“ゆうもうポケモン”ウォーグルを運んでいるプラズマ団団員たち。だがそこに、弱るウォーグルを運び出すために、トラックに飛び込むNの姿が...。背中を切りつけられたNは、崖下に転落してしまう。

サトシたちはサンギ牧場でエリーと“ライトポケモン”デンリュウ、“わたげポケモン”メリープたちと出会う。言うことを聞いてくれないデンリュウに認めてもらうため、エリーはかみなりパンチを習得しようとする。

サンギタウンにやって来たサトシたち。突然、目つきのおかしい“きのこポケモン”モロバレルたちから襲われてしまった。さらに、町の天文台に怪しい人々がいることを聞いたサトシたちは、早速向かうことに。

新しくジムが開設されたというヒオウギシティに到着したサトシたち。ジムリーダー・チェレンのもとへ向かった先には、なぜか学校が...。そんななか、キバゴはサトシたちのもとを離れ、放送室の機材で遊んでいたが...。

カノコタウンから船で旅立ったサトシたちは、伝説と呼ばれしポケモン・レシラムにまつわる白の遺跡を目指す。ヒオウギシティに向かう船旅の途中、サトシたちはポケモンの心の声が聞こえるという青年・Nと出会う。

カノコタウンのアララギ博士のもとへ向かうサトシたちは、その途中で新人トレーナー・ノノミと出会う。とっても慎重な性格で、道の真ん中でおどおどしていたノノミを励まして、サトシたちは研究所を訪れる。

サトシとコテツの4回戦は混戦を極めていた。何とコテツの相棒・リオルが“はどうポケモン”ルカリオに進化した。ルカリオの技は格段にパワーアップ!さらに新技を覚えていて、サトシとツタージャを追い込むが...。

4回戦に進んだサトシは、コテツと6対6のフルバトル!サトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む。そして、コテツの最後のとりでは“はもんポケモン”リオル。リオルとのコンビネーションは抜群だったが...。

白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会。ついに3回戦へと駒を進めたサトシの相手は何とケニヤン!お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、技を互いに予想し、バトルに挑む。

イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウはキバゴがいないことに気づく。キバゴは漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまった。

大激戦が続くイッシュリーグ予備戦。サトシのピカチュウVSシューティーのジャローダが対決!ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、ピカチュウは大ピンチに陥る。

ついにイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。無事に大会へのエントリーを済ませ、それぞれの宿舎へ戻ろうと歩いていると、遅刻しないように3日も前から待機していたコテツとリオルがおり...。

サトシたちは岩で塞がれている道を無理やり通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、青年・バージルとエーフィに助けられる。バージルは父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。

ソウリュウシティに到着し、ジムリーダー・シャガとバトルをすることになったアイリス。バトルに向けて気合十分のアイリスは、心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、気持ちを奮い立たせる。

サトシたちは旅の途中、アイリスの故郷・竜の里に立ち寄ることに。再会したショウブが育てているジヘッド2体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんのほうはなぜか元気がないという...。

旅を続けるサトシたち。突然、ウォーグルとモグリュー、そのトレーナーのソラン&リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた!2体はコンビネーション抜群の合体技を繰り出し...。

イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。森の中で、花園歌劇団のマヤとチラチーノ、ミズキとドレディア、シオンとロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。

ロケット団によって海底の神殿にとらわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。サカキはトルネロス、ボルトロス、ランドロス、伝説の3体を使ってイッシュ地方を制圧しようとたくらんでいたのだった...。

シロナの別荘で特訓中のサトシたち。その時、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年・ラリーとゴルーグが攻撃を仕掛けてきた!とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。

イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたちは、森の中で喧嘩をしているワシボンとバルチャイと出会う。するとそこにポケモン保育園の新米保育士・レイラ先生が現れ...。

ジュニアカップの会場で出会った少年・コテツに付き合ってセイガイハジムへ行くことになったサトシたち。しかし、サトシとコテツはデントたちとはぐれてしまう。コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着し...。

ポケモンワールドトーナメントジュニアカップで優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル!万全の体制で挑むシューティー。対するアデクはチャンピオンとして、堂々と全てを受け止める。

ついに準決勝を迎えたポケモンワールドトーナメントジュニアカップ!サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここに来てようやくカイリューとの息もあってきたアイリスは、順調に技を仕掛けていく。

熱闘が続くポケモンワールドトーナメントジュニアカップ!アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリのマンムーと2回戦でバトル!だが、アイリスとカイリューのコンビネーションはうまくいかず...。

ついにポケモンワールドトーナメントジュニアカップが開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができる。第1回戦はアイリスのカイリューVSドラゴンバスター・ラングレーのツンベアー!

シロナの別荘で朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。

サトシたちはクリスという少年と出会う。クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったという。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。そして、デントは森の中で怪しい足跡を発見し...。

サザナミタウン・シロナの別荘で、特訓に明け暮れるサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ行くことに。しかし、洞窟でイワークに襲われる。

サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した!どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。

サトシたちはタチワキシティへ行くことに。すると、何とそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う!シロナはカゴメタウンで開かれるポケモンワールドトーナメントに参加する予定だという。