「ケンシロウ様なら、ほんとうにKINGの軍団を打ち破り、人々を解放できるのでしょうか？」（テムジナ） ジーナの村を出て、KINGの軍団のタイヤ跡をたどるケンシロウ一行だったが、砂嵐に足止めされる。その頃サザンクロスでは、サキの兄テムジナが、救世主と信じるケンシロウを導くために脱走していた。ジーナの村にガレッキー率いるゴールドウルフ軍団が迫ったことを知り、村へと急ぐケンシロウ。そこにブラックバード軍団の小型ヘリ部隊が襲撃をかけてきた！さらにゴールドウルフ軍団の『南斗人間砲弾』が空から降り注ぐ！！

ジーナの村を出て、KINGの軍団のタイヤ跡をたどるケンシロウ一行だったが、砂嵐に足止めされる。その頃サザンクロスでは、サキの兄テムジナが救世主と信じるケンシロウを導くために脱走していた。ジーナの村にガレッキー率いるゴールドウルフ軍団が迫ったことを知り、村へと急ぐケンシロウ。そこにブラックバード軍団が…! さらにゴールドウルフ軍団の「南斗人間砲弾」が空から降り注ぐ!!

「おまえはこのサザンクロスの地には一歩たりとも足を踏み入れることはできぬ！」（シン） 大将軍バルコムの号令でKING軍団の全軍が出撃し、砂漠の村にいたケンシロウたちにウルフの軍団が襲撃をかけてきた。ウルフは巨大なハンマークレーン車や改造ショベルカーで建物もろとも村人を虐殺し、火炎放射器を使ってケンシロウを攻撃する。さらに、ゴラス率いるサンダー軍団が乱入、バットとリンを人質に取ってケンシロウを広い荒野に誘い出す。メンバー全員が元レーサーというサンダー軍団は、改造戦闘バイクに加え、戦車までも持ち出してきた！

大将軍バルコムの号令でKING軍団の全軍が出撃し、砂漠の村にいたケンシロウたちにウルフの軍団が襲撃をかけてきた。ウルフは巨大なハンマークレーン車や改造ショベルカーで建物もろとも村人を虐殺し、火炎放射器を使ってケンシロウを攻撃する。さらに、改造戦闘バイクに乗っているサンダー軍団が乱入、バットとリンを人質に取ってケンシロウを広い荒野に誘い出す。

「北斗の男ケンシロウを地獄へ葬り去れいっ！」（バルコム） シンの都・サザンクロスに、各地から続々と軍団が集結していた。ヒドラ隊長率いる武装バギー隊、ウルフ隊長率いる荒くれの壊し屋軍団、マハリ隊長のブラックバード隊・・・。全軍の前に立った大将軍バルコムは、これまでのケンシロウとの戦いを振り返り、その力を認めつつも北斗神拳の撃破を宣言する。ユリアはおつきの少女サキから、シンの軍団が七つの傷の男に挑むという話を聞き、ケンシロウとの約束を思い出す・・・。

シンの都･サザンクロスに、各地から続々と軍団が集結していた。ドラ隊長率いる武装バギー隊、ウルフ隊長率いる荒くれの壊し屋軍団…。全軍の前に立った大将軍バルコムは、これまでのケンシロウとの戦いを振り返り、その力を認めつつも北斗神拳の撃破を宣言する。ユリアはおつきの少女サキからシンの軍団が七つの傷の男に挑むという話を聞き、ケンシロウとの約束を思い出す…。

「まあ待て、もっと人数が減ってからだ。そのほうが手間が省けていい」（ケンシロウ） 立ち寄った町で、バットはスネークという凶悪集団のメンバーに因縁をつけられるが、町はずれに住むセラ少年の取りなしで事なきを得た。この町ではジャンクを首領とするスネークと、バロン率いるスコルピオが町の覇権を争って対立していた。ジョーカーは両者に共同戦線を張らせ、打倒ケンシロウを命令する。スコルピオはそれに従うふりをしつつ、ケンシロウと組んでスネーク壊滅と町の支配を企む。スコルピオの甘言に乗ったケンシロウの真意は！？

立ち寄った町でバットはスネークという凶悪集団のメンバーに因縁をつけられるが、町はずれに住むセラ少年の取りなしで事なきを得た。この町ではジャンクを首領とするスネークと、バロン率いるスコルピオが町の覇権を争って対立していた。ジョーカーは両者に共同戦線を張らせ、打倒ケンシロウを命令する。スコルピオはそれに従うふりをしつつ、ケンシロウを利用しスネーク壊滅を企むが…。

「目覚めよ、わがしもべども！七つの傷の男に死を！！」（ザリア） ケンシロウ一行がたどりついたのは不気味な鐘の音が響く町。そこでは食料や水は支配者であるザリア一人の所有物であり、他の人々にはわずかな量が配給されるだけだった。ケンシロウたちはカレンという町娘の家に泊まることになったが、真夜中になって鐘の音が響くと、なぜか町の人々が集団で襲ってきた。どうやら催眠術をかけられているらしい。リンもまた術をかけられて大聖堂に向かった。後を追うケンシロウを、ザリアの卑劣な罠が待ち受ける！

ケンシロウ一行がたどりついたのは不気味な鐘の音が響く町。そこでは食料や水は支配者であるザリア一人の所有物であり、他の人々にはわずかな量が配給されるだけだった。鐘の音が響く真夜中、なぜか町の人々が集団でケンシロウたちを襲ってきた。どうやら催眠術をかけられているらしいが、リンもまた術をかけられて大聖堂に向かう。後を追うケンシロウを、ザリアの卑劣な罠が待ち受ける!

「ケンが悪党に見えるようじゃ、おまえらの目は節穴だぜ」（バット） サザンクロスを目指して南に向かうケンシロウ一行は、たどりついた火山のふもとのオアシスで、村人たちから略奪者と誤解される。その誤解を解いたのはデュラン医師だった。デュランは村人からの信頼を得て共に暮らしていたが、実はKING配下のダンテ部隊からの脱走者で、略奪者として働いていた過去の罪を償うために村人に奉仕していたのだ。そんなデュランをダンテが発見し、村人の命を保証するかわりにケンシロウを暗殺しろと強要してくる！

火山のふもとのオアシスにたどりついたケンシロウ一行は、村人たちから略奪者と誤解される。その誤解を解いたのはデュラン医師だった。デュランは村人からの信頼を得て共に暮らしていたが、実はKING配下のダンテ部隊からの脱走した者で過去の罪を償うために村人に奉仕していたのだ。そんなデュランをダンテが発見し、村人の命を保証するかわりにケンシロウを暗殺しろと強要してくる!

「悪魔を倒すには悪魔だ・・・聞こえるぞ、悪魔の雄叫びが」（ジャッカル） ケンシロウから追われ続けるジャッカルは、KINGの間諜ジョーカーの命令で、ビレニー・プリズン地下特別刑務所に監禁されていたデビル・リバースの封印を解いた。超弩級の肉体を持ち、死刑すら生き延びたデビル・リバースは700人殺しの悪魔の化身と呼ばれ、5000年の歴史を持つ古代インドの殺人拳『羅漢仁王拳』を体得していた。通常の攻撃が通じないデビル・リバースに、ケンシロウは北斗神拳奥義『転龍呼吸法』をもって対抗する！！

ケンシロウから追われ続けるジャッカルはKINGの間諜ジョーカーの命令で、ビレニー･プリズン地下特別刑務所に監禁されていたデビル･リバースの封印を解いた。超弩級の肉体で死刑すら生き延びたデビルは700人殺しの悪魔の化身と呼ばれ、古代インドの殺人拳「羅漢仁王拳」を体得していた。通常の攻撃が通じないデビルにケンシロウは北斗神拳奥義「転龍呼吸法」をもって対抗する!!

「追われる恐怖をじっくりと味わうがいい」（ケンシロウ） 子供をかばって死んだトヨの仇を討つため、ケンシロウはジャッカルを追い、ウォーリアーズのメンバーを次々と倒していく。跳刀地背拳（ちょうとうちはいけん）で隙を突こうとした部隊長のフォックスもケンシロウの敵ではなかった。根城の刑務所跡地『ビレニー・プリズン』に戻ったジャッカルたちだったが、すでに死神と化したケンシロウが待ちかまえていた！恐怖にかられて裏切った子分を始末したジャッカルは、南斗爆殺拳で反撃してくる！！

子供をかばって死んだトヨの仇を討つため、ケンシロウはジャッカルを追い、ウォーリアーズを次々と倒していく。跳刀地背拳の部隊長フォックスもケンシロウの敵ではなかった。根城の刑務所跡地『ビレニー･プリズン』に戻ったジャッカルたちだったが、すでに死神と化したケンシロウが待ちかまえていた! 恐怖にかられて裏切った子分を始末したジャッカルは南斗爆殺拳で反撃してくる!!

「長生きしたくば自分より強い男とは戦わないことだ」（ジャッカル） 廃墟をさまよう幼い少年・タキを救ったケンシロウ。タキはバットと同郷の出身で、井戸が涸れ大人たちが去ったその村では、トヨおばさんが残された子供たちと暮らし、新しい井戸を掘り続けていた。ケンシロウは障害となっていた堅い岩盤を砕き、井戸に水を導く。その情報を得たウォーリアーズの首領・ジャッカルは、直接ケンシロウと対決するのを避け、隙を狙って村に攻め込んできた。子供たちを守るため、トヨはジャッカルに銃を向けるが・・・。

廃墟をさまよう幼い少年･タキを救ったケンシロウ。タキはバットと同郷の出身で、井戸が涸れ大人たちが去ったその村では、トヨおばさんが残された子供たちと暮らし、新しい井戸を掘り続けていた。ケンシロウは障害となっていた堅い岩盤を砕き、井戸に水を導く。その情報を得たウォーリアーズの首領･ジャッカルが隙を狙って村に攻め込んできた。子供たちを守るため、トヨはジャッカルに…。

「人の生き血をすする吸血鬼ども、おまえたちに生きている資格はない！」（ケンシロウ） 部下を失ったパトラは姿を消し、同時に湖は干上がってしまう。その謎を解くため山に向かったケンシロウは、南斗龍神拳の使い手・ドラゴンの居城にたどりつく。湖の水位はそこでコントロールされていたのだ。なぜかケンシロウを歓待するドラゴン。彼は世界を支配するためにケンシロウの力を欲していた。パトラを使って集めた若者たちを奴隷として売りさばき、酒池肉林の快楽にふけるドラゴンに、ケンシロウの怒りが爆発する！

部下を失ったパトラは姿を消し、同時に湖は干上がってしまう。その謎を解くため山に向かったケンシロウは、南斗龍神拳の使い手･ドラゴンの居城にたどりつく。湖の水位はそこでコントロールされていたのだ。世界を支配するためケンシロウの力を欲するドラゴンは彼を歓待する。パトラを使って集めた若者たちを奴隷として売りさばき快楽にふけるドラゴンに、ケンシロウの怒りが爆発する!

「見つけしだい殺せ！これがKING様のご命令なのだ」（パトラ） ユリアを求め再び旅に出たケンシロウたちは、ミカとサムに出会う。二人は村から逃げてきたのだが、親兄弟に連れ戻されてしまう。その村は、湖の所有者である魔女パトラに、水利権として家畜をはじめ若い男女までをも貢いでいたのだ。ミカの弟・ジローの訴えに心を動かされた村長は、ケンシロウにパトラ一味の駆逐を依頼する。それを察知した一味は、ケンシロウ一行の眠る小屋に火を放った！辛くも脱出したケンシロウに蝙蝠（こうもり）拳の空中攻撃が迫る！！

ユリアを求め再び旅に出たケンシロウたちは、ミカとサムに出会う。村から逃げてきた二人は親兄弟に連れ戻されるが、その村は湖の所有者である魔女パトラに、水利権として家畜や若い男女を貢いでいた。ミカの弟の訴え聞き、村長はケンシロウにパトラ一味の駆逐を依頼。一味はケンシロウ一行の眠る小屋に火を放つ! 辛くも脱出したケンシロウに蝙蝠 (こうもり) 拳の空中攻撃が迫る!!

「俺はあらゆる殺人の手段を研究し尽くし、身についている」（カーネル） ゴッド・アーミーの首領カーネルの姿を求め、基地にそびえる塔に入ったケンシロウ。武人像の間、猛獣の間と難なく突破していくが、警備隊のニードル・ナイフ攻撃が迫る！それすらも簡単にしのぎ、カーネルの間に到達したケンシロウが目にしたのは、仇敵シンの肖像画だった。シンこそがゴッド・アーミーの神であり、その命令を受けたカーネルは、超能力によってケンシロウの動きを見切り、殺人ブーメランで攻撃してくる！！

ゴッド･アーミーの首領カーネルを捜し、基地にそびえる塔に入ったケンシロウ。武人像の間、猛獣の間と難なく突破していくが、警備隊のニードル･ナイフ攻撃が迫る! それすらも簡単にしのぎカーネルの間に到達した彼は、仇敵シンの肖像画を目にする。シンこそがゴッド･アーミーの神であり、その命令を受けたカーネルは超能力でケンシロウの動きを見切り、殺人ブーメランで攻撃してくる!!

「俺にしてみれば、レッド・ベレーなど赤子も同然だ」（ケンシロウ） ゴッド・アーミーの新隊長は、町の人間を人質にとってケンシロウを誘い出す。人質となった両親を、その子供の眼前で殺した非道にケンシロウの怒りは凄まじく、部隊を完膚なきまでに叩き潰す。七つの傷の男出現の報を聞いたマッド軍曹は、手段を選ばぬゲリラ戦でケンシロウを捕縛、基地に連行して訓練兵のための生きたサンドバッグとした。しかし、ケンシロウはゴッド・アーミー首領のカーネルを倒すために、わざと捕まったのだ！

ゴッド･アーミーの新隊長は町の人間を人質にとってケンシロウを誘い出す。人質となった両親をその子供の眼前で殺した非道に怒ったケンシロウは、部隊を完膚なきまでに叩き潰す。七つの傷の男出現の報を聞いたマッド軍曹は、ゲリラ戦でケンシロウを捕縛、基地に連行して訓練兵のための生きたサンドバッグとした。 しかし、ケンシロウは首領のカーネルを倒すために、わざと捕まったのだ!

「ここも、やっぱり力が支配する町・・・」（リン） ユリアとともに新しい都・サザンクロスへと移ったシン。それを追うケンシロウ、リン、バット一行は砂漠のなかのオアシスにたどりつく。そこは小さくても活気のある町だったが、町を守ることを名目に略奪を繰り返す『神の軍隊』ゴッド・アーミーに支配されていた。彼らは陸軍の特殊部隊レッド・ベレーの生き残りであり、その首領カーネルは超能力をもつ南斗拳法の使い手だった。ケンシロウはゴッド・アーミーに戦いを挑む！！

ユリアとともに新しい都･サザンクロスへと移ったシン。それを追うケンシロウ、リン、バット一行は砂漠の中のオアシスにたどりつく。そこは小さくても活気のある町だったが、町を守ることを名目に略奪を繰り返す『神の軍隊』ゴッド･アーミーに支配されていた。彼らは陸軍の特殊部隊レッド･ベレーの生き残りであり、その首領カーネルは超能力をもつ南斗拳法の使い手だった。

「おまえと俺との間には致命的な違いがある。それは欲望・・・執念だ！！」（シン） KINGが仇敵のシンだと確信したケンシロウは、一人その居城に向かう。シンは北斗神拳とならぶ暗殺拳・南斗聖拳の使い手であり、1年前に師の教えにそむいてケンシロウと戦い、その恋人ユリアを奪ったのだ。ケンシロウの胸の七つの傷は、シンが行った処刑によってつけられたものだった。ユリアはケンシロウを助けるため、シンを愛することを誓わざるをえなかった。ついにシンの居城にたどりついたケンシロウを、死の罠が待つ！！

KINGが仇敵のシンだと確信したケンシロウは、一人その居城に向かう。シンは北斗神拳とならぶ暗殺拳･南斗聖拳の使い手であり、1年前に師の教えに背いてケンシロウと戦い、恋人ユリアを奪ったのだ。ケンシロウの胸の七つの傷はシンの処刑によるものであり、ユリアはケンシロウを助けるためシンを愛することを誓わざるをえなかった。シンの居城に辿りついたケンシロウを死の罠が待つ!!

「血・・・！痛ぇよぉ、痛ぇよおおおおっ」（ハート） リンを救い出したケンシロウ。バットは三人でドラドの町から逃げ出そうと言うが、まだ数十人の人々が捕らえられたままだった。ケンシロウは奴隷として死ぬまで働かされる運命の彼らを、ブラッディクロスの紋章はためく収容所から解放した。だが、KING配下のハート軍団が追撃してきた。拳法殺しと呼ばれるハートは、武器や通常の拳法技がまったく通じない特殊な肉体をもち、ケンシロウの拳さえ柔らかな腹に飲み込んでしまう！！

リンを救い出したケンシロウ。バットは三人で町から逃げ出そうと言うが、まだ数十人の人々が捕らえられたままだった。ケンシロウは奴隷として死ぬまで働かされる運命の彼らを収容所から解放する。だがKING配下のハート軍団が追撃してきた。拳法殺しと呼ばれるハートは、武器や通常の拳法技がまったく通じない特殊な肉体をもち、ケンシロウの拳さえ柔らかな腹に飲み込んでしまう!!

「ほざけっ、勝負はまだ・・・ひっでっぶ～～～っ」（ダイヤ） バットは護送車に捕らえられたリンを目撃する。ケンシロウの後を追って村を出たのだが、KING一味に捕まってしまったのだ。KINGの部下・ダイヤが支配するドラドの町では、捕らえられた人々は奴隷や慰み物として扱われていた。町に忍びこみ、リンの居所を探すバット。ケンシロウは、大鉄棒をふるう怪力のダイヤと対峙する。さらに、仲間の復讐に燃える鉄の爪の使い手・クラブも迫ってくる。捕らえられたリンの運命は！？

バットは護送車に捕らえられたリンを目撃する。ケンシロウの後を追って村を出たのだが、KING一味に捕まってしまったのだ。KINGの部下･ダイヤが支配するドラドの町では、捕らえられた人々は奴隷や慰み物として扱われていた。町に忍びこみ、リンを捜すバット。ケンシロウは怪力のダイヤと対峙する。さらに鉄の爪の使い手･クラブも迫ってくる。捕らえられたリンの運命は!?

「一子相伝の暗殺拳・北斗神拳の前には、ボウガンの矢など止まった棒にすぎん！」（ケンシロウ） ケンシロウの強さに目をつけたコソ泥の少年・バットは、バギーを作って共に旅立つ。凶暴な武装集団KING一味に襲われていた老人を救ったケンシロウ。しかし、老人が半年をかけて探し出し、自分の村へ持ち帰ろうとしていた種モミを奪われてしまう。バットの作戦で種モミを取り返し、老人を村まで送り届けるが、ケンシロウたちの去ったあと、KING一味のスペードたちが再び襲撃をかけてきた。ケンシロウは村を救うことができるのか！？

ケンシロウの強さに目をつけた少年･バットは、バギーを作って共に旅立つ。凶暴な武装集団KING一味に襲われていた老人を救ったケンシロウ。しかし老人が半年かけて探し出し、自分の村へ持ち帰ろうとしていた種モミを奪われてしまう。バットの作戦で種モミを取り返し、老人を村まで送り届けるが、ケンシロウたちの去ったあと、KING一味のスペードたちが再び襲撃をかけてきた。

「おまえは、もう死んでいる！」（ケンシロウ） 199X年、世界は核の炎につつまれた・・・。荒廃した地上で、それでも人類は生き延びようとしていたが、そこは暴力が支配する恐怖の世界だった。灼熱の砂漠をさまよう一人の男は、たどりついた小さな村でリンという少女に出会う。その村の水と食料をねらって強盗団Z（ジード）が襲ってきた。リンを救うために立ち上がる男、ケンシロウ。その胸には北斗七星をかたどった七つの傷があった！いま、世紀末救世主伝説の幕が上がる！！

199X年、世界は核の炎に包まれた。荒廃した地上で人類は生き延びようとするが、そこは暴力が支配する恐怖の世界だった。灼熱の砂漠をさまよう一人の男は、辿りついた小さな村でリンという少女に出会う。その村の水と食料を狙って強盗団が襲う。リンを救うために立ち上がる男、ケンシロウ。その胸には北斗七星をかたどった七つの傷があった! 今、世紀末救世主伝説の幕が上がる!!