ダンがブラジルへ旅立つ日がやってきた。空の下で開かれた最後の授業で、ジョーはプラムフィールドを出る子供たちへの想いを伝える・・・。

暴れ馬だったチャーリーがローリーのもとへ引き取られてゆく姿を笑顔で見送る事ができなかったナンは、ダンが笑顔で見送ることができるのはチャーリーの未来を考えているからだと知る。自分も同じようにダンとトミーを見送ろうと決意するナンだった。

大好きなプラムフィールドを出ることをトミーとダンはずっと悩んでいた。そんな時、プラムフィールドにダンを預かってくれていたページがやって来る。ページは子供たちに未来への可能性を語り、トミーとダンは自分たちの将来に希望を持つのだった。

子供たちが将来を考えるようになり、ダンもプラムフィールドの外の世界に憧れ始めた。ナンはダンにプラムフィールドから出ていかないように約束させようとする。また、トミーにもボストンの学校へ通うよう父から連絡があった・・・。

ダンはレスリングでもかけっこでも誰にも負けることがなく、自分の力を発散することができずにもやもやしていた。そんな時、ローリーがプラムフィールドにチャーリーという暴れ馬をつれてやってきた。

ジョンが心臓の病気で亡くなり、医者になろうとしていたナンはひどく傷つく。ナンは風邪をひいてしまい、吹雪の中をたったひとりで外へ出かけて行方がわからなくなってしまう・・・。

ブルック家のジョンが心臓発作で倒れ、深夜プラムフィールドにやってきた使者と一緒にジョーとデミ、デーズィはブルック家に戻る。ナンたちは、ジョーとベアの留守をなんとか自分たちで乗り切った・・・。

デミとデーズィの誕生日パーティーがブルック家で開かれ、まだ一度も行ったことがないナン、ナット、ダンの三人が招かれることになった。トミーもパーティーに加わって、パーティーは盛り上がる。

ダンから教わった薬草でみんなのケガや病気を治すことに一生懸命になるナン。ナンは医者になりたいという夢を持つようになる。ジョーはそんなナンの気持ちを大切にし、正しい知識を身につけてもらおうと家庭の医学の本をプレゼントする・・・。

プラムフィールドにジャックが帰ってきた。ジャックはもう一度プラムフィールドでやり直したいと思っていたが、みんなはどうしてもジャックに声をかけることができなかった。

ジョーとベアの結婚式の写真を羨ましそうに眺めるデーズィ。両想いのはずのナットとデーズィはお互いの事を好きと言う事ができず、気まずくなってしまう。ナンはそんな二人を見て、仲直りさせようとナットとデーズィの結婚式を開こうと計画する。

ナンはトミーたちが作った秘密基地で集まり、紳士クラブの仲間に入れてもらえず怒っていた。女性の参政権が認められない事に怒っていたジョーは、ナンに協力して野球で男の子と女の子の対決をすることになった。

プラムフィールドを飛び出し、何もなかったかのように帰ってきたダン。その翌朝、納屋でトミーのお金が見つかりナットの疑いがはれた。そして、ダンがローリーからもらった本を5ドルで売っていた事がわかった。そしてダンは自分が犯人だったと名乗る・・・。

一週間たってもトミーのお金を盗んだ犯人は名乗らなかった。犯人扱いされ苦しむナットを面白がって、ついにネッドは、犯人はダンではないかと言い出す。ナットを侮辱したネッドに腹を立てたダンはネッドを池に放り投げてしまう。

トミーが貯金箱に貯めたお金が誰かに盗まれてしまう。貯金箱の隠し場所を知っているナットが犯人だと疑われる。ベアは犯人が名乗り出るまで、この事件の事を口にしないようにと注意するが・・・。

ようやくベッドを出られるようになったダンを祝ってパーティーを開くことになった。駆けつけたローリーはダンに図鑑を贈り、みんなで博物館を作ってはどうかと提案する。そして、動物や植物に詳しいダンは館長に選ばれる。

ナンたちはダンの帰りをみんなで喜ぶ。ダンがページのもとで学んだ博物学の知識はみんなを感心させた。しかし、ダンは火事の一件以来ベアに謝れずにいた・・・。

ページの家からダンがいなくなったという知らせがジョーのもとに届く。ある晩、ジョーがテディに本を読んで聞かせていると、テディが窓の外にダンの姿を見たと言い出す。ジョーはテディと庭を確認するがダンの姿はどこにもなかった。

ダンが世話になっているページからプラムフィールドへ手紙が届く。手紙にはダンが植物や動物に興味を持ち始めたことや、生物学の本に夢中になっている事が書かれていた。ダンは次第にページに気を許すようになっていた。

ナットの成長を喜ぶジョーとベアだったが、ナットが嘘をつく癖を心配していた。ベアは、ナットの癖を直そうと嘘をつく度にベアを打つことを約束させる。

自分たちの将来を話すナンたち。それぞれの夢を話す中、ナンは機関車の助手になりたいと言ってみんなに笑われる。女の子にはできない夢だと馬鹿にされたナンは、意地でも機関車に乗ると言い出す。

ナンとデーズィはトミー、ナット、デミの三人を舞踏会に招待する。しかし、トミーはお菓子を食べるだけ食べて逃げ出そうと計画し、舞踏会を台無しにしてしまう。罰としてジョーは男の子たちに女の子と口をきかないようにといいつける。

太る一方のスタッフィを心配し、みんなで協力して運動させようとするが、スタッフィは母のシルビアにいじめられていると嘘の手紙を書く。心配したシルビアはプラムフィールドからスタッフィを連れて帰ろうとする。

火事からトミーとデミを助け出したダン。ナンはダンをかばいベアを説得しようとするが、ベアはダンを友人のページに預ける事にする。ジョーはプラムフィールドから離れてしまうダンにいつでも戻っていいと言い聞かせる・・・。

ダンもプラムフィールドでの生活に慣れてきた。ある日、ダンはベアの留守中にトミーとナットと三人で秘密のパーティーを開く。しかしポーカーの最中、デミに見つかりそうになったトミーは葉巻をとっさにベッドの下に隠す・・・。

無駄話をしたことからダンとトミーは牧場の柵直しをすることになったが、ダンは柵直しを途中でやめて釣りに行く。ダンたちは思いつきで始めた闘牛ごっこで、ベアの大切にしているバタカップを傷つけてしまう。

凧遊びに入れてもらえないテディを見て、ナンは凧を作ってあげようとする。ナンは凧作りをダンに手伝ってもらおうとするがケンカになってしまう。イライラしたナンはテディに冷たく接してしまい、テディは落ち込んでしまう。

プラムフィールドになじめず、反抗的な態度をとりつづけるダン。ジョーはそんなダンのため教科書を選ぶが、ダンは大人を信じることができずジョーが選んでくれた教科書を破いてしまう・・・。

プラムフィールドでのダンの乱暴な態度を心配し、なんとか説得をしようとするナット。ベア先生もダンに協調性を持つよう話すがダンの態度はまったく変わらなかった。しかし、ジョー先生はダンにわずかな希望を感じ、あきらめようとはしなかった。

ナットとナンはローリーに連れられてボストンの音楽会へ行く。ボストンの町でナンはダンという少年に出会う。ダンは昔ナットがボストンに住んでいた時の友達だった。しかし、ナンはダンの乱暴な態度が好きになれなかった。