父に背き、捕らわれた朱美と里穂子たちを助けた玲司は、地下組織のアジトにやってきた。だが、組織メンバーの風当たりは強い。玲司は、父を説得に行くことを決意するが、それを追う風助たちを、レイラ少佐の術で操られたメンバーが襲う。

賞金稼ぎに狙われた風助たちとはぐれた里穂子とヒロユキは、偶然紛れ込んだ屋敷で、町長の息子･玲司と出会う。同じ頃、風助たちは、玲司の幼なじみ･朱美率いる反帝国軍の地下組織に助けられていた。

とある村で昔の仲間･赤雷と再会する風助たち。赤雷は、風水の谷への道案内をしていた一族の伝承者･梅千代の世話になっていた。アジラダの副官･ラムダは、風水の谷への道を聞き出そうと梅千代を捕らえる。

雷鳴拳使いたちを倒した風助たちの前に、アジラダが姿を現した。雷鳴拳師範代の実力を持つアジラダは、ガウニー開発の戦闘スーツを身につけ、三人を翻弄する。だがその時、雷鳴拳の力の源、雷のパワーが下がり始めた。

度重なる忍空抹殺失敗に、アジラダはついに自らの出撃を決意し、ガウニーは里穂子を人質に、罠を仕掛けた洞窟に忍空たちをおびきよせる。洞窟に入った風助たちは、雷鳴拳を使う男たちに襲われ……。

海辺の町に着いた風助たちは、父のあとを継いでマリンパークを再開させようと考えている少年･潮と、イルカのクックと出会い、手助けすることに。そんな中、アジラダの部下ガウニー博士が、風助たちを研究の実験体にしようと現れる。

麒麟と対峙する藍朓、自力で脱出した橙次、そして風助がそろった。三人はムダな戦いをやめようとするが、麒麟は忍空狼狼長としての使命を果たすため、自殺技とも言える「忍影腹の術」を自らにかけるのだった。

風助に忍空狼たちをまかせ、捕らわれた橙次救出に向かう藍朓に、忍空狼狼長･麒麟が襲いかかる。麒麟は、かなりの使い手であるにもかかわらず、藍朓にとどめを刺すことができない。実は、その正体は、元･酉忍隊副隊長･浜地だったのだ。

空の旅の最中、突如襲撃された風助たち。被弾したヒンデンブルグ号の不時着を橙次にまかせ、森に降り立った風助たちだが敵に囲まれてしまう。バサラ大佐の放った刺客「忍空狼」の力は干支忍をしのぐほどで、風助たちは苦戦する。

「龍神の森」とよばれる森に墜落した風助たちは、そこで自然を愛する老人と出会う。だが、そこへ、アジラダの兵たちが現れ執拗な攻撃を仕掛けてきた。老人は風助たちに「自然を愛する心があれば自然は必ず味方してくれる」と、湖にある抜け穴のことを教える。

いつものように飛行機を墜落させ、仲間から愛想を尽かされた橙次は、晴香と大空の姉弟に出会う。強くて頼りになる橙次を尊敬した大空は、姉とむりやり結婚しようとしている大男「風神の龍」から姉を守ってくれと言う。

風助たちは、ある村で青吉というウソつき少年と出会う。青吉は、乱暴者の喧太に殴られるのがイヤで、ウソをついては金を盗み、それを渡していた。そんな青吉を誰もが信じない中で、風助だけは彼を信じ、かばうのだった。

エンストした橙次の飛行機から落ちた風助とヒロユキは、ひょんなことからホテルでアルバイトをすることになった。風助は、そこで戦争に行った恋人を待ちつづける緑という女性と知り合うが、緑はシラタという金持ちの息子につきまとわれていた。

風助たちを襲ったのは、忍空の総師･麗朱の実弟･聖紫の部下だった。聖紫は、麗朱が戦争を放棄した理由、そして、黄純が心を閉ざした理由を話し、「強くなるために、大自然の中に龍を見つけ出せ」と教えるのだった。

風助と橙次たちが合流し、「忍空の里」にたどり着いた一行。だがそこで里穂子が何者かにさらわれてしまう。里穂子を探す三人は、突如襲ってきた謎の黒覆面の男たちに追いつめられ、忍空の里、最大の難所「苦狼門」に追い込まれる。

風助を殺せば生き別れの息子と会わせてやる。隊長からそう言われた沙也香は、風助を殺そうとするが、屈託のない風助の姿に決心を鈍らせていた。そこへ追手のくノ一部隊が現れる。風助は、沙也香を連れて逃げ出すが……。

風助は山道で、熱を出して倒れていた沙也香という女性を助け、看病をする。元気になった沙也香は、風助に生き別れの息子を重ね、風助もまた彼女を母のように慕う。しかし、帝国軍くノ一部隊の一員である沙也香は、隊長から風助抹殺を命じられる。

空腹のため行き倒れた風助とヒロユキを助けたのは、戦時中、目の前で母親を殺されたショックで口を聞かなくなった少女･結花と、兄･朱利だった。風助たちは兄妹の父親の牧場で世話になるが、そんな中、チンピラに結花がさらわれる。

アジラダの要塞城で、帝国軍バサラ大佐となった元･干支忍の黄純と再会した風助たち。風助たちを仲間に引き入れようとする黄純に納得できない三人は戦いを挑む。だが黄純は、この三年間に信じられないほど忍空力を上げていた。

バサラ精鋭隊の生き残りから聞いた、アジラダ大佐のいる拠点を目指し砂漠を進む風助たち。たどり着いた要塞城は帝国軍の開発した陸上戦艦だった。風助たちは、激しい攻撃をかいくぐり城に侵入するが……。

自分をかばい敵の銃弾に倒れたマザーに、ショックを受ける風助。干支忍が本気で戦う決意をした時にだけその体から出るという勝身煙が、その体を包みこむ。遅れて駆けつけた橙次と藍朓も加わり、バサラ精鋭隊との決戦が始まる。

カゼをひいた風助は、戦争で親を亡くした子供たちが暮らす「心の家」に泊めてもらうが、そこに忍空を狙う帝国軍･バサラ大佐の精鋭部隊が襲いかかる。マザーや子供たちに迷惑がかからぬよう、風助は必死になって敵の攻撃に耐えるが……。

元忍空組で里穂子の兄･橙次が帝国軍に寝返った?! 驚く風助たちだが、実は橙次は軍に紛れ込み、忍空狩りを指揮する幹部を探り出そうとしていたのだ。やっとのことでアジラダ大佐の名を聞き出す橙次。だが、それを知った大隊長は、忍空たちを抹殺しようとする。

軍政府の食料搾取に苦しむこの村では、軍が村人の忍空狩りを奨励していた。村を訪れた風助は、農家の三兄弟につかまった元仲間の藍朓を助け出すが、駐屯所所長のリーが三兄弟を人質に忍空たちをおびき出そうとする。

幼い頃、謎の男にさらわれた母を探す風助は、友だちのペンギン･ヒロユキと旅をする途中、パン屋の娘･美香と仲良くなる。そんな中、美香が、ニセ忍空の辰巳にさらわれる。彼女を助けに向かった風助は、そこで橙次の妹･里穂子に出会うのだった。