うずまき一家の楽しげで温かな雰囲気にどこか安心した気持ちを抱くようになるカワキ。一方ボルトは、妹のヒマワリが母に贈った花瓶をカワキが割ってしまったことに怒りがおさまらない様子で、ふたりはたびたび小競り合いを繰り広げることになる。そんなボルトにカワキは、楔 (カーマ) を刻まれた者同士としてあることを提案する。

掌に「楔 (カーマ)」と呼ばれる奇妙な印を持ち、「殻」から「器」と呼ばれる謎の少年･カワキ。その処遇について“五影 (ごかげ) ”が話し合い、カワキの身柄は正式に、七代目火影･ナルト監視の下、木ノ葉隠れの里が預かることになった。 早速カワキを家に連れて帰るナルトだが、心を開かず、自分の名前も言わないカワキに困り顔。さらに、ひと悶着あったボルトとカワキが顔を合わせることになり、ふたりの間には険悪なムードが流れ……。

七代目火影･ナルトによって、カワキの身柄は木ノ葉隠れの里へと移された。意識を失って倒れたカワキだが、そんなカワキを幼い頃の“悪夢”が苦しめる――。 幼い頃、父親からひどい暴力を受けながらも、必死で生きていたカワキのもとに、ある日、ひとりの人物が現れた。その人物こそ「殻」のリーダー･ジゲンだったが、この出会いによってカワキは、さらなる苦しみを味わうことになるのである。

大ケガを負ったまま先端技術研究所から逃げ出したカワキ。“竜胆 (りゅうたん) ”の研究所を出て繁華街へと辿り着いたカワキは、消耗した体力と空腹を補うため、何とかして食べ物を手に入れようとしていた。そこに、カワキの行方を探していたスミレが”鵺 (ぬえ) ”とともに現れる。スミレは傷ついたカワキのからだを心配するが、カワキは相変わらず敵意をむき出しにしたまま。そんなカワキにスミレは、自身の身の上について話し始める。

ボルトたちが、再び気を失ったカワキを連れ先端技術研究所へと戻って来た。手当てを受けることになったカワキを、研究所で働くスミレが親切に世話するが、カワキはそんなスミレにも敵意を見せ、ついには研究所からの脱走を企てる。一方、一足先に里に帰った木ノ葉丸から今回の任務の報告を受けた七代目火影･ナルトは、カワキと「殻」の関係が気になり、直接カワキから話を聞くため自ら先端技術研究所に赴くことを決める。

「器」と呼ばれる少年･カワキを連れ帰ろうとする「殻」のアウター、我婁 (ガロウ) とカワキの戦いが始まった。全身に科学忍具を装着した我婁と、様々な形状に変化する自らの腕を使いこなすカワキの戦いを呆然と見つめるボルトたち。激しい戦いが続く中、すでに消耗していたカワキは徐々におされてゆき、ついには捕らえられしまう。だがそのとき、カワキのからだに異変が!? そして、これに“共鳴”するかのようにボルトの身にも再び異変が起き……!?

ボルトの身に起きた異変に興味を持った居士が一旦撤退。何とかその場をしのぎ切ったボルトたちが里に帰る途中、気を失って倒れている謎の少年･カワキを見つけた。その掌にボルトと同じような奇妙な“印”があるカワキの素性が気になるボルトたち。だが目覚めたカワキは敵意をむき出しにし、一触即発の状態に。慌てたボルトがとっさに自身の掌の“印”を見せ、これを見たカワキの言葉から、それが「楔 (カーマ)」と呼ばれるものだと知ることになる。

青との戦いを終えたボルトたちの前に、「殻」のメンバー果心居士が現れた。“封印術”でボルトたちを拘束した居士は、任務遂行のために全員を葬り去ろうとするが、木ノ葉丸が術を解き一対一の戦いに突入。激闘の末、切り札の螺旋丸を繰り出す木ノ葉丸に対し、なぜか居士も螺旋丸を使って術を相殺。限られた者しか使えないはずの螺旋丸を使う相手に驚く中、居士の次の攻撃によって木ノ葉丸は絶体絶命の状況に追い込まれてしまう。この危機を目にし、ボルトの掌の“印”に、突然、異変が起きる!!

互いに決着をつけようとする第七班と青の戦いが始まった。第七班は連携し、澱みない攻撃を仕掛けるものの、もともとが手練れな上に科学忍具を巧みに使う青を倒すのは簡単なことではない。これに対抗するためボルトも科学忍具を利用。やっとのことで追い詰めたかに見えたが、青にはさらなる奥の手があった。“忍 (しのび) ”であった己を捨て、“科学忍具”という新たな力に溺れる青に対し、あくまでも“忍者”として“己の力”で戦うことを選ぶボルトたち。果たして戦いの行方は!?

敵対することになった青の攻撃から逃れるため、捨て身の戦法に出たムギノのおかげでその場から撤退することができたボルトたち。だが、目の前で起こった様々なできごとにショックを隠し切れないでいた。そんなボルトたちにカタスケがさらに衝撃的な告白をする。一方、取り逃がしたボルトたちを探す青の前には、「殻」のメンバーのひとり、果心居士 (かしん こじ) が現れる。心の中を探るかのような居士の言葉に青は?

任務中に消息を絶った木ノ葉丸とムギノの捜索のため、第七班が、カタスケや”忍犬 (にんけん) ”の茶丸 (ちゃまる) とともに通信が途絶えた場所へとやって来た。ボルトたちはそこで謎の傀儡たちに襲われることなる。高度な科学忍具と思われる傀儡を相手にカタスケも科学忍具で対抗。傀儡が再び動き出さないようにしたボルトたちは、茶丸の案内で木ノ葉丸とムギノの居場所を突き止めることができた。そんな一同の前に、かつて霧隠れ (きりがくれ) の里の忍者であった青が現れる。

ボルトたち第七班が、護衛任務の対象者であるカタスケとともに、“先端技術研究所”にやってきた。ボルトたちはそこで懐かしい人物と出会うことになる。 無事に任務を終え帰ろうとするボルト。ところが任務には続きがあり、ボルトたちは開発中の科学忍具のテストに協力することになる。はじめは不満顔だったボルトだがテストに協力するうちにその気持ちに変化が起き……? そんな中、火影から、新たに緊急の任務が第七班に言い渡される。

中忍試験のあと現場復帰したカタスケが、火影に呼ばれてやってきた。その姿を見たボルトは、試験のときのことを思い出し腹立たしい気持ちになるが、そんなボルトに、第七班としてサラダやミツキとともに「カタスケの護衛と科学忍具の輸送をする」という任務が言い渡される。気に入らないながらも任務についたボルトは、目的地に向かう雷車 (らいしゃ) の中で、カタスケの知り合いだという元･忍者、青と出会う。――その頃、謎の墜落事故現場を調査中の木ノ葉丸とムギノには危険が迫っていた。

「殻」の悲願達成に必要な “器”を移送中の飛行船が消息を絶ち、急遽、「内陣 (インナー)」と呼ばれる「殻」の中枢メンバーによる会合が開かれた。目論見は外れさらに、移送責任者として追及されたヴィクタは弁明するも、リーダーのジゲンは一蹴。計画は変更となり、ついに「殻」が本格的に動き出す! 一方その頃、木ノ葉隠れの里では、謎の墜落事故の調査を進める傍ら、“あるもの”を使った試験のため、観客の前で、七代目火影･ナルトとボルト父子による“忍組手 (しのびくみて) ”の対戦が始まろうとしていた。自らの成長を見てもらおうと本気で勝つつもりで父に挑むボルトだが……!?

木ノ葉丸が急な任務で里を離れることになり、それが終わるまでの間、第七班の任務は、ボルト、サラダ、ミツキの三人だけで行うことになった。そんな中、ひょんなことから街で偶然ムギノと出会ったボルトは、ムギノに誘われ、彼の自宅に行くことになる。あまりにもオンボロな上に、殺風景な部屋の様子に呆れるボルト。だがそんなボルトにムギノは、なぜ自分がこの部屋に住んでいるのかを話し始める。

父のナルトから、谷の国での任務の功績をほめられただけでなく、褒美として、直接手合わせすることを約束してもらったボルトはうれしくて仕方がない。 一方、謎の組織「殻」の内部で、彼らにとって重要な「器 (うつわ)」と呼ばれるものに関する計画が次の段階へと進みつつあった。しかし、自らの野望を持つヴィクタは、「殻」のリーダーであるジゲンやほかの中枢メンバーに本性がバレないように気を配りながらも内心焦っていた。そして、自身のからだの限界が近いことを痛感し、何としても野望を達成しようと新たな策を講じることにする。

多大な犠牲が出た“第四次忍界大戦 (だいよじ にんかいたいせん) ”の殉職者たちを偲ぶ慰霊祭が行われることになり、多くの関係者が集まった。そこには、最後まで任務を全うし、残った者に未来を託して散った父たち、奈良シカクと山中いのいちを想うシカマルといのもいた。果たして父は、本当に自分を信じてくれていたのか……? そんな中、かつて、五代目水影 (みずかげ) ･メイの側近をしていた青 (アオ) が木ノ葉隠れの里を訪れる。青は前の大戦の折、シカクたちとともに、破壊された“忍連合軍 (しのびれんごうぐん) ”の本部にいた者のうちで、ただひとりの生き残りだった。

優れた感知能力を使い、これまで里への出入りを管理してきた“山中一族”を中心に新たな感知システムが作られることになり、新システム導入のための試験が行われることになった。感知能力の高さを評価されたいのじんは“探索班”として、ボルトとシカダイは“侵入者役”として、それぞれ試験に参加する。最初は簡単に考えていたいのじんだったが、侵入者役のチャクラをうまく追跡できず、山中一族でありながら期待にこたえられないことに落ち込むが……?

木ノ葉丸たちの報告から、「殻」には「外陣 (アウター)」と呼ばれる外部協力者がおり、密かに“忍び五大国 (しのびごだいこく)”の中にまで入り込んでいる可能性があることがわかった。報告を聞いたナルトは、里の安全のためにも人々の出入りを厳しく規制するべきだという意見も出る中、“火影”として里を守る責任を感じながらも決断を下せずいた。そんなナルトが、偶然見かけた、ボルトら若い下忍 (げにん) たちの姿から大切なことを思い出し……?

ボルトたちと引き離され、ヴィクタと戦う木ノ葉丸は、その場に現れた人物と思いがけず共闘することになる。だが、ヴィクタが使う“自己再生術 (じこさいせいじゅつ) ”によって相手に決定的なダメージを与えられず苦戦する。 一方、ボルトとサラダは、今度こそディーパを倒そうと戦いを挑むも、やはりディーパは手強く、修業によって以前よりも力をつけたはずのふたりの攻撃もまったく通用しない。それでも何とかして突破口を見出したいふたりだが……!?

ヴィクタの研究施設で起きた異変に気付いたボルトとサラダが、急いで現場に駆け付けた。そこで目にしたのは、付近にいる人間たちのチャクラを奪いながら成長してゆくおぞましい植物だった。驚きながらも木ノ葉丸と合流したふたりは、協力して植物の暴走を止めようとするが、チャクラを奪うべくすさまじい勢いで枝を伸ばし襲い掛かってくる植物に翻弄されることになる。さらに、そんなボルトたちの前にディーパが現れ……!? 一度は敗北を喫した相手との再戦が始まる!!