【最終話】バルデスの力はあまりにも強大だった。満身創痍のプリキュアはなすすべもなく、自分たちの暮らす街が破壊されてゆくのを、ただ見ていることしか出来ない。もはや起きあがる力すら残されていない…それでも励ましてくれるメップルとミップルを前に、泣き崩れる二人。その時、記憶の奥底から、ある声が聞こえてくる…。

復活したジャアクキングが、ついに虹の園に姿を現した! 押しとどめようとするプリキュアの前には、闇の戦士たちが出現。互いに一歩も引かない激闘が繰り広げられる。一方ルミナスは、ジャアクキングのもとへ向かおうとする少年を引き留めていた。少年はルミナスの声に気付くが、バルデスが二人の間を引き裂く。

ひかりが消えてから一日が経つと、アカネさんや学校のみんなの記憶から、存在自体が消え始めていた…。このままでは世界も、闇の力に覆い尽くされてしまうだろう。なぎさとほのかが心配している頃、ひかりは少年と共にドツクゾーンにいた。少年の差し伸べた手に触れた途端、光の力が吸収されてゆく。

なぎさとほのかの心は晴れない。度重なるひかりの異変や、館の少年の動き…これから何が始まろうとしているのだろうか? 長老は、光と闇のバランスが崩れて、空間が歪んだせいだと説明する。それでもひかりはタコカフェでお手伝いを続けていたが、なぎさとほのかの目の前で、突如として消失してしまう!

中学生活最後の冬休みがやって来た。なぎさとほのかは、キャプテンと部長という責任あるポジションを後輩に引き継ぎ、一安心の様子。だが、やっぱり部のことが気になってしまい、こっそり様子を見に行くことに。ラクロス部の新キャプテンのマキは、気負いすぎて苦労しているようだ。なぎさはマキにアドバイスを与える。

藤P先輩から遊園地のお誘いが来た! 二人きりのデートだと思ってドキドキのなぎさだったが、ほのかたちも一緒だと知って落ち込む。一同が楽しむのはウィンタースポーツの代名詞･アイススケート。運動神経抜群のなぎさだが、アイススケートは大の苦手。そこで藤P先輩が、マンツーマンで指導してくれることになり…。

もうすぐ藤P先輩の誕生日。今年こそプレゼントを渡そうと、なぎさは気合い充分だ。ほのかとひかりを加え、プレゼント選びに頭を悩ますなぎさ。ついに決心して、イニシャルを刺しゅうしたスポーツタオルを渡すことにする。そして当日、なぎさはトラブルをくぐり抜け、藤P先輩のいる市営グラウンドに到着する。

校内バドミントン大会で優勝した亮太は、地元のクラブチームの練習に参加することになった。大喜びのなぎさは、ほのかやひかりも誘って応援に駆けつける。柴田くんという友達もでき、自分のペースで練習をしていた亮太は、なぎさのあまりにも熱の入った応援に調子を崩してしまう。練習試合の相手も強敵で…。

もうすぐラクロスのリーグ戦の決勝戦。相手は宿敵･御高倶女子中学だ。今年の御高倶中は、キャプテンの永沢勝子を中心に作り上げられた、例年にないほどの好チーム。多彩なフォーメーションと正確なプレーが持ち味だ。相手にとって不足はない。意気込むなぎさのもとに、その永沢勝子が訪ねてくる。

ほのかのもとに、海外にいる母親から手紙が届く。これからしばらくパリに住むことになったので、一緒に暮らさないかというのだ。相談されたなぎさは、深く考えもせずに「行った方がいいよ」と答えてしまう。軽率な発言を後悔するなぎさ。一方のほのかも、はっきりと決められず、気分が落ち込んだままで…。

なぎさたち3年桜組は、今年のベローネ祭でもお芝居をすることになった。演目は『牛若丸と弁慶』、演出はもちろん、映画監督志望の志穂だ。映画の勉強をすることを両親に認めてほしい志穂は、今年の舞台には並々ならぬ決意で挑んでいる。役に立候補したなぎさとほのかは、難しいワイヤーアクションに挑む。

今日もルルンの相手で、ポルンはヘトヘト。離れようとしてもすぐに後を追いかけてくるので、たまったものではない。困り果てていると、今度は別の困ったことが起きる。公園にやって来た望という少女に、ぬいぐるみだと勘違いされて家に持ち帰られてしまったのだ! ポルンとルルンは脱出のチャンスをうかがうが…。

なぎさとほのかの必死の弁明の甲斐あって、ひかりもこのまま旅行に参加させてもらえることになった。しかし、旅先に来ているのはひかりだけではなかった。ビブリスとウラガノスも、館から消えてしまった少年を捜しに来ていたのだ。なぎさたちは、ウィシュンの予言のことも忘れて旅行を楽しんでいたが…。

なぎさたちは、修学旅行で京都にやって来た。心ゆくまで旅を満喫する一同。その頃、いつも通りの学校生活を送っていたひかりは、そこかしこに不穏な気配を感じていた。ハーティエルのウィシュンも、「真実が近づいてきます」と予言を口にする。いてもたってもいられなくなったひかりは、書き置きを残して京都に向かう。

もうすぐなぎさの誕生日。藤P先輩にお祝いしてほしいところだが、高等部のサッカーの試合が近いせいで、それどころではないようだ。そして誕生日。ほのかと買い物に出かけた道すがら、先輩の練習を見学に来たなぎさ。あまり調子の良くない先輩は、なぎさの言葉で元気を取り戻し、そのまま良い雰囲気になるが…。

志穂と莉奈となぎさは、ベローネタイムズという学校新聞の当番になった。ところがなぎさは、自分の仕事をすっかり忘れ、締め切りの前日になって「街角スマイル」というコーナーを任されていたことを思い出す始末。困ったなぎさは、ほのかに相談して、水戸屋という団子屋のおばあさんを取材することにする。

ラクロスのリーグ戦が、いよいよ始まった。一回戦の相手である格闘館付属女子中は、抜群の身体能力を持っているうえに、ベローネ学院のことを研究してきているらしい。何もやらせてもらえないまま、0－2の点差をつけられて前半は終了。沈み込むチームメイトに、なぎさは驚くべき作戦を提案する。

ルルンがやって来たことで、タコカフェの手伝いをするひかりの負担は、ますます増えることになった。心配するなぎさとほのかは、気分転換にと遊園地に誘う。遊園地はなぎさとほのかにとっても、初めてプリキュアに変身した思い出の場所。お話しをすることでルルンと心を通わせたひかりも、楽しんでくれたようだが…。

光の園から新たにやって来た、未来を紡ぐ王女ルルン。長老によると、ルルンが虹の園に送り出されたのには何か理由があるらしい。当のルルンは、そんなことは気にする様子もなく、大好きなポルンのそばで一日中遊んでいる。二人がいなくなった後のタコカフェは、まるで嵐が過ぎ去ったよう。そこに幼い兄妹がやって来て…。

ベローネ学院の中等部には、昔からある怪談が語り継がれている。ベローネのルリ子さんというオバケ (?) に出会ってしまったら、呪われてしまうというのだ。志穂と莉奈は、昨日ルリ子さんを目撃してしまったらしい。なぎさとほのかは、そんなの気のせいだと笑うが、放課後の学院に本当に異変が現れる。

夏休みも明日で最終日。ようやく宿題を終わらせることが出来たと大喜びのなぎさだったが、自由課題が残っていたことを思い出して頭を抱える。たった一日では、とうてい課題を終わらせることは出来ないだろう。あきらめムードのなぎさを、アカネさんが、ほのかやひかりと一緒に梨園に収穫に行かないかと誘う。

今夜は年に一度の夏祭り。楽しみで仕方のないなぎさだったが、志穂から将来の夢について聞かれ、答えられずに落ち込んでしまう。ほのかは研究者になりたいと言うし、アカネさんにもはっきりとした夢がある。ますます落ち込んでしまうなぎさを、メップルが何とか励まそうとしていると、藤P先輩がやって来る。

闇の戦士たちが現れても、ひかりはいつも、なぎさとほのかに助けられてばかり。自分らしさとは一体何だろうか…彼女は悩みながら歩いていた。やって来たほのかの家にはなぎさもいて、二人して夏休みの宿題に取り組んでいる。さなえは三人をお気に入りの公園に誘い、ひかりと一緒に池に浮かべたボートに乗る。

ラクロス部と科学部の合宿が、今年も合同で行われる。今年はひかりもアカネさんと一緒に参加し、科学部の相談役として友華先輩も加わっている。先輩はなぎさが元気に練習するのを見て、他人からどう見られようと、自分らしく振る舞うことの大切さを思い出す。ところが、そのなぎさが突然体調を崩して倒れてしまう。

なぎさたちはバルデスの力に打ち勝つため、「光り輝く大地」を求めて瓢箪池へと足を運ぶ。だが、手がかりが乏しく、捜索はいっこうにはかどらない。そこにインテリジェンが、もう一つのアドバイスを与える。眠れる獅子こそ、光り輝く大地への案内人だというのだ。それを聞いたほのかは、正しい答えをひらめく。

明日から夏休み。タコカフェにいたなぎさたちは、ポルンの警告によって、バルデスの存在に気付く。二人はプリキュアに変身して立ち向かうが、バルデスの強さは、他の闇の戦士たちとは比べものにならない。プリキュア･マーブルスクリュー･マックスさえ弾き返されるのを見たひかりは、意を決してルミナスに変身するが…。

闇の館に閉じこもっていった少年が、ついに外の世界へ飛び出していく。その頃、ひかりは大輝という男の子と知り合っていた。彼は母親とケンカをして家出をしてきたらしい。色々な所を回りつつ、ひかりは家に戻るよう大輝を説得。そうしてやって来た商店街で、ひかりは散策に来ていた少年と鉢合わせになる。

最近、莉奈の様子がどうもおかしい。志穂から相談されたなぎさとほのかは、本人に直接話を聞いてみることに。それでも話してくれないので、こっそり後をつけると、森の中にある山小屋にたどり着いた。そこには一匹のケガをしたタヌキの子供がいた。莉奈は子タヌキの世話をするうちに、情が移って離れられなくなったのだ。

忘れ物を取りに戻ったなぎさは、お父さんとお母さんの話を偶然聞いてしまう。何と美墨家が引っ越しをするという内容! ほのかに打ち明けなければならないと悩むが、すべては早とちりに過ぎなかった。安心したのも束の間、今度はなぎさのひとり言を耳にしたひかりが、どうしていいかわからなくなってしまう。

ほのかと忠太郎は、なぎさの家族と一緒にキャンプへ行くことになった。キャンプ慣れしているなぎさのお父さんのおかげで、一同は何不自由なくアウトドアを楽しんでいる。遅れて合流したひかりと一緒に、翌日は滝を見に行くことを決めて、一日目は無事に終わる。ところが二日目、山は怪しい天気に包まれる。