カワキを加えた“が、“水の“で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務につくことになった。アカデミーの修学旅行以来の水の国訪問ということで、そのとき友達になった“霧隠れ (きりがくれ) の里”の忍者･枸橘 (からたち) かぐらと会うことが楽しみなボルト。そのかぐらは現在、最新鋭設備を備えた刑務所で所長をしており、ボルトは任務の合間を縫って早速かぐらに会いに行くことにする。 だが、華やかな式典の影で、水の国に恨みを持つとある一族が密かに動き始めていた。

デンキを隊長に第五班が、鉱山用の“自律型傀儡 (くぐつ) ”を“水の国 (みず の くに) ”にある鉱山の島まで搬送し、試運転や動作データの解析をする任務を行うことになった。緊張しながらもチームメイトのイワベエやメタルと協力して任務に取りかかる隊長･デンキ。ところが体力のないデンキは力のいる作業などではあまり役に立たず、鉱山の関係者からは本当に忍者なのかと呆れられる始末で……。 果たしてデンキは忍者としての面目を取り戻し、無事に、隊長として任務を遂行できるのか!?

旅の商人が強盗に襲われる事件が起き、調査のため事件現場へとやってきたワサビ、なみだ、ツバキの第十五班。ツバキはそこで、故郷“鉄の国 (てつ の くに) ”の“侍 (さむらい) ”が関わっていると思われる痕跡を見つける。さらにその痕跡からひとりの人物に思い当たったツバキは動揺を隠せない。なぜならその人物こそ、かつて尊敬し、ともに刀の腕を磨き合い、競い合った兄弟子であり、ツバキとの間にある因縁を持つ相手だった。

謎の忍者に襲われチョウチョウが負傷。モズクが大切に持ち歩いていた荷物が奪われてしまった。これがただの護衛任務ではなく、忍者に狙われる危険な任務だと悟った隊長のシカダイは一旦里に引き返すことを決断。しかし、故郷の人々を救うために託された荷物を何としても取り戻したいモズクのことを思うカワキは、シカダイの命令を無視してモズクとともにあとを追う。 奇妙な術を使う強敵にたったひとりで立ち向かうカワキは、護衛対象のモズクを護り抜き、故郷･凪の国に無事送り届けることができるのか!?

下忍の資格を得るための試験がうまくいかなかったカワキは、“忍 (しのび) ”としてのルールや仲間との関係になじめない自分は忍者に向いていないのではないかと思い始める。そんなカワキに七代目火影から、最後のチャンスとして、シカダイ、チョウチョウとともに“凪の国 (なぎ の くに) ”から来たモズクを護衛し、故郷に送り届ける任務が言い渡される。果たしてカワキは今度こそ仲間と協力し、任務をやり遂げることができるのか!? 一方その頃、別の任務についていたボルトたち第七班は、その最中、変装した忍者と思われる人物たちとすれ違ったことで嫌な予感を覚える。

カワキが“下忍”になるため、通常行われている“忍者学校 (アカデミー) ”の卒業試験とは異なる特別な試験を受けることになった。それは最低難易度である“Dランク任務”が遂行可能であれば同等の資格が与えられるというもの。早速、追加メンバーとして各班の任務に加わることになったカワキだが、性格に難があり、チームワークを無視して勝手に行動するカワキはチームメイトを困らせ、任務を混乱させるハメとなる。

サラダを隊長に今後は、ボルト、ミツキとの3人で任務を行うことになった第七班。木ノ葉丸 (このはまる) がいない任務になることに少しの寂しさを感じる3人だが、そんな中、木ノ葉丸とともに任務に出ていたミライが瀕死の状態で里に戻って来る。簡単なものであったはずの今回の任務だったが、意識を取り戻したミライから当初の予定とは状況が変わったことが報告され、急遽木ノ葉丸のもとに援軍を送ることが決まる。その援軍に名乗りを上げたのは第七班だった。

最終試験となる個人戦の勝者が続々と決まってゆき、試合も残すところあとわずかとなった。ところがいまだにボルトとミツキは会場に現れない。このままではふたりとも“失格”になってしまうと焦るサラダだが……? そんな中、試合はデンキVSツバキの対戦へ。忍者とは戦い方の異なる侍であり、実力のあるツバキを相手に自ら開発した科学忍具をひっさげ試合に臨むデンキ。“科学忍具使いVS侍”―― 異色の対戦カードの幕が開く!

実戦形式で行われる最終試験は、お互いに全力を出し合って戦う好勝負が続いていた。そしてサラダVSチョウチョウの試合が始まる。今回、中忍試験に挑んだ下忍たちはもちろん、ナルトに誘われて会場を訪れたカワキや、“砂隠れ (すながくれ) の里”から見学に来たシンキたちも注目する中、“本気の勝負”を約束したふたり。その戦いはほぼ互角で、誰もが息をのんで試合を見つめる。 実力伯仲の親友対決の勝敗はいかに!?

最終試験、今度の試合はイワベエVSワサビ。 互いに負けん気が強く普段はぶつかり合うことが多いふたりだが、どういうわけか珍しく元気のないワサビに困惑するイワベエ。実はワサビは、これまで実績の乏しかった“伊豆野 (いずの) 一族”の代表としてその期待を一身に背負い、プレッシャーに押しつぶされそうになっていたのだ。自らの実力の限界を勝手に決めて諦めているワサビに腹を立てたイワベエは……? この試合、勝利の女神はどちらに微笑むのか?

いよいよ始まった最終試験。実戦形式の個人戦の第一試合はいのじんVSホウキ。ホウキたち第二十五班は、同期の中では珍しくこれまで“暗部 (あんぶ)”の任務に関わってきた。それ故、手の内が分からない中、いのじんは開始早々から得意の術“超獣偽画 (ちゅうじゅうぎが)”をうまく使いホウキを追い詰めてゆく。ところが、チャンスをうかがっていたホウキの術によっていきなり相手の居場所を見失ってしまい形成逆転。果たして勝つのは……!? その頃、最終試験を受けるはずのボルトとミツキは、試験会場に向かう途中で怪しい人物たちを見かけそのあとを追っていた。

中忍試験の最終試験が実戦形式の個人戦だと発表された。前回は最終試験まで残れなかったボルトの同期の下忍たちも今回は多数残っており、それぞれ強い決意のもと最後の準備に取り掛かる。実績上位の第七班、第十班 (だいじっぱん) のメンバーはもちろん、スミレが抜けたことにもめげず任務に励んでいた第十五班のワサビ、さらに、試験のルールが変わったことで“自作”の”科学忍具 (かがくにんぐ」) ”の使用も許可され、開発と調整に余念のないデンキや“鉄の国 (てつ の くに) ”から留学中の“侍 (さむらい) ”、ツバキなど、新たな強敵もそろう最終試験。 白熱の戦いがまもなく幕を開ける!

七代目火影 (ほかげ) ･ナルトの提案で、木ノ葉隠れ (このはがくれ) の里の“下忍 (げにん) ”を対象とした“中忍試験”が行われることになった。この試験には、イッシキの襲撃で不安になっている里の人々を元気づける目的もあり、ボルトや同期の下忍たち、ほかにも、それぞれ次の目標に向かって“中忍 (ちゅうにん) ”昇格を目指す下忍たちが大勢集結。これまでチームメイトとともに数々の任務をこなしてきた経験と、積み重ねてきた修業の成果を見せようと誰もが気合十分で試験に挑む。 果たして、念願の中忍への昇格を果たすのは!?

大筒木一族に楔 (カーマ) を刻まれた者が、徐々に心とからだを乗っ取られてゆく“大筒木化 (おおつつきか)”――。深刻な状況にあるボルトの大筒木化と、「殻」の幹部･コードの動向について話し合うため、七代目火影･ナルトの呼びかけで五影会談が開かれる。その中で、ボルトの大筒木化が更に進み、いずれイッシキ並みの脅威となった場合には打つ手がなくなるのではないかとのことが問題になり、我愛羅からは「お前に我が子を討つ覚悟があるのか?」と問われるナルト。これに対しナルトが、火影として、ボルトの父として、下す決断とは……?

イッシキとの戦いを終え、ボルトたちが里へと帰還した。ボルトたちの活躍で里の安全は守られたものの、ボルトは戦いの最中、再びモモシキに意識を乗っ取られてしまったことに強い恐怖を感じていた。そんな中アマドから新たな情報として、「殻」のリーダーだったジゲンの忠実な僕 (しもべ) であり、ジゲンを超える力を持つ幹部･コードのことが語られる。 そしてその頃、「殻」が所有する “十尾 (じゅうび) ”の尾獣の幼体を監視していたコードの前には!?

イッシキとの戦いで疲弊したナルトたちの前で、突然ボルトがサスケを攻撃。モモシキに意識を乗っ取られたボルトが敵として立ちはだかった。ボルトの意識を取り戻そうと必死で呼びかけるカワキ。しかしその声は届かない。そんな中サスケから、ボルトの意識を取り戻すための方法を告げられたカワキは、ボルトを救うべく、覚えたての忍術を使った一か八かの策に出る! そんなカワキたちの死闘を横目に、ついに力尽きたナルトは、朦朧とする意識の中、九喇嘛とともに静かに昔の思い出について語り合っていた――。

激闘も空しくイッシキに追い詰められるナルトとサスケ。状況を打開するため、ボルトも決死の駆け引きを試みるも失敗に終わり、もはや打つ手はないと思われた。そのとき、ナルトが凄まじいチャクラを発しながら立ち上がった。九尾の尾獣･九喇嘛曰く「究極の奥の手」であり、大きな代償と引き換えに強大な力を得たナルトが、イッシキへの反撃を開始。イッシキを圧倒し、形勢は大きく逆転する。ところが土壇場で何かに気づいたイッシキの策略より、その場に木ノ葉隠れの里にいたはずのカワキが……!?

決戦のため、ボルトがイッシキを異空間へと引きずり込み、それを追ってナルトとサスケも異空間へと姿を消した。 異次元の強さを持つイッシキから、カワキと里を守るための戦いはボルトたち3人にゆだねられ、里に残された者たちは、3人の無事の帰還を祈ることしか出来ない。そんな中、アマドがカワキやシカマルたちの前で、「ボルトこそがこの戦いのカギを握っている」と口にする。 果たしてその言葉の意味とは!?

ついに正体を現したイッシキが、自身の新たな“器”となるカワキを手に入れるため木ノ葉隠れの里を襲撃。人知を超えた存在である大筒木一族に唯一対抗できる者として、ナルトとサスケが迎え撃つ準備を進める。そんな中、いてもたってもいられないボルトは、父のナルトや師のサスケとともに戦いたいと考えるが、一方で、楔 (カーマ) を刻まれた自分が、「再びモモシキに意識を乗っ取られることになったら……」という不安にも駆られていた。 そして決戦の火蓋は、一足先にイッシキと接触したナルトによって切られることになる!

「殻」のアジトにて果心居士とジゲンの戦いが始まった。ジゲンが大筒木一族としての力を取り戻せば、その絶大なる力に対し成す術がなくなってしまう。そうなる前にジゲンのからだを乗っ取ったイッシキの本体を引きずり出し倒すため、綿密に策を練り、次々と術を仕掛ける居士。アマドが使う道具を通し、木ノ葉隠れの里でナルトたちがこの戦いを見守る中、居士の策が功を奏し、ついに最強最悪の敵･大筒木イッシキが姿を現した! 同時にナルトたちは、カワキの楔 (カーマ) に起きた衝撃の現象を目にすることになる。

木ノ葉隠れの里への亡命の見返りとして、アマドから知っている情報を聞くことになった七代目火影･ナルトやシカマルたち。アマドは自身が果心居士と結託し、「殻」のリーダー･ジゲンを欺いていたことを告げると、ジゲンの本当の姿が遠い昔、大筒木カグヤとともにこの地にやって来た者･大筒木イッシキであることや、ボルトやカワキを悩ます楔 (カーマ) がどのようなものであるのかなどについて語り始める。そしてそれらの情報から明かされる“大筒木一族”とは!?

「殻」の主要メンバーで“研究開発技術部”を取り仕切っていたアマドが、シカダイを人質にとり、木ノ葉隠れの里への亡命を求めてきた。アマドは亡命の見返りに知っている情報の提供を約束。信用できない相手ではあるものの、シカダイの命がかかっていることもあり火影自らが交渉に応じることになる。一方「殻」のアジトでは果心居士とジゲンが対峙。それぞれが互いの本心を探ろうと思案を巡らせていた。

何者かによって、木ノ葉隠れの里の忍者たちのデータが盗まれる事件が起きた。里の感知システムに異常がなかったことから、内部にスパイが紛れ込んでいる可能性もあると考え、里では警戒を強めるが、その犯人こそ、里に潜入中の果心居士だった。そんな中、事件の話を聞き、シカダイ、チョウチョウ、いのじんが独自に犯人の追跡を開始。その途中3人は、やはり独自に事件を追っていたカカシと出会い、協力して追跡を続けるのだが、カカシでさえも「手練れ」と認める居士に振り回されることになる。

これまでジゲンら「殻」の幹部と接触があったにもかかわらず、いまだに組織の詳細をつかめていない木ノ葉隠れの里。そんな中ボルトたちが戦ったボロが、大筒木一族の術“無限月読 (むげんつくよみ) ”による救済を求める教団の教祖だったことがわかり、「殻」との関係を探るため、木ノ葉丸とサイに教団内部への潜入任務が下る。ふたりはそこで、ボロに選ばれ“神”のもとで働く弟が、数年ぶりで帰ってくるという女性と出会う。ところが、どういうわけか女性の弟は帰って来られなくなり……!?

カワキは、ボルトや自分自身の身に起こった異変への恐怖、そして、思った以上に楔 (カーマ) が危険なものであることを実感し、「殻」がつけ狙う自分がいることで、木ノ葉隠れの里がさらに大きな危機にさらされると思い始める。これまで親切にしてくれたうずまき家の人々や、仲良くなった里の仲間たちをこれ以上危ない目に遭わせたくないカワキは思い悩むが、そんなカワキが偶然、おかしな行動をとるヒマワリの姿を目にして……?

新生第七班の攻撃で大きなダメージを受け、怒り狂うボロの反撃で再び全滅の危機に陥ったボルトたち。ところがボロの攻撃で気を失ったボルトの意識を乗っ取り、突然、大筒木一族のモモシキが甦る! そして、驚くサラダ、ミツキ、カワキの前で凄まじい力を見せつけるのだった。こうして死闘の末、何とかナルトを救出し里へと帰ることができたボルトたち。だが、ボルト本人には記憶がないものの、戦いの最中にボルトの身に起こった異変に不安を募らせるサラダとミツキから話を聞いたサスケは!?

新生第七班の渾身の攻撃がボロを捉え、反撃は成功したかと思われた。だがボロは、バケモノじみた自らの再生能力を使って復活してしまう。ミツキの機転でボロが放出する“黒いモヤ”から身を守れるようにはなったものの、高い戦闘能力と不死身のからだを持つボロを倒す方法が見つからない。そんな中カワキは、ボロの再生能力を封じる唯一の方法をサラダに伝え、仲間とともに勝負に打って出る!!

ボルトとカワキの楔 (カーマ) を使った“時空間忍術”で、ナルトが連れ去られた異空間へと辿り着いたボルト、サラダ、ミツキ、カワキの4人。そこでは、ナルトを封印した椀型の柩を監視する「殻」のボロが待ち構えていた。ナルトを救出するため、ボロに次々と攻撃をしかけるも、ボルトたちは、からだの自由を奪う謎の“黒いモヤ”を放出するボロに追い込まれてゆく。状況を打破するため一時撤退した4人は、新たにカワキを加え、サラダを隊長とした四人一組 (フォーマンセル) による“新生第七班”を結成。反撃を開始する!!

突然現れた敵とともに、里長である七代目火影･ナルトが姿を消し、事態を重く見た火影の補佐役･シカマルが部下を連れてうずまき家を訪れた。カワキが「殻」のスパイである可能性を捨てきれないシカマルは、ナルトの失踪時にそばにいたカワキを疑い、しばらくの間、結界内で軟禁することを決める。しかし、カワキとすっかり打ち解けていたボルトは、シカマルの態度に腹を立て反発する。そんな中、譲られた義手を通して、自身とナルトを繋ぐチャクラを感じ取ったカワキは!?

ジゲンの能力によって異空間に連れ去られたナルトの前にサスケが現れた。ジゲンを「ヤバイ野郎」と呼び、この場で何が何でも倒さなければならない相手だと言うサスケ。ナルトとサスケはジゲンを倒すために協力し合い激闘を繰り広げるが、高い戦闘能力を誇り、不可解な術を使うジゲンに苦戦する。一方、自身の楔 (カーマ) の異変から嫌な予感を覚えたボルトは、ミツキとともに急いで自宅に帰るが、そこには、連れ去られたナルトの身を案じるカワキとサラダがいた。