ドクロベエの指令によると、ドクロリングはビックなコブタちゃんチョコの鼻輪だという。ヤッターマンとドロンボーは製造ライン上でビッグなコブタちゃんチョコの争奪戦を展開する。果たしてガンちゃんはドクロリング…というよりビックなコブタちゃんチョコを手に入れて、アイちゃんの悲しみを癒すことができるのか!?

日本フィギュアスケート界を代表する眉賀 (まゆが) マロ選手のイヤリングこそがドクロリングに違いないという。ドロンボーたちはスケート選手権の会場へと向かう。ヤッターマンはマロちゃんが試合中に必ずつけているイヤリングの秘密を聞く。果たしてイヤリングを取り戻し、マロちゃんを優勝に導くことができるのか!?

大晦日の国民的名物といえば、『紅白メカ合戦』! その優勝旗こそがドクロリングであることを知ったドロンボーたちは、名物メカで出演している小林幸子のもとを訪れる。ボヤッキーが作ったサチコDXを投入し、紅組の勝利を狙ったドロンボーたち。しかしサチコDXは暴走し、巨大化しながら会場を呑み込みはじめる。

水戸黄門が持っていた印籠の根付けがドクロリングであると知り、24時間マラソンパワーを動力源として動くメカ･エドハルミヨンで江戸時代へと向かうドロンボーたち。それを追いかけたヤッターマンたちは江戸の城下町でガンちゃんの遠いご先祖様である岩之介と出会う。

ドクロリングがトウモロコウシ園球場で開催される野球大会の優勝トロフィーであることを知ったドロンボーたちは、歴代三悪のメンバーを集めてドロンボー・オールスターズを結成し会場へと乗りこむ。ドロンボーチームの反則だらけの攻撃にヤッターマンは打ち勝つことができるのか!?

ドクロリングは海底深くに沈む大海賊ウヒィの船に隠された「ゴムの指輪」との情報。ドロンボーとの戦いで水中戦がヤッターメカの弱点だと気づき、第3のヤッターメカの設計に乗り出したガンちゃん。なかなか良いアイデアが浮かばないところに、ドロンボーのインチキ商売に悩んでいた世界のナベアツのアドバイスをうける。

ドクロリングは “USA” の小学校で行われる選挙に関係しているという。「このアカポンタン! “USA” と書いて “ウサ” と読むだべぇ!」という訳でドロンボーたちは選挙には欠かすことのできないウグイス嬢の魂を受け継いだメカ、ウグイスのジョーで大分県宇佐市へと向かった。

ドロンボー一味は、ドクロリングを求めて香川の特産品てんこもりのドンブリ型メカで金刀比羅宮へと向かう。早々とドクロリングを手に入れ、退散しようとしていたドロンボー一味の前に立ちはだかる謎の影。屋根の上でポーズを決めていたのは、香川県が産んだご当地ヒーロー、コンピラーXの二人だった!

ドクロリングは人気のエンターテイナー「崖っぷちのトールー」が持っている “やぶからスティック” についているという。スティックを狙うドロンボーだったが、トールーは彼らに日本語と英語が混じった “トールー語” をマスターさせようとする。しかしトールーの家は傾き、海の中へ。スティックを奪うドロンボー。追いかけるヤッターマンとの戦いが始まる…。

タイムトンネルに飛び込んだ一行が辿り着いたのは昭和30年代の六本木。1号と2号がナゾナゾを解き始めると、怪しげな格好をした3人組がいろいろなことを教えてくれる。もちろん正体はドロンボー。ドロンボーを逃がすヤッターマンだったが、“ドケチ” という名の探偵に出会う。探偵は怪人 “百面相” を追い詰めたところだった…。

ドクロリングはお宝鑑定番組に出演した少年の家にある「赤ちゃんのガラガラ」との情報。金沢へ向かうドロンボー一味とヤッターマン。到着すると、少年の家は迷うと出られないほどの広大な屋敷だった…。お屋敷を舞台にドロンボー一味とヤッターマンの戦いが始まる!

今回、ドクロリングは孫悟空の頭の輪っかだと判明! ドロンボー一味が孫悟空を探しに訪れた場所は、4年に1度催される大きなお祭りで盛り上がっていた…。そこで、ドロンボーは三蔵法師などに変装し、孫悟空を募集すると、大勢の孫悟空が集まってきてしまう…。

新たな仲間「ヤッターペリカン」は、ガンちゃんたちがヤッターワンの修理にかかりきりになっているのを見て不満を抱き、勝手にパトロールへ出かけてしまう。早くも仲間割れか!? そんな中、ドクロリングは横浜の高層ビルのてっぺんにあると判明。ドロンボー一味に騙されたペリカンは、ドクロリング探しに協力してしまう…。

ガンちゃんはペリカン型メカの設計図を描くも、今の自分には造れないと言う。そんな中、ドクロリングが石器時代にあると判明。ドロンボー一味はタイムトンネルで過去へ向かうが、追ったヤッターマンはトンネル内でバラバラになって、未来に着いてしまう。そこで1号たちは未来のガンちゃん夫婦?に遭遇。さらにヤッターペリカンを発見する…。

ドクロリングは巣鴨のカリスマ店員･オハルちゃんのブローチだと判明する。実は、そのオハルちゃんとは、ギャル語を使いこなし、ギャルの服装で身をかためた若々しいお婆ちゃん。でも、孫の女子高生･ミキは、一緒にいるのが恥ずかしいと不満顔。そんな中、ヤッターマンとドロンボーは「巣鴨の流行言葉クイズ」で戦うことに!

ラスベガスのカジノ王がドクロリングを持っていることが判明。カジノ王はサイコロコレクターで、オモッチャマとドクロリングの交換を持ちかける。そこへドロンボー一味が乱入し、ドクロリングを巡る賭けが行われることに! 今こそ1号･2号とオモッチャマの絆が試される時! 大逆転なるか!?

春それは恋の季節。恋にまつわる意外なインチキ商売で一儲けしたドロンボー一味はドクロリングがあるという宮崎へ。結婚式直前のカップルから、新メカ「キョーカイダー」を駆使して指輪をなんとか奪うが、ドロンジョの胸には思いも寄らぬ気持ちが生まれる。その気持ちとは一体!?

ガンちゃんはあるドラマの主人公「アツヒメ」にハマっているご様子。一方、ドロンボー一味はドクロリングが鹿児島にあると知り、“地元にとけこむ” という意外なメカで出発する。それを追うヤッターマン達は、“タイガー” というバンドの “ドラマー”、アツヒメに遭遇。鹿児島を舞台に戦いが始まる!

ドクロリングは、エジプトのオタンカーメン王のミイラについている鼻輪だとの情報が入った。ドロンボー一味とヤッターマンはエジプトへ向かう。すると伝説の女好きだったオタンカーメン王とボヤッキーの超意外なつながりが明らかに! ドタバタの争奪戦開始!

不思議な言動が人気のアイドル「ようこるん」のカチューシャこそがドクロリングだと判明。ドロンボー一味は、「前代未聞の驚きの新メカ」で「お台場のテレビ局」へ。人気の対決バラエティー番組で勝てばカチューシャが手に入ることに。ヤッターマンとドロンボー一味は人気番組を舞台にくだらない戦いを始める!

ドロンボー一味は、女性の美意識につけこんだインチキ商売で資金を荒稼ぎ。そんな中、ドクロリングは、セレブ姉妹が持っているティアラであることが判明。一行は姉妹が滞在するセレブの国･モナコへ向かう。ヤッターマンは、モナコでセレブ姉妹に遭遇するが、2人は姉妹喧嘩の真っ最中だった…。

ドロンボー一味が銀座でインチキ商売を繰り広げる中、ドクロリングはシャベルのデザイナーが持っていることが判明する。一行は海を越えてシャベルのいるフランスへ。花の都･パリを舞台に、人気ファッションデザイナーの持つドクロリングを巡り、ヤッターマンとドロンボー一味のくだらない戦いが始まる!

ドロンボー一味は雪まつりを開催し、大金を手に入れる。そんな中、ドクロベエは北海道の雪まつり会場にいる “黒芋ゴロン” という男性がドクロリングのありかを知っていると3人に指令を出す。ドロンボーを追ったガンちゃんらは、迷子になった幼い兄妹、“ビュン” と “ポタリ” に出会う…。

ガンちゃんが修理していたテレビに大阪城の屋台村が映し出された。ガンちゃんは100軒以上のたこ焼き屋台の映像に目が釘付けになり、アイちゃん、オモッチャマと街のたこ焼き屋台に向かうことに。その頃、アジトでたこ焼き屋台の映像を見たドロンジョは、ある悪巧みを考えつく。ガンちゃんたちが訪れたたこ焼き屋はドロンジョたちが経営するインチキ商売の屋台だった…。

玩具店の1人息子･ガンちゃんは、電器屋の娘･アイちゃんと自作ロボットのオモッチャマに促され、ガレージに眠るヤッターワンの修理に取りかかる。その頃、悪党一味のドロンジョ、ボヤッキー、トンズラーは、ドロボーの神様ドクロベエの持ちかけた儲け話から、集めるとどんな願いでも叶うという世界に散らばるドクロリングを探そうとする…。