「見ているのだケンシロウ。わたしの死をおまえの糧とするがよい」（トキ） ケンシロウは、病死とされた師父リュウケンが、実はラオウに抹殺されていたことを知る。ラオウの北斗神拳を封じようとして果たせず、力尽きてしまったのだ。トキはケンシロウの秘孔を突いて動きを止め、死を覚悟してラオウとの戦いに臨む。ラオウの闘気を受け流し、呑み込もうとするトキ！ラオウは戦法を変え、トキの足と自分の足を重ねて貫き地面に固定、持久戦でトキが弱るのを待つ。トキの窮地を救うため、ボウガンを撃つマミヤ。だがラオウの二指真空把で、矢はマミヤにはね返ってきた！！

ケンシロウは、病死とされた師父リュウケンが、実はラオウに抹殺されていたことを知る。ラオウの北斗神拳を封じようとして果たせず、力尽きてしまったのだ。トキはケンシロウの秘孔を突いて動きを止め、死を覚悟してラオウとの戦いに臨む。ラオウの闘気を受け流し、呑み込もうとするトキ! ラオウは戦法を変え、トキの足と自分の足を重ねて貫き地面に固定、持久戦でトキが弱るのを待つ。

「おれが恐れたのはただひとつ、トキの拳だけだ！」（ラオウ） レイは南斗究極奥義を見切ったラオウに倒された。到着したケンシロウの闘気を見て、ラオウも馬上のまま勝負に出る。だが、死んだかに見えたレイが意識を取り戻し、二人の勝負を止める。レイはラオウに秘孔を突かれ、あと三日間の命と宣告される。そこにトキが現れるが、彼もまたケンシロウはまだラオウに勝てないと言う。ラオウは、自身の拳に唯一対抗できるトキの拳がケンシロウに伝授されるのを恐れ、その前にかたをつけようとしていたのだった！

レイは南斗究極奥義を見切ったラオウに倒された。到着したケンシロウの闘気を見て、ラオウも馬上のまま勝負に出る。だが、死んだかに見えたレイが意識を取り戻し、二人の勝負を止める。そこにトキが現れるが、彼もまたケンシロウはまだラオウに勝てないと言う。ラオウは、自身の拳に唯一対抗できるトキの拳がケンシロウに伝授されるのを恐れ、その前にかたをつけようとしていたのだった!

「レイ、おれが行くまで待て！ラオウと戦ってはならん！！」（ケンシロウ） 戦う意志を持ったアイリに安心し、侵攻隊隊長を倒したレイ。だが、拳王自らが村に乗りこんでくる。その姿を見たとたん、リンは震えが止まらなくなる。必死で戦いを止めるリンの声をふりきり、ラオウに挑むレイ。アイリを救出し、自分に人間の心を取り戻させてくれたケンシロウたちの恩に報いるため、ラオウを倒そうというのだ。ラオウが身にまとう闘気に恐るべき力を感じ取ったレイは、命をかけて南斗究極奥義・断己相殺拳を繰り出す！！

戦う意志を持ったアイリに安心し、侵攻隊隊長を倒したレイ。だが、拳王自らが村に乗りこんでくる。その姿を見たとたん、リンは震えが止まらなくなる。必死で戦いを止めるリンの声をふりきり、ラオウに挑むレイ。アイリを救出し、自分に人間の心を取り戻させてくれたケンシロウたちの恩に報いるため、ラオウを倒そうというのだ。レイは、命をかけて南斗究極奥義･断己相殺拳を繰り出す!!

「わたしは昨日までのわたしじゃない。リンちゃんに戦うことを教えてもらったの」（アイリ） リンを救い、拳王侵攻隊を倒してゆくレイ。侵攻隊隊長はレイの弱点であるアイリを探すよう命令する。一方、徒歩で村へと向かうケンシロウ、トキ、マミヤの三人は、道沿いの小さな店で休もうとするが、店番の老婆や客の老人たちに変装した拳王特殊部隊の攻撃を受ける。さらに拳王の本隊が村へと向かっているのを知り、ケンシロウ一人が先に村へと急ぐことになった。村では、隠れていたアイリが自ら侵攻隊の前に進み出ていた！！

リンを救い、拳王侵攻隊を倒してゆくレイ。侵攻隊隊長はレイの弱点であるアイリを探すよう命令する。一方、徒歩で村へと向かうケンシロウ、トキ、マミヤは、道沿いの小さな店で休もうとするが、客に変装した拳王特殊部隊の攻撃を受ける。さらに拳王の本隊が村へと向かっているのを知り、ケンシロウ一人が先に村へと急ぐ。村では、隠れていたアイリが自ら侵攻隊の前に進み出ていた!!

「許さねえ・・・、てめえら・・・てめえらの血は、何色だあっ！！」（レイ） 拳王侵攻隊がリンたちのいる村を襲った。反抗する村人を惨殺し、村に火を放つ侵攻隊。ボウガンで撃たれたバットは傷つきながらも村を脱出、ケンシロウに危機を知らせようとする。一人で村へと急ぐレイは、傷ついたバットと出会って村の窮状を知らされる。その頃、降伏した村人たちは侵攻隊隊長に迫られ、拳王への忠誠の誓いとして紋章の焼き印を自らに押していた。しかしアイリをかくまって捕まったリンは、決然と焼き印を拒否する！！

拳王侵攻隊がリンたちのいる村を襲った。村人を惨殺し、村に火を放つ侵攻隊。ボウガンで撃たれたバットは傷つきながらも村を脱出、ケンシロウに危機を知らせようとする。村へと急ぐレイは、傷ついたバットと出会って村の窮状を知らされる。その頃、降伏した村人たちは侵攻隊隊長に迫られ、拳王への忠誠の誓いとして紋章の焼き印を自らに押していた。リンは、決然と焼き印を拒否する!!

「来るべき時がきた。ラオウがついに動きだしたか・・・」（ケンシロウ） 拳王とは北斗の長兄ラオウだった。かつてラオウは、北斗神拳をおのれのために使って『天』を目指すと宣言したのだ。ケンシロウはトキをマミヤに託して食料と車を調達しに行くが、たどりついた村はすでに拳王侵攻隊に襲われて全滅していた。侵攻隊がアイリたちのいる村に向かったことを知り、ひとり先に行くレイ。その頃トキは、自分だけでなくマミヤにも、見た者の死を予告する『死兆星』が見えると知って驚愕していた！！

拳王とは北斗の長兄ラオウだった。かつて彼は、北斗神拳を己のために使って『天』を目指すと宣言したのだ。ケンシロウはトキをマミヤに託して食料と車を調達しに行くが、辿り着いた村はすでに全滅していた。侵攻隊がアイリたちのいる村に向かったことを知り、ひとり先に行くレイ。その頃トキは、自分だけでなくマミヤにも、見た者の死を予告する『死兆星』が見えると知って驚愕していた!

「風が変わった・・・。星が寄り添う・・・、ふたつの星が・・・！！」（拳王） ケンシロウたちはザルカとカシムを倒し、監獄塔最上階のトキのもとへ到達した。病に冒され、旅することがかなわぬトキは、あえて囚われの身となってケンシロウを待っていたのだった。だが、監獄塔が突如として崩壊を始める！トキとケンシロウの出会いを阻止するための最終手段が発動したのだ。さらにケンシロウたちの行く手に拳王決死隊が立ちはだかる。出口を死守せんとするライガとフウガには、決死隊隊長ブルグの刃が迫る！！

ケンシロウたちはザルカとカシムを倒し、監獄塔最上階のトキのもとへ到達した。病に冒され、旅することがかなわぬトキは、あえて囚われの身となってケンシロウを待っていたのだった。だが、監獄塔が突如として崩壊を始める! さらにケンシロウたちの行く手に拳王決死隊が立ちはだかる。出口を死守せんとするライガとフウガには、決死隊隊長ブルグの刃が迫る!!

「今こそ勇気をもって絶望の鎖を断ち切るのだ！」（フウガ） 拳王親衛隊の姿に、人々は再び絶望に沈んでゆく。しかし、ケンシロウの一喝に自らを取り戻し、親衛隊との戦いに身を投じる。トキの獄舎への道を閉ざそうとする親衛隊のザルカとカシム。彼らには拳王からトキ抹殺の命令がくだっていた！後を追うライガとフウガの前に、拳王に忠誠を誓った風雷拳の師であるソウジンが立ちはだかる。壮絶な師弟対決の結末は？ケンシロウたちはトキを救い出すことができるのか！？

拳王親衛隊の姿に、人々は再び絶望に沈んでゆく。しかし、ケンシロウの一喝に自らを取り戻し、親衛隊との戦いに身を投じる。トキの獄舎への道を閉ざそうとするザルカとカシム。彼らには拳王からトキ抹殺の命令がくだっていた! 後を追うライガとフウガの前に、拳王に忠誠を誓ったソウジンが立ちはだかる。壮絶な師弟対決の結末は? ケンシロウたちはトキを救い出すことができるのか?

「拳王・・・いったいどんな人なんだろう？」（リン） 村に残ったリンは、ケンシロウの無事を祈って花畑を育てていた。彼女はバットと二人で、ケンシロウとの旅を回想する。ユリアを奪ったシンとの決着。マミヤ、レイとともに牙一族を壊滅させ、レイの妹アイリを救出したケンシロウは、北斗神拳宿命の戦いに向かった。ケンシロウの名をかたった義兄ジャギは、拳王の名を叫んで死んだ。そして次兄トキを求めカサンドラに到着し、ウイグル獄長を倒したのだ。だが、カサンドラ解放の喜びに沸く人々の前に、拳王親衛隊が現れた！！

村に残ったリンは、バットと二人でケンシロウとの旅を回想する。ユリアを奪ったシンとの決着。マミヤ、レイとともに牙一族を壊滅させ、レイの妹アイリを救出したケンシロウは、北斗神拳宿命の戦いに向かった。ケンシロウの名を語ったジャギは、拳王の名を叫んで死んだ。そして次兄トキを求めカサンドラに到着し、ウイグル獄長を倒したのだ。だが喜びに沸く人々の前に拳王親衛隊が現れた!

「おまえの築き上げてきたすべてのもの、カサンドラ伝説は、いま消え失せる！」（ケンシロウ） トキはケンシロウのカサンドラ到着を察知する。そのケンシロウたちの前にウイグル獄長が現れ、高速で二本の鞭を操る泰山流双条鞭で攻撃を仕掛けてきた。鞭を結び合わせて撃破するケンシロウ。怒ったウイグル獄長は、今度は何本もの鞭を操る泰山流千条鞭でケンシロウの動きを封じると、蒙古覇極道によって全身を一弾と化し、すべてのパワーを込めて体当たりした！吹き飛ばされ、血へどを吐いて失神するケンシロウ！！救世主伝説はここで途絶えてしまうのか！？

トキはケンシロウのカサンドラ到着を察知する。そのケンシロウたちの前にウイグル獄長が現れ、高速で二本の鞭を操る泰山流双条鞭で攻撃を仕掛けてきた。鞭を結び合わせて撃破するケンシロウに、今度は何本もの鞭を操る泰山流千条鞭でケンシロウの動きを封じると、蒙古覇極道によって全身を一弾と化し、すべてのパワーを込めて体当たりした!! 救世主伝説はここで途絶えてしまうのか!?

「おまえごときが、この不落のカサンドラの伝説を破ることはできんわ！！」（ウイグル獄長） カサンドラに着いたケンシロウたちの前に、双子の門番ライガとフウガが立ちはだかった。彼らの二神風雷拳は、二人の間に挟んだ者を一瞬にして殺す技だ！しかし、ケンシロウは二人の拳に敵意よりも哀しみを感じ取る。本心では無益な人殺しをしたくないライガとフウガだったが、弟を人質に取られてやむなく戦っていたのだ。二人は瞬時の戦いで心まで見抜いたケンシロウを救世主と信じ、戦いを放棄する。だが、城壁のうえには人質となった弟の姿が！！

カサンドラに着いたケンシロウたちの前に、双子の門番ライガとフウガが立ちはだかった。彼らの二神風雷拳は、二人の間に挟んだ者を一瞬にして殺す技だ! しかしケンシロウは二人の拳に敵意よりも哀しみを感じ取る…。

「悲しい目だ。おまえに人は殺せん」（ケンシロウ） トキは奇跡の村から連れ去られ、『鬼の哭（な）く街』カサンドラに捕らわれていた。そこは世紀末の世を支配しようとしている謎の男・拳王が、拳法狩りをするために作らせた巨大な監獄だった。ケンシロウたちの接近を知ったカサンドラの支配者・獄長ウイグルは、女が殺せないというケンシロウの弱点をつくため、女拳法家・蘭山紅拳の継承者・ベラをさしむける。父の遺言により女を捨てて継承者となったベラは、人質に取られている母親のため、心ならずもケンシロウに戦いを挑む！！

トキは奇跡の村から連れ去られ、『鬼の哭(な)く街』カサンドラに捕らわれていた。そこは世紀末の世を支配しようとしている謎の男・拳王が、拳法狩りをするために作らせた巨大な監獄だった。ケンシロウたちの接近を知ったカサンドラの支配者･獄長ウイグルは、女が殺せないというケンシロウの弱点をつくため、女拳法家･蘭山紅拳の継承者･ベラをさしむける!!

「おのれの運命は、おのれの手で切り開くのじゃ」（占い師の老婆） 奇跡の村で起こった悲劇は本当であり、トキは行方不明となっていた。じつは本来なら、心技体どれをとっても非のうちどころのないトキが、北斗神拳の伝承者となっていたはずだった。しかし核戦争の際、故障したシェルターの扉を閉めるため、トキはひとり外に残り死の灰を浴びてしまったのだ。トキの手がかりを探すマミヤは、たどりついた占い師の老婆から居所を教えられる。だが、トキのことを探る者を殺せとの命を受けたザコルたちが襲ってきた！！

奇跡の村で起こった悲劇は本当であり、トキは行方不明となっていた。本来なら心技体どれも非のうちどころのないトキが伝承者となっていたはずだった。しかし核戦争の際、トキはひとり外に残り死の灰を浴びてしまったのだ。トキの手がかりを探すマミヤは、たどりついた占い師の老婆から居所を教えられる。だが、トキのことを探る者を殺せとの命を受けたザコルたちが襲ってきた!!

「おれは天才だ！おれはどんな拳法でも、誰よりも早く習得することができるんだ！！」（アミバ） 『奇跡の村』にたどりつくレイたち三人。宮殿の中では、ユウの父親を殺したトキが、子供時代のケンシロウをかばってついた背中の傷を見せるが、ケンシロウの非情の拳は止まらなかった。恐れをなしたトキはユウの母親を楯に攻撃、ケンシロウの秘孔を突いて動きを封じる。宮殿前に現れたトキ親衛隊のなかに、かつて南斗聖拳をともに学んだ男ネバダがいたことから、レイはトキの正体がアミバだと知る。アミバは自らの顔を変え、背中に偽の傷までつけてトキになりすましていたのだ！！

『奇跡の村』にたどりつくレイたち三人。宮殿の中では、ユウの父親を殺したトキが、子供時代のケンシロウをかばってついた背中の傷を見せるが、ケンシロウの非情の拳は止まらなかった。恐れをなしたトキはユウの母親を楯に攻撃、ケンシロウの秘孔を突いて動きを封じる。宮殿前に現れたトキ親衛隊の中にかつて南斗聖拳をともに学んだ男ネバダがいたことから、レイはトキの正体を知る!!

「おれが知っているトキは限りなく澄んだ目をしていた。それが、なぜ・・・？」（ケンシロウ） リンは砂漠でユウ少年に助けられ、その一家と共に旅していた。熱病にかかったユウを、噂で聞いた『奇跡の村』へ運ぶ両親とリン。トキはユウの治療の報酬として、父親に死の人体実験を強要する。間一髪、ケンシロウが現れてユウ親子を救う。トキはケンシロウに自らの変貌の理由を語る。彼はせっかく治療した村人を盗賊団に殺され、怒りのあまり盗賊団を皆殺しにした。その時、北斗神拳の本質が殺人拳であり、継承者の使命は秘孔を究極まで追求することだと悟ったというのだ！

リンは砂漠でユウ少年に助けられ、その一家と共に旅していた。熱病にかかったユウを、噂で聞いた『奇跡の村』へ運ぶ両親とリン。トキはユウの治療の報酬として、父親に死の人体実験を強要する。間一髪、ケンシロウが現れてユウ親子を救う。トキはケンシロウに自らの変貌の理由を語る!

「北斗神拳はおれの手で生まれ変わる。悪魔の拳法として完成するのだ」（トキ） リンをおそった不吉な予感。ケンシロウを心配するあまり、ひとり荒野へ旅立ったリンをバット、レイ、マミヤが追う。トキは新しい秘孔を探すため『木人形（デク）』を欲していた。失敗すれば身体が破壊される人体実験の素材は、いくらでも必要だったのだ。ケンシロウはゴビアの町で、トキの部下ハブとゴウム率いる木人形狩り部隊と遭遇していた。彼らはトキによって秘孔を突かれ、常人の数倍の能力を得て非道を行っていた。ケンシロウの怒りの拳が炸裂する！！

リンをおそった不吉な予感。ケンシロウを心配するあまり、ひとり荒野へ旅立ったリンをバット、レイ、マミヤが追う。トキは新しい秘孔を探すため『木人形(デク)』を欲していた。ケンシロウはゴビアの町で、トキの部下ハブとゴウム率いる木人形狩り部隊と遭遇していた。彼らはトキによって秘孔を突かれ、常人の数倍の能力を得て非道を行っていた。ケンシロウの怒りの拳が炸裂する!!

「おれは北斗神拳を拳法としてより、医学のひとつとして活かしたい」（トキ） 死ぬ間際のジャギから二人の義兄が生きていることを知らされ、旅を続けるケンシロウ。立ち寄ったある町で『奇跡の村』の噂を聞く。その村にはトキと名乗る救世主が降り立ち、触れるだけですべての病人を治したという。だが、トキは一夜にして冷酷な殺人鬼に変身し、村人のほとんどを人体実験で殺し、生き残った者を特殊能力を持つケモノに変えてしまった。優しかったトキの変貌が信じられず、村へと向かうケンシロウの前に、三匹のケモノが立ちはだかる！！

ジャギから二人の義兄が生きていることを知らされ、旅を続けるケンシロウ。立ち寄ったある町で『奇跡の村』の噂を聞く。その村にはトキと名乗る救世主が降り立ち、触れるだけですべての病人を治したという。だが、トキは一夜にして殺人鬼に変身し、生き残った者を特殊能力を持つケモノに変えてしまった。トキの変貌が信じられないケンシロウの前に、三匹のケモノが立ちはだかる!!

「早く死に場所を選べ。きさまは死すべき男だ！」（ケンシロウ） ケンシロウはジャギの根城の高層ビルへ向かう。その屋上ヘリポートで対峙する二人。かつてジャギは、北斗神拳の伝承者争いに敗れてケンシロウを襲った。顔の傷はその戦いでついたものだったが、勝ったケンシロウはとどめをさせなかった。ジャギは敗れたことを認めず、シンをそそのかしてケンシロウからユリアを奪わせたのだ。それを知ったケンシロウの怒りの拳が、シンの、ユリアの、マコとアキ兄弟の分を重ねて、卑劣なジャギに炸裂する！！

ケンシロウはジャギの根城の高層ビルへ向かう。その屋上ヘリポートで対峙する二人。かつてジャギは北斗神拳伝承者争いに敗れて顔に傷を負ったが、勝ったケンシロウはとどめをさせなかった。ジャギは敗れたことを認めず、シンをそそのかしてケンシロウからユリアを奪わせたのだ。それを知ったケンの怒りの拳が、シンの、ユリアの、マコとアキ兄弟の分を重ねて、卑劣なジャギに炸裂する!!

「いいか、兄より優れた弟なんか、いねえんだ！！」（ジャギ） ジャギの暴虐が続く町で、彼の部下が幼い兄弟に因縁をつける。病弱な兄マコをかばう弟アキの姿に、ジャギはかつてのケンシロウを重ね、悪魔の罠を思いつく。ケンシロウは砂漠で、足に重りをつながれ放置されていたアキを救う。アキを町まで連れ帰ったケンシロウを、マコがボウガンで狙う。ジャギに秘孔を突かれて操られているのだ。ケンシロウはあえてボウガンを撃たせ、ジャギの呪縛を解く。傷を負ったケンシロウに、すかさずジャギの部下たちが襲いくる！！

ジャギの暴虐が続く町で、彼の部下が幼い兄弟に因縁をつける。病弱な兄マコをかばう弟アキの姿に、ジャギはかつてのケンシロウを重ね、悪魔の罠を思いつく。ケンシロウは砂漠で、足に重りをつながれ放置されていたアキを救う。アキを町まで連れ帰ったケンシロウをマコがボウガンで狙い、傷を負ったケンシロウに、すかさずジャギの部下たちが襲いくる!!

「おまえら！おれの名を言ってみろ！！」（ジャギ） ケンシロウの名をかたる鉄仮面の男が現れ、数々の町で暴虐のかぎりをつくしていた。その男こそ、かつてアイリをさらった犯人だった。ケンシロウの三人の義兄のひとり・ジャギだ。師父リュウケンは男児に恵まれず、四人の養子をとった。しかし北斗神拳は一子相伝、奥義を伝えられたのはケンシロウひとりだった。それを恨むジャギは、ケンシロウの名を汚し、おびき出そうと行動を起こしたのだ。バットとリンをレイに託し、ケンシロウは宿命の対決に向かう！！

ケンシロウの名を語る男が現れ、数々の町で暴虐のかぎりをつくしていた。その男こそかつてアイリをさらった犯人で、ケンシロウの三人の義兄のひとり･ジャギだ。師父リュウケンは四人の養子をとった。しかし北斗神拳は一子相伝、奥義を伝えられたのはケンシロウだけだった。それを恨むジャギはケンシロウの名を汚し、おびき出そうと行動を起こしたのだ。ケンシロウは宿命の対決に向かう!

「人の心を知らぬ悪党ども！おまえたちに生きている資格はない！！」（ケンシロウ） 南斗虎破龍と北斗龍撃虎の激突により、相討ちとなって死んだかに見えたレイとケンシロウ。実は、アイリとマミヤを救出するために、お互いの秘孔を突き仮死状態となっていたのだった。怒った牙大王は岩盤を爆破、溶岩流でケンシロウとレイたちを引き離し、一対一の勝負に出る。奥義・華山鋼鎧呼法（こうがいこほう）で肉体を鋼鉄の鎧と化す牙大王。だが、ケンシロウは秘孔を突いてその技を無効化してしまう。追いつめられた牙大王は、隠し持った爆弾に手をのばす！

相討ちとなって死んだかに見えたレイとケンシロウ。実は、お互いの秘孔を突き仮死状態となっていたのだった。怒った牙大王は岩盤を爆破、溶岩流でケンシロウとレイたちを引き離し、一対一の勝負に出る。華山鋼鎧呼法 (こうがいこほう) で肉体を鋼鉄の鎧と化す牙大王。だが、ケンシロウは秘孔を突いてその技を無効化してしまう。追いつめられた牙大王は、隠し持った爆弾に手をのばす!

「やれ、南斗の男！北斗の男を叩きつぶしてやれいっ」（牙大王） 人質にしたアイリに刃を向ける牙大王に、手を出せないレイ。マミヤはケンシロウのフィアンセと偽り、アイリの身代わりを申し出る。そして隙をついて攻撃するも、牙大王の鋼鉄の肉体には通じなかった。アイリの解放を望むレイに、牙大王はケンシロウを殺すよう命じる。牙大王のもくろみは、北斗神拳と南斗聖拳との相討ちにあった。戦いに応じようとしないケンシロウだったが、アイリとマミヤが自ら命を断とうとするのを見て、秘伝・北斗聖極輪のかまえをとった！！

人質にしたアイリに刃を向ける牙大王に、手を出せないレイ。マミヤはケンシロウのフィアンセと偽り、アイリの身代わりを申し出る。そして隙をついて攻撃するも、牙大王の肉体には通じなかった。アイリの解放を望むレイに、牙大王はケンシロウを殺すよう命じる。戦いに応じようとしないケンシロウだったが、アイリとマミヤが自ら命を断とうとするのを見て、北斗聖極輪の構えをとった!!

「こ、これは夢か？夢なら覚めないでくれッ」（レイ） 牙一族の本拠地を目指すケンシロウたち三人は、途中の村が一族に襲われて全滅したのを知る。本拠地に着いた三人の前に牙大王が率いる本隊が現れ、大王ですら手を焼く怪物・マダラが華山分裂拳で向かってくる。しかし、北斗神拳の前ではその牙も爪も無力。そこで牙大王はゴジバに命じて、探し出したレイの妹・アイリの姿をさらした。動揺するレイ。これまでの過酷な体験から誰にでも服従の姿勢をとるアイリには、レイの言葉が全く届かない・・・。

牙一族の本拠地を目指すケンシロウたちは、途中の村が一族に襲われて全滅したのを知る。本拠地に着いた三人の前に牙大王が率いる本隊が現れ、怪物･マダラが向かってくる。しかし、北斗神拳の前ではその牙も爪も無力。そこで牙大王は、レイの妹･アイリの姿をさらした。動揺するレイ。これまでの過酷な体験から誰にでも服従の姿勢をとるアイリには、レイの言葉が全く届かない…。

「レイ、もしおれの胸にも七つの傷があるとしたら、どうする」（ケンシロウ） ケマダ部隊を全滅させられ怒りに燃える牙大王は、ケマダの弟・キバラを隊長に復讐部隊をさしむけると同時に、ゴジバに命じてケンシロウとレイの身内を探させる。レイはマミヤに自分の妹アイリを重ねていた。アイリは結婚式の晩、盗賊によって両親を殺され、胸に七つの傷を持つ男に連れ去られたのだった。牙一族の本拠地に向かうケンシロウ、レイ、マミヤの三人を、キバラ部隊が華山群狼拳・妖滅の型で襲ってくる。そして、牙大王のもとにはアイリの情報が！

ケマダ部隊を全滅させられ怒りに燃える牙大王は、ケマダの弟･キバラを隊長に復讐部隊をさしむけ、ゴジバにケンシロウとレイの身内を探させる。レイはマミヤに自分の妹アイリを重ねていた。アイリは盗賊によって両親を殺され、胸に七つの傷を持つ男に連れ去られたのだった。ケンシロウ、レイ、マミヤの三人を、キバラ部隊が襲ってくる。そして、牙大王のもとにはアイリの情報が!

「どんなに強力な敵も、統率された狼の前には無力な獲物だ！」（ケマダ） 牙一族を裏切りケンシロウとともに村を守ったレイは、胸に七つの傷を持つ男を探していた。村を出ていたマミヤの弟コウが牙一族に捕らえられ、皆の眼前で殺されてしまった。コウはマミヤの誕生日ケーキに使う野イチゴを取りに出かけたところを襲われたのだった。それを知っても人前では涙を流さぬマミヤ。彼女は、両親が命をかけて礎を築いた村を守るという義務に頑なまでに従おうとしていたのだ。ケンシロウはコウの仇を討つため、牙一族が潜む岩山に向かう！

牙一族を裏切りケンシロウとともに村を守ったレイは、胸に七つの傷を持つ男を探していた。マミヤの弟コウは、マミヤの誕生日ケーキにつかう野イチゴ取りに出かけたところを、牙一族に捕らえられ、皆の眼前で殺されてしまう。それを知っても、両親が命をかけて礎を築いた村を守るという義務に頑なまでに従おうとするマミヤ。ケンシロウはコウの仇を討つため、牙一族が潜む岩山に向かう!

「おれは生きねばならん。胸に七つの傷を持つ男を殺すまでは！」（レイ） ケンシロウは牙一族の再襲撃に備え、マミヤの村にとどまることとなった。襲撃の機会をうかがうも、ケンシロウを恐れて二の足を踏むケマダの前に、砂漠から一人の男が現れた。南斗水鳥拳を使う凄腕の男・レイだ。ケマダはレイを新たな用心棒として村に潜り込ませる。リンは、マミヤを見つめるレイが、なぜかケンと同じ優しい目をしていることに気づく。再び襲ってきた牙一族を一蹴するケンシロウ。その前に牙一族と組んだレイが立ちはだかった！

ケンシロウは、マミヤの村に留まることとなった。襲撃の機会を伺うも、ケンシロウを恐れるケマダの前に、砂漠から一人の男が現れた。凄腕の男･レイだ。ケマダはレイを新たな用心棒として村に潜り込ませる。リンは、マミヤを見つめるレイが、なぜかケンと同じ優しい目をしていることに気づく。再び襲ってきた牙一族を一蹴するケンシロウ。その前に牙一族と組んだレイが立ちはだかった!

「また花が野原をうずめる日が、きっとくるわ」（マミヤ） ケンシロウは最愛の女性ユリアと、強敵（とも）だった男シンを失って沈黙を続けていた。そんな彼を心配するリン。一行は砂漠でケマダ率いる牙一族が食料運搬トラックを襲っているのに遭遇、運転手を救出して村まで送る。湧き水を掘りあて野菜の栽培を始めた村には、わずかだが花も咲いていた。感動するリンに、やさしく言葉をかけるマミヤ。襲撃してきた牙一族に対し、マミヤは村人の先頭になり立ち向かう。しかし、装甲トレーラーがバリケードを破って突入してきた！

ケンシロウは最愛の女性ユリアと、強敵 (とも) だった男シンを失って沈黙を続けていた。一行は砂漠で牙一族が食料運搬トラックを襲っているのに遭遇、運転手を救出して村まで送る。野菜の栽培を始めた村には、わずかだが花も咲いていた。リンにやさしく言葉をかけるマミヤ。襲撃してきた牙一族に対し、マミヤは村人の先頭になり立ち向かう。しかし、装甲トレーラーが突入してきた!

「むなしいわ・・・力だけで築いたものは、やがて崩れていくのね」（リン） KING軍団の崩壊とともに、サザンクロスは炎上した。生還を信じて待っていたリンをバットに託し、ケンシロウは一人シンのもとへ向かう。残っていたKING親衛隊も一蹴、ついにシンとまみえるケンシロウ！執念によってよみがえり、南斗聖拳の技を完全に見切るケンシロウは、すでにシンの知る彼ではなかった。ケンシロウの執念のもとを断とうと、ユリアに一撃をあびせるシン！しかし、執念をもしのぐ怒りの拳『北斗十字斬』がシンの胸にブラッディクロスを刻む！！

KING軍団の崩壊と共に、サザンクロスは炎上した。生還を信じて待っていたリンをバットに託し、ケンシロウは一人シンの元へ向かう。残っていたKING親衛隊も一蹴、遂にシンとまみえるケンシロウ! 南斗聖拳の技を完全に見切るケンシロウは、すでにシンの知る彼ではなかった。ユリアに一撃をあびせるシン! しかし、怒りの拳『北斗十字斬』がシンの胸にブラッディクロスを刻む!

「ユリア様、希望を失ってはいけません」（サキ） ケンシロウにヘリ部隊で空爆をかけたバルコム将軍。しかし、ユリアからサキを遠ざけたシンは女神像を造りあげることに力を注ぎ、バルコムの働きを評価しようとしない。腹を立てたバルコムは、シンに対して同様に不満を抱える軍団幹部をあおり、KINGになりかわることを画策する。ケンシロウの死に疑いをいだくジョーカーは爆撃跡地に向かい、信じられないものを目撃する。その頃、サザンクロスを覆う日蝕のなか、シンVSバルコムの一対一の死闘が始まっていた！！

ケンシロウに空爆をかけたバルコム将軍。しかし、ユリアからサキを遠ざけたシンは女神像を造りあげることに力を注ぎ、バルコムの働きを評価しようとしない。腹を立てたバルコムは軍団幹部をあおり、KINGになりかわることを画策する。ジョーカーは爆撃跡地に向かい、信じられないものを目撃する。その頃、サザンクロスを覆う日蝕のなか、シンvsバルコムの一対一の死闘が始まっていた!!

「あたしだってKINGにひと泡ふかせてやりたいさ！」（ジェニファー） テムジナの残した言葉『緑の大地、悪魔の目の中』からサザンクロスの場所が判明した。ジーナの村から旅立つケンシロウたちに、ボウガンを操る美女ジェニファーも同行する。ヒドラ率いる武装バギー軍団も、バットやジェニファーの活躍とケンシロウの北斗神拳の前に敗れさる。ケンシロウ接近の報を聞いたシンは、南斗列車砲の使用を命じる。砂漠を自走する巨大列車からの砲撃に行く手をはばまれる一行。その時、ジェニファーがおとりになるためバイクで走り出した！

テムジナの残した言葉『緑の大地、悪魔の目の中』からサザンクロスの場所が判明した。ジーナの村から旅立つケンシロウたちに、ボウガンを操る美女ジェニファーも同行する。武装バギー軍団も、バットやジェニファーの活躍とケンシロウの北斗神拳の前に敗れさる。ケンシロウ接近の報を聞いたシンは、南斗列車砲の使用を命じる。一行は、砂漠を自走する巨大列車からの砲撃に行く手をはばまれる。