「時の記念日」。花時計や時計台、世界の標準時を示す電子時計など、世界各地で珍しい時計が盗まれてしまう。さらに世界の標準時を示す電子時計に予備があることに気づくガイスター。「世界に1つしかない時計だからこそ宝」と、他の時計をすべて使えなくすることにしたプテラガイストは時計博物館に取付けたマシンから怪電波を発する……。

都市機能を管理するエリアルコンピュータが連続で盗まれた。生活の全てがコンピュータの制御で成り立っていた街は、あらゆる都市機能が狂ってしまい、パニックに! 盗難現場を目撃した徳田が現われ、「犯人は恐竜ロボットだ」とパパの書斎で特ダネの原稿を書き出すが、自動ロックが故障し書斎に閉じ込められてしまう。

見かけはポンコツのレースカーだが、優れたテクニックで疾走するコトミの従兄、俊太郎。彼は今度出場するレースの優勝を狙っていた。しかし、タクミのパパのチームはそのレースに世界最高のレースカー「ベルニーニ」を用意。そのオーナーとしてタクミは「この車はレース界の宝」と豪語するが、その報道をダイナガイストにも目撃されてしまう。

街の中央にある公園の噴水から怪電波が発せられた。睡眠中だったコウタは、部屋で明かりが点いたり、音楽が流れだしたりと起こされてしまう。工事現場では無人の重機が勝手に作動したり、停止不能になったりと街中に騒音や振動が溢れ出していた。そのせいで夜も眠れなかった人々は昼間ひどい睡魔に襲われ……。

コウタのパパから母を「花の万博2001」に招待するよう休みを与えられた徳田。しかしその約束に遅れてしまい母に手厳しく叱られてしまう。機嫌を直してもらおうと「お母さんは僕の宝、国の宝です」と必死になだめる徳田の姿をガイスターが発見する。

星川家は富士山の麓へキャンプに訪れていた。はしゃぐコウタ達を見て、エクスカイザーは大自然こそ地球の宝だと感じる。だが、噴火しているうたたね山は富士山と同じ火山帯であり、富士山もその影響を受けないとは限らない。それを知ったダイノガイストは連敗の鬱憤を晴らすべく、富士山を大爆発させるよう指示を出す。

コトミへの誕生日プレゼントにケーキを作ることにしたコウタ。だが、なかなか上手にできず失敗を繰り返した結果、家の小麦粉を使い切ってしまう。その時、全国の小麦粉が何者かに盗まれ、日本から小麦粉が消えたとのニュースが報じられた。こんな事ができるのはガイスターしかいないと思ったコウタとエクスカイザーは小麦粉を探しに出動する!

楠木村遺跡の発見記念行事に招待されたコウタたちのクラスは、そこで劇を披露することになった。監督のタクミはなかなかセリフを憶えられないコウタにプレッシャーをかける。一方、楠木村遺跡では記念行事を前に黄金の棺が発見され、さらに注目が集まってしまう。

プロ野球開幕直前、ホームラン世界記録を目前にした東京ガンバルズの清野選手は、ファンにとって最高の宝物になるだろうと、世界記録のホームランボールは拾った人にプレゼントするという。開幕戦の日、清野選手のホームランボールを絶対取るとコウタはやる気まんまんで臨む!

つまらないものばかり盗んでくるガイスター四将にダイノガイストは怒りを爆発させていた。言い争いの末、全ての責任を押しつけられたアーマーガイストがひとり彷徨い辿り着いたのは、天神山大仏公園。重要文化財の国内最大級大仏が満開の桜にかこまれた風景は「国の宝」とまで称えられた桜の名所だった。

デモンストレーションのためにやってくる最新鋭の超音速旅客機コンドル。その見学に、行けることになったコウタ達は大騒ぎ。その頃、ガイスター達もコンドルの話題で盛り上がっており、ダイノガイストはコンドル強奪指令を発令する。

100年の歴史を持つ遊園地スターランド。しかしハイテク化に乗り遅れて、残り1か月で閉園することに。そこはコウタやコトミだけではなく、パパがママにプロポーズした大切な場所でもあり、みんな残念でならない…。更には、その夜スターランドの観覧車やジェットコースターなどの乗り物が姿を消える事件が発生する。

海底火山の噴火のために休止していた観光潜水艦。その運行が再開されることになるも、なんとコース上で沈没船が発見された。それは300年以上前の海賊船と思われる船で、宝物を積んだままではないかと騒がれる。コウタはパパから観光潜水艦の乗船チケットをもらいコトミを誘う。

毎回事件に遭遇しながらも写真が撮れないため、記事をボツにされ続ける徳田。それでもメゲない彼の元気の源はドリンク剤である。テレビでドリンク剤のCMを見たガイスター達は「飲めばパワーアップできる」モノとして狙いを定めた。

コウタとタクミは玩具のロケットで打ち上げ勝負をするが、両者失敗で引き分けに終わる。立派なロケットを持ちながら引き分けになり、悔しむタクミは火星探査ロケットの打ち上げ見学にコトミを誘う。しかし彼女の一言でコウタも参加できることに!

電気が盗まれたために各地で停電騒ぎが起こる。ブルーレイカーやコウタからの報告で事件を知ったエクスカイザーは、ドリルマックスに送電線の調査を指令。ドリルマックスは電気を盗む装置を発見し破壊するが、アーマーガイストを取り逃がしてしまう。

テレビを見て「お宝」探しをするダイノガイストは明日開通する超特急リニアモーターカーを盗みだせという指令を部下に下す。出発したリニアモーターカーに遅れて上空に出現したプテラガイストは、駅を破壊して去って行った。テレビを見ていたコウタはガイスターが現われたことをエクスカイザーに知らせる!

宇宙では善と悪の生命体が常に戦い続けていた。悪の生命体･宇宙海賊ガイスターは、新たに「お宝」を強奪する星を地球に定めた。そしてそれを追跡する6つの光、宇宙警察カイザースだった。一方その夜、朝日台に住む星川コウタは明日の遠足の天気を気にして外をのぞくと、流れ星が自宅のガレージに舞い降りたのを目撃する。