【最終話】エリシオとの戦いから1年。メンバーたちはそれぞれの夢に向かっていて、いちか以外のみんなのキラパティ最後の日が来ました。実はいちかにもやりたいことがあって、そのためにはペコリンたちとお別れしなければならず、言い出せずに悩んでいたのですが…。

ペコリンのおかげで、大好きという気持ちを取り戻したプリキュアたち。それを見たエリシオは、ルミエルとノワールの力で変身。みんなの応援を受けて、プリキュアがエリシオを追い詰めると、エリシオは地球ごとみんなを自分の体の中に閉じ込めてしまいました。

エリシオの力で世界は大好きも大嫌いもない空っぽの世界になってしまいます。でも、ペコリンと長老はその影響を受けずに済みました。ペコリンは、空っぽになったいちかたちに“大好きな気持ち”を思い出してもらおうとしますが、グレイブに捕まりピンチに!

みんなは大好きな夢に向かって歩き始めたのに、自分だけ夢が見つからないことを不安に思ういちか。いちかのお誕生日会の日、現れたエリシオそっくりの男。それは、今までエリシオを操っていたノワールの本当の姿だったのです。

ゆかりの提案で、キラキラパティスリーでクリスマスパーティーを開くことになりました。ゆかりはマカロンの作り方を教えて欲しいとシエルに頼み、できあがったマカロンは今まで以上に美味しかったのですが、ゆかりの行動にはある決断が隠されていました…。

みくの病気を治すため、研究者になりたいと願うあきら。しかしそれを聞いたみくに、絶対ダメだといわれ、あきらは戸惑います。そしてその夜、みくが病院からいなくなってしまって…!?

臆病な自分を変えたいと思ったひまりは、スイーツ番組のアシスタントオーディションに参加しました。その応援のために、テレビ局へ来たいちかたち。スイーツへのこだわりが強すぎて失敗したひまりをいちかたちが慰めていると、突然スタジオにエリシオが現れ…。

ミサキと対バンライブをすることになったあおいのバンド。でも、リーダーの園部がバンドを抜けることになり、悩むあおい。そんなあおいを元気づけようと、いちかたちはパジャマパーティを開きます。あおいはライブを成功させることができるのでしょうか?

商店街のお店のキラキラルが奪われ、商店街の人たちは、リオがキラキラルを奪ったと思い、シエルに文句を言いに来ます。今までやってきたことを後悔し、自分を責めるリオ。どうしていいか悩むシエルに、みんなは心のこもったワッフルづくりをすすめます。

プリキュアたちのピンチにリオが駆けつけ、闇に染まった街を元に戻す方法を教えてくれました。それは街でスイーツを作ってキラキラルで満たすこと。リオとビブリーがグレイブを引きつけている間に、街でスイーツを完成させようとしたプリキュアでしたが…。

いちご山に妖精のみんなを集めて妖精大会議を開き、いちかたちはノワールの闇に対抗するため、キラキラルのこもったスイーツの作り方を妖精たちに教えることになりました。その頃、グレイブは、ディアブルの力を使っていちご坂商店街を闇に染めてしまいます!

夢の中でルミエルと出会ったペコリンは、そのキラキラルの力で人間になりました。人間になったペコリンは大喜び、いちかたちのためにお買い物に行くことになりました。でも、ペコリンが心配ないちかたちは、隠れて見守ることに…。

キラキラパティスリーに、パリでシエルをパティシエとして育て上げたソレーヌが現れ、シエルをパリに連れて帰ると言い出します。パリで開かれるコンテストに、シエルを出場させるつもりのようで、それはシエルがパティシエとして羽ばたく良い機会なのですが…。

いちご坂大運動会の季節がやって来ました。いちかとあきらは、一緒に中いちご坂チーム。そして、スポーツ万能のあきらは全種目に出場することになりました。運動会当日、期待通り、様々な種目で一等賞を取るあきら。でも、あきらの様子がいつもと違っていて…。

お父さんの代わりにスイーツの新作発表会に参加することになったあおい。ひまりは、あおいと一緒に発表会に行くことになりましたが、いつもと違う雰囲気に動揺します。堂々とお父さんの代理として挨拶するあおいを見て、ひまりは落ち込んでしまいますが…。

ゆかりとクリスタルアニマルの頭がぶつかり、心が入れ替わってしまいました。でも、そのまま猫として街へ遊びに行ったゆかりは、街の猫たちからボスになって欲しいと頼まれました。いちご山の水場をめぐって、猫と妖精たちが争うようになってしまったのです。

キラキラルクリーマーから生まれたクリスタルアニマルと遊ぶいちかたち。闇の支配から逃れたビブリーとも仲良くなって、一緒にスイーツを作ります。そんな時、ノワールの魔獣ディアブルにキラキラルを奪われた人たちがケンカをしているのを目にします。

6つの結晶が動物の形になった理由を知りたいと、いちご山の地下洞窟にいたいちかたちは、結晶の力で昔のいちご坂町に運ばれました。そこでは昔のプリキュア、ルミエルが、時代の闇により暗い雰囲気だったいちご坂にスイーツで明るい笑顔を取り戻そうしていました。

外国で働いているいちかのお母さんが帰ってきました。久しぶりに家族で一緒に楽しい時間を過ごすいちか。でも、お母さんに渡す約束のケーキが上手くできません。時間がないと困り果てるいちか。キラリンは、いちかの気持ちに問題があると言うのですが…。

あきらとゆかりの通ういちご野高校の文化祭で、実行委員長で忙しいあきらの代わりに、いちかたちはあきらの妹みくと遊ぶことになりましたが、張り切りすぎたみくが体調をくずしてしまい、心配なあきら。そんな時、エリシオがあきらを狙ってきました。

前よりも仲良くなったゆかりとあきら。でもゆかりは、いつも笑顔で誰にでもやさしいあきらのようになれないことを悩んでいました。そんな時、ゆかりはおばあちゃんに抹茶のスイーツを作って欲しいと頼まれ、いちかたちの協力で抹茶マカロンを作るのですが…。

キラキラパティスリーにひまりの愛読書『スイーツの科学』の作者･立花ゆう先生が訪ねてきました。ひまりにスイーツの科学大実験の助手を頼みに来たのです。スイーツの科学大実験の日、緊張しながらも立花先生を助けて、助手の仕事をガンバるひまりですが…。

あおいのバンドが野外フェスに出場することになりました。そのフェスには憧れているミサキも出演したのですが、二つのステージで同じ時間に歌うことになってしまいました。不安な気持ちを抑えてステージで歌うあおいですが、見てくれる観客は少なく…。

いちかたちは、キラキラルで作った浮き袋で海に浮かべたキラキラパティスリーでお昼寝していたのですが、気がつくと、キラパティは無人島に漂着。浮き輪が壊れて帰れないので、いちかたちはスイーツを作ってキラキラルを集めるため、無人島で食材を探します。

スイーツの国と呼ばれているコンフェイト公国のナタ王子がいちご坂にやって来ました。そのナタ王子がゆかりに一目惚れします。どうしても姫として国に連れて帰りたいと言うナタ王子に、ゆかりはあきらとの勝負に勝てば、一緒に国へ行ってもいいと言い出して…。

ピカリオは傷を癒すため、深い眠りにつき、プリキュアになったシエルは、いちかたちのクラスに転校してきました。数学やスポーツでも大活躍で、すぐにみんなの人気者になります。でも、お昼休みの直前、突然キラリンの姿に戻ってしまい…。

闇の呪縛から解き放たれたピカリオ。でも、キラリンへの憎しみを忘れることができません。ピカリオがキラキラルのこもったスイーツを作ることができなくなったことを知ってショックを受けるシエル。その隙をついてノワールが、シエルを自分の手下にしようと…。

ジュリオはキラリンの双子の弟、ピカリオだったのです。ジュリオの攻撃で洞窟に落ち、そこでキラリンはパリでの修業中に突然行方不明になったピカリオを探しに帰ってきたことを告白しました。そこにジュリオが現れ、なぜ姿を消したのか語り始めます。

いちご山に戻ってきた妖精たちとパーティをしようと、いちかはみんなでスイーツを作ります。出来上がったムースケーキを前に笑顔になるみんな。そこへ何故かシエルが現れます。ビックリするみんなの前で、シエルは本当の姿に変わりました。

商店街のPR動画のため、シエルの一日密着取材をすることになったいちかたち。ハチミツ農家に行くというシエルに同行します。ハチミツ農家に着いたシエルは、美味しいハチミツに合うパンケーキを作ることになり、いちかも一緒に作ることになるのですが…。