サトシ・デントと別れ、キバゴと共にフスベタウンにやってきたアイリス。目的はフスベジムのイブキとのポケモンバトル。街に到着すると“りくザメポケモン”フカマルと気持ちが通じあうことができ、仲良しになる。

サトシ・アイリスと別れ、ヤナップと共にジョウト地方へとやってきていたデントは、とある湖で釣りをしていた。するとギャラドスが釣り上げられ、早速ゲットを試みるものの、バトルに負けてしまう。

デコロラ諸島を巡る旅はついにカントー地方・クチバシティに到着したことで終わった。同時に、それはアイリス・デントとの別れでもあり、3人は夢に向かって旅立っていった。サトシはパンジーとマサラタウンへ帰る。

デコロラ諸島を巡る船旅もいよいよ終わりに近づいていた。サトシたちがカントーに到着する前に、ピカチュウたちをゲットしようと目論んでいたロケット団。何と巨大バルーンで客船を空中に浮かばせ、船内は大混乱に。

ガンリュウ島に到着したサトシたち。そこに現れたユキノオーにヤナップはデントと拾いにいった木の実を分けてあげようと近づくが、突然攻撃を受けてしまう。ちょうどその時、デントの兄弟ポッド・コーンが合流し...。

草原でのんびりとピクニックをしながら過ごしていたサトシたち。そんななか、アイリスのちょっとした誤解でエモンガが怒られる。ふてくされながら滑空をしているとロケット団に遭遇。ポケモンバトルになるが...。

サトシたちはパンジーと共に、とある島のポケモンセンターを訪れる。取材の記事をまとめるパンジーに代わり、ゴーゴートの様子を見ることに。そんななか、ゴーゴートのところにこの島の少年・トニーが現れ...。

デコロラ諸島のとある島に到着したサトシたちは、美しいほうき星“ウッデート彗星”を観測するためにパンジーと共に山の頂上へ向かう。そこで、ウッデートがバトルを繰り広げていたバトルフィールドの遺跡を発見。

サトシたちは、洞窟に住むポケモンたちに会うため、洞窟島に降り立ち、イブキとの再会を果たす。イブキはこの島に「色ちがいのクリムガン」をゲットしにきたのだが、途中でカイリューとはぐれてしまったという。

ヤシ島に到着したサトシたちは、パンジーから“ポケモンにまつわる伝説のお宝”が近くの無人島に隠されていると聞く。そして、パンジーが見つけた「お宝の隠された暗号」を頼りに、サトシたちは宝探しを進めていく。

ミノリ島に到着したサトシたちは、道の途中でポケモンルポライターのパンジーという女性と出会う。パンジーは“ライドポケモン”ゴーゴート、“はつでんポケモン”エリキテルと共に、カロス地方から取材に来ていた。

ポケモンセンターでオオキナ島での最後の夜を明かしたサトシたち。翌朝、デントもアイリスもキバゴも、顔が“ブレインポケモン”オーベムになっているではないか!さらには、ピカチュウもオーベム顔に!

オオキナ島で旅を続けるサトシたち。とある夜、1000年に7日間だけ目覚めるという“ねがいごとポケモン”ジラーチに出会うが、サトシたちに驚いたジラーチはその場を去ってしまう。そこへ少女・ホリーがやってくる。

デコロラ諸島の中で1番大きなオオキナ島に到着したサトシたち。そこで“つちへびポケモン”ノコッチに遭遇!早速ゲットしようとバトルを挑むも、いやなおとの攻撃を受けた拍子にアイリスの頭の花飾りを壊し...。

ワタリ島にやってきたサトシたちは“さなぎポケモン”トランセルの群れが“ちょうちょポケモン”バタフリーに進化する瞬間に立ち会う。感動するサトシたちの前に、一体の“いもむしポケモン”キャタピーが現れる。

デコロラ汽船の食糧庫から高級な食料を奪おうとしているロケット団。そこへ“おおあごポケモン”アリゲイツと“ふんしゃポケモン”オクタン、“みずうさぎポケモン”マリルリがやってきて、食料を横取りしてしまう。

サトシたちは、ポケモン研究の第一人者であるオーキド博士と合流するため“プラズマポケモン”ロトムが多く生息するムトロ島へ。博士は「ロトムのフォルムチェンジ」に関する論文を書くために、この島を訪れていた。

サトシたちは、数十年前に巨大ポケモンの噂がマホラ本島であったという手掛かりを掴み、早速噂の離れ小島へ行く。そこには大きな“アリクイポケモン”クイタランが!さらに、クイタランの攻撃で森が炎に包まれ...。

ホタチキング決定戦が行われるホタチ島に到着したサトシたち。ホタチキングの栄冠に輝いた者は金のホタチをプレゼント&ミジュカちゃんのパートナーになれる。ミジュカに一目惚れしたミジュマルは全力で優勝を狙う。

船上のバトル大会・マリンカップトーナメントに出場するサトシたち。大会終了後には有名な宝石コレクター・リップルのコレクションが披露されるという。デントは、チョロネコを連れたあの人かと恐怖に慄く。

デコロラ諸島を旅するサトシたちは、ハニー島へ到着。船着き場で上陸記念のくじ引きを引いたサトシに特別賞が大当たり。観光局のガイド3人と共に、ハニーミツお菓子工場へ向かうが、そこは何とロケット団だった!

プラズマ団との死闘を終えたサトシたち。アララギ博士の研究所で一休みをし、カントー地方・マサラタウンへ帰還を決めたサトシだった。そして、アイリス、デントもサトシと共にカントー地方へ向かうことを決める。

ついに伝説と呼ばれしポケモン・レシラムが復活した。さらにゲーチスはアクロマに指示を出し、レシラムをコントロールすることに成功。Nの必死の叫びもむなしく、レシラムは闇雲にクロスフレイムを放ちまくる。

遺跡の底で、ポケモンに対する思いを互いにぶつけあうNとサトシ。そんななか、Nは遺跡の外で聞こえていたポケモンの声が聞こえなくなったと焦る。一方、外では博士、アイリス、デントがプラズマ団に捕まってしまう。

サトシたちはリュウラセンの塔の前までたどりついた。白の遺跡に到着したサトシたちはアララギ博士の父と共に早速遺跡の内部へ。そして、博士がその封印を解いた瞬間、ライトストーンは激しい光に包まれる!

プラズマ団のアジトで不敵な笑みを浮かべ対峙する、科学者・アクロマとロケット団のニャース。ニャースは「アクロマの研究者としての力をロケット団のために使わないか?」と、アクロマを言葉巧みに誘う。

霧が晴れると、そこにはヘレナ、バーベナという女性と、“ほうようポケモン”サーナイト、“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れた。泉に浸されるN。すると、体に光をまといみるみる傷が癒えていく。

サトシたちとNはとある街を訪れる。その街では、プラズマ団がマシンでポケモンを操る実験をしていた。そんななか、マシンの光線を浴びた“あごオノポケモン”オノノクスが暴走を始め、街が一時封鎖される大騒ぎに!

カントー地方を紹介するカントーフェアにやって来たサトシたち。特設ステージでは、“とかげポケモン”ヒトカゲが元気にご挨拶をしている。サトシは自分の“かえんポケモン”リザードンのことを思い出す。

タチワキシティに到着したサトシたち。遠くで煙が上がっていたので行って見ると、ポケモン湾岸救助隊の、“しゅぎょうポケモン”フタチマル、“ふゆうポケモン”プルリルらと救助隊隊長のヒロトが訓練を行っていた。