銭形がルパン捜査を解任され、元雇兵のキース･ヘイトンが後任となった。一方ルパンは今度の標的を密売企業ショットシェルの貯蔵金に決定。接触するためにはロシアの原潜イワノフとその操縦にロシアの核物理学者カレン女史が必要だった。ショットシェルから彼女を助け出すがカレンは過去に次元と因縁があった。そんな中ショットシェルのボス、ジョン･クローズからイワノフへ入電。ジョンの目的は世界規模の戦争を起こさせ、利潤を得ることにあった。その頃、実はジョンの秘密社員であるキースの魔手が、別地にいる五ェ門たちへ迫っていた…!